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中国生物化学与分子生物学报 2014年第4期30卷 383-389页

作者：肖亚飞吴更微生物代谢国家重点实验室上海交通大学生命科学技术学院上海200240

Amer1(APC membrane recruitment protein 1)又称为WTX(Wilms’tumor X),是首个发现位于X染色体上的抑癌基因.由于其定位的特殊性,Amer1近年来成为研究的热点之一.研究表明,Amer1作为骨架蛋白在细胞内与多种蛋白(APC,β-catenin,Axin等... 详细信息

Amer1(APC membrane recruitment protein 1)又称为WTX(Wilms’tumor X),是首个发现位于X染色体上的抑癌基因.由于其定位的特殊性,Amer1近年来成为研究的热点之一.研究表明,Amer1作为骨架蛋白在细胞内与多种蛋白(APC,β-catenin,Axin等)直接结合,在Wnt信号通路中发挥着重要功能.据报道Amer1/WTX含有3个肿瘤抑制蛋白质APC(adenomatous polyposis coli,APC)的结合位点,对于APC在细胞膜上的定位过程中发挥着重要的作用.但是,通过序列比对发现,Amer1可能存在第4个被忽略的APC的结合位点,定位于A1和A2之间.为了验证该片段能否与APC结合,分别构建了GST-Amer1(365-375)和His-APC(407-775)两种重组蛋白.通过GSTpull down,证明了这两个片段存在相互作用,并进一步通过ITC(isothermal titration calorimetry)实验测定了两者结合的亲和力.本研究结果不仅在体外证实了Amer1第4个APC结合位点的存在,也为APC和Amer1/WTX复合物的结构和功能的研究打下了良好的基础.

关键词： Amer1 WTX APC蛋白 ARM结构域 GST-pull down ITC

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基于DB小波无网格法:二维弹塑性问题

工程力学 2008年第9期25卷 18-22页

作者：刘亚男肖亚飞刘应华岑章志清华大学工程力学系北京100084 中海石油(中国)有限公司研究中心技术研究部北京100027

该文研究了基于Daubechies(DB)小波无网格方法对弹塑性问题中的分析。利用DB小波尺度函数作为基函数近似未知的场函数,不必类似有限元法和传统的无网格法花很大代价去构造所谓的形函数。该文利用新方法建立了增量格式的二维弹塑性问题... 详细信息

该文研究了基于Daubechies(DB)小波无网格方法对弹塑性问题中的分析。利用DB小波尺度函数作为基函数近似未知的场函数,不必类似有限元法和传统的无网格法花很大代价去构造所谓的形函数。该文利用新方法建立了增量格式的二维弹塑性问题的求解方案。二维弹塑性问题的数值算例证明了该方法的稳定性和有效性。

关键词：无网格法 DB小波基函数二维问题弹塑性

基于木质纤维素降解效果筛选白蚁源纤维素酶基因异源表达

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基于木质纤维素降解效果筛选白蚁源纤维素酶基因异源表达

作者：肖亚飞西北农林科技大学

学位级别：硕士

白蚁高效的木质纤维素分解潜力与其肠道微生物密切相关,在畜牧生产中可利用白蚁肠道微生物及其微生物来源的木质纤维素降解酶基因,将白蚁高效的降解能力用来提高粗饲料的降解率。本研究基于白蚁对槐树和柏树的消化降解效果,利用X射线衍... 详细信息

白蚁高效的木质纤维素分解潜力与其肠道微生物密切相关,在畜牧生产中可利用白蚁肠道微生物及其微生物来源的木质纤维素降解酶基因,将白蚁高效的降解能力用来提高粗饲料的降解率。本研究基于白蚁对槐树和柏树的消化降解效果,利用X射线衍射(XRD)、傅立叶变换红外光谱(FT-IR)和扫描电子显微镜(SEM)等技术测定白蚁消化降解前后纤维素结晶度指数,纤维素、半纤维素和木质素含量以及表面特征差异,通过16S r RNA基因扩增子测序技术分析白蚁肠道微生物群落差异,并以羧甲基纤维素钠(CMC-Na)、玉米芯木聚糖、对硝基苯基-β-D-吡喃半乳糖苷(p NPG)和对硝基苯基-β-D-纤维二糖苷(p NPC)为底物,分别测定内切葡聚糖酶、木聚糖酶、β-葡糖苷酶和外切葡聚糖酶活力。根据木质纤维素降解效果和肠道中纤维降解菌的丰度,从槐树采食组中选择来自Parabacteroides属的潜在木质纤维素降解酶基因TPA,利用组氨酸标签成功从大肠杆菌中纯化出目的蛋白,以CMC-Na和玉米芯木聚糖为底物测定最适温度和最适p H。进一步利用p LEM-415载体在植物乳杆菌中实现异源表达,并通过发酵小麦秸秆验证基因功能。主要结果如下:1.X射线衍射显示槐树比柏树纤维素结晶度指数高12.2%,傅立叶变换红外光谱测定结果表明槐树中半纤维素含量更高。与采食柏树的白蚁相比,采食槐树的白蚁肠道微生物丰富度更高,且与木质纤维素降解相关指标呈显著正相关关系,其中与纤维素降解相关的Papillibacter属在槐树采食组中显著高于柏树采食组(P<0.05),预测到纤维素酶相对丰度在槐树采食组同样显著高于柏树采食组(P<0.05)。2.从槐树采食组白蚁肠道宏基因组中选择了来自Parabacteroides属的潜在木质纤维素降解酶基因TPA,经原核诱导表达,纯化出56.8 KDa的目的蛋白,最适反应温度在25-37℃,最适p H 5.5。***基因在羊瘤胃源植物乳杆菌中表达,显著提高植物乳杆菌纤维素酶比活力(P<0.05),而中性洗涤纤维(NDF)、酸性洗涤纤维(ADF)、X射线衍射及傅立叶变换红外光谱测定结果显示工程菌与植物乳杆菌宿主菌的发酵效果无差异。综上所述,白蚁能够有效降解木质纤维素,其食物中木质纤维素含量影响肠道微生物中木质纤维素降解菌Papillibacter属等的丰度,白蚁肠道微生物及其微生物来源的木质纤维素降解酶基因在秸秆类饲料资源开发中拥有巨大的应用前景。

关键词：木质纤维素降解白蚁肠道微生物纤维素酶基因异源表达植物乳杆菌

加权关联规则在钻井作业安全预警中的研究与应用

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加权关联规则在钻井作业安全预警中的研究与应用

作者：肖亚飞西南石油大学

学位级别：硕士

关联规则挖掘作为数据挖掘的重要研究内容之一,主要研究事务数据库、关系数据库和其他信息存储中的大量数据项之间隐藏的、有趣的规律。加权关联规则在关联规则的基础上引入权值的概念,改善了把所有规则都视为同等重要、产生大量无效规... 详细信息

关联规则挖掘作为数据挖掘的重要研究内容之一,主要研究事务数据库、关系数据库和其他信息存储中的大量数据项之间隐藏的、有趣的规律。加权关联规则在关联规则的基础上引入权值的概念,改善了把所有规则都视为同等重要、产生大量无效规则的缺点,和传统算法相比,加权关联规则更有利于解决数据库中项目分配不均和重要程度不同的问题。本文研究了关联规则经典算法Apriori,通过Apriori算法的思想和挖掘规则的流程知道了 Apriori算法的不足之处,然后提出了算法的优化思想。Apriori算法不能挖掘出小权值项,因此我们对关联规则加入权值思想。本文重点研究了加权关联规则算法。首先重点介绍了几种关联规则的算法模型,分析了这些算法模型的优缺点。然后研究了 New-Apriori算法、MINWAL(O)算法、权重归一化和基于概率的加权关联挖掘算法等,同时分析这些算法的优缺点,并对这些算法的不足提出优化思想。然后提出一种改进加权关联规则算法,该算法把数据存储在0-1矩阵中,利用矩阵运算提高了项的支持度运算速度,并且在整个挖掘过程中只需要扫描一次数据库,减少了存储空间占用;保留频繁项的向下封闭性,加入候选项集的剪枝操作,减少了算法中间项的产生,提升算法运行速度;在传统支持度和置信度的基础上加入兴趣度阈值,提高产生规则的有趣性。把改进的算法应用于在钻井作业安全预警中,采用石油公司日程作业安全隐患记录数据。钻井作业安全预警的隐患可以分为人的违章、物的隐患和环境因素三大类,在挖掘过程中对这三类危险源设置不同的权值进行实验。根据实验结果验证了基于加权关联规则的挖掘可以应用于油气钻井作业领域的安全预警、改进加权关联规则挖掘出的隐患关联规则是具有意义的、改进算法比之前的算法在时间效率和空间效率更优。

关键词：数据挖掘关联规则加权关联规则 Apriori算法安全预警

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差分隐私合成数据发布理论及方法研究

差分隐私合成数据发布理论及方法研究

作者：肖亚飞安徽理工大学

学位级别：硕士

互联网技术的发展,使得公共和私人组织可以收集到包含个人详细信息的大量微观数据,将这些数据公开发布给社会和研究机构的需求正在逐步增长。同时,这些数据的持有者也面临着公开数据以证明其透明度的压力,但是,这些微观数据包含着许多... 详细信息

互联网技术的发展,使得公共和私人组织可以收集到包含个人详细信息的大量微观数据,将这些数据公开发布给社会和研究机构的需求正在逐步增长。同时,这些数据的持有者也面临着公开数据以证明其透明度的压力,但是,这些微观数据包含着许多个人的敏感信息,如果不经处理直接发布,数据中个人的隐私信息将面临巨大的泄露风险,因此,在数据发布之前,需要对原始数据进行处理以防止隐私信息的泄露。差分隐私模型是当今最广为使用的隐私保护数据发布技术,并且因其强大的隐私保护能力,被应用到隐私保护的众多领域。差分隐私机制主要通过对原始数据注入噪声来实现隐私保护的目的,但是在面对高维数据时,现存隐私保护算法会注入过多的噪声,从而导致数据的可用性较差,因此,如何在满足差分隐私的同时,保证数据的可用性是一项艰巨的任务。本文重点研究了差分隐私模型下高维数据的合成数据发布方法,针对现存算法不能有效处理高维数据的发布问题提出了相应的改进方法,并保证在满足差分隐私的前提下,提高合成数据的可用性。本文主要工作如下:(1)研究了贝叶斯网络结构学习方法,并针对现存算法的不足,提出了一种基于依赖关系和评分函数的贝叶斯网络结构混合学习方案,使得构造的贝叶斯网络中属性的低维边缘分布能够充分近似高维数据中属性的全分布。(2)针对高维数据的取样过程,提出了一种基于贝叶斯网络的差分隐私取样算法,采用网络中属性的低维边缘分布近似高维数据的全分布,在取样时对网络中属性的边缘分布注入Laplace噪声,然后从中取样生成合成数据集,使得取样过程在低维空间进行,降低了计算复杂度。(3)通过实验对合成数据集的可用性进行了验证,对比相关算法,本文中的方法,在满足差分隐私约束的同时,生成的合成数据集与原始数据集具有更高的相似度。

关键词：隐私保护数据发布高维数据差分隐私贝叶斯网络合成数据

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局部差分隐私约束的链接攻击保护

计算机科学与探索 2019年第2期13卷 251-262页

作者：杨高明方贤进肖亚飞安徽理工大学计算机科学与工程学院安徽淮南232001

传统意义的交互式差分隐私保护模型对数据查询结果进行扰动,不能满足用户对数据的多样化需求。为有效使用数据并满足隐私保护要求,用局部差分隐私的思想,在随机响应的基础上实现数据集的链接攻击保护。首先,针对原始数据的分布情况,研... 详细信息

传统意义的交互式差分隐私保护模型对数据查询结果进行扰动,不能满足用户对数据的多样化需求。为有效使用数据并满足隐私保护要求,用局部差分隐私的思想,在随机响应的基础上实现数据集的链接攻击保护。首先,针对原始数据的分布情况,研究如何更好地选择随机转换矩阵P,在数据效用和隐私保护的基础上更好地实现链接隐私保护,从而避免身份披露和属性披露;其次,针对敏感、准标识符属性以及它们之间的组合讨论相应的隐私保护方法和数据效用的最大化,并给出数据扰动算法;最后,在已知数据分布均值和方差的基础上实验验证原始数据和扰动数据之间的KL-散度、卡方。实验结果表明所用随机化可以带来较小的效用损失。

关键词：局部差分隐私随机响应链接攻击隐私保护

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生态文明建设中人与自然的契约关系研究

生态文明建设中人与自然的契约关系研究

作者：肖亚飞中国矿业大学

学位级别：硕士

生态危机根源于人与自然关系的异化,“生态”与“文明”分别代表着生态文明的特殊规定性与属人性,因此,人与自然的和谐是解决生态危机,实现生态文明的关键与核心。人与自然关系是历史的,从人猿揖别之时起,人与自然的关系先后经历了自然... 详细信息

生态危机根源于人与自然关系的异化,“生态”与“文明”分别代表着生态文明的特殊规定性与属人性,因此,人与自然的和谐是解决生态危机,实现生态文明的关键与核心。人与自然关系是历史的,从人猿揖别之时起,人与自然的关系先后经历了自然状态、对抗状态,以及目前的反思重构状态,而重构的目标是实现人与自然和谐状态。危机之中也同样蕴含着契机,人与自然重归和谐的关键在于人类在生死存亡的分岔口选择了生态文明。生态伦理学研究已经将道德关怀的对象扩大到自然,自然整体性思想已经为社会普遍接受,人与人交往实践中产生的契约精神与生态文明高度契合,人与人之间的平等、诚信、自由具有扩大到人与自然之间的可能性和必要性,人与自然契约关系的构建之目标正是为了实现人与自然和谐状态的生态文明,而生态平等、生态诚信、生态自由则是构建人与自然契约关系所应遵循的三大原则。人与自然的统一不在虚无缥缈的云端,而在人类的每一次微小的行动,重构的可能性不应该只停留在理论层面,人类的反思应该体现在社会建设的实践之中。

关键词：生态文明契约精神人自然

肿瘤抑制蛋白APC与Amer1的结合机理研究

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肿瘤抑制蛋白APC与Amer1的结合机理研究

作者：肖亚飞上海交通大学

学位级别：硕士

APC (adenomatous polyposis coli,APC)是一个全长2843个氨基酸的多结构域蛋白，是Wnt信号通路的负调节剂，能够和很多蛋白相互结合以发挥作用。其N端含有一个最保守的ARM（Armadillo repeats）结构域。我们试验中用到的407-775片段就... 详细信息

APC (adenomatous polyposis coli,APC)是一个全长2843个氨基酸的多结构域蛋白，是Wnt信号通路的负调节剂，能够和很多蛋白相互结合以发挥作用。其N端含有一个最保守的ARM（Armadillo repeats）结构域。我们试验中用到的407-775片段就包含了此结构域，它能与许多蛋白结合并发挥功能。Amer1蛋白包含1135个氨基酸，根据生物信息学分析结果显示其不含有显著的功能性结构域，据报道Amer1含有三个与APC结合的位点：A1，280-368;A2，380-531;A3，716-834。本论文中，我们首先通过BLAST与Alignment的方法得到了Amer1365-375这一保守片段，其中325-335是其中第一个能与APC结合的保守序列（数据待发表），由于Tanneberger, K.等人在划分Amer1的区间片段时A1截止在了第368个氨基酸上，所以使得365-375这一保守序列被直接的忽略了，而我们有幸找到了这段序列，做了GST-Pulldown与ITC实验验证了他们的结合。并且拿到了APC-ARM与Amer1365-375片段的晶体，解析了两者的空间结构。接下来我们试图得到APC-ARM与A3复合物的晶体时，对A3的片段不能准确的定位，于是再次通过BLAST与Alignment找出Amer1中此片段的保守区域。根据结果我们构建、表达纯化了带GST标签的Amer1片段716-834、766-823、766-777、786-823、766-823△778-794。通过GST-Pulldown与ITC实验证实了以上最短的片段Amer1766-823△778-794能够与APC-ARM结构域结合，而且片段766-777与786-823均不能与此结合。由此可知，Amer1与APC-ARM相结合的四个位点中A3片段的结合方式是独特的，它不仅仅是依靠像A1、A2、A4那样的几个关键氨基酸与APC-ARM相结合，而是采用两端的氨基酸形成一定的高级结构，再通过此结构与APC-ARM结合，缺失的序列778-794在A3与APC-ARM的结合中不起作用。然后通过各种蛋白纯化的方法得到了APC-ARM/Amer1766-823△778-794的复合物，其中包括酶切GST标签后再纯化，TEV及Trypsin依次酶切之后再纯化。但当我们得到蛋白复合物之后筛选晶体时总是拿不到晶体，看来A3片段Amer1766-823△778-794还是不利于晶体的生长，需要我们进一步的准确定位A3。

关键词： APC-ARM Amer1 GST-Pulldown ITC 晶体筛选

利用ANSYS程序对导管架典型局部构造的有限元分析

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中国造船 2003年第2期44卷 85-89页

作者：肖亚飞杨晓刚海洋石油工程股份有限公司天津300452

在绥中 3 6-1、文昌 1 3 -1 / 1 3 -2、东方 1 -1等油田导管架的吊点、管节点、裙桩套筒等典型局部构造的设计中 ,利用 ANSYS5 .6对这些关键部位进行了分析。对结构设计提出了改进建议。

关键词：海洋石油生产导管架局部构造有限元分析结构设计 ANSYS