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赖氨酸C端内切酶/胰蛋白酶顺序酶切在蛋白质组学样本制备中的评估

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分析化学 2017年第3期45卷 316-321页

作者：李倩冯钰谭敏佳翟琳辉中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室中国科学院大学

采用胰蛋白酶(Trypsin)单独酶切与不同酶量的赖氨酸C端内切酶(Lys-C/trypsin)顺序酶切两种方法,对293T细胞全蛋白样本进行酶解消化,系统评估Lys-C/trypsin顺序酶切与Trypsin单一酶切在蛋白质组学样本制备中的差别。实验结果表明,Lys-C/t... 详细信息

采用胰蛋白酶(Trypsin)单独酶切与不同酶量的赖氨酸C端内切酶(Lys-C/trypsin)顺序酶切两种方法,对293T细胞全蛋白样本进行酶解消化,系统评估Lys-C/trypsin顺序酶切与Trypsin单一酶切在蛋白质组学样本制备中的差别。实验结果表明,Lys-C/trypsin顺序酶切不仅能显著提高肽段和蛋白质的鉴定数目,同时降低遗漏K酶切位点的数目及比例,而且得到的肽段长度有利于质谱鉴定,蛋白质覆盖率明显提升。通过对酶的用量进行优化对比,最终确定了Lys-C/trypsin顺序酶切时酶的合理用量。本研究结果对提高蛋白质组学样本的制备质量以及蛋白质的序列鉴定覆盖度具有指导意义。

关键词：胰蛋白酶赖氨酸C端内切酶顺序酶切蛋白质组学液相色谱-串联质谱遗漏酶切

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组蛋白翻译后修饰无标定量方法可靠性的比较

色谱 2016年第9期34卷 825-830页

作者：刘志伟朱明睿翟琳辉谭敏佳中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室上海201203 中国科学院大学北京100049 上海市化学品分析风险评估与控制重点实验室上海200092

组蛋白翻译后修饰是一种表观遗传学修饰,参与调控细胞的新陈代谢等重要生理过程。蛋白质组学发展迅速,使监控组蛋白翻译后修饰的动态变化成为可能。目前主要有3种无标定量方法(谱图计数法、峰面积积分法和信号强度法),但何种定量方法更... 详细信息

组蛋白翻译后修饰是一种表观遗传学修饰,参与调控细胞的新陈代谢等重要生理过程。蛋白质组学发展迅速,使监控组蛋白翻译后修饰的动态变化成为可能。目前主要有3种无标定量方法(谱图计数法、峰面积积分法和信号强度法),但何种定量方法更可靠尚未见系统性的详细报道。在稳定同位素标记细胞培养技术(SILAC)基础上,对去乙酰化酶抑制剂(SAHA)调控细胞乙酰化修饰水平的定量数据进行对比,比较3种无标定量方法对组蛋白翻译后修饰进行的定量分析,利用定量结果的标准差(SD)评估定量的可靠性,最终发现基于峰面积积分法定量的结果可靠性最高。该研究对难以进行同位素标记实验的样本分析,尤其对临床样本、大样本的组蛋白修饰谱分析具有重要参考意义。

关键词：组蛋白翻译后修饰无标定量可靠性

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蛋白酪氨酸硫酸化修饰的研究进展

生命科学 2017年第2期29卷 153-159页

作者：潘露露翟琳辉谭敏佳中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室上海201203

无机硫酸盐与生物分子的结合在生物体系中具有重要的作用,并且与疾病的发生直接相关。蛋白酪氨酸硫酸化(protein tyrosine sulfation,PTS)是一个普遍的翻译后修饰,从其第一次被报道至今已有50余年。然而,酪氨酸硫酸化在生理条件下的意... 详细信息

无机硫酸盐与生物分子的结合在生物体系中具有重要的作用,并且与疾病的发生直接相关。蛋白酪氨酸硫酸化(protein tyrosine sulfation,PTS)是一个普遍的翻译后修饰,从其第一次被报道至今已有50余年。然而,酪氨酸硫酸化在生理条件下的意义以及与疾病的关系在最近几年才逐渐受到关注。目前,只有极少量的硫酸化蛋白质得以鉴定。现选择性地对蛋白酪氨酸硫酸化做一个简要的回顾,并总结了基本的生物化学信息,包括酪氨酸蛋白硫酸转移酶的制备、蛋白酪氨酸硫酸化的测定方法、蛋白酪氨酸硫酸化的生物学功能。这些信息是将来对蛋白酪氨酸硫酸化功能进一步探索的基础。

关键词：蛋白质翻译后修饰蛋白酪氨酸硫酸化酪氨酸蛋白硫酸化酶生物学功能

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短胶法预处理含高浓度去垢剂的蛋白样品

生物工程学报 2014年第9期30卷 1446-1453页

作者：马首智张涛翟琳辉孙玉琳徐平赵晓航北京协和医学院中国医学科学院肿瘤研究所分子肿瘤学国家重点实验室北京100021 军事医学科学院放射医学研究所北京100850 北京蛋白质组研究中心北京102206 海军总医院基础医学研究中心北京100048

蛋白质组学研究中常使用含高浓度去垢剂的缓冲液以提高蛋白提取效率,但这种缓冲液会对下游蛋白质定量、酶解、质谱分析等步骤造成干扰。短胶法可用于含高浓度去垢剂样品的预处理,文中进一步评价了短胶法(Short gel)用于含高去垢剂的蛋... 详细信息

蛋白质组学研究中常使用含高浓度去垢剂的缓冲液以提高蛋白提取效率,但这种缓冲液会对下游蛋白质定量、酶解、质谱分析等步骤造成干扰。短胶法可用于含高浓度去垢剂样品的预处理,文中进一步评价了短胶法(Short gel)用于含高去垢剂的蛋白样品定量和预处理的效果。使用牛血清白蛋白作为标准蛋白分析了短胶法定量的线性范围,结果发现短胶法定量的线性范围为1-8μg,提示可对这一范围内的样品蛋白进行定量检测。对标准蛋白定量的线性度达到0.999,且重复性好,不容易受到蛋白表达模式变化的影响,结果可靠。短胶法定量的蛋白可通过胶内酶解,直接进行液相色谱-质谱联用(Liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)分析,质谱信号较好。结果提示直接用短胶法预处理含高浓度去垢剂的蛋白样品,值得在蛋白质组学研究中推广。

关键词：短胶法液质联用蛋白质组学蛋白定量

中国蛋白质组学研究进展——以人类肝脏蛋白质组计划和蛋白质组学技术发展为主题

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中国科学：生命科学 2014年第12期44卷 1099-1112页

作者：李衍常李宁徐忠伟翟琳辉樊锋旭常乘张成普郑俊杰徐平贺福初中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 安徽医科大学研究生学院合肥230032

蛋白质组学是对细胞或生物体全部蛋白质的系统鉴定、定量并阐释其生物学功能的学科.自21世纪初期开始,随着高精度、高灵敏度和快速扫描质谱仪的出现和快速发展以及微量蛋白质组样品高效分离技术的进步,蛋白质组学获得了快速发展,并在生... 详细信息

蛋白质组学是对细胞或生物体全部蛋白质的系统鉴定、定量并阐释其生物学功能的学科.自21世纪初期开始,随着高精度、高灵敏度和快速扫描质谱仪的出现和快速发展以及微量蛋白质组样品高效分离技术的进步,蛋白质组学获得了快速发展,并在生理过程与病理机制研究等几乎所有生命科学研究领域得到了广泛的应用.过去10年,中国蛋白质组学研究在政府的支持和广大蛋白质组学研究人员的努力下呈现出腾飞式的发展态势.本文综述了人类肝脏蛋白质组计划和2010-2013年中国蛋白质组学技术的发展.

关键词：蛋白质组学人类肝脏蛋白质组计划蛋白质相互作用蛋白质翻译后修饰生物信息学

小鼠饲养过程中蛋白质组的整体重稳定性同位素标记

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生物工程学报 2014年第10期30卷 1602-1611页

作者：樊锋旭高慧英徐忠伟翟琳辉衣泰龙张涛吴飞林崔春萍徐平安徽医科大学安徽合肥230032 军事医学科学院放射医学研究所北京100850 北京蛋白质组研究中心北京102206

文中探讨了稳定同位素代谢标记(SILAC)定量技术在哺乳动物模型上的应用,建立了可用于疾病模型比较蛋白质组学研究的定量内标。用含1%13C6-Lysine的SILAC鼠粮饲养C57BL/6J雌性小鼠,记为F0代,通过与雄性小鼠交配繁殖出F1代,相同方法繁殖... 详细信息

文中探讨了稳定同位素代谢标记(SILAC)定量技术在哺乳动物模型上的应用,建立了可用于疾病模型比较蛋白质组学研究的定量内标。用含1%13C6-Lysine的SILAC鼠粮饲养C57BL/6J雌性小鼠,记为F0代,通过与雄性小鼠交配繁殖出F1代,相同方法繁殖出F2代标记小鼠。分离F2代小鼠的大脑、肺脏、心脏、胃、小肠、肝脏、脾脏、肾脏和肌肉组织,提取各组织的全蛋白,进行蛋白酶Lys-C酶切,利用高效液相色谱串联质谱联用技术(LC-MS/MS)进行鉴定和定量分析。对蛋白质定量结果进行高斯拟合确定均值及标准差,得出不同脏器和小鼠整体的标记效率,肝脏的标记效率最高,为96.34%±0.90%;大脑标记效率最低,为92.62%±1.98%,小鼠整体标记效率为95.80%±0.64%,符合SILAC标记效率不低于95%的国际标准。成功地将SILAC方法从微生物和细胞系水平拓展到哺乳动物模型,这为基于动物模型研究疾病发生、发展机制提供了有力工具。

关键词：稳定同位素代谢标记 C57BL/6J小鼠定量蛋白质组学标记效率

不同转移潜能的肝癌细胞系定量磷酸化蛋白质组学研究

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安徽医科大学学报 2014年第11期49卷 1595-1599页

作者：衣泰龙田苗苗翟琳辉徐忠伟杨晓明徐平安徽医科大学研究生院合肥230032 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

目的研究具有不同侵袭转移能力的肝癌细胞系的磷酸化蛋白质组的动态变化。方法首先用含有重稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的培养基对MHCC97-L进行重稳定同位素标记氨基酸的细胞培养(SILAC);用含有轻稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的... 详细信息

目的研究具有不同侵袭转移能力的肝癌细胞系的磷酸化蛋白质组的动态变化。方法首先用含有重稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的培养基对MHCC97-L进行重稳定同位素标记氨基酸的细胞培养(SILAC);用含有轻稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的培养基对MHCC97-H进行SILAC标记。将完成标记的两种肝癌细胞系的蛋白质按照1∶1混合,并用trypsin进行溶液消化;对消化得到的肽段进行除盐,并通过固相金属离子亲和色谱(IMAC)的方法进行磷酸化肽段的富集。磷酸化肽段通过质谱进行检测,并通过MaxQuant进行鉴定和定量。最后通过Z检验进行统计学分析,并对差异调控的磷酸化肽对应的蛋白质进行基因本体(GO)分析和STRING网络分析。结果最终鉴定了918个磷酸化肽段,其中806个磷酸化肽段的磷酸化位点可以定位和定量。通过Z检验,共得到了91个磷酸化修饰水平发生变化的肽段,对应25个磷酸化蛋白质。通过对这25个蛋白质进行GO分析发现,细胞骨架重塑过程中的蛋白质在MHCC97-L和MHCC97-H中磷酸化修饰形式严重失调。通过STRING分析发现,NES和PRKCA处于网络的重要节点位置。结论细胞骨架重塑这一生物学过程与肝癌侵袭转移能力密切相关;参与细胞骨架重塑的NES蛋白和参与MAPK信号通路和黏合斑信号通路的PRKCA蛋白磷酸化修饰水平的变化是影响低转移潜能MHCC97-L细胞向高转移潜能细胞MHCC97-H变化的重要调控机制。

关键词：定量磷酸化蛋白质组学 SILAC 固相金属离子亲和色谱肝细胞癌侵袭转移

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语文:作文和阅读两大题型的解读

山西教育（管理版） 2024年第8期 9-10页

作者：翟琳太原市第五中学校

2024年高考在万众瞩目中落下惟幕。为了帮助广大师生及家长更好地了解考试情况,并为未来的高考备考提供有益参考,本刊邀请太原市第五中学高三九科教师代表对2024年高考试卷进行评析,以期明晰考点及命题方向,助力学校把握核心素养培养方... 详细信息

2024年高考在万众瞩目中落下惟幕。为了帮助广大师生及家长更好地了解考试情况,并为未来的高考备考提供有益参考,本刊邀请太原市第五中学高三九科教师代表对2024年高考试卷进行评析,以期明晰考点及命题方向,助力学校把握核心素养培养方向,推动高中育人方式改革。

关键词：命题方向高考备考核心素养培养育人方式高考试卷语文太原市

走进家庭场景，亲子游戏促发展——家庭场景化教育下亲子游戏互动的有效策略

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智力 2024年第5期 104-107页

作者：翟琳广东省广州市海珠区海鸥幼儿园

家庭场景化教育下的亲子游戏是基于广州市“文溪雅荷”实验课程衍生的一种新的家庭教育方式，旨在增进幼儿和家长关系的亲密度，以及促进幼儿全面发展。文章对家庭教育场景化亲子游戏的相关问题进行解析，从树立正确的教育观，选择场景... 详细信息

家庭场景化教育下的亲子游戏是基于广州市“文溪雅荷”实验课程衍生的一种新的家庭教育方式，旨在增进幼儿和家长关系的亲密度，以及促进幼儿全面发展。文章对家庭教育场景化亲子游戏的相关问题进行解析，从树立正确的教育观，选择场景、材料和游戏主题，设计家庭场景游戏等方面，探讨在家庭场景中进行亲子游戏的有效策略，旨在营造和谐的家庭氛围，使幼儿在充满爱的环境中快乐成长。

关键词：家庭场景场景化教育亲子游戏有效策略