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朊病毒正常功能与致病机理的计算化学研究

朊病毒正常功能与致病机理的计算化学研究

作者：纪洪芳山东师范大学

学位级别：硕士

本论文首先用量子化学计算方法对朊病毒(Prion)的正常功能进行了研究，确定了PrP-Cu络合模式，并通过与Cu，Zn-SOD及其模拟物的抗氧化能力的比较，讨论了Prion的正常功能;同时结合生物信息学对与铜离子转运相关的蛋白按铜离子转运顺序... 详细信息

本论文首先用量子化学计算方法对朊病毒(Prion)的正常功能进行了研究，确定了PrP-Cu络合模式，并通过与Cu，Zn-SOD及其模拟物的抗氧化能力的比较，讨论了Prion的正常功能;同时结合生物信息学对与铜离子转运相关的蛋白按铜离子转运顺序进行分类，通过量化计算确定金属铜离子与朊病毒结合在整个铜离子转运过程中的位置。采用分子动力学模拟方法通过对鸡和人的Prion的对比计算研究，探寻PrP向PrP转变过程的机理，理论结果将对医治朊病毒类疾病提供有力的指导。 Prion是一种新型的蛋白感染因子，能引起人和动物之间的可转移性神经退化疾病，研究发现Prion包括两种形式：细胞型(PrP)和异常型(PrP)。经过近20年的研究，人们在分子水平上认识朊病毒已取得了重要进展，这包括PrP的结构等。但这一领域有许多基本问题至今没有解决，主要存在以下两方面：Prion致病的根本原因是PrP正常功能的丧失还是PrP的聚集沉淀具有毒性无法确定;PrP转化为PrP的机理仍然不清楚。本论文选用Gaussian 98程序包中的密度泛函(DFT)方法对PrP-Cu的络合模式及PrP的正常功能进行了计算研究，并对与铜离子转运相关的蛋白按铜离子转运顺序进行分类，确定金属离子与朊病毒结合在整个铜离子转运过程中的位置。然后在UNIX系统下运用InsightⅡ软件通过对鸡和人的PrP的对比动力学模拟计算研究，探寻PrP向PrP转变的机理。本论文的主要结论如下： 1．通过理论计算对PrP-Cu不同络合模式及其正常功能进行了研究，结果发现模式Ⅳ具有最高的结合能，可以进一步确定PrP-Cu的络合模式为模式Ⅳ，这与最新实验得到八肽的晶体结构相一致。同时，并通过与Cu，Zn-SOD及其模拟物抗氧化能力的比较，我们还进一步证明了PrP的正常功能为Cu缓冲剂而不是抗氧化剂或Cu的转运载体。本章所采用的理论方法可以有效的研究其它蛋白络合金属的性质及设计更有效的SOD的模拟物。 2．通过动力学模拟方法对HuPrP和CkPrP的热稳定性进行比较研究，得到的主要结论有：总体上讲HuPrP比CkPrP具有更高的稳定性，表明CkPrP不发生α→β的构象转变不能归于其具有较好的稳定性，而可能由其它因素，如RNA或protein X参与PrP→PrP的转化引起：HuPrP的H1与CkPrP的H1相比具有较低稳定性，而H2和H3却比后者的稳定，其原因可能是由HuPrP的H1中存在着较多的负电荷间的排斥作用及Asp147和Arg208间存在有缺陷的静电相互作用造成的。我们的结果澄清了以往对PrP→PrP转化过程机理研究的诸多争议。尽管孤立的H1非常犯供芳山东师范大母峨士研完位毋位俗我稳定，但肠企少“完整结构中的Hl却可以被灿pl47林Ai留08的静电相互作用所干扰，进而最先解螺旋。这些发现对于进一步认识阮病毒病还有更深刻的意义，如把 A印147单点突变成类似c幻叶pc中的无极性的氨基酸，如果突变后不再感染阮病毒病，这可以对医治阮病毒类疾病提供更有力的帮助。 3.对参与铜离子转运的一系列由细胞膜外到膜内的蛋白质进行了研究，通过比较结合能及络合模式发现:随着铜离子转运蛋白由外到内铜离子与相应蛋白质的结合能数值逐渐增大，表明铜离子从细胞外转运到细胞内的过程在能量上存在热力学梯度，进而使整个转运过程得以顺利完成;同时，阮病毒蛋白与金属铜离子络合的结合能与膜蛋白IQHQ的相应数值非常相近，因而可推测其位置大约可定位为细胞膜附近，这与实验上得到的结果也是一致的;另外，具有相同络合模式的铜离子转运蛋白其结合能可能存在较大差别，说明铜离子转运蛋白在整个转运过程中所处的位置不是由络合模式决定的，而取决于蛋白本身。

关键词：朊病毒正常功能致病机理铜离子量子化学计算分子动力学模拟

考虑不完美排错情况的NHPP类软件可靠性增长模型

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软件学报 2010年第5期21卷 942-949页

作者：谢景燕安金霞朱纪洪清华大学计算机科学与技术系北京100084

针对现有NHPP类软件可靠性增长模型对故障排错过程中不完美排错情况考虑不完全的现状,提出了一种新的软件可靠性增长模型.该模型全面考虑了不完美排错的两种情况:既考虑了排错过程中引入新错误的可能性,又考虑了不完全排错的情况,并且... 详细信息

针对现有NHPP类软件可靠性增长模型对故障排错过程中不完美排错情况考虑不完全的现状,提出了一种新的软件可靠性增长模型.该模型全面考虑了不完美排错的两种情况:既考虑了排错过程中引入新错误的可能性,又考虑了不完全排错的情况,并且引入了一种故障排除率随时间变化的故障排除率函数,使模型更符合实际情况.利用公开发表的两组不同的软件失效数据对该模型进行验证的结果表明,与现有的对不完美排错情况考虑不完全的模型相比,该模型能够取得更好的拟合结果和预测效果.

关键词：软件可靠性增长模型非齐次泊松过程不完美排错故障排错率错误引入率

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西方发达国家社会建设的经验与启示

马克思主义与现实 2005年第6期57卷 144-145页

作者：李洪雨中共铁岭县委党校

西方发达国家在现代化发展进程中社会建设存在的问题及解决的办法和途径,对于我们构建社会主义和谐社会具有重要的借鉴意义。这些经验教训和重要启示概括起来就是:社会政策、社会保障与经济发展同等重要;社会再分配必须保证广大民众的... 详细信息

西方发达国家在现代化发展进程中社会建设存在的问题及解决的办法和途径,对于我们构建社会主义和谐社会具有重要的借鉴意义。这些经验教训和重要启示概括起来就是:社会政策、社会保障与经济发展同等重要;社会再分配必须保证广大民众的基本生存权;精神文化必须给人以归属感;城市现代化、工业化必须改变城乡二元结构。

关键词：西方发达国家社会建设社会政策经济发展社会再分配精神文化城乡二元结构

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当好大队辅导员

丛书名：上海教育丛书

2007年

作者：洪雨露

少先队辅导员,应该如何真正发挥少先队组织的功能与作用?如何真正扎扎实实地做好少先队工作?当队员精神不振时,如何使他们振作?当队员过度兴奋时,如何使他们归于平静?当队员茫无头绪时,如何给以启迪?当队员没有信心时,如何唤起他的力量... 详细信息

ISBN: (纸本)7544415708

少先队辅导员,应该如何真正发挥少先队组织的功能与作用?如何真正扎扎实实地做好少先队工作?当队员精神不振时,如何使他们振作?当队员过度兴奋时,如何使他们归于平静?当队员茫无头绪时,如何给以启迪?当队员没有信心时,如何唤起他的力量?如何从孩子的眼睛里读出愿望?如何听出孩子回答中的创造?如何觉察出孩子细微的进步和变化?如何让孩子自己明白错误?如何用不同的语言方式让孩子感受关注?如何使孩子觉得你的精神脉搏与他们一起欢跳?如何让孩子的争论擦出思维的火花?如何使孩子学会合作,感受和谐的欢愉、发现的惊喜?……阅读本书,或许能让你有所启示。

关键词：学生运动学生组织青年运动青年组织

来源：汇雅图书（南通市图书馆... 评论

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汇雅图书（南通市图书馆）

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六主动轮移动机器人的建模及路径跟踪

清华大学学报（自然科学版） 2003年第3期43卷 385-388页

作者：徐嬿琳陆文娟朱纪洪清华大学电机工程与应用电子技术系北京100084 清华大学计算机科学与技术系北京100084

为了研究轮式移动机器人的控制问题,用Newton-Euler法建立了一个具有6个主动轮且都能独立转向的移动机器人的动力学模型。用一种智能比例微分(PD)控制方法,实现了机器人的路径跟踪。该控制方法参考模糊控制的思想,将位置误差和方向误差... 详细信息

为了研究轮式移动机器人的控制问题,用Newton-Euler法建立了一个具有6个主动轮且都能独立转向的移动机器人的动力学模型。用一种智能比例微分(PD)控制方法,实现了机器人的路径跟踪。该控制方法参考模糊控制的思想,将位置误差和方向误差分成若干个模糊集合,使控制器的参数能根据机器人的状态及外部环境进行调节,同时解决了各轮控制命令的协调问题。仿真结果表明,该控制策略是行之有效的。

关键词：机器人轮式移动机器人动力学模型路径跟踪

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基于光纤通道的光传飞行控制系统通信方案

清华大学学报（自然科学版） 2005年第7期45卷 969-972页

作者：米宁周海涛朱纪洪清华大学计算机科学与技术系北京100084

为了解决传统电传操纵系统抗电磁干扰能力差、带宽低等问题,提出了飞行控制系统光传方案。作为新一代飞行控制技术,光传操纵有许多电传不可比拟的优势。以一个实际的伺服系统为例,阐述了光传飞行控制系统的基本原理,深入论证了光传飞控... 详细信息

为了解决传统电传操纵系统抗电磁干扰能力差、带宽低等问题,提出了飞行控制系统光传方案。作为新一代飞行控制技术,光传操纵有许多电传不可比拟的优势。以一个实际的伺服系统为例,阐述了光传飞行控制系统的基本原理,深入论证了光传飞控系统的关键元器件和关键技术,对几种光传总线的主要特性以及光传总线的拓扑结构、余度方案等进行了分析比较。该系统通过实现了一个基于光纤通道协议的原型系统得到验证,已成功应用于飞行控制系统与飞行仿真系统之间的通信。

关键词：光传操纵飞行控制系统总线光纤通道

一类不确定随机系统的鲁棒H_∞约束方差控制

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控制理论与应用 1996年第2期13卷 230-234页

作者：朱纪洪郭治南京理工大学自动控制系

本文根据Ｈ∞优化设计理论及稳态状态协方差配置的系统综合方法．利用一个修正的Ｒｉｃｃａｔｉ方程，对一类具有参数扰动的不确定线性随机系统讨论了鲁棒状态反馈控制器设计．使得闭环系统不但鲁棒稳定并具有指定的稳定裕度；而且系统... 详细信息

本文根据Ｈ∞优化设计理论及稳态状态协方差配置的系统综合方法．利用一个修正的Ｒｉｃｃａｔｉ方程，对一类具有参数扰动的不确定线性随机系统讨论了鲁棒状态反馈控制器设计．使得闭环系统不但鲁棒稳定并具有指定的稳定裕度；而且系统性能也是鲁棒的，闭环系统同时满足给定的Ｈ∞性能指标及状态方差上限约束．

关键词：随机系统方差约束不确定系统 H∞控制

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共轴式无人直升机建模与鲁棒跟踪控制

控制理论与应用 2014年第10期31卷 1285-1294页

作者：袁夏明朱纪洪毛漫清华大学计算机科学与技术系上海机电工程研究所

针对共轴式无人直升机非线性、强耦合的动力学特性,本文提出了一种基于动态反馈线性化方法的鲁棒跟踪控制策略.首先根据叶素理论、Pitt-Peters动态入流模型、上下旋翼气动干扰分析建立了共轴式无人直升机的数学模型.然后对于高度-姿态... 详细信息

针对共轴式无人直升机非线性、强耦合的动力学特性,本文提出了一种基于动态反馈线性化方法的鲁棒跟踪控制策略.首先根据叶素理论、Pitt-Peters动态入流模型、上下旋翼气动干扰分析建立了共轴式无人直升机的数学模型.然后对于高度-姿态子系统,通过扩展状态变量对其进行了动态反馈线性化,分析了零动态特性.根据内环期望跟踪特性对解耦后的子系统进行极点配置.通过设计鲁棒补偿器实现了对高度与姿态指令的鲁棒跟踪.在此基础上,针对水平面内的位置子系统设计了外环比例微分(proportional-derivative,PD)控制器以实现位置跟踪.最后,通过内环跟踪仿真验证了反馈线性化方法良好的解耦特性,通过干扰条件下的轨迹跟踪仿真验证了所设计控制器具有较好的控制性能与鲁棒性.

关键词：共轴式直升机反馈线性化鲁棒控制轨迹跟踪

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航空油泵电机复合电流控制

清华大学学报（自然科学版） 2014年第9期54卷 1166-1172页

作者：匡敏驰朱纪洪吉敬华清华大学智能技术与系统国家重点实验室北京100084 江苏大学电气信息工程学院江苏212013

考虑电枢反应中磁饱和现象、电机各相间互感以及功率管的非线性特性等因素的影响,为提升电流环性能,提出了一种新型的永磁同步电机复合电流控制方法。该方法中控制器由相电流畸变纠正控制器和功率角补偿控制器组成。相电流畸变控制器采... 详细信息

考虑电枢反应中磁饱和现象、电机各相间互感以及功率管的非线性特性等因素的影响,为提升电流环性能,提出了一种新型的永磁同步电机复合电流控制方法。该方法中控制器由相电流畸变纠正控制器和功率角补偿控制器组成。相电流畸变控制器采用P控制配合电流前馈实现,能够较好地对相电流畸变进行纠正。针对负载变化时功率角变化较大的问题,专门设计了功率角补偿控制器,可以通过稳定快速地检测内功率因数角自动进行功率角补偿。实验结果验证了该方法的有效性,表明该方法可以在高转速、大电流、高动态的情况下稳定可靠地对航空油泵电机进行控制。

关键词：永磁电机航空油泵电机电流畸变功率角补偿复合控制