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2014-2015年昆明市175件市售海产品中诺如病毒污染状况检测

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现代预防医学 2016年第13期43卷 2474-2476页

作者：李文龙李桂满颜军张烜榕简千棋侯敏昆明市疾病预防控制中心

目的调查昆明市售海产品中诺如病毒的污染状况,为市民消费海产品提供建议,为昆明市售海产品食用安全性提供依据。方法 2014年7月至2015年7月,采集市售海产品175件,应用real-time RT-PCR法分别检测诺如病毒的GⅠ和GⅡ两个亚型,并对不同... 详细信息

目的调查昆明市售海产品中诺如病毒的污染状况,为市民消费海产品提供建议,为昆明市售海产品食用安全性提供依据。方法 2014年7月至2015年7月,采集市售海产品175件,应用real-time RT-PCR法分别检测诺如病毒的GⅠ和GⅡ两个亚型,并对不同类型、不同季节、不同产地市售海产品中诺如病毒的污染情况进行比较。结果175份市售海产品中诺如病毒总检出率为1.14%(2/175),从基因分型看,2份阳性样品均为GⅡ型。结论 2014年-2015年昆明市售海产品中检出GⅡ型诺如病毒,存在通过食用海产品感染的风险。

关键词：昆明市售海产品诺如病毒 real-time RT-PCR 污染状况基因分型

2014-2018年昆明市麻疹疑似病例病原学监测结果分析

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现代预防医学 2020年第2期47卷 355-358页

作者：李文龙刘艳艳马丽波刘如锦侯敏朱心简千棋昆明市疾病预防控制中心

目的分析2014-2018年昆明市麻疹疑似病例的病原学检测结果,为进一步控制和消除麻疹提供科学依据。方法采集麻疹疑似病例病原学标本（咽拭子和/或尿液）,使用Real time RT-PCR法检测麻疹病毒核酸。结果 2014-2018年昆明市共报告353例麻... 详细信息

目的分析2014-2018年昆明市麻疹疑似病例的病原学检测结果,为进一步控制和消除麻疹提供科学依据。方法采集麻疹疑似病例病原学标本（咽拭子和/或尿液）,使用Real time RT-PCR法检测麻疹病毒核酸。结果 2014-2018年昆明市共报告353例麻疹疑似病例,130例实验室确诊病例,阳性率为36.83%（130/353）。其中咽拭子阳性标本127份,阳性率35.98%（127/353）;尿液阳性标本48份,阳性率为30.97%（48/155）。咽拭子阳性率及尿液阳性率差异无统计学意义（χ;=1.197,P=0.274）。2014年麻疹发病呈冬春季分布,2015-2018年演变为3-6月的单峰型;确诊病例主要分布在主城区的西山区45.38%（59/130）,官渡区44.62%（58/130）,五华区8.46%（11/130）;男女确诊病例比为1.60∶1,确诊病例中8～23月龄组最多65例（50.00%）,其次是18岁组19例（14.62%）。结论昆明市应加强麻疹重点地区和易感人群的监测,努力减少和消除免疫空白人群;进一步提高麻疹病例咽拭子标本采集质量,为努力实现消除麻疹目标提供实验室依据。

关键词：麻疹 Real time RT-PCR 病原学监测

2010-2016年昆明市肠道病毒71型流行特征及VP1基因特征分析

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现代预防医学 2018年第16期45卷 3031-3035页

作者：刘艳艳李文龙简千棋马丽波侯敏颜军昆明市疾病预防控制中心微生物检验科

目的分析昆明市2010-2016年肠道病毒71型（Enterovirus A71,EV-A71）的流行特征和VP1编码区基因特征。方法采用描述流行病学方法,对本市手足口病（Hand,Foot,and Mouth Disease,HFMD）资料进行统计分析;对EVA71阳性株的VP1编码区进行逆... 详细信息

目的分析昆明市2010-2016年肠道病毒71型（Enterovirus A71,EV-A71）的流行特征和VP1编码区基因特征。方法采用描述流行病学方法,对本市手足口病（Hand,Foot,and Mouth Disease,HFMD）资料进行统计分析;对EVA71阳性株的VP1编码区进行逆转录-聚合酶链反应,并对扩增产物进行核苷酸序列测定,使用Mega6.0软件分析VP1区基因亲缘关系。结果 2010-2016年昆明市每年均有EV-A71报告,发病有明显季节特征,高峰期在4-6月,5月达最高峰。全市各区县均有EV-A71病例报告,主城区发病数远高于郊县。0;岁儿童是感染EV-A71的高危人群,发病高峰为0;岁。EV-A71感染病例中男性远多于女性。58株EV-A71均为C4基因型的C4a亚型,分为2个传播链,传播链2包含了7年间绝大多数毒株。结论昆明市2010-2016年HFMD主要病原是EV-A71,其亦是引起HFMD重症的主要原因。昆明市EV-A71毒株全部是C4a亚型,可针对二季度、0;岁男性儿童及主城区等关键要素合理配置防控资源,做好EV-A71防控工作。

关键词：手足口病昆明市 EV-A71 流行病学 VP1基因

昆明市2009-2012年流感监测结果分析

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现代预防医学 2014年第16期41卷 3044-3046+3051页

作者：张烜榕颜军李文龙简千棋李桂满蒋玉佳侯敏昆明市疾病预防控制中心

目的了解昆明市2009-2012年的流感流行趋势,为流感防控提供科学依据。方法采集流感样病例(ILI)的咽拭子标本,用狗肾传代细胞(MDCK)分离病毒或采用荧光定量PCR方法进行核酸检测,对流感病毒进行型别鉴定。结果监测2 900份流感样标本中,阳... 详细信息

目的了解昆明市2009-2012年的流感流行趋势,为流感防控提供科学依据。方法采集流感样病例(ILI)的咽拭子标本,用狗肾传代细胞(MDCK)分离病毒或采用荧光定量PCR方法进行核酸检测,对流感病毒进行型别鉴定。结果监测2 900份流感样标本中,阳性780份,A型检出715份,B型检出65份。A型流感病毒中甲型H1N1检出578份,H3型74份,A未分型61份,H1型2份。各年龄段均易感,30岁以下患者占总阳性数的79.10%。结论甲型H1N1是2009-2011年昆明市的优势流行株,与A(H3)、B型在2009-2012年不同的月份以不同强度同时或交替流行,30岁以下年龄是流感防控的重点人群。

关键词：流感病毒流感监测毒株型别

2017—2019年昆明市A(H1N1)pdm09亚型流感病毒血凝素基因特征分析

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现代预防医学 2021年第22期48卷 4187-4191页

作者：简千棋侯敏杨瑶朱心马丽波刘艳艳刘如锦李文龙昆明市疾病预防控制中心

目的分析2017—2019年昆明市A(H1N1)pdm09亚型流感病毒血凝素基因特征,为流感防控提供科学依据。方法2017—2019年昆明市流感监测网络实验室用MDCK细胞培养A(H1N1)pdm09核酸阳性样本,经血凝和血凝抑制鉴定获得13株A(H1N1)pdm09流感毒株... 详细信息

目的分析2017—2019年昆明市A(H1N1)pdm09亚型流感病毒血凝素基因特征,为流感防控提供科学依据。方法2017—2019年昆明市流感监测网络实验室用MDCK细胞培养A(H1N1)pdm09核酸阳性样本,经血凝和血凝抑制鉴定获得13株A(H1N1)pdm09流感毒株,选取8株提取RNA,一步法扩增得到全基因组,纯化、定量、建库后上机二代测序,使用MEGA X、PhyML 3.1等软件进行基因特征分析和系统进化树构建。结果昆明市2017年毒株与A/Michigan/45/2015同属于6B.1分支;2018、2019年毒株与A/Brisbane/02/2018同属于6B.1A分支。与当年疫苗株相比,2017年毒株新增4个突变,其中A73S位于Cb区;2018年毒株新增5个突变,其中S74R、S164T位于Cb、Sa区,2019年毒株新增11个突变,其中N156K、L161I位于Sa区,T185I、D187A、Q189E位于Sb区。N156K可导致免疫逃逸,D187A、Q189E同时位于190螺旋。结论昆明市A(H1N1)pdm09流感病毒的突变位点逐年增加,尤其是抗原决定簇和受体结合部位的突变频率明显加快,提示我们应该持续加强流感监测,及时发现免疫逃逸与高致病性突变。

关键词： A(H1N1)pdm09 血凝素HA 基因特征系统进化树

2014-2016年昆明市手足口病非EV-A71、非CV-A16肠道病毒流行情况及基因特征

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现代预防医学 2018年第21期45卷 3993-3997页

作者：李文龙简千棋刘艳艳马丽波刘如锦侯敏昆明市疾病预防控制中心

目的探讨2014-2016年昆明市引起手足口病的非EV-A71、非CV-A16肠道病毒的病原构成及优势型别基因特征,从而为本地区手足口病防治提供科学依据。方法收集2014-2016年昆明市手足口病病例标本3 767份,应用Real-time PCR法检测非EV-A71、非C... 详细信息

目的探讨2014-2016年昆明市引起手足口病的非EV-A71、非CV-A16肠道病毒的病原构成及优势型别基因特征,从而为本地区手足口病防治提供科学依据。方法收集2014-2016年昆明市手足口病病例标本3 767份,应用Real-time PCR法检测非EV-A71、非CV-A16肠道病毒并用RT-PCR方法扩增其阳性分离株的VP1基因片段,对扩增产物进行测序。利用序列结果进行型别鉴定,分别与各型代表株进行核苷酸、氨基酸同源性比较,构建系统进化树。结果 2014-2016年共检测标本3 676份,检出908份非EV-A71、非CV-A16肠道病毒核酸阳性病例标本,其中CV-A6型545例,CV-A10型158例,未分型205例。与引起手足口病的肠道病毒流行特征一致,非EV-A71、非CV-A16肠道病毒高发季节为4-7月;发病人群以6岁及以下儿童为主,尤以1;岁儿童发病率最高;男、女病例比例为1. 65∶1,男性明显高于女性。进化分析显示,昆明市CV-A6型和CV-A10型肠道病毒的VP1序列与其各自的原型株同源性相对较低,与国内分离株有较高同源性。结论 2014-2016年昆明市的非EV-A71、非Cox A16型肠道病毒型别多样,优势型别主要是CV-A6型,处于F4亚分支;其次是CV-A10型,为C基因型。

关键词：手足口病流行特征进化分析柯萨奇病毒A组6型柯萨奇病毒A组10型

2015-2018年昆明市外环境禽流感病毒实验室监测分析

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现代预防医学 2020年第8期47卷 1372-1375页

作者：简千棋刘艳艳马丽波侯敏刘如锦朱心李文龙昆明市疾病预防控制中心微生物检验科

目的分析2015-2018年昆明市外环境禽流感病毒的实验室监测结果,为人感染禽流感疫情的预警和防控提供科学依据。方法收集2015-2018年昆明市禽流感外环境标本,采用real-time RT-PCR方法,检测A通及禽流感H5、H7、H9亚型。结果共检测1 000... 详细信息

目的分析2015-2018年昆明市外环境禽流感病毒的实验室监测结果,为人感染禽流感疫情的预警和防控提供科学依据。方法收集2015-2018年昆明市禽流感外环境标本,采用real-time RT-PCR方法,检测A通及禽流感H5、H7、H9亚型。结果共检测1 000份标本,总检出率为38.20%(382/1 000)。各年检出率无统计学差异(χ~2=3.023,P>0.05)。2015年H5检出率最高,2016-2018年H9检出率最高,H7仅在2017年检出。各监测场所检出率有统计学差异(χ~2=106.156,P<0.05),其中活禽市场检出率最高。各类型标本检出率有统计学差异(χ~2=86.141,P<0.05),其中清洗禽类的污水检出率最高。主城4区检出率51.36%(284/553)远高于非主城4区检出率21.92%(98/447),有统计学差异(χ~2=90.705,P<0.05)。结论昆明市外环境禽流感病毒优势亚型为H9,高致死率的H5、H7亚型的检出与本地确诊病例在时间分布上具有相关性。需要加强活禽市场的监管力度,尤其以主城4区为主,其中重点监管禽类宰杀、加工环节,重点监测H5、H7亚型。

关键词：禽流感病毒外环境监测

2014-2018年昆明市重症手足口病病原柯萨奇病毒A6型的流行与遗传变异特点

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中国病原生物学杂志 2021年第9期16卷 1056-1059,1063页

作者：刘艳艳向以斌李文龙简千棋马丽波刘如锦杨瑶朱心侯敏昆明市疾病预防控制中心云南昆明650228 云南省疾病预防控制中心

目的了解2014-2018年昆明市重症手足口病患者感染的柯萨奇病毒A6(Coxsackievirus A6,CV-A6)型流行情况及其全长VP1区基因特征。方法收集2014-2018年昆明市重症手足口病病例资料及标本1064份,采用Real Time RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检... 详细信息

目的了解2014-2018年昆明市重症手足口病患者感染的柯萨奇病毒A6(Coxsackievirus A6,CV-A6)型流行情况及其全长VP1区基因特征。方法收集2014-2018年昆明市重症手足口病病例资料及标本1064份,采用Real Time RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测,分析其流行特征。利用随机数表随机选取63例重症CV-A6阳性标本,对其进行完整VP1区基因序列测定,使用Mega6.0软件进行序列分析并构建系统进化树,并比较其核苷酸、氨基酸同源性及氨基酸变异情况。结果2014-2018年昆明市重症手足口病例中共检出肠道病毒阳性标本666份,其中CV-A6阳性195份。5年中重症手足口病例报告数呈下降趋势,但每年均有重症CV-A6病例报告,发病高峰期在4~7月,呈单峰模式,6月达最高峰。感染病例中男女性别比为2.55∶1,≤2岁儿童居多(73.33%),且重点集中在官渡和西山两区。63个CV-A6毒株均位于D3基因亚型D3a进化分支,与国内多地区CV-A6处于共循环状态。该分支分为3个进化小分支,D3a.1包含2014-2016年的所有毒株及少量2017年、2018年毒株;D3a.2包含绝大多数2017年及2018年毒株,D3a.3只有1株2014年昆明株。VP1区氨基酸在多个位点上与原型株存在特异突变,氨基酸变异已呈现年度间规律性。结论CV-A6是引起昆明市重症手足口病主要抗原之一,持续开展CV-A6分子流行病学检测,对昆明市手足口病的防控具有重要意义。

关键词：重症手足口病柯萨奇病毒A6型流行病学遗传特点

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2016年昆明市急性呼吸道感染人群病毒病原谱监测分析

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现代预防医学 2018年第5期45卷 896-899页

作者：简千棋侯敏马丽波刘艳艳刘如锦张烜榕李文龙昆明市疾病预防控制中心

目的了解昆明市急性呼吸道感染人群病毒病原谱分布情况,为防控工作提供科学依据。方法收集2016年1-12月昆明市急性呼吸道感染病例标本,采用real-time RT-PCR方法,检测流感及其他16种呼吸道病毒。结果共计1 098份标本,检出率为25.77%(283... 详细信息

目的了解昆明市急性呼吸道感染人群病毒病原谱分布情况,为防控工作提供科学依据。方法收集2016年1-12月昆明市急性呼吸道感染病例标本,采用real-time RT-PCR方法,检测流感及其他16种呼吸道病毒。结果共计1 098份标本,检出率为25.77%(283/1 098),流感病毒、腺病毒、鼻病毒检出率最高。冬春季流感病毒检出率最高,夏秋季其他呼吸道病毒保持较高检出率,各季节流感病毒检出率(=87.228)及其他呼吸道病毒检出率(=19.197)均有统计学差异(P0.05),无统计学差异。结论流感病毒是昆明市急性呼吸道感染的主要病原;其他呼吸道病毒,以腺病毒、鼻病毒为主。二者在流行季节和人群年龄上形成互补,提示我们同时重视防控流感和其他呼吸道病毒。

关键词：急性呼吸道感染流感病毒其他呼吸道病毒腺病毒AdV 鼻病毒hRV