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5种石斑鱼全基因组微卫星筛选与特征分析

渔业科学进展 2024年第3期45卷 149-158页

作者：王旭蕾高进齐鑫王永波陈傅晓刘金叶符书源海南省海洋与渔业科学院海南海口571126 海南热带海洋学院崖州湾创新研究院海南三亚572025 中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室山东青岛266003 海南省热带海水养殖工程技术研究中心海南海口571126

为了解赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)、斜带石斑鱼(E.coioides)、云纹石斑鱼(E.moara)、棕点石斑鱼(E.fuscoguttatus)和鞍带石斑鱼(E.lanceolatus)全基因组中微卫星的分布特征,本研究使用Micro-Satellite(MISA)软件对公共数据库中获取的5种石斑鱼全基因组序列进行微卫星筛选,分析了微卫星重复类型、重复拷贝类别及核心拷贝数的分布特征。结果显示,在5种石斑鱼全基因组中,均筛选出超过28万个微卫星位点,相对丰度介于271~296个/Mb之间,平均长度在22bp左右,微卫星数量在全基因组中的占比为0.59%~0.67%,其重复类型数量、占比和相对丰度的分布趋势一致,二碱基重复最多,其次为单碱基,且随着重复单元碱基数目的增加而减少。重复拷贝类别A、AC、AAT、AAG、AGC、AATC、AAAT、AGAT、AATG、AGAGG、AAAAT、AAGAT、ACAGAG、AAANNN和AANNNN(N为除A外其他3种碱基)为优势类别。不同重复类型微卫星的拷贝数变化范围较大,但每种重复类型的拷贝数变化趋势一致,即随着拷贝数增加,微卫星数目随之递减,拷贝数为6和12时微卫星数目出现峰值。其中,各个重复类型中均有拷贝数量尤为突出的位点:鞍带石斑鱼中T、TA和AGACAG分别拷贝502、803和48次,云纹石斑鱼中GAG、CACT和CCACA分别拷贝205、652和111次。5种石斑鱼全基因组微卫星分布特征基本一致,鞍带石斑鱼和云纹石斑鱼中存在与其他3种石斑鱼显著差异的重复拷贝位点。本研究可为5种石斑鱼高质量微卫星分子标记开发提供数据参考,并为其基因组进化、遗传变异、亲缘关系和新品种选育等方面的工作奠定基础。

关键词：石斑鱼全基因组微卫星分布特征

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多纹钱蝶鱼肌肉主要营养成分分析及评价

水产科学 2024年第2期43卷 289-296页

作者：高进韩丽娜王永波陈傅晓刘金叶朱海符书源海南省海洋与渔业科学院海南海口571126 海南热带海洋学院崖州湾创新研究院海南三亚572025 海南省热带海水养殖工程技术研究中心海南海口571126 海南省热带海水养殖技术重点实验室海南海口571126

为探明多纹钱蝶鱼的肌肉营养成分特征,选取海水养殖条件下规格一致的多纹钱蝶鱼[体质量(481.5±78.3)g]15尾,取其背部和腹部肌肉各10 g进行组织混样,测定肌肉组织样品的一般营养成分、氨基酸、脂肪酸和部分矿物质元素含量,并对多纹钱蝶... 详细信息

为探明多纹钱蝶鱼的肌肉营养成分特征,选取海水养殖条件下规格一致的多纹钱蝶鱼[体质量(481.5±78.3)g]15尾,取其背部和腹部肌肉各10 g进行组织混样,测定肌肉组织样品的一般营养成分、氨基酸、脂肪酸和部分矿物质元素含量,并对多纹钱蝶鱼肌肉主要营养成分进行分析与评价。结果显示:多纹钱蝶鱼肌肉中水分、粗蛋白、粗脂肪和粗灰分的含量分别为(67.50±0.20)%、(18.60±0.33)%、(12.20±0.08)%和(1.40±0.12)%;肌肉组织中共检测出17种氨基酸,占干样组织总含量的57.01%,其中人体必需氨基酸占比22.55%;多纹钱蝶鱼第一限制性氨基酸为缬氨酸,第二限制性氨基酸为蛋氨酸+胱氨酸;检测到的24种脂肪酸中饱和脂肪酸8种(41.43%)、单不饱和脂肪酸7种(36.29%)、多不饱和脂肪酸9种(22.28%);8种矿物质中常量元素钾和微量元素锌含量分别为3830.00 mg/kg和6.80 mg/kg。试验结果表明,多纹钱蝶鱼的必需氨基酸组成合理均衡,脂肪酸丰富,矿物质含量高,有较高的营养价值。试验结果可为多纹钱蝶鱼的养殖推广和多元化加工利用提供营养学理论基础。

关键词：多纹钱蝶鱼肌肉营养成分氨基酸脂肪酸

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豹纹鳃棘鲈差异流速下肝脏转录组分析

南方水产科学 2022年第1期18卷 107-117页

作者：高进王永波刘金叶郭一兰符书源海南热带海洋学院/热带海洋生物资源利用与保护教育部重点实验室海南三亚572022 海南省海洋与渔业科学院海南海口571126 海南省热带海水养殖工程技术研究中心海南海口571126

水流速度是影响鱼类生长的重要环境因子之一。为探究豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)在不同流速条件下相关基因的功能和表达情况,利用RNA-Seq技术对差异流速下的豹纹鳃棘鲈肝脏组织进行了转录组分析。挑选相同繁育批次中规格一致的... 详细信息

水流速度是影响鱼类生长的重要环境因子之一。为探究豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)在不同流速条件下相关基因的功能和表达情况,利用RNA-Seq技术对差异流速下的豹纹鳃棘鲈肝脏组织进行了转录组分析。挑选相同繁育批次中规格一致的豹纹鳃棘鲈幼苗,分别在正常流速(0.1 m·s^(-1), Low flow velocity, LFV)和高流速(0.4 m·s^(-1), High flow velocity, HFV)实验组中养殖150 d后进行肝脏转录组测序分析,探究豹纹鳃棘鲈在差异流速下个体间的基因表达模式差异。结果显示,经筛选后共获得1 977个LFV-HFV显著性差异表达基因(Differentially expressed genes, DGE),其中上调基因999个,下调基因978个。GO功能注释分类发现,共有1 124个DEGs被GO数据库注释到并归属为56个功能类别。KEGG富集分析结果显示,573个DEGs参与了154条KEGG通路,其中富集最显著的为PPAR信号通路。LFV和HFV两组鱼的肝脏组织学观察结果显示,两者之间脂肪含量差异明显,LFV组肝脏中的脂肪含量显著高于HFV组(P<0.05)。通过转录组分析,筛选了大量豹纹鳃棘鲈差异流速下的DGEs,为深入探讨豹纹鳃棘鲈对流速变化适应性的分子调控机制提供了技术支撑。

关键词：豹纹鳃棘鲈差异流速转录组分析

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点斑蓝子鱼高位池塘养殖试验

科学养鱼 2009年第5期31卷 26-27页

作者：陈傅晓曾令明符书源海南省水产研究所 570206

蓝子鱼属鲈形目，刺尾鱼亚目，蓝子鱼科，蓝子鱼属，俗称象耳、臭肚鱼、猫花、秋畏、娘哀、刺排等，系沿海常见的暖水性近海小型鱼类。近年来，随着资源量的过度开发，目前已出现日益衰竭的现象，特别是点斑蓝子鱼更为突出。为了保持该... 详细信息

蓝子鱼属鲈形目，刺尾鱼亚目，蓝子鱼科，蓝子鱼属，俗称象耳、臭肚鱼、猫花、秋畏、娘哀、刺排等，系沿海常见的暖水性近海小型鱼类。近年来，随着资源量的过度开发，目前已出现日益衰竭的现象，特别是点斑蓝子鱼更为突出。为了保持该品种的资源量，满足市场的需求，探索蓝子鱼的商品化养殖则显得尤为迫切。本试验经过6个多月的实施，已取得了一些成果。现将试验情况总结如下：

关键词：蓝子鱼试验池塘高位小型鱼类过度开发资源量鲈形目

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豹纹鳃棘鲈高位池人工育苗试验

科学养鱼 2009年第12期31卷 26-27页

作者：符书源王永波郑飞海南省水产研究所科研基地 571429

豹纹鳃棘鲈（Plectropomus leopardus Lace pe de）俗称东星斑、红条、七星斑，隶属鲈形目、鲐科、鳃棘鲈属，身体及头部呈橄榄色至红褐色，头、身体及鳍布满细小的蓝点，胸鳍红色，尾鳍后缘部分有不明显深色带。豹纹鳃棘鲈属暖水性岛... 详细信息

豹纹鳃棘鲈（Plectropomus leopardus Lace pe de）俗称东星斑、红条、七星斑，隶属鲈形目、鲐科、鳃棘鲈属，身体及头部呈橄榄色至红褐色，头、身体及鳍布满细小的蓝点，胸鳍红色，尾鳍后缘部分有不明显深色带。豹纹鳃棘鲈属暖水性岛礁鱼类，主要分布于西太平洋至印度洋海区，北自日本南部，南到澳洲，

关键词：鲈形目人工育苗试验高位池鳃豹西太平洋橄榄色印度洋

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海南省方斑东风螺养殖业的发展及其前景展望

科学养鱼 2011年第12期33卷 39-40页

作者：董杨符书源王国福海南海研热带海水鱼类良种场 571429 海南省水产研究所

一、方斑东风螺的生物学特性及其养殖特点1．生物学特性方斑东风螺[Babyloniaaroolata（Lamarck）]俗称花螺、香螺，分布于我国东南沿海、台湾海峡、北部湾和东南亚国家的沿海地区。方斑东风螺的栖息底质以沙质为主。方斑东风螺具有昼... 详细信息

一、方斑东风螺的生物学特性及其养殖特点1．生物学特性方斑东风螺[Babyloniaaroolata（Lamarck）]俗称花螺、香螺，分布于我国东南沿海、台湾海峡、北部湾和东南亚国家的沿海地区。方斑东风螺的栖息底质以沙质为主。方斑东风螺具有昼伏夜出特性，白天潜伏在泥沙中仅露出水管，夜间从沙中爬出四处觅食。生活史分为浮游和变态附着两个阶段，

关键词：方斑东风螺养殖业海南省生物学特性展望东方东南亚国家养殖特点

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海南椰林湾工厂化养殖豹纹鳃棘鲈的病害及其防控

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水产科技情报 2014年第3期41卷 149-151页

作者：王永波刘金叶郑飞符书源刘天密海南省海洋与渔业科学院海口570203

为了解海南琼海椰林湾地区豹纹鳃棘鲈在工厂化养殖期间的病害情况,于2011~2012年进行了调查。结果：豹纹鳃棘鲈工厂化养殖期间的寄生虫病主要由纤毛类原生动物,如淀粉卵鞭虫、刺激隐核虫、车轮虫等病原引起,偶尔会寄生鱼蛭、本尼登虫等... 详细信息

为了解海南琼海椰林湾地区豹纹鳃棘鲈在工厂化养殖期间的病害情况,于2011~2012年进行了调查。结果：豹纹鳃棘鲈工厂化养殖期间的寄生虫病主要由纤毛类原生动物,如淀粉卵鞭虫、刺激隐核虫、车轮虫等病原引起,偶尔会寄生鱼蛭、本尼登虫等大型寄生虫,纤毛类原生动物寄生虫病一般在每年的4、5、6和9、10、11月份发病率较高,而其它类寄生虫病发病率较低;由弧菌引起的烂身病主要在每年的12、1、2月份水温低于23℃时暴发,养殖用水未经紫外线消毒时,发病率可高达30%以上,而养殖用水经紫外线消毒后,发病率低于5%。针对上述发病规律,定期对鱼和水体进行药物预防,可起到很好的防控效果。

关键词：海南椰林湾豹纹鳃棘鲈工厂化养殖病害防控

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鞍带石斑鱼鱼种培育技术

科学养鱼 2010年第8期32卷 35-36页

作者：杨明秋符书源郑飞王永波海南省水产研究所

鞍带石斑鱼,俗名龙胆,又叫宽额鲈,隶属鲈形目,＊科,石斑鱼属,为暖水性珊瑚礁鱼类。它是石斑鱼家族中体型最大的种类之一,有斑王之称,主要分布在东南亚、澳洲海域和我国的南海、台湾附近海域。

关键词：鞍带石斑鱼鱼种培育技术鲈形目近海域珊瑚礁东南亚龙胆俗名

海南近海野生鞍带石斑鱼群体遗传多样性的RAPD分析

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海洋通报 2008年第3期27卷 25-31页

作者：符书源尹绍武陈国华乔淑军许丽丽海南大学海洋学院海南省热带生物技术重点实验室热带生物资源教育部重点实验室海南海南海口570228

采用RAPD技术分析海南近海野生鞍带石斑鱼群体的遗传多样性,从48个随机引物中筛选出20个引物对鞍带石斑鱼的DNA进行扩增,结果共检测出131个位点,其多态位点比例(P)为48.09%;利用RAPDdistance1.04软件获得海南野生鞍带石斑鱼群体21个个... 详细信息

采用RAPD技术分析海南近海野生鞍带石斑鱼群体的遗传多样性,从48个随机引物中筛选出20个引物对鞍带石斑鱼的DNA进行扩增,结果共检测出131个位点,其多态位点比例(P)为48.09%;利用RAPDdistance1.04软件获得海南野生鞍带石斑鱼群体21个个体间的遗传距离矩阵,依此计算出个体间平均遗传距离(D)为0.2650,个体间平均遗传相似系数(S)为0.7350;利用POPGENE1.3软件计算出Shannon遗传多样性指数(H0)为0.2266;与其他种类的石斑鱼群体的RAPD分析结果比较可知,海南近海野生鞍带石斑鱼群体仍保持着较丰富的遗传多样性。因此在海南发展鞍带石斑鱼的养殖业,可以选择海南近海的野生鞍带石斑鱼作为亲本进行人工繁殖,但应采取一些有效的保护措施,以避免遗传多样性的丧失。

关键词：鞍带石斑鱼遗传多样性 RAPD(随机扩增多态性DNA)