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整合ATAC-seq和RNA-seq分析确定矽肺发病的关键转录因子

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整合ATAC-seq和RNA-seq分析确定矽肺发病的关键转录因子

LXRα及其上下游分子在实验性矽肺模型中的作用与机制

中国毒理学会第十次全国毒理学大会

作者：祁远梦姚武郑州大学公共卫生学院

目的矽肺的发病过程涉及转录水平相关的许多基因表达的改变,这是由染色质可及性决定的。因此,本研究通过染色质开放性测序技术(Assay for Targeting Accessible-Chromatin using high-throughput sequencing,ATAC-seq)和转录组高通量测...

目的矽肺的发病过程涉及转录水平相关的许多基因表达的改变,这是由染色质可及性决定的。因此,本研究通过染色质开放性测序技术(Assay for Targeting Accessible-Chromatin using high-throughput sequencing,ATAC-seq)和转录组高通量测序技术(RNA-sequencing,RNA-seq)的联合分析以确定矽肺发病中基因调控网络的核心转录因子及其驱动因素。方法采用ATAC-seq测序技术研究矽肺小鼠肺组织中染色质可及性变化,耦合RNA测序分析染色质可及性与基因表达的关系。基因本体论(GO)分析用于阐明矽肺小鼠的生物学过程以及信号通路的改变。利用String及Cytoscape构建蛋白-蛋白相互作用网络并筛选出关键基因及预测关键转录因子,建立完整和受损肺组织中的关键转录因子调控网络。结果我们在矽肺小鼠的肺组织中发现了染色质易接近性增强的差异表达峰有287个,染色质易接近性减弱的差异表达峰有907个。通过KEGG对差异表达峰邻近基因进行通路富集分析,分别取显著富集的前20个条目,其中共有9条直接或间接与纤维化疾病相关,包括PI3K-AKT、MAPK、Hippo、TNF以及IL-17等信号通路。在矽肺小鼠肺组织中,1079个基因被上调,248个基因被下调。有趣的是,ATAC-seq耦合RNA-seq分析发现,ATAC-seq减弱区域中差异上调的相关基因为20个,差异下调的相关基因有16个。随后,进一步分析了所有Overlap基因涉及的信号通路以及基因功能,发现上调的差异基因主要涉及胶原三聚物、细胞外基质和细胞外空间等信号通路,下调的差异基因主要涉及黏蛋白型o-聚糖生物合成、GnRh分泌、以及P53信号通路等。利用String、Cytoscape筛选出排名靠前的10个hub转录因子,包括MyoD、NeuroD1、Ap4、Tcf21、Atoh1、Tcf12、Fra1、Fra2、Atf3以及JunB,这些转录因子可能在矽肺发生的过程中发挥重要作用。结论我们的研究表明,染色质可及性的改变可能是矽肺发病的初始机制

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来源： cnki会议评论

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LXRα及其上下游分子在实验性矽肺模型中的作用与机制

作者：祁远梦郑州大学

学位级别：硕士

目的矽肺是由于长期吸入游离Si O含量过高的粉尘所引起的以肺组织纤维化为主的疾病,已知肌成纤维细胞是导致肺组织广泛性纤维化的主要终端效应细胞。有多项研究表明,转录因子(Transcription factors,TFs)处于不同的激活或抑制状态时,成... 详细信息

目的矽肺是由于长期吸入游离Si O含量过高的粉尘所引起的以肺组织纤维化为主的疾病,已知肌成纤维细胞是导致肺组织广泛性纤维化的主要终端效应细胞。有多项研究表明,转录因子(Transcription factors,TFs)处于不同的激活或抑制状态时,成纤维细胞与肌成纤维细胞之间可出现明显的表型转换。本课题组前期已通过高通量转录组测序技术筛选出7个与矽肺密切相关的核心TFs,分别为EGR2、BHLHE40、TBX2、LXRα、NR2F1、PPARγ、EPAS1,其中肝X受体(liver X receptor Alpha,LXRα)在矽肺模型中处于低表达水平。作为一种配体激活的转录因子,LXRα可参与调控肿瘤以及纤维化等疾病的形成,然而,其在矽肺发生发展过程中的调控作用与机制当前未见详细报道。因此,本课题组拟通过构建实验性小鼠矽肺模型以及二氧化硅诱导成纤维细胞转分化的体外模型,探索LXRα及其上下游分子在矽肺中所起作用,以期为监测以及干预矽肺提供一定的理论依据和方法。方法1.矽肺模型中LXRα上游以及下游相关分子的表达情况1.1小鼠矽肺模型的构建与鉴定100只雄性C57BL6/N品系小鼠随机分成不同时间点(包括1天、3天、7天、14天、28天、42天和56天)的实验组及相对应的生理盐水对照组,通过非暴露式气管滴注法滴注50μL Si O粉尘悬浊液(50 mg/m L)或等体积生理盐水的方法建立小鼠矽肺模型。取染尘后第1天、7天、28天及56天的小鼠肺组织,采用HE和Masson染色观察其病变情况。1.2矽肺模型肺组织中LXRα上游和下游基因表达量的观察取染尘后第1天、3天、7天、14天、28天、42天及56天的小鼠肺组织,经RT-q PCR检测处理前后LXRα表达水平的变化趋势。基于LXRα水平的变化趋势,选取适宜染尘时间点观察其上游分子PPARγ以及下游分子ABCA1、PLTP、SREBF1和BHLHE40表达水平的变化情况。*** O诱导体外转分化模型中PPARγ、LXRα的干预效果实验观察2.1 Si O诱导成纤维细胞体外转分化模型的构建与观察小鼠肺成纤维细胞(NIH/3T3细胞)和小鼠巨噬细胞(RAW264.7细胞)常规培养。Si O粉尘(100μg/ml)刺激巨噬细胞并收集其上清,与肺成纤维细胞构建共培养模型,随后检测染尘前后转分化相关指标表达量的变化情况。2.2 Si O诱导体外转分化模型中PPARγ的干预效果实验观察PPARγ激动剂(RSG)加入Si O诱导的细胞模型中,Western Blot检测肺成纤维细胞转分化前后PPARγ、LXRα及其下游相关分子以及转分化指标COL1A1和FN1表达水平的变化。2.3 Si O诱导体外转分化模型中LXRα的干预效果实验观察过表达或沉默LXRα的表达量后,采用RT-q PCR和Western Blot检测Si O刺激前后COL1A1和α-SMA的表达情况,同时检测LXRα及其下游分子ABCA1、SREBF1以及PLTP在体外干预后的表达水平变化情况。3.统计学分析使用SPSS 27.0进行实验数据处理。当数据符合正态分布时,使用均数±标准差(±s)表示其结果,Student’s t检验进行两组独立样本间的均数比较,单因素方差分析检测多组间均数差异比较,检验水准α=0.05。结果1.矽肺小鼠模型中LXRα上游及其下游基因水平观察1.1 Si O诱导的小鼠矽肺模型的鉴定对处理后第1天、3天、7天、28天及56天的小鼠肺组织病理切片进行HE、Masson染色,结果显示染尘后,从第1天到第56天小鼠肺组织炎性浸润程度和胶原累积量逐渐加重。RT-q PCR检测染尘处理后第42天和第56天,小鼠肺组织中α-SMA的表达水平明显增高(P<0.05),COL1A1的表达水平从处理后第28天即已出现显著上升(P<0.05),且其变化趋势一直持续到第56天。1.2 LXRα上游及下游基因在小鼠矽肺模型肺组织中的表达水平取染尘后不同时间点(包括1天、3天、7天、14天、28天、42天和56天)的小鼠肺组织,随后使用RT-q PCR技术检测不同时间点其LXRα表达水平,结果显示染尘后第14～56天期间其下调趋势较为稳定(P<0.05)。因此,选取了染尘后第28～56天肺组织进行LXRα相关基因的检测,RT-q PCR检测结果显示,PPARγ表达水平在第28天、42天和56天皆出现明显下调的趋势(P<0.05);BHLHE40在染尘后第42天以及56天时表达量明显增加(P<0.05);ABCA1在染尘后第42天和56天时出现下降(P<0.05);SREBF1在染尘后第42天以及56天时明显下调(P<0.05);PLTP直到染尘后第56天后才出现明显下调(P<0.05)。2.体外转分化模型中LXRα上游

关键词：矽肺肺成纤维细胞转分化 LXRα 上下游分子

A549细胞上皮-间质转分化中差异表达基因的生物信息学分析

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环境与职业医学 2021年第3期38卷 245-253页

作者：杨果李超姚武夏佳蕊祁远梦郝长付郑州大学公共卫生学院尘肺病教研室河南郑州450000

[背景]在肺纤维化中,上皮-间质转分化(EMT)具有重要的作用。肺泡上皮细胞的EMT是肌成纤维细胞的一个重要来源。而随着高通量测序技术的发展,利用生物信息学的分析筛选EMT过程中的关键基因(Hub基因)引起了学者们的关注。[目的]分析人肺... 详细信息

[背景]在肺纤维化中,上皮-间质转分化(EMT)具有重要的作用。肺泡上皮细胞的EMT是肌成纤维细胞的一个重要来源。而随着高通量测序技术的发展,利用生物信息学的分析筛选EMT过程中的关键基因(Hub基因)引起了学者们的关注。[目的]分析人肺泡Ⅱ型上皮细胞(A549细胞)相关EMT过程中的差异表达基因,以此筛选肺纤维化相关EMT过程中的Hub基因以及相关的关键信号通路,以期为肺纤维化相关的EMT研究提供新的思路。[方法]从美国国立信息中心的基因表达综合数据库下载芯片数据集GSE17708,运用R语言中的limma包进行差异表达基因的分析。采用DAVID 6.8对差异表达基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,并运用相互作用基因库检索工具数据库和Cytoscape软件绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用Cytoscape软件中的CytoHubba插件筛选Hub基因,最后通过实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)技术对A549细胞相关EMT过程中的Hub基因进行验证。[结果]基于高通量测序芯片的筛选,55个差异表达的基因主要参与的生物学途径包括胶原蛋白分解代谢的过程、细胞迁移正调控、生长负调节、内皮细胞凋亡过程的负调控以及细胞外基质组织;细胞组分的富集结果显示55个差异表达基因集中在胞外区和细胞外间隙;分子功能的富集显示差异表达基因主要具有细胞外基质结构组成、肝素结合、磷脂酰丝氨酸绑定、酶抑制剂的活动、纤连蛋白结合等功能。KEGG结果表明,差异表达基因可能参与细胞外基质受体相互作用、阿米巴类感染、黏着斑的形成、PI3K-Akt信号通路、矿物质吸收、血小板激活、补体及凝血级联反应、小细胞肺癌等信号通路。随后,通过最大团性中心方法筛选出得分最高的前8个基因(THBS1、COL4A1、COL5A1、COL4A2、FGG、SERPINE1、LAMC2、IGFBP5)作为EMT相关的Hub基因,qRT-PCR结果显示IGFBP5在A549细胞中的表达丰度较低,并且与对照组相比,TGF-β刺激A549细胞24 h和72 h的差异并不明显。除FGG在TGF-β刺激A549细胞24 h的时候表达情况与筛选结果不一致外,其他6个Hub基因表达情况与筛选结果一致。[结论]筛选出了7个与肺泡上皮细胞间质转分化相关的Hub基因,其中FGG表达下调,其他基因表达上调。

关键词： A549细胞上皮-间质转分化差异表达基因生物信息学肺纤维化

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企业财务管理数字化建设研究

营销界 2024年第4期 20-22页

作者：祁梦真西安财经大学行知学院

随着现代技术的进步和广泛应用，以信息技术、网络技术为内核的数字化时代到来了，各行各业也开启了新的发展篇章。数字化技术的应用，能有效提高企业的管理效率、运营效率。鉴于数字化技术在企业发展中的重要作用，本文在分析财务管理...

随着现代技术的进步和广泛应用，以信息技术、网络技术为内核的数字化时代到来了，各行各业也开启了新的发展篇章。数字化技术的应用，能有效提高企业的管理效率、运营效率。鉴于数字化技术在企业发展中的重要作用，本文在分析财务管理数字化对企业发展的促进作用的基础上，重点探究了企业以财务管理数字化实现高质量发展的举措，以期为企业的财务管理工作提供参考。

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数字化背景下企业财务风险识别与应对研究

中国农业会计 2024年第10期34卷 18-20页

作者：祁梦真西安财经大学行知学院

在大数据时代,企业面临着越来越复杂和多样化的财务风险,因而基于数字化背景的企业财务风险识别与预测研究成为社会关注的焦点。本文首先阐明企业财务风险管控的原则,然后分析企业财务分析识别指标的构成要素,最后提出数字化背景下企业... 详细信息

在大数据时代,企业面临着越来越复杂和多样化的财务风险,因而基于数字化背景的企业财务风险识别与预测研究成为社会关注的焦点。本文首先阐明企业财务风险管控的原则,然后分析企业财务分析识别指标的构成要素,最后提出数字化背景下企业财务风险识别与应对策略,如整合非财务数据、利用外部数据源、分析和预测时间序列,以期帮助企业全面洞察和预测财务风险,有效应对挑战,实现稳健发展。

关键词：数字化背景企业财务风险识别应对

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紫鹊界梯田失稳机制

吉林大学学报（地球科学版） 2024年第2期54卷 581-591页

作者：欧阳琦陈欣危润初伍诗梦朱志远长沙理工大学水利与环境工程学院长沙410004 长沙理工大学水沙科学与水灾害防治湖南省重点实验室长沙410004 长沙理工大学洞庭湖水环境治理与生态修复湖南省重点实验室长沙410004 湖南衡阳水文水资源勘测中心湖南衡阳421001 湖南娄底水文水资源勘测中心湖南娄底417000

为厘清降雨入渗作用对花岗岩区梯田边坡稳定性的影响,本文以湖南省紫鹊界梯田为例,在分析紫鹊界梯田地质条件的基础上,基于有限元数值模拟软件Geostudio多模块的耦合,分析了不同边坡坡度和不同土层厚度在暴雨条件下的渗流场和稳定性。... 详细信息

为厘清降雨入渗作用对花岗岩区梯田边坡稳定性的影响,本文以湖南省紫鹊界梯田为例,在分析紫鹊界梯田地质条件的基础上,基于有限元数值模拟软件Geostudio多模块的耦合,分析了不同边坡坡度和不同土层厚度在暴雨条件下的渗流场和稳定性。研究结果表明:在降雨强度为90 mm/d、降雨历时为5 d的工况下,坡度为35°和40°的边坡处于失稳状态,稳定性系数与边坡坡度负相关;全风化土层越厚的边坡稳定性系数越低;在降雨历时5 d后,不同土层工况下的稳定性系数相差不大,但无降雨时,全风化土层越薄的边坡明显更加稳定。

关键词：紫鹊界梯田花岗岩降雨入渗边坡稳定性坡度土层厚度

社交媒体中的辟谣信息分享意愿——基于媒介可供性视角的影响因素探究

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视听 2024年第4期 133-137页

作者：祁梦莹谈欣浙江传媒学院文化创意与管理学院

社交媒体平台在技术的发展和进步下,成为重要的辟谣信息传播平台。从技术解释视角探究媒介可供性对用户辟谣信息分享意愿的内在作用机理,探究媒介平台提供的可供性对辟谣效果的促进作用,从而能够在辟谣过程中更好地应用相应的技术手段,... 详细信息

社交媒体平台在技术的发展和进步下,成为重要的辟谣信息传播平台。从技术解释视角探究媒介可供性对用户辟谣信息分享意愿的内在作用机理,探究媒介平台提供的可供性对辟谣效果的促进作用,从而能够在辟谣过程中更好地应用相应的技术手段,达到更好的效果。以媒介可供性和S-O-R模式为理论基础,构建社交媒体用户辟谣信息分享意愿的模型。通过问卷调查,收集到508份有效问卷,结构方程模型的检验结果显示:媒介灵活性、用户能动性、情感表达力、社交联结力、全天化推送五个具体维度下社交媒体平台对用户辟谣信息感知和对辟谣信息分享意愿均存在显著的正向影响。

关键词：社交媒体媒介可供性辟谣信息分享意愿 SOR模型

工作部署:北京:建设贯彻落实习近平文化思想的首善之区不断开创新时代首都宣传思想文化工作新局面

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精神文明导刊 2024年第2期 13-14页

作者：祁梦竹范俊生不详

昨天,全市宣传思想文化工作会议召开。市委书记尹力强调,要坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导,深入学习贯彻习近平文化思想,进一步增强做好首都宣传思想文化工作的责任感使命感,建设贯彻落实习近平文化思想的首善之区,不断... 详细信息

昨天,全市宣传思想文化工作会议召开。市委书记尹力强调,要坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导,深入学习贯彻习近平文化思想,进一步增强做好首都宣传思想文化工作的责任感使命感,建设贯彻落实习近平文化思想的首善之区,不断开创新时代首都宣传思想文化工作新局面,为率先基本实现社会主义现代化提供坚强思想保证、强大精神力量和有利文化条件。

关键词：习近平新时代中国特色社会主义思想宣传思想文化工作首善之区习近平文化思想创新时代精神力量贯彻落实首都

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计算机教学培养学生创新能力的策略探讨

中文科技期刊数据库（引文版）教育科学 2024年第7期 0017-0020页

作者：白梦远郑州理工职业学院河南郑州450000

从体系构建的角度来看社会经济结构,其未来发展与计算机技术存在极为紧密的关联。从高校育人的角度来看创新人才培养,其教学重点可以围绕计算机课堂开展创新能力方面的培养活动。因此,计算机教学要跳脱出原有的人才教育模式,从方法、内... 详细信息

从体系构建的角度来看社会经济结构,其未来发展与计算机技术存在极为紧密的关联。从高校育人的角度来看创新人才培养,其教学重点可以围绕计算机课堂开展创新能力方面的培养活动。因此,计算机教学要跳脱出原有的人才教育模式,从方法、内容等多个教学层面进行调整,不断优化实践教学的占比,只有这样才能从思维模式上赋予学生更多的创新空间,同时为培养其创新能力奠定基础。本文由此对计算机教学展开分析,希望能够探索出一条践行人才创新能力培育的有效路径。

关键词：高校教学计算机课程创新能力培养塑造