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白术与苍术及其混伪品DNA条形码鉴定研究

中国中药杂志 2014年第12期39卷 2194-2198页

作者：余亚东石林春马晓冲孙伟叶萌向丽四川农业大学林学院四川雅安625014 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193 中国中医科学院中药研究所北京100700

药材白术与苍术为苍术属植物,为常用健脾之要药,但二者功效不完全相同,古代对二者未进行区分,现代用药也容易将其混用,为了确保用药安全,该文采用ITS2序列对药材白术与苍术及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究。白术与苍术的3个基原物种(... 详细信息

药材白术与苍术为苍术属植物,为常用健脾之要药,但二者功效不完全相同,古代对二者未进行区分,现代用药也容易将其混用,为了确保用药安全,该文采用ITS2序列对药材白术与苍术及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究。白术与苍术的3个基原物种(苍术、关苍术和朝鲜苍术)ITS2序列均为229 bp。13条白术的序列仅在98 bp处有C-G变异,平均GC含量为69.42%;4条苍术序列无变异位点;关苍术与朝鲜苍术的种内最大K2P距离均为0.013。白术、苍术、关苍术和朝鲜苍术种内最大K2P距离均小于与混伪品的种间最小K2P距离。邻接(NJ)法构建的系统聚类树,白术、朝鲜苍术序列能各自聚为一支,关苍术与苍术聚为一支,但都能与混伪品明显分开。ITS2序列在药材白术与苍术及其混伪品的鉴定方面具有很好的鉴别效果。

关键词：白术苍术混伪品 DNA条形码

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中药材蜈蚣及其混伪品DNA条形码鉴别研究

中国中药杂志 2014年第12期39卷 2208-2211页

作者：张红印陈俊贾静刘冬石林春张辉宋经元姚辉中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193 长春中医药大学吉林长春130117 福建农林大学福建福州350002

利用DNA条形码技术对蜈蚣药材进行鉴别,为蜈蚣药材鉴定提供新的方法。该研究以COI条形码序列为基础,对蜈蚣实验样品进行DNA提取,PCR扩增和双向测序,用MEGA6.0软件对所有5个物种的50份样品进行序列比对和邻接(NJ)树构建。结果显示实验样... 详细信息

利用DNA条形码技术对蜈蚣药材进行鉴别,为蜈蚣药材鉴定提供新的方法。该研究以COI条形码序列为基础,对蜈蚣实验样品进行DNA提取,PCR扩增和双向测序,用MEGA6.0软件对所有5个物种的50份样品进行序列比对和邻接(NJ)树构建。结果显示实验样品均可以获得COI序列,蜈蚣药材与其混伪品COI序列种间平均K2P距离为0.222,种间最小K2P距离为0.190,基于COI序列构建的邻接(NJ)树中少棘巨蜈蚣单独聚在一枝,与其混伪品可以相互区分。因此基于COI条形码序列可以准确鉴定蜈蚣及其混伪品。

关键词：蜈蚣 DNA条形码 COI 鉴定

基于COI序列的水牛角及其易混伪品DNA条形码鉴定研究

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药学学报 2017年第3期52卷 494-499页

作者：刘旭朝周丽思刘金欣贾静宋经元石林春中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所中草药物质基础与资源利用教育部重点实验室北京100193 山东中医药大学药学院山东济南250355 承德医学院河北省中药研究与开发重点实验室河北承德067000

水牛角作为犀角的代用品是急症用药安宫牛黄丸的主要成份,近年来常有混伪品流入市场,急需建立有效鉴定方法。本研究共收集155份原动物及市售水牛角样品,通过优化DNA提取方法,PCR扩增、双向测序、序列拼接获得153条COI序列。93份原动物CO... 详细信息

水牛角作为犀角的代用品是急症用药安宫牛黄丸的主要成份,近年来常有混伪品流入市场,急需建立有效鉴定方法。本研究共收集155份原动物及市售水牛角样品,通过优化DNA提取方法,PCR扩增、双向测序、序列拼接获得153条COI序列。93份原动物COI序列经条形码间隔法和建树法核验后纳入中药材DNA条形码动物药材数据库,利用中药材DNA条形码鉴定系统(***)对62份市售水牛角药材进行鉴定。除2份市售药材无法获得COI序列外,54.8%的市售药材为水牛角,29%的市售药材为牦牛角。本研究表明牦牛角为市售水牛角药材主要伪品来源,DNA条形码技术可用于区分水牛角及其易混伪品,应加强市场监管,以确保急症用药临床疗效。

关键词：水牛角 COI序列 DNA条形码鉴定混伪品

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姜科药用植物DNA条形码鉴定研究

姜科药用植物DNA条形码鉴定研究

作者：石林春西北农林科技大学

学位级别：硕士

DNA条形码技术是近几年生物多样性研究的热点,即运用短的、通用DNA片段对物种进行快速、准确鉴定的分子生物学方法。姜科是单子叶植物姜目中比较重要的一个泛热带分布科,全世界有52属,1300余种,主要分布在热带亚洲、非洲和美洲。我国姜... 详细信息

DNA条形码技术是近几年生物多样性研究的热点,即运用短的、通用DNA片段对物种进行快速、准确鉴定的分子生物学方法。姜科是单子叶植物姜目中比较重要的一个泛热带分布科,全世界有52属,1300余种,主要分布在热带亚洲、非洲和美洲。我国姜科植物有21属,216种,有许多是重要的药用、观赏和香料植物,产西南部至东南部各省区,以广东、广西、云南的种类最为丰富。姜科的系统分类、起源和进化一直存在争议,形态鉴定比较困难。本文以姜科26属,314种为材料,运用多种分析方法筛选适合该科植物鉴定的DNA条形码序列,探索姜科药用植物鉴定的新方法: 1、对姜科26属,314种植物的8个候选序列（3个编码序列:rbcL、matK、rpoB;5个非编码序列trnH-psbA、psbK-psbI、atpB-rbcL、ITS、ITS2）进行PCR扩增、测序,用Clustal X软件进行序列比对,比对结果用MEGA 4.1计算变异位点、信息位点和K-2P遗传距离。 2、运用计算机编程计算表征种间、种内变异的六个参数,即:“All inter-specific distance”、“Theta primer”、“The minmum inter-specific distance”、“All intra-specific distance”、“Theta”、“Coalesent depth”,使用Spss 16.0软件进行Wilcoxon秩和检验,通过六个参数的结果和Wilcoxon秩和检验结果比较不同序列的种间、种内变异关系。 3、使用Rudolf Meier设计的Taxon DNA软件,对不同序列的种间和种内变异分布进行统计分析,并构建种间、种内变异分布的柱状图,按照Merey CP的定义评估不同的序列是否存在种间和种内界限,即“Barcoding Gap”。 4、参照Howard A. Ross的研究结果,通过计算机编程分别运用Blast和Distance方法计算不同序列的物种鉴定成功率,检验这8个序列在姜科植物中物种水平的鉴定可靠性。结果表明:利用通用引物扩增获得的ITS、ITS2序列,片段长度分别为450 bp和700 bp左右,种间变异分别为0.1007和0.0776（K-2P distance）,种内变异分别为0.0050和0.0036,种间变异和种内变异之间存在较为明显的“Barcoding Gap”,运用Blast和Distance方法计算的物种鉴定成功率均为95%左右,因此,ITS、ITS2序列是比较理想的候选姜科药用植物鉴定条形码序列。运用390F/1326R引物扩增得到的matK序列,片段长度为890 bp左右,种间变异为0.0188,种内变异为0.0013,具有一定的“Barcoding Gap”,物种鉴定成功率大于75%,可以代替matK序列全长作为ITS2、ITS序列的补充序列用于姜科植物的DNA条形码鉴定。其余的5个序列,序列变异较小,“Barcoding Gap”不明显,鉴定可靠性也不高,因此不适合用于姜科植物的DNA条形码研究。

关键词：姜科 DNA条形码 ITS ITS2 鉴定可靠性

山茱萸药材及其混伪品的ITS/ITS2序列鉴定研究(英文)

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中国天然药物 2013年第2期11卷 121-127页

作者：侯典云宋经元姚辉韩建萍庞晓慧石林春王笑尘陈士林中国医学科学院药用植物研究所北京100193 河南科技大学农学院洛阳471003 南阳市山茱萸研究所南阳474550 中国中医科学院中药研究所北京100700

利用DNA条形码技术准确快速鉴定山茱萸药材及其混伪品。方法:提取山茱萸及其混伪品的基因组DNA,利用PCR技术扩增它们的ITS序列。所得序列经双向测序后用CodonCode Aligner V3.5.4软件进行拼接和质量评估,用MEGAV5.0计算种内、种间的遗... 详细信息

利用DNA条形码技术准确快速鉴定山茱萸药材及其混伪品。方法:提取山茱萸及其混伪品的基因组DNA,利用PCR技术扩增它们的ITS序列。所得序列经双向测序后用CodonCode Aligner V3.5.4软件进行拼接和质量评估,用MEGAV5.0计算种内、种间的遗传距离,构建NJ(邻接)树鉴定山茱萸药材及其混伪品。结果:山茱萸药材的ITS序列长度均为659bp,种内变异较小,平均K2P遗传距离为0.005,远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离0.357。不同来源的山茱萸药材ITS2序列无变异,长度均为250bp,其与混伪品的种间平均K2P遗传距离为0.571。ITS/ITS2序列的NJ系统聚类树和BLAST比对结果均可明显区分山茱萸药材及其混伪品,表现出良好的单系性。结论:ITS/ITS2序列可准确有效鉴定山茱萸药材,为临床安全用药奠定了基础,也为其它药材的分子鉴定提供了新的思路。

关键词：山茱萸 ITS ITS2 DNA条形码分子鉴定

基于ITS2条形码的中药材天南星及其混伪品DNA分子鉴定

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中国中药杂志 2014年第12期39卷 2176-2179页

作者：石林春陈俊向丽宋经元姚辉中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193 中国中医科学院中药研究所北京100700

该研究收集天南星及其混伪品7种,共58份样品,通过DNA提取和PCR扩增,经注释后获得其ITS2条形码,然后进行序列变异分析和NJ树聚类分析。结果表明天南星3种基原天南星、异叶天南星和东北天南星的种内K2P距离均小于其种间K2P距离,在NJ聚类... 详细信息

该研究收集天南星及其混伪品7种,共58份样品,通过DNA提取和PCR扩增,经注释后获得其ITS2条形码,然后进行序列变异分析和NJ树聚类分析。结果表明天南星3种基原天南星、异叶天南星和东北天南星的种内K2P距离均小于其种间K2P距离,在NJ聚类树上天南星3种基原分别聚为独立的支。天南星3种基原与天南星混伪品聚为不同的支。因此,ITS2作为DNA条形码可以鉴定天南星3种基原及其混伪品,DNA条形码技术可为天南星及其混伪品的鉴定提供新的方法。

关键词：天南星 ITS2 DNA条形码鉴定

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市售动物药材僵蚕的DNA条形码鉴定研究

药学学报 2016年第11期51卷 1784-1790页

作者：贾静石林春姚辉宋经元陈士林中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所中草药物质基础与资源利用教育部重点实验室北京100193 重庆市药物种植研究所重庆408435 中国中医科学院中药研究所北京100700

本研究基于DNA条形码技术对市售动物药材僵蚕进行分子鉴定研究,应用二维DNA条形码技术,建立跨平台信息交换的"互联网+"中药材物种鉴定体系。僵蚕药材同时包含动物家蚕和真菌白僵菌,采用植物基因组DNA提取试剂盒能成功扩增白僵菌ITS序列... 详细信息

本研究基于DNA条形码技术对市售动物药材僵蚕进行分子鉴定研究,应用二维DNA条形码技术,建立跨平台信息交换的"互联网+"中药材物种鉴定体系。僵蚕药材同时包含动物家蚕和真菌白僵菌,采用植物基因组DNA提取试剂盒能成功扩增白僵菌ITS序列,未能扩增家蚕COI序列,而动物基因组DNA提取试剂盒提取总DNA均能成功扩增COI序列和ITS序列,并且ITS序列扩增、测序结果与植物基因组DNA提取试剂盒相一致。COI序列经鉴定为家蚕Bombyx mori Linnaeus,ITS序列经鉴定主要来源为白僵菌Beauveria bassiana(Bals.)Vuillant,少数为杂菌。基于ITS序列所构建的NJ树结果显示,白僵菌及其他致病菌株均可明显区分,且市售僵蚕药材混伪品含杂菌致病菌株。研究表明利用动物基因组DNA提取试剂盒可一次性将家蚕和白僵菌的DNA同时提取出来,有效解决同时含有动物和真菌类药材的基原鉴定。基于COI序列和ITS序列的DNA条形码分子技术能稳定、准确鉴别动物药材僵蚕,"互联网+"二维DNA条形码体系能有效监管药材流通领域的各个环节,有利于推动中药材市场的标准化和规范化。

关键词：僵蚕 COI序列 ITS序列分子鉴定

基于COI序列的紫河车药材及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

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中国中药杂志 2014年第12期39卷 2204-2207页

作者：陈俊贾静徐晓兰辛天怡张红印石林春姚辉刘冬吴珍红福建农林大学福建福州350002 长春中医药大学吉林长春130117 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193

利用COI序列对紫河车及其常见混伪品进行DNA条形码分子鉴定,探究准确、快速鉴定紫河车及其混伪品的方法。该研究共收集6个种41份样品,以COI作为条形码序列,对紫河车的正品及其混伪品提取基因组DNA,通过PCR扩增和双向测序,运用CodonCode ... 详细信息

利用COI序列对紫河车及其常见混伪品进行DNA条形码分子鉴定,探究准确、快速鉴定紫河车及其混伪品的方法。该研究共收集6个种41份样品,以COI作为条形码序列,对紫河车的正品及其混伪品提取基因组DNA,通过PCR扩增和双向测序,运用CodonCode Aligner进行序列拼接后,采用MEGA6.0软件进行序列比对,分析比较种内、种间序列差异,并构建正品紫河车及其混伪品的NJ树。结果表明紫河车COI序列种内平均K2P距离为0.001,种内最大K2P距离为0.008,紫河车的正品来源人与其混伪品种间存在较多变异位点。由所构建的NJ树显示紫河车与其混伪品均可明显区分。基于COI序列的DNA条形码技术可以鉴定紫河车及其混伪品,为紫河车的鉴别提供了新的工具。

关键词：紫河车 COI序列 DNA条形码鉴定

药用植物DNA条形码鉴定策略及关键技术分析

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中国天然药物 2009年第5期7卷 322-327页

作者：陈士林宋经元姚辉石林春罗焜韩建萍中国医学科学院药用植物研究所北京100193 湖北中医学院药学院武汉430061

DNA条形码(DNA barcoding)是近年来生物分类和鉴定的研究热点和方向,其在药用植物鉴定中的成功应用将可能是生药鉴定方法的革命性突破。本文结合具体研究工作就构建药用植物DNA条形码鉴定平台的标准化流程、药用植物DNA条形码鉴定序列... 详细信息

DNA条形码(DNA barcoding)是近年来生物分类和鉴定的研究热点和方向,其在药用植物鉴定中的成功应用将可能是生药鉴定方法的革命性突破。本文结合具体研究工作就构建药用植物DNA条形码鉴定平台的标准化流程、药用植物DNA条形码鉴定序列的选择、DNA条形码序列校对机制、DNA条形码序列鉴定效率评价方法进行了探讨,并展望了DNA条形码的发展趋势。

关键词：药用植物 DNA条形码鉴定标准化