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三阴性乳腺癌细胞样本RNA-Seq数据分析

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三阴性乳腺癌细胞样本RNA-Seq数据分析

作者：白雨薇南昌大学

学位级别：硕士

乳腺癌是一种严重威胁女性健康的多基因遗传性恶性肿瘤,发病率呈逐年上升并且年轻化的趋势。有报道表明三阴性乳腺癌患者约占乳腺癌患者总数的20%左右,但却几乎是最难以治疗的,通常情况下预后差且生存率低。在中国,乳腺癌的发病率远低... 详细信息

乳腺癌是一种严重威胁女性健康的多基因遗传性恶性肿瘤,发病率呈逐年上升并且年轻化的趋势。有报道表明三阴性乳腺癌患者约占乳腺癌患者总数的20%左右,但却几乎是最难以治疗的,通常情况下预后差且生存率低。在中国,乳腺癌的发病率远低于欧美国家,但死亡率却显著高于欧美,这与我们国家医疗水平及对乳腺癌的认识和预防措施不到位有关。因此三阴性乳腺癌的基础研究可为该疾病的诊断和治疗提供依据。我们通过分析三阴性乳腺癌细胞和正常乳腺细胞的RNA-seq数据得到如下结果:1.正常乳腺细胞、基底样乳腺癌细胞和管腔样乳腺癌细胞共15个细胞样本的RNA-seq数据聚类分析得到两类细胞样本,正常乳腺细胞聚为一类,乳腺癌细胞聚为一类。WGCNA分析得到4个modules,分别是与乳腺癌细胞相关的black module,与基底样乳腺癌细胞相关的brown module,与管腔样乳腺癌相关的cyan module,与正常乳腺细胞相关的magenta module。2.正常乳腺细胞中lncRNA的数量是乳腺癌细胞中的3.53倍,由此我们可以推测出在乳腺癌细胞中lncRNA表达下调。lncRNA表达情况很明显分成四个部分,第一部分是在正常乳腺细胞中高表达,第二部分是基底样乳腺癌细胞中高表达,第三部分是在管腔样乳腺癌细胞中高表达,最后一部分是在正常乳腺细胞里低表达,在两种乳腺癌细胞中都高表达的lncRNA。3.我们通过cuffdiff软件处理数据得到基底样乳腺癌细胞和正常乳腺细胞的差异基因数为5480个,管腔样乳腺癌细胞和正常乳腺细胞的差异基因数为5027个,基底样乳腺癌细胞和管腔样乳腺癌细胞的差异基因数为3066个。4.管腔样乳腺癌细胞与正常乳腺细胞的差异基因和基底样乳腺癌细胞与正常的乳腺细胞的差异基因GO分析都有类似的结论,即乳腺癌细胞与正常乳腺细胞的差异基因富集在翻译(GO:0006412ranslation)及翻译相关的生物学途径(GO:0006414ranslational elongation),KEGG分析结果也证实了差异基因富集在核糖体信号通路(hsa03010:Ribosome)。我们推测这可能是由于乳腺癌细胞大量增殖,需要很多的营养物质。5.管腔样乳腺癌细胞和基底样乳腺癌细胞的差异基因则主要富集在胰腺癌(Pancreatic cancer)、膀胱癌(Bladder cancer)、系统性红斑狼疮(Systemic lupus erythematosus)、结直肠癌(Colorectal cancer)等疾病通路,可以推测出各个病理状态下一些基因功能发生了改变。

关键词：乳腺癌细胞正常乳腺细胞 GO KEGG

高产鲜味氨基酸的酵母菌株的构建及其在酱油发酵中的应用

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高产鲜味氨基酸的酵母菌株的构建及其在酱油发酵中的应用

作者：白雨薇天津科技大学

学位级别：硕士

酱油是东亚人日常必不可少的调味品。工业上为了增加酱油的鲜味,常在酱油中添加增鲜剂,主要为味精。过量摄入味精会对人体造成一定的伤害。味精的主要成分是谷氨酸钠,而耐盐酵母在发酵过程中能够产生谷氨酸。本文从这一代谢角度出发,通... 详细信息

酱油是东亚人日常必不可少的调味品。工业上为了增加酱油的鲜味,常在酱油中添加增鲜剂,主要为味精。过量摄入味精会对人体造成一定的伤害。味精的主要成分是谷氨酸钠,而耐盐酵母在发酵过程中能够产生谷氨酸。本文从这一代谢角度出发,通过基因组重排技术构建了能高产谷氨酸的酵母菌株,将得到的优良菌株经过验证其基因组重排的有效性及其遗传稳定性,最后将其应用于酱油的发酵,从而全面提升酱油的鲜味,代替了味精的添加,使酱油产品更加健康。本论文首先通过稀释浓度dilution实验确定了出发菌株球拟酵母（T酵母）对L-谷氨酸钠的最高耐胁迫浓度,据此选择添加20%L-谷氨酸钠的YPD培养基作为本研究的初始筛选浓度。确定了诱变剂甲基磺酸乙酯（EMS）对T酵母的最佳诱变条件,最终选择致死率为88%的EMS诱变条件,即1.0%的EMS、30℃诱变30 min。此条件下对出发菌株T进行化学诱变,筛选得到能耐受20%L-谷氨酸钠浓度的酵母菌株YW-M,并利用此菌株作为基因组重排的出发菌株。确定了最佳原生质体制备条件:菌龄10 h,4 mg/m L蜗牛酶浓度,30℃条件下酶解45min。在此条件下对YW-M进行处理得到原生质体,通过PEG-6000催化两轮基因组重排得到了两株优良菌株,分别命名为YW-1和YW-2。经过随机扩增多态性DNA试验（RAPD）验证了三株优良菌株基因组重排的有效性,并通过十轮传代培养证明了其性状能够稳定遗传。将所得的三株优良酵母菌株应用与酱油发酵中,分别应用工艺一及工艺二进行发酵。工艺一发酵的酱油的鲜味氨基酸（谷氨酸、天门冬氨酸和苏氨酸）尤其是谷氨酸含量有明显差异,其中添加了优良酵母菌株YW-2的发酵组1-5比添加初始T菌株的发酵组1-2的鲜味氨基酸含量提高了14.5%,其中谷氨酸含量提高了29.4%。工艺二发酵的酱油,添加了优良酵母菌株YW-2的发酵组2-5比添加了初始T酵母的发酵组2-2鲜味氨基酸含量提高了5.32%,其中谷氨酸含量提高了6.90%。因此认为,本文所选育的优良酵母菌株YW-2在酱油发酵中,能够有效提高酱油鲜味氨基酸含量,并且相比于工艺二（60天）,更适合用工艺一（53天）发酵法。综合对比酱油发酵中的氨基酸含量、氨基酸态氮含量、全氮含量、总酸含量、感官评价等指标的测定结果,可以得出本研究的所得优良酵母菌株YW-2能够更明显地提升酱油的综合品质。

关键词：酵母菌基因组重排酱油谷氨酸鲜味

组蛋白去乙酰化酶在小鼠神经元发育中的作用与机制研究

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组蛋白去乙酰化酶在小鼠神经元发育中的作用与机制研究

作者：白雨薇四川大学

学位级别：硕士

目的:组蛋白去乙酰化酶(HDAC)1和HDAC2是参与染色体结构修饰和基因表达调控的关键表观遗传调控因子,可调节组蛋白的乙酰化水平,从而调控基因转录及染色质结构。既往研究发现,发育过程中HDAC1和HDAC2(HDAC1&2)的广泛缺失会导致严重的神... 详细信息

目的:组蛋白去乙酰化酶(HDAC)1和HDAC2是参与染色体结构修饰和基因表达调控的关键表观遗传调控因子,可调节组蛋白的乙酰化水平,从而调控基因转录及染色质结构。既往研究发现,发育过程中HDAC1和HDAC2(HDAC1&2)的广泛缺失会导致严重的神经系统疾病,如脑结构受损、皮质发育畸形、脱髓鞘化等现象。但HDAC1&2在神经元发育中的作用和机制尚未明确。本研究旨在探索HDAC1&2在神经元发育中的作用及因神经元发育异常对髓鞘发育和胶质增生的影响,并对其作用机制进行探讨。材料和方法:1.构建条件性敲除小鼠模型:将神经元特异性突触蛋白1(Synapsin1)启动子激活的Cre重组酶(Synapsin1-Cre)转基因小鼠与HDAC1和HDAC2小鼠配对繁殖,得到在神经元中特异性敲除HDAC1&2的小鼠,作为实验组,同窝出生的未敲除HDAC1&2小鼠纳入对照组。2.对小鼠进行跟踪观察,对比敲除组小鼠和对照组小鼠之间的体型、运动能力及生存率差异。3.收集敲除小鼠和对照小鼠脑组织,采用苏木素-伊红染色法(HE)观察脑组织结构。4.免疫组织化学染色法及Western blot技术检测成熟神经元标记物神经元核抗原蛋白(Neu N)、轴突标记物非磷酸化神经丝蛋白重链(np-NF200)、磷酸化神经丝蛋白重链(p-NF200)的表达及定位。5.原位杂交法检测髓鞘发育标记物髓鞘碱性蛋白(MBP)的表达,电镜观察小鼠轴突髓鞘化程度。6.免疫荧光与原位杂交技术检测少突胶质细胞不同发育阶段中,少突胶质细胞转录因子2(Olig2)、少突胶质前体细胞(OPC)标记物血小板衍生生长因子α(Pdgfrα)、OL标记物蛋白磷脂蛋白1(Plp1)和OL分化标记物WNT信号通路的APC调节因子(APC)。7.免疫荧光法检测星形胶质细胞标记物胶质纤维酸性蛋白(GFAP)表达水平。8.免疫组织化学染色法及Western blot技术检测哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路下游磷酸化核糖体S6(p-S6)蛋白表达水平。结果:1.神经元中特异敲除HDAC1&2会导致小鼠出生后一个月内死亡。出现全身性震颤、无法平稳行走、提起尾巴时紧抱后肢等运动功能异常现象。观察发现敲除小鼠的脑和体型比对照小鼠普遍减小。2.敲除小鼠脑无明显空洞,结构缺失及发育畸形现象。3.敲除小鼠成熟神经元标记物及轴突标记物蛋白表达量均较对照组明显减少。成熟神经元数量变少,轴突发育不良。4.敲除小鼠髓鞘标记物较对照组明显减少,电镜显示髓鞘化程度明显降低。5.相较于对照组,敲除小鼠的少突胶质前体细胞(OPC)的标记物数目没有明显变化,但成熟OL标记物数目明显减少,OL分化标记物数目也明显减少。6.敲除小鼠GFAP相较于对照组表达量增加,存在反应性星形胶质细胞增生。7.敲除小鼠p-S6蛋白表达量相较于对照组明显降低。结论:HDAC1&2缺失导致小鼠成熟神经元数量减少、轴突发育不良。伴随OPC分化过程受阻,成熟OL数量减少,轴突的有髓化率降低,并有反应性星形胶质细胞增生。敲除HDAC1&2导致小鼠脑组织发育及运动功能异常,并影响其寿命。敲除HDAC1&2后小鼠mTOR信号通路的活性被抑制,提示HDAC1&2可能通过mTOR信号通路参与小鼠神经元发育。

关键词：组蛋白去乙酰化酶神经元发育少突胶质细胞髓鞘形成 mTOR信号通路小鼠

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基于3维DDA的多块体滚石运动分析

四川大学学报（工程科学版） 2017年第S1期49卷 112-118页

作者：张正雄郑路邓建辉姚慧婷涂园罗军白雨薇四川大学水力学与山区河流开发保护国家重点实验室水利水电学院四川成都610065 四川大学-香港理工大学灾后重建与管理学院四川成都610065

崩塌滚石是山区主要的地质灾害之一,分布范围及其广泛,突发性极强,预测困难,会造成建筑物损坏、交通运输线路堵塞、人员伤亡等严重后果。其防护结构的设计依据主要是边坡滚石的运动轨迹,目前,国内外对崩塌滚石的相关研究较为薄弱,从而... 详细信息

崩塌滚石是山区主要的地质灾害之一,分布范围及其广泛,突发性极强,预测困难,会造成建筑物损坏、交通运输线路堵塞、人员伤亡等严重后果。其防护结构的设计依据主要是边坡滚石的运动轨迹,目前,国内外对崩塌滚石的相关研究较为薄弱,从而导致滚石灾害治理上效果不佳。通过对国内外众多滚石灾害案例的研究,探索3维非连续变形分析方法(3-D DDA)在崩塌滚石中的应用。相比传统的2维模型,3维模型由于能够考虑3维地形效应,分析扩散角,近年来逐步成为主流的研究手段。实例分析中以某岩质边坡建立3-D DDA模型,采用恢复系数法描述滚石碰撞反弹的问题,通过数值模拟,分析多块体滚石事件的运动特征。结果表明:是否考虑滚石间相互碰撞所计算出的结果差异较大,虽然滚石间的相互碰撞通常会带来总能量的损失,但部分块体受到碰撞将接受动能,促进其远距离运动,滚石块体间的相互作用不能忽视。与现有方法相比,3-D DDA具有能直接在模拟块体间相互碰撞,更符合多块体滚石灾害事件的优点。进一步,基于运动特征分析成果验证了防护措施的效果。该方法可用于斜坡区多块体滚石运动特征的预测,并可为滚石灾害科学防治决策提供参考。

关键词：滚石运动特征 3维非连续变形分析多块体

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寂寞高竿彩云飞

新体育 1995年第4期 38-39页

作者：白雨薇

空中有朵雨做的云孙彩云早就幻想过这样一幅图画:一支长长的横竿高高挂在空中,仿佛一弯美仑美奂的彩虹,而她,被撑竿轻轻挑起,象一抹云,梦一样地飘过去…… 如今,这弯彩虹就横亘在14岁的孙彩云眼前:2米80,一个她从未征服过的高度!

关键词：女子撑竿跳高男子撑竿跳高世界纪录运动会最好成绩布勃卡全国锦标赛少年田径中国运动员奥运会

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将“坏事”演绎成温馨的故事

少男少女 2020年第10期 18-23页

作者：白雨薇

李碧梅,80后,爱幻想的双鱼座,文学硕士。儿童文学作家,擅长小说、童话创作。喜欢用真实的作品表达生活的酸甜苦辣、人间的离合悲欢。已出版童话集《小狐狸游花街》等。童话《彩色的世界》荣获2011年冰心儿童文学奖新作奖。部分作品收入... 详细信息

李碧梅,80后,爱幻想的双鱼座,文学硕士。儿童文学作家,擅长小说、童话创作。喜欢用真实的作品表达生活的酸甜苦辣、人间的离合悲欢。已出版童话集《小狐狸游花街》等。童话《彩色的世界》荣获2011年冰心儿童文学奖新作奖。部分作品收入儿童文学年选。1李碧梅所著的《西尚的阿公》为我们讲述了一个温馨的成长故事。小主人公西西是一个被父母遗弃的女

关键词：玻璃珠