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代谢组与转录组联合分析毕节市高海拔烟区烟叶类黄酮代谢差异

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烟草科技 2024年第7期57卷 57-64页

作者：申树林黄赟周遵华马敏伦陈德慧马玉玺尹能文李彩斌西南大学农学与生物科技学院重庆市400715 贵州省烟草公司毕节市公司贵州省毕节市551700

为明确毕节市高海拔地区烟叶的代谢特征,分别以该地3个烟叶产区(海拔>1800 m)的韭菜坪2号和云烟87烟叶为材料进行代谢组与转录组联合分析,初步鉴定了韭菜坪2号与云烟87烟叶中的差异代谢物和差异基因,并通过加权基因共表达网络分析筛选... 详细信息

为明确毕节市高海拔地区烟叶的代谢特征,分别以该地3个烟叶产区(海拔>1800 m)的韭菜坪2号和云烟87烟叶为材料进行代谢组与转录组联合分析,初步鉴定了韭菜坪2号与云烟87烟叶中的差异代谢物和差异基因,并通过加权基因共表达网络分析筛选了关键差异基因的模块。结果表明:3个产区的韭菜坪2号与云烟87烟叶代谢差异明显,其中类黄酮代谢物异鼠李素在韭菜坪2号中高积累;同时共鉴定出265个共有的差异表达基因,主要在类黄酮生物合成途径、黄酮与黄酮醇生物合成途径显著富集;加权基因共表达网络分析共鉴定出9个与异鼠李素相关的基因模块,其中2个模块显著富集到类黄酮生物合成途径、黄酮与黄酮醇生物合成途径;进一步研究分析发现,韭菜坪2号中NtPAL1、NtCHIL、NtF3H、NtTT7和NtFLS1基因下调表达可能抑制了苯丙氨酸、山奈酚及其衍生物、槲皮素及其衍生物的积累水平,而NtASMTs、NtROMTs和NtCCoAMT等甲基转移酶基因的上调表达与烟叶中异鼠李素高积累相关。本研究结果初步表明黄酮类生物合成相关途径对韭菜坪2号在高海拔适应性方面具有一定作用,为深入解析韭菜坪2号的高海拔生长适应性机制提供理论指导。

关键词：毕节市高海拔烟区韭菜坪2号云烟87 代谢组转录组类黄酮代谢

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以甘蓝下胚轴为外植体的再生体系优化

作物学报 2024年第09期50卷 2408-2414页

作者：赵美刘一玮石翔天李亚俐申树林尹能文赵会彦傅鹰曲存民西南大学西部(重庆)科学城种质创制大科学中心南方山地农业教育部工程研究中心/西南大学农学与生物科技学院浙江省农业科学院作物与技术利用研究所

针对甘蓝组织培养过程中再生体系难度大,培养效率低的问题,本研究以白花芥蓝下胚轴为外植体,对离体培养关键影响因素——无菌苗光/暗培养时间、NaClO消毒时间、激素配比对甘蓝种子、不定芽分化及再生的影响进行了比较分析。结果表明, 75... 详细信息

针对甘蓝组织培养过程中再生体系难度大,培养效率低的问题,本研究以白花芥蓝下胚轴为外植体,对离体培养关键影响因素——无菌苗光/暗培养时间、NaClO消毒时间、激素配比对甘蓝种子、不定芽分化及再生的影响进行了比较分析。结果表明, 75%无水乙醇40 s+5%NaClO 15 min消毒后,将种子暗培养3 d,再光培养3 d,无菌苗生长最好;预培养时培养基最佳激素组合是0.05 mg L–1NAA （α-萘乙酸）+4 mg L–16-BA （6-苄氨基嘌呤）;筛选培养基的最佳激素组合为0.05 mg L–1NAA+4 mg L–16-BA+250 mg L–1Cb （羧苄青霉素）,愈伤发生率91.1%,不定芽分化率57.3%;生根培养基MS+30 g L–1蔗糖+7 g L–1琼脂+0.1 mg L–1NAA+0.1%活性炭,不定根产生数量多,获得植株根系发达、生长势强。本研究建立的甘蓝组织培养优化体系能快速获得再生植株,有助于加速甘蓝良种的繁育与评价。

关键词：白花芥蓝下胚轴离体再生激素

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油菜三个基本种与复合种种子的代谢特征分析及相关候选基因鉴定

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油菜三个基本种与复合种种子的代谢特征分析及相关候选基因鉴定

作者：申树林西南大学

学位级别：硕士

油菜是我国重要的油料作物之一,也是我国食用植物油的第一大来源,占食用植物油总量的50%以上,但自给率严重不足。与黑籽油菜相比,黄籽油菜具有油脂和蛋白质含量高,饼粕饲用价值高和油质清澈等优点。油菜的主要栽培种甘蓝型油菜在自然界... 详细信息

油菜是我国重要的油料作物之一,也是我国食用植物油的第一大来源,占食用植物油总量的50%以上,但自给率严重不足。与黑籽油菜相比,黄籽油菜具有油脂和蛋白质含量高,饼粕饲用价值高和油质清澈等优点。油菜的主要栽培种甘蓝型油菜在自然界中不存在黄籽资源,且人工合成的甘蓝型油菜存在粒色不稳定,易受环境影响,然而同为芸薹属的白菜型油菜、芥菜型油菜与埃塞俄比亚芥中却存在丰富并能稳定遗传的黄籽种质,为黄籽油菜品种的选育提供了种质来源。在芸薹属中,粒色与黄酮类次生代谢产物密切相关,由于代谢物积累的差异,同为黄籽的白菜型油菜和芥菜型油菜粒色也存在显著差异,前者一般为鲜黄色,后者一般为橙黄色。由于其成分的复杂性,不同植物种子中次生代谢产物还受基因型及环境条件的影响,对其进行定性与定量分析尤为困难。利用广泛靶向代谢组分析技术可准确对黄酮类物质进行定性定量分析,已在拟南芥、甘蓝型油菜等十字花科作物中成功应用。因此,本研究拟通过对芸薹属油菜种子代谢物进行UPLC-HESIMS/MS分析,完成芸薹属不同油菜种子次生代谢物的鉴定,并建立芸薹属油菜种子次生代谢物数据库;其次通过对次生代谢物的定性定量分析,初步确定影响芸薹属油菜种子粒色差异的主要代谢产物;第三,通过代谢组、转录组和基因组的联合比较分析,一方面对芸薹属油菜中粒色差异代谢物的相关候选基因进行鉴定,另一方面初步明确油菜及其亲本种粒色差异分子代谢机理,有助于揭示芸薹属油菜间粒色调控机理的异同以及已知黄酮类代谢通路多倍化进程中的升级进化情况,为选育稳定的甘蓝型黄籽油菜提供清晰的分子育种策略。具体研究结果如下:1.芸薹属油菜种子代谢特征本研究通过对芸薹属油菜3个基本种(白菜、甘蓝和黑芥)和3个复合种(甘蓝型油菜、芥菜型油菜和埃塞俄比亚芥)不同发育期的种子进行UPLC-HESIMS/MS代谢图谱分析,发现在物种间代谢谱具有相似性,最高基峰均在保留时间1分钟内;但也有一定特异性,在白菜型油菜、甘蓝、黑芥、甘蓝型油菜、芥菜型油菜和埃塞俄比亚芥中分别检测出8745、9387、4851、12428、9847和9788个离子基峰,其中黑芥最少,甘蓝型油菜最多,说明在芸薹属油菜种子中次生代谢产物变异丰富。基于保留时间、二级质谱等信息分别在白菜型油菜、甘蓝、黑芥、甘蓝型油菜、芥菜型油菜和埃塞俄比亚芥中检测出的注释离子基峰数量为1409、1716、1155、1696、1490和1699个。2.芸薹属油菜种子代谢物数据库建立基于保留时间、MS、MS/MS、标准品和公共数据库信息对6个物种过滤后获得的3107个注释离子基峰进行鉴定,构建了一个包含565种次生代谢物的芸薹属油菜种子次生代谢物数据库,包括37种酚酸类、80种类黄酮类、26种硫苷类、83种脂类、208种其它极性化合物离子峰和131种未知代谢物,检测比例为18.18%(565/3107)。本研究结果为后续进行芸薹属油菜代谢组学分析奠定了物质基础。3.甘蓝型油菜代谢物候选基因的筛选本研究通过对不同环境中黄黑籽甘蓝型油菜种子代谢组的比较分析,明确了[DP2]-1(198)、[DP2]-2(197)、[DP3]-1(235)、[DP3]-2(233)、[DP4](249)和表儿茶素(106)是引起甘蓝型油菜黄黑籽差异的重要次生代谢物。结合代谢组和转录组分析结果,通过O2PLS、转录组差异基因分析和WGCNA等方法对差异代谢物与转录组进行联合分析,共鉴定出6个重要的候选基因,其中GH06081018.1和GH06076958.1为R2R3-MYB类转录因子,分别与拟南芥的MYB3和MYB63为同源基因;而ZY821096474.1、GH06031130.1、GH06077074.1和GH06084369.1在拟南芥中的同源基因未见相关功能研究。本研究结果为解析油菜相关代谢物合成的分子机制以及粒色差异的形成提供了重要线索。4.转录组与代谢组联合比较分析芥菜型油菜粒色差异机理本研究在负离子模式下对芥菜型油菜不同发育期种子进行了UPLC-HESIMS/MS分析,通过与本研究建立的芸薹属油菜种子代谢库进行比对分析,发现在芥菜型油菜种子中包含31种酚酸类、47种类黄酮类、17种硫苷类、38种脂质类、69种其它类化合物和34种未知化合物。不同黄黑籽间代谢物的综合比较分析结果表明,黄黑籽间共存在35种差异代谢物,主要为表儿茶素及其衍生物。转录组和代谢组分析发现类黄酮后期表达基因(Bju DFR、Bju ANS和Bju BAN)及调控因子(Bju TT8和Bju TT19)在黄籽中下调表达阻断了表儿茶素及低聚原花青素代谢物积累,可能是芥菜型油菜粒色变化的重要因素。5.芸薹属油菜TT8基因的比较分析在芸薹属油菜中,TT8是调控粒色变化的一个重要转录因子。本研究对芸薹属油菜6个物种间TT8基因进行了同

关键词：芸薹属代谢组转录组粒色候选基因类黄酮

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慢性前列腺炎防治中应重视的几个问题

陕西中医 2002年第11期23卷 1053-1054页

作者：申树林赵东杰南京中医药大学 210029

慢性前列腺炎是青壮年男性的常见病之一,临床以发病缓慢,病因病理复杂,病程迁延难愈为特点.主要表现有四类:排尿改变及尿道分泌物、疼痛、性功能减退,精神神经症状.西医现仍沿用传统的分类方法,将其分为慢性细菌性前列腺炎,非细菌性前... 详细信息

慢性前列腺炎是青壮年男性的常见病之一,临床以发病缓慢,病因病理复杂,病程迁延难愈为特点.主要表现有四类:排尿改变及尿道分泌物、疼痛、性功能减退,精神神经症状.西医现仍沿用传统的分类方法,将其分为慢性细菌性前列腺炎,非细菌性前列腺炎及前列腺痛.

关键词：慢性前列腺炎防治精神调理饮食行为

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性病完全图解手册+自疗+食疗

性病完全图解手册+自疗+食疗

基于UPLC-HESI-MS/MS法的韭菜坪2号烟叶代谢特征分析

2004年

作者：韩世荣孙庄志申树林

本书对性病发病的病因、发病机制、诊断治疗作了论述，重点介绍性病的自疗方法、防病措施和日常生活中应注意的事项。

关键词：性病防治

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西南农业学报 2023年

作者：申树林刘涛邹焱顾怀康何轶尹能文孙夫军曹廷茂喻奇伟陈秀娥李成李彩斌曲存民西南大学现代农业科学研究院贵州省烟草科学研究院湖南中烟工业有限责任公司贵州省烟草公司毕节市公司西南大学农学与生物科技学院

【目的】探究毕节市烟草公司选育的地方烤烟品种韭菜坪2号与对照品种云烟87在毕节地区种植的代谢差异，为后续揭示韭菜坪2号烟叶香型风格特征的分子机理奠定基础，同时为该品种的推广应用提供理论依据。【方法】以云烟87为对照材料，采... 详细信息

【目的】探究毕节市烟草公司选育的地方烤烟品种韭菜坪2号与对照品种云烟87在毕节地区种植的代谢差异，为后续揭示韭菜坪2号烟叶香型风格特征的分子机理奠定基础，同时为该品种的推广应用提供理论依据。【方法】以云烟87为对照材料，采用液相色谱-质谱联用技术，对毕节市赫章县3个烟叶产区（达依、可乐、铁匠）的云烟87与韭菜坪2号新鲜烟叶进行代谢组分析。【结果】在烟叶样本中共检测到1 880个离子峰，主成分分析表明3个烟叶产区的韭菜坪2号与云烟87均具有显著的代谢差异。以差异倍数大于2，t检验的p值低于0.05为标准进行差异代谢物筛选，各产区差异离子数量排序为达依＞可乐＞铁匠。同时鉴定到46个离子峰在3个产区的韭菜坪2号中积累量升高，49个离子峰在3个产区的韭菜坪2号中积累量降低。进一步在韭菜坪2号积累量升高的离子中鉴定到1种类黄酮代谢物M＿9637[木犀草素7-(6’-丙二酰糖苷)]。对2个烟叶品种进行酚酸、类黄酮的广泛靶向代谢分析发现，两种类黄酮物质（异属李素和槲皮素）在韭菜坪2号中具有积累量升高的趋势。对降烟碱与尼古丁的分析发现，两种代谢物在韭菜坪2号中均表现出积累量降低的趋势。【结论】对毕节市赫章县3个烟叶产区的韭菜坪2号和云烟87新鲜烟叶代谢组比较分析表明，韭菜坪2号烟叶中类黄酮代谢水平高于云烟87，烟碱类物质代谢水平低于云烟87。上述两类物质的积累差异可能是韭菜坪2号烟叶香型风格特征形成的基础。

关键词：韭菜坪2号烟叶代谢组次生代谢物类黄酮尼古丁

加味萆薢分清饮配合按摩治疗慢性非细菌性前列腺炎临床研究

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中华男科学杂志 2006年第9期12卷 851-853页

作者：申树林贺大林罗勇西安交通大学医学院第一附属医院泌尿外科陕西西安710061

目的:观察加味萆薢分清饮内服配合前列腺按摩治疗慢性非细菌性前列腺炎(CNP)的疗效。方法:将72例CNP患者随机分为试验组(加味萆薢分清饮内服配合前列腺按摩40例)和对照组(单纯内服加味萆薢分清饮32例),疗程为2个月,治疗结束后,对有关指... 详细信息

目的:观察加味萆薢分清饮内服配合前列腺按摩治疗慢性非细菌性前列腺炎(CNP)的疗效。方法:将72例CNP患者随机分为试验组(加味萆薢分清饮内服配合前列腺按摩40例)和对照组(单纯内服加味萆薢分清饮32例),疗程为2个月,治疗结束后,对有关指标进行分析评估。结果:试验组和对照组的总有效率分别为90.0%和68.6%,与对照组比较,试验组患者慢性前列腺炎症状积分指数下降明显,差异有显著性(P<0.05)。结论:加味萆薢分清饮内服配合前列腺按摩治疗CNP的临床疗效优于单纯内服本方治疗。

关键词：慢性非细菌性前列腺炎中医药临床研究

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