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基于转录组测序的关岭牛肌肉生长发育关键基因筛选与鉴定

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南方农业学报 2024年第3期55卷 611-622页

作者：周迪赵忠海王府杨蓉王燕敖叶谢玲玲陈秋生田兴舟李波贵州省种畜种质禽测定中心贵州贵阳550018 遵义市畜牧渔业站贵州遵义563006 贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州省畜禽遗传资源管理站贵州贵阳550025

【目的】基于转录组测序挖掘出贵州关岭牛肌肉生长发育关键基因,为后续培育贵州优质肉牛品种提供理论依据。【方法】选取3头健康且体重相近的24月龄成年关岭牛,屠宰后采集其心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、大腿肌及肩峰等组... 详细信息

【目的】基于转录组测序挖掘出贵州关岭牛肌肉生长发育关键基因,为后续培育贵州优质肉牛品种提供理论依据。【方法】选取3头健康且体重相近的24月龄成年关岭牛,屠宰后采集其心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、大腿肌及肩峰等组织样品,采用TRIzol法提取各组织总RNA,构建cDNA文库后进行转录组测序,通过生物信息学手段筛选出不同样品间的差异表达基因(DEGs),结合GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析挖掘出关岭牛肌肉生长发育相关候选基因,再经实时荧光定量PCR对候选基因进行验证。【结果】测序样品有效序列(Clean reads)比对至参考基因组序列的平均比对率为90.76%,检测到26367个新转录本(有编码潜能的转录本19659个,非编码转录本6708个);在各组织中检测到共表达基因53912个,其中已知基因51688个、预测新基因2224个;GO功能注释分析发现这些共表达基因主要发挥生物调节、代谢过程、生物膜组成、催化活性和转录调节活性等功能。通过DEGseq检测,最终筛选获得16个与肌肉生长发育相关的DEGs(QKI、CHKB、MYBPC1、MBNL1、MYH11、MYLK2、TPM3、NEXN、EZH2、TNNT3、PPARGC1A、SGCA、DMPK、FOXP1、FLNB和TNS2),主要参与内吞作用、心肌收缩、癌症、代谢及MAPK信号通路。实时荧光定量PCR验证结果显示,筛选出的16个DEGs在关岭牛背最长肌或肩峰中高表达,与转录组测序结果一致。【结论】基于转录组测序从关岭牛各组织中筛选出16个与肌肉生长发育相关的DEGs,主要在生物调节、代谢过程、细胞成分、催化和转录调节等方面发挥功能作用,可作为开展关岭牛肌肉生长发育遗传机制研究的候选基因。

关键词：关岭牛肌肉生长发育肌肉性状差异表达基因(DEGs) 转录组测序

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禽白血病病毒与多种病原协同致病机理研究进展

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中国家禽 2023年第9期45卷 74-81页

作者：曾熙雯温贵兰田兴舟贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025 贵州省动物生物制品工程技术研究中心贵州贵阳550016

禽白血病(Avian leukosis,AL)是一类由禽白血病病毒(Avian leukosis virus,ALV)引起的禽类肿瘤性传染病。近年来,除ALV不同亚群的感染被报道以外,ALV也常被发现与其他病原共同感染,发病机制尚不明确,每年给家禽养殖行业造成严重的经济... 详细信息

禽白血病(Avian leukosis,AL)是一类由禽白血病病毒(Avian leukosis virus,ALV)引起的禽类肿瘤性传染病。近年来,除ALV不同亚群的感染被报道以外,ALV也常被发现与其他病原共同感染,发病机制尚不明确,每年给家禽养殖行业造成严重的经济损失。文章对ALV的基因组特征、复制特点、基本致病机理、与其他禽类免疫抑制性病毒、细菌和寄生虫等病原的协同致病机理等进行了综述,为AL的防控提供更具有针对性的指导意见。

关键词：禽白血病病毒致病机制协同致病

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花青素在乳脂氧化中的作用及其机制

动物营养学报 2020年第8期32卷 3476-3482页

作者：田兴舟卢琦贵州大学动物科学学院贵阳550025 贵州大学动物营养与饲料研究所贵阳550025

奶是最古老的天然饮料之一,含有丰富的蛋白质、脂肪、维生素和矿物质等营养成分。奶中不饱和脂肪酸对改善人体健康起着不可替代的作用,但易发生氧化反应产生自由基,导致奶的风味异常。本文主要对奶中乳脂氧化机制及花青素延缓乳脂氧化... 详细信息

奶是最古老的天然饮料之一,含有丰富的蛋白质、脂肪、维生素和矿物质等营养成分。奶中不饱和脂肪酸对改善人体健康起着不可替代的作用,但易发生氧化反应产生自由基,导致奶的风味异常。本文主要对奶中乳脂氧化机制及花青素延缓乳脂氧化可能的作用机制进行综述,旨在为花青素的开发利用及其改善奶风味提供参考依据。

关键词：花青素奶不饱和脂肪酸乳脂氧化机制

动物科学专业《动物遗传学》课程教学的改革探索

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畜牧兽医科技信息 2023年第11期 10-12页

作者：阮涌田兴舟郭伟李辉陈祥贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025

动物遗传学是动物科学专业非常重要的一门专业必修课程,在国家积极推进高效课堂建设教学要求的基础上,如何保证该门课程的教学效果是培养动物科学专业人才非常重要的一环,而实现这一目的需要在教学中针对具体问题开展深度教学探索和改... 详细信息

动物遗传学是动物科学专业非常重要的一门专业必修课程,在国家积极推进高效课堂建设教学要求的基础上,如何保证该门课程的教学效果是培养动物科学专业人才非常重要的一环,而实现这一目的需要在教学中针对具体问题开展深度教学探索和改革。因此,本文介绍了动物遗传学课程教学中存在的一些问题,提出了开展课程改革的具体措施,以期为动物遗传学课程建设提供建议与参考。

关键词：动物遗传学动物科学专业课程改革教学探索

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《羊生产学》课程思政元素挖掘与探讨

中国畜禽种业 2022年第7期18卷 61-62页

作者：卢琦田兴舟陈祥高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室 550025 贵州大学动物科学学院 550025

新农科背景下,思政元素融入专业课程是教学改革的重要内容之一。本文对《羊生产学》课程中蕴含的思政教育资源进行挖掘与探讨,通过遵循课程思政元素挖掘的基本原则,探索思政元素与专业知识的融合点及途径,为《羊生产学》课程思政教学改... 详细信息

新农科背景下,思政元素融入专业课程是教学改革的重要内容之一。本文对《羊生产学》课程中蕴含的思政教育资源进行挖掘与探讨,通过遵循课程思政元素挖掘的基本原则,探索思政元素与专业知识的融合点及途径,为《羊生产学》课程思政教学改革提供思路。

关键词：羊生产学思政元素动物科学

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贵州省肉羊健康养殖营养调控技术研究

贵州省肉羊健康养殖营养调控技术研究

作者：田兴舟贵州大学

学位级别：硕士

贵州山羊存栏量明显增加,黔北麻羊最具地方特色;但总体来说,饲养技术水平较低,尤其缺乏营养调控的技术研究。本文以贵州省独有的黔北麻羊为试验动物,从营养调控的角度,围绕生长性能和瘤胃发酵两个方面,开展过瘤胃胆碱(rumen-protected c... 详细信息

贵州山羊存栏量明显增加,黔北麻羊最具地方特色;但总体来说,饲养技术水平较低,尤其缺乏营养调控的技术研究。本文以贵州省独有的黔北麻羊为试验动物,从营养调控的角度,围绕生长性能和瘤胃发酵两个方面,开展过瘤胃胆碱(rumen-protected choline,RPC)、营养强化剂(代乳粉)、白酒糟对黔北麻羊饲养效果的研究,为贵州山羊的科学养殖技术提供理论参考。第一部分过瘤胃胆碱对黔北麻羊饲喂效果的研究试验一:过瘤胃胆碱对黔北麻羊羔羊生长性能及血浆生化指标的影响采用非配对试验设计,选取体重相近、体况良好的黔北麻羊羔羊20只,随机分为对照组和试验组,每组10个重复,每个重复1只羊。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加10 g/d的RPC。试验期40 d,其中预饲期10 d,正试期30d。检测指标包括干物质采食量(dry matter intake,DMI)、平均净增重(average net gain,ANG)、平均日增重(average daily gain,ADG)、料重比(ratio of feed to gain,F/G)、常规养分表观消化率、氮利用率及血浆超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)、丙二醛(malondialdehyde,MDA)、葡萄糖(glucose,Glu)、尿素氮(urea nitrogen,UN)、极低密度脂蛋白(very low density lipoprotein,VLDL)、甘油三酯(triglyceride,TG)、总胆固醇(total cholesterol,TC)、肌酐(creatinine,Cr)、总蛋白(total protein,TP)、白蛋白(albumin,Alb)及球蛋白(globulin,Glo)。结果表明:(1)与对照组相比,补饲RPC可显著提高(P0.05),但可显著提高(P0.05)。由此可见,补饲RPC 10 g/d可提高黔北麻羊羔羊生长性能,对血浆生化指标没有显著影响。试验二:过瘤胃胆碱对黔北麻羊羯羊瘤胃发酵及血浆生化指标的影响选取体况良好,年龄、体重一致的成年黔北麻羊羯羊6只,分为对照组和试验组,每组3个重复,每个重复1只羊。采用2×3交叉试验设计,对照组饲喂基础饲粮,试验组在对照组的基础上添加10 g/d的RPC。试验分2期,持续30 d,每期15 d,包括14 d预饲期和1 d正试期。每期采集瘤胃液,测定p H、氨态氮(ammonia nitrogen,NH3-N)浓度、微生物蛋白(microbial protein,MCP)浓度、挥发性脂肪酸(volatile fatty acid,VFA;乙酸;丙酸;丁酸),微晶纤维素酶、羧甲基纤维素酶、纤维二糖酶、木聚糖酶活性及部分血浆生化指标(Glu、UN、TP、Alb、TC、TG、Cr)。结果显示:(1)在山羊饲粮中补饲RPC对瘤胃液p H、NH3-N浓度、MCP产量、4种纤维素酶活性及VFA数值影响较小,2组间差异均未达到显著水平(P>0.05)。(2)相应地,RPC对山羊血浆生化指标影响较小,各数据间也没有表现出差异显著水平(P>0.05)。由此可见,补饲10 g/d的RPC对黔北麻羊瘤胃发酵参数和血浆生化指标不会产生负面效应。第二部分代乳粉对黔北麻羊饲喂效果的研究试验一:代乳粉对黔北麻羊羔羊生长性能及血浆生化指标的影响采用单因子随机区组设计,选取体重相近、体况良好的黔北麻羊羔羊40只,随机分成4组:对照组、试验1组、试验2组、试验3组,每组10个重复,每个重复1只羊。对照组饲喂基础饲粮,代乳粉水平为0%;试验1组、2组、3组分别在对照组中添加2%、4%及6%的代乳粉。检测指标包括DMI、ANG、ADG、F/G、常规养分表观消化率、氮利用率及血浆总抗氧化应激能力(total antioxidant capacity,T-AOC)、SOD、谷胱甘肽过氧化物酶(glutathione peroxidase,GSH-Px)、过氧化氢酶(catalase,CAT)、MDA、Glu、UN、碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,AKP)、溶菌酶(lysozyme,LZM)。结果表明:(1)补饲代乳粉可显著提高(P<0.05)

关键词：过瘤胃胆碱代乳粉白酒糟生长性能瘤胃发酵黔北麻羊

马立克氏病病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

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中国兽医科学 2023年第2期53卷 170-175页

作者：刘蔓蔓温贵兰李涛李波田兴舟胡璇孙芸罗东还赵静徐飞贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025 贵州省动物疫病预防控制中心贵州贵阳550025 贵州省畜禽遗传资源管理站贵州贵阳550001

根据马立克氏病病毒PP38基因的一段特异性保守序列设计引物,将MDV的PP38基因构建到19T载体上,将获得的重组质粒作为标准阳性模板,建立了针对马立克氏病病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的特异性、灵敏性和重复性... 详细信息

根据马立克氏病病毒PP38基因的一段特异性保守序列设计引物,将MDV的PP38基因构建到19T载体上,将获得的重组质粒作为标准阳性模板,建立了针对马立克氏病病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的特异性、灵敏性和重复性进行了评价。结果显示,所建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法的Ct值与标准品在6.53×10^(1)~6.53×10^(8)copies/μL范围内呈良好的线性关系,其线性相关系数R^(2)=0.998 8,标准曲线方程为Y=-3.271X+39.297,熔解曲线呈现单峰,无非特异性扩增。且检测J亚群禽白血病病毒(ALV-J)、新城疫病毒(NDV)、传染性支气管炎病毒(IBV)、禽流感病毒(AIV)和鸡传染性贫血病毒(CIAV)时结果均呈阴性,具有良好的特异性。对20份临床组织样品检测结果进行分析发现,与普通PCR检测结果相比阳性率高出20%。本研究建立的检测MDV的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法可用于马立克氏病病毒的快速诊断,对马立克氏病的监测具有重要意义。

关键词：马立克氏病病毒 SYBR GreenⅠ 实时荧光定量PCR

新农科建设背景下《生物统计附试验设计》课程教学改革与实践

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贵州畜牧兽医 2023年第6期47卷 28-30页

作者：李辉赵佳福段志强陈祥陈伟张福平田兴舟贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025

文章基于“新农科”建设的新要求,概述了《生物统计附试验设计》课程传统教学存在的问题,从教学内容重构、教学方法创新、考核方式优化、电子教材建设等方面进行教学改革的创新做法和取得的成效,并提出团队要始终落实“立德树人”根本任... 详细信息

文章基于“新农科”建设的新要求,概述了《生物统计附试验设计》课程传统教学存在的问题,从教学内容重构、教学方法创新、考核方式优化、电子教材建设等方面进行教学改革的创新做法和取得的成效,并提出团队要始终落实“立德树人”根本任务,不断适应时代变革、提升自身素质的课程改革理念。

关键词：生物统计课程教学教学改革

RNA-Seq技术在牛羊产业相关领域中的应用研究进展

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黑龙江畜牧兽医 2023年第6期 36-42页

作者：敖叶周迪王燕陈光侯龚菲任丽群李建伟蒋桂荣王昌毅蔡福陶田兴舟贵州省种畜禽种质测定中心贵阳550018 贵州大学动物科学学院贵阳550025

随着转录组测序(transcriptome sequencing, RNA-Seq)技术的发展,研究人员能够更深层次地分析和探究RNA的结构与功能,进而揭示差异表达基因与生物体之间的联系。牛羊肉及其副产品作为人类主要蛋白质来源之一,已成为消费者喜欢的保健型... 详细信息

随着转录组测序(transcriptome sequencing, RNA-Seq)技术的发展,研究人员能够更深层次地分析和探究RNA的结构与功能,进而揭示差异表达基因与生物体之间的联系。牛羊肉及其副产品作为人类主要蛋白质来源之一,已成为消费者喜欢的保健型肉食品,但受繁殖率、炎症等因素影响,其产量不高,因此,牛羊繁殖、肉品质、炎症等性状的遗传机制成为了研究焦点之一。在RNA-Seq技术未得到广泛应用前,主要利用传统的单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism, SSCP)、微卫星标记、DNA重组等技术进行分子遗传机制研究,但均未解析相关性状的主效基因。近年来,RNA-Seq技术广泛应用于牛羊繁殖、肉品质、炎症等研究领域,并取得了一系列成果,加快了牛羊研究领域的发展。文章介绍了国内外RNA-Seq技术在牛羊相关研究领域的最新应用进展,旨在为后续牛羊及其他反刍动物相关性状的遗传机制研究提供参考资料。

关键词：转录组测序差异表达基因牛羊繁殖性状肉质性状