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基于小鼠芯片数据挖掘猪生长发育性状的候选基因集

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基于小鼠芯片数据挖掘猪生长发育性状的候选基因集

作者：王琼萍上海交通大学

学位级别：硕士

猪的生长发育性状是重要的经济性状。然而,到目前为止,对于猪生长发育的相关机理还不是很清楚,已经大量开展的数量性状基因座(quantitative trait locus, QTL)定位研究成果也不能很好地运用到育种实践中来。这些因素都制约着猪种的遗传... 详细信息

猪的生长发育性状是重要的经济性状。然而,到目前为止,对于猪生长发育的相关机理还不是很清楚,已经大量开展的数量性状基因座(quantitative trait locus, QTL)定位研究成果也不能很好地运用到育种实践中来。这些因素都制约着猪种的遗传改良。为更好地阐释从基因到性状表型的生物学过程,本研究利用候选基因集法部分流程,旨在寻找影响猪生长发育的候选基因集,为育种实践提供理论支持。具体内容和结果如下所述: 首先,从NCBI的GEO数据库中收集了四套最近发表的Affymetrix的商业化的全基因组表达谱芯片数据,分别为GSE9484、GSE7863、GSE14710、GSE10428,均与小鼠骨骼肌生长发育相关,实验设计分别是基于四种不同的因子(Akt1,Galgt2, STAT5, RB1),数据集均分别用基因集富集分析法(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)分析。由于其设计方法的不同,我们将前两者及后两者分别进行整合,得到显著上调及显著下调通路分别为24条、15条及5条、1条。其中,缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解,淀粉和蔗糖代谢通路是两个整合中共有的结果。所以,共得到上调和下调的候选基因集27个和17个。其次,利用比较基因组学的手段,将小鼠通路基因与猪的cDNA库进行比对,将序列的相似度大于75%的序列视为同源基因。并且将这些同源基因与猪原有的通路成员做对比,将尚不存在于猪通路的成员加入从而组成新的通路作为后续研究的候选基因集。最后,将这些新的通路成员通过基因碱基位置在已报道的QTL区域上进行映射分析,将候选基因集成员分别对应到了猪日增重、平均日采食量、蛋白沉积率、肩胛骨长度、骨骺评分、屠宰日龄、胫骨长度、尺骨长度、肱骨长、达100kg日龄、股骨骨矿物质密度、股骨长度、脂质沉积率等生长性状的QTL上,这些对应到与具体生长性状相关联的QTL上的基因可作为候选基因(QTG)。然后,将现有的两个SNP数据库,即NCBI的dbSNP库和Illumina的Porcine 60K芯片数据库的SNP定位到候选QTG上,得到314个候选QTN。综上所述,本文通过对小鼠骨骼肌生长发育相关表达谱芯片的分析及整合分析,并利用比较基因组学的方法将其比对到猪上,发现生长发育相关候选基因集。然后将这些基因集成员与猪的QTL数据库进行映射得到生长发育相关候选QTG,继而利用现有SNP数据库得到候选QTN。这些通路和基因可作为影响猪生长发育候选通路和基因,不仅可以对现有生长发育相关基因有更深入的了解,还有助于发现新的相关候选基因,为猪育种提供新的理论依据。

关键词：微阵列芯片比较基因组学生长性状候选基因集

支气管热成形术联合射麻止喘液对重症哮喘患者的疗效及生化指标的影响

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系统医学 2022年第17期7卷 92-94,142页

作者：陈明辉龙发王琼萍中国科学院大学深圳医院(光明)呼吸与危重症医学科广东深圳518106

目的研究支气管热成形术(bronchial thermoplasty,BT)联合射麻止喘液对重症哮喘患者的疗效及生化指标的影响。方法选取2017年12月-2020年1月中国科学院大学深圳医院收治的重症哮喘患者60例,按照信封法随机等分为联合组及常规组,各30例... 详细信息

目的研究支气管热成形术(bronchial thermoplasty,BT)联合射麻止喘液对重症哮喘患者的疗效及生化指标的影响。方法选取2017年12月-2020年1月中国科学院大学深圳医院收治的重症哮喘患者60例,按照信封法随机等分为联合组及常规组,各30例。常规组实施沙美特罗替卡松粉吸入剂(ICS-LABA)治疗,联合组实施BT联合射麻止喘液治疗。比较两组临床疗效、治疗前后肺功能、血清及肺泡灌洗液(BALF)中IL 17、TGF-β水平的变化情况。结果联合组总有效率(96.67%)明显高于常规组(76.67%),差异有统计学意义(χ^(2)=5.192,P0.05)。治疗后,联合组血清及BALF中的IL-17、TGF-β水平均显著低于常规组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论BT联合射麻止喘液可改善重症哮喘患者血清及BALF中的IL-17、TGF-β水平,疗效显著。

关键词：重症哮喘支气管热成形术射麻止喘液疗效生化指标

丙酸通路基因多态性与猪肉质及胴体性状的关联分析

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遗传 2012年第7期34卷 872-878页

作者：杨帆王琼萍何侃王明辉潘玉春上海交通大学农业与生物学院上海200240

为了挖掘新的猪肉品质及胴体性状的候选基因,揭示猪肉质及胴体性状的遗传机制,文章将丙酸代谢通路作为候选通路,将通路内基因与猪肉质及胴体性状进行关联分析。实验采用37头三元杂交商品猪作为研究对象,首次针对丙酸通路中7个基因的36个... 详细信息

为了挖掘新的猪肉品质及胴体性状的候选基因,揭示猪肉质及胴体性状的遗传机制,文章将丙酸代谢通路作为候选通路,将通路内基因与猪肉质及胴体性状进行关联分析。实验采用37头三元杂交商品猪作为研究对象,首次针对丙酸通路中7个基因的36个SNP位点利用SNaPshot方法进行基因分型,分别用最小二乘模型及MB-MDR模型与肉质及胴体性状进行关联分析。结果发现,基因PCCB、MUT、MCEE及ACSS2上的4个SNP位点分别与肌内脂肪含量、背膘厚等性状显著相关(P<0.05),ACSS2与猪脂肪含量显著相关;MCEE及MUT与猪的背膘厚显著相关;PCCB基因与脂重显著相关。通过MB-MDR方法检测到多个SNP位点具有互作效应,并与背膘厚、水分含量、脂肪含量显著相关(P<0.05)。另外,丙酸代谢通路中的基因间的互作效应对猪肉品质有显著影响。

关键词：丙酸代谢通路多态性肉质品质胴体品质 SNaPshot

基于网络药理学方法探讨玉屏风散治疗慢性阻塞性肺疾病的分子机制研究

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系统医学 2022年第2期7卷 85-88页

作者：陈明辉王琼萍蒋慧马少欣中国科学院大学深圳医院(光明)呼吸与危重症医学科广东深圳518106

目的观察基于网络药理学方法分析慢性阻塞性肺疾病予以玉屏风散治疗的分子机制研究。方法利用网络药理学数据库筛选玉屏风散的有效成分,选择由广州中医药大学动物实验中心提供的健康SD大鼠70只,分为模型组、正常对照组,玉屏风低、中、... 详细信息

目的观察基于网络药理学方法分析慢性阻塞性肺疾病予以玉屏风散治疗的分子机制研究。方法利用网络药理学数据库筛选玉屏风散的有效成分,选择由广州中医药大学动物实验中心提供的健康SD大鼠70只,分为模型组、正常对照组,玉屏风低、中、高剂量组,泼尼松组、泼尼松联合玉屏风中剂量组,每组10只,Western Blot检测肺组织中水通道蛋白5(AQP5)、黏蛋白5(MUC5AC)的表达;RT-PCR法检测肺组织中AQP5、MUC5AC mRNA的表达。结果除正常对照组外,泼尼松联合玉屏风中剂量组的AQP5蛋白(0.59±0.16)、其mRNA(2.48±0.19)明显高于其他各组,差异有统计学意义(P<0.05);玉屏风散组随着剂量的增加,AQP5蛋白、其mRNA逐渐增高(P<0.05);除正常对照组外,泼尼松联合玉屏风中剂量组的MUC5AC蛋白(0.27±0.05)、其mRNA(1.25±0.03)指标明显低于其他各组,差异有统计学意义(P<0.05);玉屏风散组随着剂量的增加,MUC5AC蛋白、mRNA含量逐渐减低,差异有统计学意义(P<0.05)。结论慢性阻塞性肺疾病进行玉屏风散治疗,可促使肺组织中的AQP5蛋白增高,而MUC5AC蛋白水平下降,纠正黏蛋白/水盐比例紊乱是其治疗COPD的分子机制。

关键词：慢性阻塞性肺疾病 MUC5AC蛋白 AQP5蛋白玉屏风散

重度支气管哮喘支气管热成形术后行吸气肌训练护理对哮喘控制水平、气道重塑及生活质量的影响

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国际护理学杂志 2022年第17期41卷 3182-3185页

作者：黄文婷王琼萍陈素玲龙亮中国科学院大学深圳医院(光明)呼吸与危重症医学科 518106

目的探讨重度支气管哮喘支气管热成形术后行吸气肌训练护理对哮喘控制水平、气道重塑及生活质量的影响。方法选取2018年2月至2020年1月在该院接受治疗的重度支气管哮喘患者96例, 随机分为对照组和观察组, 每组48例。对照组行支气管热成... 详细信息

目的探讨重度支气管哮喘支气管热成形术后行吸气肌训练护理对哮喘控制水平、气道重塑及生活质量的影响。方法选取2018年2月至2020年1月在该院接受治疗的重度支气管哮喘患者96例, 随机分为对照组和观察组, 每组48例。对照组行支气管热成形术治疗后进行常规护理, 观察组在此基础上加以吸气肌训练。比较两组患者临床疗效、哮喘控制水平、气道重塑及生活质量改善情况。结果治疗后观察组总有效率高于对照组, 差异有统计学意义(P<0.05);治疗后两组患者ACT评分及成人哮喘患者生活质量量表得分均明显升高, 但观察组升高幅度明显大于对照组, 差异有统计学意义(P<0.05);治疗后两组患者支气管总管壁厚度、气管内壁厚度及气道平滑肌厚度均明显下降, 但观察组下降幅度明显大于对照组, 差异有统计学意义(P<0.05)。结论支气管热成形术后患者行吸气肌训练可明显提高重度支气管哮喘疗效, 提高患者哮喘控制水平及生活质量, 降低气道重塑水平。

关键词：重度支气管哮喘支气管热成形术吸气肌训练哮喘控制水平气道重塑

基于OEC模式的护理在难治性哮喘患者中的应用效果

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当代护士（下旬刊） 2023年第2期30卷 1-5页

作者：黄文婷陈素玲王琼萍龙亮付鹏中国科学院大学深圳医院(光明) 深圳518000

目的探讨基于OEC模式的护理在难治性哮喘患者中的应用效果。方法以便利抽样法选取中国科学院大学深圳医院(光明)2019年1月—2021年1月收治的84例难治性哮喘患者作为研究对象。采用随机数字表法将其分成研究组及对照组,每组各42例。对照... 详细信息

目的探讨基于OEC模式的护理在难治性哮喘患者中的应用效果。方法以便利抽样法选取中国科学院大学深圳医院(光明)2019年1月—2021年1月收治的84例难治性哮喘患者作为研究对象。采用随机数字表法将其分成研究组及对照组,每组各42例。对照组接受常规护理干预,研究组则在对照组的基础上再接受基于OEC模式的护理。两组均连续干预3个月。分析两组护理质量,干预前、后心理状态以及日常生活活动能力变化情况,护理满意度等方面的差异。结果研究组健康教育、管理病房以及护理操作评分分别为(88.74±3.30)分、(90.40±2.31)分、(92.15±2.51)分,均高于对照组的(78.98±4.12)分、(80.55±3.78)分、(80.78±4.11)分(均P<0.001)。干预后研究组的SAS、SDS评分均低于对照组(均P<0.001)。干预后研究组及对照组的日常生活活动能力量表评分均高于干预前,且研究组高于对照组(均P<0.001)。研究组各项护理满意度评分均高于对照组(P<0.05或P<0.001)。结论基于OEC模式的护理对难治性哮喘患者护理质量的提升效果显著,同时有利于改善患者的心理状态以及日常生活活动能力,提高护理满意度。

关键词：难治性哮喘 OEC模式护理护理质量心理状态

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成人重症哮喘发病情况及其危险因素分析

实用心脑肺血管病杂志 2022年第3期30卷 74-77页

作者：黄文婷王涛王琼萍陈素玲龙亮中国科学院大学深圳医院(光明)呼吸与危重症医学科广东省深圳市518106

背景哮喘为临床常见病,据调查哮喘患者中有5%~10%为重症哮喘患者,且重症哮喘是患者死亡的重要原因。但关于重症哮喘的研究资料较少,这很大程度上可能与目前国际上对于重症哮喘的定义尚未完全统一有关,重症哮喘的危险因素也尚未完全明确... 详细信息

背景哮喘为临床常见病,据调查哮喘患者中有5%~10%为重症哮喘患者,且重症哮喘是患者死亡的重要原因。但关于重症哮喘的研究资料较少,这很大程度上可能与目前国际上对于重症哮喘的定义尚未完全统一有关,重症哮喘的危险因素也尚未完全明确。目的调查成人重症哮喘发病情况并分析其危险因素。方法选择2018年2月至2020年7月在中国科学院大学深圳医院(光明)接受治疗的哮喘患者429例为调查对象。根据重症哮喘发生情况将患者分为重症哮喘组与非重症哮喘组。采用自制一般资料问卷对患者进行调查,采用多因素Logistic回归分析探讨成人重症哮喘的影响因素。结果共发放问卷429份,回收有效问卷421份,有效回收率为98.14%。在421例患者中共41例(9.74%)为重症哮喘。多因素Logistic回归分析结果显示:年龄增长〔OR=1.534,95%CI(1.089,2.162)〕、有吸烟史〔OR=1.435,95%CI(1.036,1.986)〕、有过敏史〔OR=1.438,95%CI(1.032,2.002)〕、家庭1年内装修〔OR=1.571,95%CI(1.087,2.272)〕、家中使用地毯〔OR=1.608,95%CI(1.095,2.361)〕、饲养宠物〔OR=1.550,95%CI(1.098,2.188)〕及家中种养花草〔OR=1.556,95%CI(1.091,2.218)〕为成人重症哮喘的危险因素(P<0.05)。结论9.74%的成人哮喘患者为重症哮喘,年龄增长、有吸烟史、有过敏史、家庭1年内装修、家中使用地毯、饲养宠物及家中种养花草是成人重症哮喘的危险因素,临床应注意对上述因素进行干预以降低重症哮喘的发病率。

关键词：哮喘成年人危险因素

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细菌多糖对罗非鱼血清免疫功能影响的研究

饲料工业 2009年第10期30卷 22-24页

作者：韩璐王彦波王琼萍韩剑众浙江工商大学食品质量安全系浙江省食品安全重点实验室杭州310035

以罗非鱼为试验动物,研究细菌多糖对其血清总蛋白、白蛋白、溶菌酶和补体C3含量以及髓过氧化物酶活性的影响。结果显示,与对照组比较,试验组血清总蛋白和白蛋白含量没有显著变化,但是补体C3含量以及髓过氧化物酶活性显著升高(P<0.05)。... 详细信息

以罗非鱼为试验动物,研究细菌多糖对其血清总蛋白、白蛋白、溶菌酶和补体C3含量以及髓过氧化物酶活性的影响。结果显示,与对照组比较,试验组血清总蛋白和白蛋白含量没有显著变化,但是补体C3含量以及髓过氧化物酶活性显著升高(P<0.05)。此外,饵料中添加0.10和0.20g/kg细菌多糖的试验组溶菌酶的含量比对照组显著提高(P<0.05),但是试验组间差异不显著。试验表明饵料中添加一定浓度的细菌多糖可以显著提高罗非鱼血清中部分免疫指标,对增强罗非鱼的免疫功能具有重要的作用。

关键词：细菌多糖罗非鱼免疫多糖

神经肌肉电刺激联合呼吸训练在慢性阻塞性肺疾病康复中的应用效果

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临床医学工程 2022年第5期29卷 591-592页

作者：蒋慧陈明辉甘景帆王琼萍中国科学院大学深圳医院(光明)呼吸与危重症医学科广东深圳518106

目的探讨神经肌肉电刺激联合呼吸训练在慢性阻塞性肺疾病(COPD)康复中的应用效果。方法选取我院2020年5月至2021年5月收治的COPD患者66例,随机分为观察组与对照组,对照组实施常规康复干预联合呼吸训练,观察组在对照组基础上采用神经肌... 详细信息

目的探讨神经肌肉电刺激联合呼吸训练在慢性阻塞性肺疾病(COPD)康复中的应用效果。方法选取我院2020年5月至2021年5月收治的COPD患者66例,随机分为观察组与对照组,对照组实施常规康复干预联合呼吸训练,观察组在对照组基础上采用神经肌肉电刺激。对比两组患者的康复效果及肺功能。结果观察组的康复总有效率为96.97%,高于对照组的72.73%(P<0.05)。干预后,观察组的FEV1、FVC、PEF均明显高于对照组(P<0.05)。结论神经肌肉电刺激联合呼吸训练对COPD患者的康复效果显著,可有效改善患者的肺功能。

关键词：慢性阻塞性肺疾病神经肌肉电刺激呼吸训练康复效果