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新冠病毒感染者病毒RNA脱落时间的影响因素研究

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中华实验和临床病毒学杂志 2023年第3期37卷 296-302页

作者：邹鑫许可戴启刚付建光丁松宁王寅王慎骄黄昊頔胡建利周扬霍翔尚庆香鲍倡俊南京医科大学公共卫生学院南京211166 江苏省疾病预防控制中心南京210009 南京市疾病预防控制中心南京210003 扬州市疾病预防控制中心扬州225007

目的了解新冠病毒感染者病毒RNA脱落时间与病毒单核苷酸突变和感染者人口、基础疾病等因素的关系,为新冠病毒感染动力学的研究提供更多线索。方法收集江苏省2021年7月至9月暴发的一起新冠肺炎聚集性疫情感染者流行病学、临床表现、基础... 详细信息

目的了解新冠病毒感染者病毒RNA脱落时间与病毒单核苷酸突变和感染者人口、基础疾病等因素的关系,为新冠病毒感染动力学的研究提供更多线索。方法收集江苏省2021年7月至9月暴发的一起新冠肺炎聚集性疫情感染者流行病学、临床表现、基础疾病等资料,采集病例鼻咽拭子样本,采用二代测序技术对样本进行病毒全基因组测序。利用在线分析平台判断病毒型别、分析突变位点,利用Cox比例风险模型分析新冠病毒RNA脱落时间与各研究因素的关系。结果本起新冠疫情最终获得病毒全基因组序列的人员350例,其中女性占60.3%,年龄中位数49岁[四分位数间距(IQR,37~65岁)],中位病毒RNA脱落时间33天(IQR,26~44天)。全基因组测序分析显示,同武汉参考株序列相比,感染者序列存在34~41个核苷酸突变位点,属于VOC/Delta变异株(B.1.617.2进化分支),C346T、C1060T、T2803C、T7513C、A29681C为本起疫情350例病例新冠病毒基因组序列主要单核苷酸变异位点(SNP)。单因素Cox回归分析显示,年龄、基础疾病、临床分型、疫苗接种情况、SNP T2803C和T7513C对新冠病毒RNA的脱落时间存在影响;调整后的多因素Cox回归结果显示,年龄[HR=0.73,95%CI(0.55,0.95)]及T7513C[HR=0.37,95%CI(0.18,0.77)]仍然是新冠病毒RNA脱落时间延长的危险因素。结论本研究从病例个体因素和病毒单核苷酸变异两个角度分析了对病毒RNA脱落时间的影响,发现年长、患有高血压、较重临床症状、未接种或未全程接种疫苗,感染病毒存在T7513C突变者,存在新冠病毒RNA脱落时间较长的风险,应给予重点关注和康复后随访。

关键词：新型冠状病毒病毒RNA脱落时间危险因素突变

浊点萃取-高效液相色谱法同时测定水中多种二苯醚类除草剂残留

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四川大学学报（医学版） 2010年第1期41卷 148-152页

作者：何成艳黎源倩王慎骄欧阳华学郑波四川大学华西公共卫生学院卫生检验学教研室成都610041

目的建立同时测定水中多种二苯醚类除草剂残留的浊点萃取-高效液相色谱分析方法。方法水样中8种二苯醚类除草剂(苯达松、氟磺胺草醚、三氟羧草醚、苯草醚、甲羧除草醚、乙羧氟草醚、除草醚、乙氧氟草醚)的残留经Triton X-114萃取,采用... 详细信息

目的建立同时测定水中多种二苯醚类除草剂残留的浊点萃取-高效液相色谱分析方法。方法水样中8种二苯醚类除草剂(苯达松、氟磺胺草醚、三氟羧草醚、苯草醚、甲羧除草醚、乙羧氟草醚、除草醚、乙氧氟草醚)的残留经Triton X-114萃取,采用高效液相色谱法,用C18色谱柱分离,以甲醇-三乙胺-盐酸溶液作流动相,梯度洗脱,在波长为300 nm处测定。采用Triton X-114进行浊点萃取,分别优化了影响萃取效率的表面活性剂浓度、水样pH值、盐浓度、平衡温度及时间等条件,并对待测物检测波长、流动相梯度洗脱、流动相pH值、流速和柱温等色谱条件进行了优化。结果在优化的条件下,待测除草剂的质量浓度在0.05～2.00 mg/L范围内与其峰面积呈良好的线性关系(r=0.9991～0.9998),水样的平均加标回收率,除苯达松较低以外,均在80.1%～100.9%之间,相对标准偏差(RSD)为2.70%～6.40%;对于50.0 mL水样,本方法的检出限为0.10～0.50μg/L。结论本法简便、快速、准确、灵敏度高,能满足环境水样中多种二苯醚类除草剂残留分析要求。

关键词：浊点萃取高效液相色谱法二苯醚类除草剂农药残留分析水样

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1株H5N6亚型禽流感病毒分子特征分析

中华实验和临床病毒学杂志 2016年第4期30卷 361-364页

作者：余慧燕邓斐王慎骄霍翔戴启刚祁贤江苏省疾病预防控制中心急性传染病防治所南京210009

目的对从某活禽市场环境中分离出的1株H5N6亚型禽流感病毒（A/environment/Zhenjiang/C13/2013,en/c13）进行全基因组序列测定,以揭示其基因起源和分子遗传特征.方法采用二代测序技术对该分离株进行全基因组测序,MEGA6.0软件进行序列... 详细信息

目的对从某活禽市场环境中分离出的1株H5N6亚型禽流感病毒（A/environment/Zhenjiang/C13/2013,en/c13）进行全基因组序列测定,以揭示其基因起源和分子遗传特征.方法采用二代测序技术对该分离株进行全基因组测序,MEGA6.0软件进行序列比对和构建系统发生树.结果分离株NA基因与近年来中国禽类中流行的H6N6亚型禽流感的NA基因处于同一进化分支,其他7个基因（PB2、PB1、PA、HA、NP、M和NS）都与近年来东亚地区流行的H5N1亚型禽流感的相应基因处于同一进化分支,分离株en/c13的HA蛋白裂解位点为PLREKRRKR ↓ GLF,是高致病性禽流感病毒的典型分子特征序列.HA蛋白上关键受体结合位点226和228位（按照H3亚型的HA蛋白序列排序）氨基酸分别是Gln和Gly,是典型的禽流感病毒受体结合特征.结论奉研究从环境中分离到一株新的基因重配禽流感病毒,其中NA基因来源于H6N6禽流感病毒,而其他7个基因则来源于H5N1禽流感病毒.结果提示我国禽流感病毒基因重配频繁,进化活跃,需要加强对禽流感病毒的持续监测.

关键词：禽流感病毒 H5N6亚型基因重配

江苏省2019—2022年乙型流感病毒Victoria系HA基因特征分析

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国际病毒学杂志 2023年第2期30卷 137-141页

作者：邓斐戴启刚王慎骄祁贤余慧燕鲍倡俊付建光江苏省疾病预防控制中心急传所南京210009

目的分析江苏省2019—2022年乙型流感病毒Victoria系流行特征,了解其基因变异情况,监测江苏省流感活动水平和流行趋势。方法通过"中国流感监测信息系统"收集的江苏省2019—2022年流感样病例监测数据,选取16株乙型流感病毒Victoria系毒... 详细信息

目的分析江苏省2019—2022年乙型流感病毒Victoria系流行特征,了解其基因变异情况,监测江苏省流感活动水平和流行趋势。方法通过"中国流感监测信息系统"收集的江苏省2019—2022年流感样病例监测数据,选取16株乙型流感病毒Victoria系毒株进行全基因组测序,利用MEGA 7软件构建进化树并进行HA基因序列特征分析。结果江苏省2019—2022年监测到的流感病毒中乙型流感病毒Victoria系占绝对优势。16株标本株中2019—2020年度的毒株在V1A.3早期分支,而2021—2022年度的毒株则聚类在3a.2亚型分支。与疫苗株相比,2019—2020及2020—2021年度的毒株发生了1个氨基酸位点的改变并增加了1个糖基化位点,而2021—2022年度的毒株则存在多个位点变异,其中H122Q、A127T、R133G、P144L、N150K、S194D及K200R位于抗原决定簇上。结论江苏省乙型流感病毒Victoria系在多处基因位点发生了变异,提示对该亚型变异的持续监测至关重要,可为疫苗的更新提供重要依据。

关键词：乙型流感病毒 Victoria系监测基因变异

江苏省2010-2014年流感流行特征分析

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中华疾病控制杂志 2016年第9期20卷 901-904页

作者：邓斐资海荣余慧燕王慎骄祁贤戴启刚鲍倡俊汤奋扬江苏省疾病预防控制中心急性传染病防制所江苏省流感省级参比实验室江苏南京210009

目的分析江苏省2010-2014年间流感样病例的流行病学特征,揭示流感流行特点并制定防控策略。方法依据《全国流行性感冒（甲型H1N1流感）监测工作方案》,采集流感哨点医院流感样病例（influenza-like illness,ILI）就诊数,对病例咽拭子... 详细信息

目的分析江苏省2010-2014年间流感样病例的流行病学特征,揭示流感流行特点并制定防控策略。方法依据《全国流行性感冒（甲型H1N1流感）监测工作方案》,采集流感哨点医院流感样病例（influenza-like illness,ILI）就诊数,对病例咽拭子进行流感病毒核酸检测和病毒分离,结果录入国家流感网络监测系统,利用Excel2007和PASW 18.0对数据进行统计分析。结果 2010-2014年间共报告ILI病例123330例,分离14238株流感病毒,分离阳性率为11.54%。职业分布以托幼儿童及散居儿童为主。年龄分布以0~4岁组所占比例最大。结论江苏省流感每年有两个高峰期,分别是1~3月和7~10月。2010-2012年,B型和季节性H3N2是主要流行亚型。2013-2014年,甲型H1N1和季节性H3N2成为主要流行株亚型。

关键词：流感,人哨点监测流行病学方法

江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子特征分析

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南京医科大学学报（自然科学版） 2015年第6期35卷 812-822页

作者：资海荣郭艳邓斐余慧燕王慎骄汤奋扬祁贤卫平民东南大学公共卫生学院流行病学教研室江苏南京210009 江苏省疾病预防控制中心江苏南京210009

目的：分析江苏省2013年甲型H1N1（09pdm）流感病毒血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）变异情况,分析其遗传进化特征。方法：按照流感样病例定义,收集江苏省各哨点医院流感样病例标本,阳性样本经病毒分离培... 详细信息

目的：分析江苏省2013年甲型H1N1（09pdm）流感病毒血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）变异情况,分析其遗传进化特征。方法：按照流感样病例定义,收集江苏省各哨点医院流感样病例标本,阳性样本经病毒分离培养及亚型鉴定。选取2013年不同时间段、不同地区具有代表性的14株甲型H1N1（09pdm）阳性毒株,利用特异性引物扩增HA、NA基因,测序并分析其遗传进化特征。结果：14株分离毒株与疫苗株A/California/07/2009（H1N1）的HA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~98.4%和96.5%~98.0%。NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为98.4%~98.9%和97.0%~98.5%。遗传进化分析表明,14株分离株HA和NA基因分属于不同的进化谱系。分子特征表现为HA氨基酸序列出现D114N、K300E、E516K的变异,NA分子特征表现为N44S位点变异。从2013年左右开始甲型H1N1（09pdm）流感基因多样性增加;通过FEL模型得到一个正向压力选择HA氨基酸位点310,一个正向压力选择NA氨基酸位点4,通过REL模型得到9个正向压力选择HA氨基酸位点179、180、239、301、303、310、311、312、313（含位点310）,5个正向压力选择NA氨基酸位点4、23、52、287、374（含位点4）。HA蛋白具有9个潜在糖基化位点,7个位于HA1上,2个位于HA2上;NA蛋白共有9个潜在糖基化位点。14株分离毒株在NA蛋白酶活性中心及周围辅助位点上均未发现变异。结论：2013年江苏省甲型H1N1（09pdm）流感HA、NA基因变异加快,遗传多样性增加,未来的遗传进化值得进一步关注。

关键词：甲型H1N1(09pdm) 血凝素神经氨酸酶分子特征

1968-2014年中国甲型H3N2流感病毒PB1基因进化分析

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微生物学通报 2016年第3期43卷 593-600页

作者：郭艳颜文娟邓斐余慧燕王慎骄汤奋扬祁贤卫平民东南大学公共卫生学院江苏南京210009 江苏省疾病预防控制中心江苏南京210009

【目的】分析季节性H3N2流感病毒PB1基因序列的变异情况,揭示H3N2流感病毒PB1基因的分子特征与进化趋势。【方法】对1968-2014年中国地区82株人H3N2毒株、2012-2014年江苏省分离的81株甲型H3N2流感病毒、6株SIV和4株AIV H3N2亚型PB1、PB... 详细信息

【目的】分析季节性H3N2流感病毒PB1基因序列的变异情况,揭示H3N2流感病毒PB1基因的分子特征与进化趋势。【方法】对1968-2014年中国地区82株人H3N2毒株、2012-2014年江苏省分离的81株甲型H3N2流感病毒、6株SIV和4株AIV H3N2亚型PB1、PB1-F2基因进行分子进化分析。【结果】1968-2014年中国H3N2流感毒株PB1核苷酸和氨基酸相似性分别为90.91%-100%和96.91%-100%。系统进化树分析,1968-2014年共173株H3N2流感病毒总体上分为4个分支,2002-2014年分离毒株位于第IV分支上,1968-1994年分离毒株位于第II和III分支;猪源H3N2亚型分布于第I、II、IV分支上;分子特征显示PB1氨基酸52、113、179、216、576、586、619、621、709位在2002年以后发生适应性改变,替换了原来的氨基酸;PB1-F2基因编码截断型蛋白长度有52、34、25、24、11 aa(猪源),PB1-F2蛋白毒力关键位点上未出现高致病性特征突变。【结论】自1968年起H3N2亚型PB1基因变异逐步趋于稳定,且PB1-F2截断型毒株正逐渐成为一类新的进化特征,但PB1基因与其他亚型之间发生重配以及关键毒力位点的变异仍应是监测的重点。

关键词： H3N2流感病 PB1基因 PB1-F2蛋白进化分析

2016～2017年江苏省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因分子进化分析

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病毒学报 2017年第5期33卷 685-690页

作者：余慧燕许可邓斐王慎骄霍翔黄昊頔祁贤江苏省疾病预防控制中心急性传染病防治所南京210009

本研究对2016~2017年江苏省23株人感染H7N9禽流感病毒的HA基因和NA基因分子进化特征进行分析,为更好的预防和治疗人感染H7N9禽流感病例提供科学依据。通过RT-PCR方法扩增23株病毒的HA和NA基因,采用Sanger测序法进行测序,序列分析采用Meg... 详细信息

本研究对2016~2017年江苏省23株人感染H7N9禽流感病毒的HA基因和NA基因分子进化特征进行分析,为更好的预防和治疗人感染H7N9禽流感病例提供科学依据。通过RT-PCR方法扩增23株病毒的HA和NA基因,采用Sanger测序法进行测序,序列分析采用Mega6.0等软件。结果显示:23株H7N9病毒的HA和NA基因与WHO最新推荐的候选疫苗株A/Hunan/2650/2016同源性较高(HA基因核苷酸与推导氨基酸序列同源性分别为99.1%~99.4%,99.5%~100%;NA基因核苷酸与推导氨基酸序列同源性分别为97.7%~98.0%,98.2%~98.5%)。23株病毒HA蛋白裂解位点序列均为PEIPKGR/GL,未出现多个碱性氨基酸,属于低致病性禽流感病毒分子特征。HA蛋白受体结合位点出现了G186V、Q226L、A134V氨基酸位点的变化,保留双受体结合特性。其中一株病毒A/Suzhou/88/2016的NA蛋白发生H276Y变异,表明对神经氨酸酶抑制剂产生抗性。2016~2017年江苏省禽流感H7N9病毒株HA基因和NA基因处于不断的点突变当中,提示我们需要加强对江苏省H7N9禽流感病毒进行持续的病原学监测。

关键词： H7N9禽流感病毒 RT-PCR HA基因 NA基因序列分析

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1例人感染H7N4禽流感病毒分子溯源研究

中华微生物学和免疫学杂志 2018年第9期38卷 665-672页

作者：邓斐彭杰夫崔仑标祁贤王慎骄余慧燕许可霍翔鲍倡俊江苏省疾病预防控制中心南京210009

目的对1例人感染H7 N4禽流感病毒进行分子诊断和溯源.方法通过荧光定量PCR法对标本进行流感病毒分型检测.在下一代测序平台上对原始标本和病毒分离物进行全基因组测序,利用BLASTs、ClustalX和MEGA 6.1等软件进行序列比对和系统进化分... 详细信息

目的对1例人感染H7 N4禽流感病毒进行分子诊断和溯源.方法通过荧光定量PCR法对标本进行流感病毒分型检测.在下一代测序平台上对原始标本和病毒分离物进行全基因组测序,利用BLASTs、ClustalX和MEGA 6.1等软件进行序列比对和系统进化分析.结果 2018年1月检测到1例人感染H7 N4亚型禽流感病毒病例.从患者家养的鸡鸭中分离到7株高度同源的病毒.病毒是一种新的基因重配H7 N4亚型禽流感病毒,其8基因节段来源于欧亚大陆的野生水禽.病毒HA蛋白的裂解位点含有1个碱性氨基酸精氨酸（R）,属于低致病性禽流感病毒.HA蛋白的受体结合位点226-228位氨基酸是谷氨酰胺-丝氨酸-甘氨酸（Q-S-G氨基酸排序按照H3亚型HA序列）,保留了对禽类受体 α2-3半乳糖苷唾液酸（SAα2-3Gal）的结合活性.与禽分离病毒PB2蛋白627E不同,人病毒的PB2蛋白627位氨基酸为赖氨酸（K）,增强了该病毒对人的适应力.结论报道了一起人感染H7 N4禽流感病毒病例,揭示中国南方庭院式养殖模式为禽流感病毒的跨种传播提供了便利.

关键词：禽流感病毒 H7N4亚型跨种传播