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基于个性化肿瘤HLA-Ⅰ类新生抗原肽预测模型的改进研究

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基于个性化肿瘤HLA-Ⅰ类新生抗原肽预测模型的改进研究

作者：王广志上海海洋大学

学位级别：硕士

疫苗因其能够激活免疫系统以预防或治疗感染和一些其他疾病而对人类健康有着重要的影响,然而预防性的癌症疫苗目前仅对病毒来源的癌症有效,如人类乳头瘤病毒介导的宫颈癌。Sipuleucel-T疫苗是美国食品药品管理局(FDA)首个批准的治疗性... 详细信息

疫苗因其能够激活免疫系统以预防或治疗感染和一些其他疾病而对人类健康有着重要的影响,然而预防性的癌症疫苗目前仅对病毒来源的癌症有效,如人类乳头瘤病毒介导的宫颈癌。Sipuleucel-T疫苗是美国食品药品管理局(FDA)首个批准的治疗性的癌症疫苗,对前列腺癌的治疗也并没有取得预期的良好效果。与其他的免疫疗法相比,例如免疫检查点抑制(CPB,immune checkpoint blockade)、过继T细胞疗法(Adoptive cell transfer,ACT)以及抗原嵌合受体疗法(Chimeric antigen receptors,CARs)相比,大多数疫苗都不能引起显著的临床效果。肿瘤新抗原疫苗是近年来开发出的一种有效的癌症疫苗,也是目前最具前沿性的抗肿瘤疫苗技术之一,接种新抗原疫苗既可以扩大已有的新抗原特异性T细胞群,又可以在癌症患者中诱导更广泛的新型T细胞特异性,增强肿瘤的抑制。同时新抗原疫苗与其他免疫疗法如PD-1/PD-L1联合治疗效果更加显著,使得新抗原疫苗研制成为时下的抗肿瘤研发的热点,尤其是筛选肿瘤新抗原肽的技术成为了疫苗制备的关键。新一代测序技术极大推动了新抗原疫苗的可行性,但从测序识别肿瘤的体细胞突变到TCR(T-cell receptor)识别肿瘤新抗原产生免疫反应中间存在着大量的候选假阳性新抗原多肽,这些无法激活T-cell免疫的多肽给临床实验的验证带来了极大的困扰。这对于针对新抗原肽而设计的肿瘤疫苗无疑是一个大的麻烦。一套有效合理的筛选方法,是新抗原疫苗制备过程中不可或缺的一环,具有极高的现实意义本文立足于肿瘤新抗原预测研究,总结了目前基于生物信息学方法的肿瘤新抗原预测策略,并通过收集文献及数据库中真实经过实验手段验证的HLA-I类表位肽,从多肽序列氨基酸理化性质、结构特征、多肽信息熵角度联合p-HLA预测亲和力评价指标的%rank值,筛选出24种表位免疫原性相关的特征,采用有监督学习算法-随机森林(Random Forest)预测表位肽的免疫原性。对于抗原表位的分类较之先前的研究有着更好的表现:五折交叉验证最优AUC(Area Under Curve)可达0.81;额外收集的外部验证数据集依然展现了良好的分类效果(最优AUC可达0.77)。更进一步,由于新抗原表位是建立在抗原表位基础之上的突变表位,编码区产生的新抗原相对于抗原多肽仅有一到两个氨基酸的不同。因此我们在抗原表位预测模型的基础之上额外增加了三个与突变相关的潜在的免疫原性特征包括:1)突变前后新抗原表位的氨基酸疏水性的变化;2)突变前后新抗原表位p-HLA结合预测评价指标%rank值的变化;3)新抗原突变位点是否位于锚定位置。联合抗原识别预测的24个相关的免疫原性特征,共计27个特征用于训练分类实验验证的新抗原多肽,其最优五折交叉验证AUC可达0.78。最后,基于这两个随机森林算法的模型,我们开发了网页版工具INeo-Epp(http://www.***.online/INeo-Epp/antigen.php),该工具可以实现对抗原及新抗原表位的免疫原性预测,帮助在p-HLA结合预测的基础上更进一步筛选出真实的新抗原肽,辅助缩短新抗原疫苗制备的流程。综上所述,本文从TCR识别HLA-peptide结合(p-HLA)复合物过程入手,收集文献以及相关数据库中实验验证能够产生免疫反应的抗原肽段,探寻产生免疫原性抗原肽所具有特性,为进一步辅助筛选肿瘤新生抗原肽提供新的方案,本研究可以帮助扩充国内关于肿瘤新抗原预测的研究,并有助于相关领域研究者们增加对T-cell识别抗原肽的新的理解,使免疫研究变得更加便捷。

关键词：新抗原抗原表位氨基酸序列免疫原性随机森林肿瘤疫苗

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公路路基加宽施工技术分析

中文科技期刊数据库（引文版）工程技术 2022年第6期 0077-0079页

作者：王广志扬州天达建设集团有限公司江苏扬州225000

在当年社会发展过程中,公路交通系统是我国经济发展中极为重要的基础设施之一。在目前经济水平进一步提高的背景之下,原有的公路宽度已经无法对目前不断增加的交通运输需求予以满足,对原有公路开展有效的路基加宽工作是整体道路交通系... 详细信息

在当年社会发展过程中,公路交通系统是我国经济发展中极为重要的基础设施之一。在目前经济水平进一步提高的背景之下,原有的公路宽度已经无法对目前不断增加的交通运输需求予以满足,对原有公路开展有效的路基加宽工作是整体道路交通系统提升及运输水平所具有的重要方式。由此,需要对公路路基在实际加宽施工中所出现的各类问题开展详细的研究,并且进行有效的分析,对实际路基加宽施工所具有的技术要点进行综合性的研究,以此确保当前公路在实际路径加工过程当中,其整体施工质量能够得到大幅度的提升,使我国的公路建设综合水平得以提高。以下对我国公路路基的实际加宽施工进行详细的分析,希望能够为我国的公路工程提供一定程度的参考。

关键词：公路路基路基施工公路工程

神经外科手术机器人运动学模型参数辨识及评价方法

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生物医学工程学杂志 2019年第6期36卷 994-1002页

作者：李亮丁辉王广志清华大学医学院生物医学工程系

运动学模型参数偏差是影响神经外科手术机器人精度的主要因素。为获得更精确的模型参数,本文提出一种自动参数辨识及评价方法,首先基于运动学回路法建立全套神经外科手术机器人运动学参数辨识方程;并设计多次摇尖策略匹配末端工具与测... 详细信息

运动学模型参数偏差是影响神经外科手术机器人精度的主要因素。为获得更精确的模型参数,本文提出一种自动参数辨识及评价方法,首先基于运动学回路法建立全套神经外科手术机器人运动学参数辨识方程;并设计多次摇尖策略匹配末端工具与测量靶标坐标系;同时提出相对距离误差和逆解重合误差用于辨识精度评价;最后构建自动化参数辨识和精度评价系统并用于实验室原型机和实际神经外科手术机器人参数辨识实验。研究结果表明,本方法可以稳定自动地实现运动学模型参数辨识和评价,使用辨识后参数控制机器人可将相对距离误差平均降低33.96%,逆解重合误差平均降低67.30%。

关键词：立体定向参数标定机械臂绝对定位精度

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大学生社会主义核心价值观认同教育研究

大学生社会主义核心价值观认同教育研究

作者：王广志吉林建筑大学

学位级别：硕士

社会主义的核心价值观得到当代大学生的认同是一个系统结构,非常复杂。本文分析了当前社会主义核心价值观及其认同教育的研究现状,通过认同、认同教育概念等分析社会主义核心价值观认同的内涵,并从接受理论等相关理论出发奠定了本文研... 详细信息

社会主义的核心价值观得到当代大学生的认同是一个系统结构,非常复杂。本文分析了当前社会主义核心价值观及其认同教育的研究现状,通过认同、认同教育概念等分析社会主义核心价值观认同的内涵,并从接受理论等相关理论出发奠定了本文研究的理论基础。总体而言,本文主体部分为三个板块内容。第一,理论研究。社会主义的核心价值观点得到大学生的认同的理论的研究包括:分析视角是多维的社会主义的核心价值观得到当代大学生的认同的深刻内涵,从心理机制认同出发,展开研究的这一过程,以及在社会主义的核心价值观的本质特征和当代中国大学生的本质特征的认同特征分析。第二,调查研究,设计问卷调研对当代大学生是否认同社会主义的核心价值观的情况及高校对教育的认同状况展开调研,为研究顺利开展提供数据支撑。第三,实践的研究。大学生的社会主义核心价值观的认同教育是主要研究的,对实施的路径和教育的机制进行了全面深入的分析,提出了社会主义核心价值观认同教育在高校开展的几方面建议和思考。

关键词：核心的价值观认同机制实施路径

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经颅磁刺激导航个性化模型构建方法

中国生物医学工程学报 2022年第1期41卷 1-9页

作者：张芸丁辉王广志清华大学生物医学工程系北京100084

经颅磁刺激是一种广泛应用于神经精神类疾病诊断与治疗的无创神经刺激技术,影像引导经颅磁刺激导航能够保证刺激线圈的准确定位。然而,临床禁忌症会使患者的个体影像难以获得,导致无法实现影像引导。为解决该问题,提出构建一种个性化近... 详细信息

经颅磁刺激是一种广泛应用于神经精神类疾病诊断与治疗的无创神经刺激技术,影像引导经颅磁刺激导航能够保证刺激线圈的准确定位。然而,临床禁忌症会使患者的个体影像难以获得,导致无法实现影像引导。为解决该问题,提出构建一种个性化近似影像,以替代个体影像用于导航。首先利用导航系统定位装置获取患者头皮轮廓点,并基于泊松重建算法重建头皮,接着结合控制点自动定位方法获取头皮控制点,最终利用薄板样条插值算法实现标准模板的非刚性变形,从而构建个性化模型。对个性化模型的头皮、脑表面和脑靶点的精度进行验证,结果表明:构建的真人个性化模型的头皮精度可达到(2.8±0.5)mm,脑表面精度可达到(3.1±0.6)mm。手部肌肉对应脑部靶点精度可达到(9.2±4.1)mm,满足经颅磁刺激导航用于神经系统疾病诊断中的多靶点定位需求;背外侧前额叶靶点精度可达到(8.9±5.1)mm,优于临床常用替代靶点脑电电极F3的精度(16.1±5.0)mm,能够满足经颅磁刺激导航用于精神类疾病治疗中靶点准确重复定位需求。

关键词：经颅磁刺激影像导航个性化模板影像立体定向多靶点定位

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探讨工商管理信息化发展模式创新

全国流通经济 2021年第14期 71-73页

作者：王广志吉林建筑大学吉林长春130118

随着我国经济的发展,人民生活水平的不断提高,各行各业都发生了比较大的变化。工商管理的信息化进程也在不断加快。工商管理在我国政府管理部门中占据着重要的地位,因而工商管理的信息化发展具有重要意义。就我国目前工商管理方式而言,... 详细信息

随着我国经济的发展,人民生活水平的不断提高,各行各业都发生了比较大的变化。工商管理的信息化进程也在不断加快。工商管理在我国政府管理部门中占据着重要的地位,因而工商管理的信息化发展具有重要意义。就我国目前工商管理方式而言,加快工商管理信息化的建设能够有效提高工商管理的效率,促进工商管理的发展。本文详细的阐述了工商管理信息化发展的重要性以及工商管理信息化的主要模式,并分析了当前我国工商管理信息化进程中出现的一系列问题,提出了相关的解决策略,以期能够更好地促进我国工商管理信息化的发展。

关键词：工商管理信息化模式创新发展现状措施重要性

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LCBDE治疗胆总管结石患者的疗效分析

西藏医药 2021年第5期42卷 47-49页

作者：王广志鲁山县人民医院普外科河南平顶山467300

目的探讨LCBDE治疗胆总管结石的效果与安全性。方法选取时间2018年1月~2019年10月,在信阳市第四人民医院治疗的胆总管结石患者90例,采用随机数字表法分为观察组(n=45)和对照组(n=45)。对照组采用开腹手术取胆、取石,观察组应用LCBDE留... 详细信息

目的探讨LCBDE治疗胆总管结石的效果与安全性。方法选取时间2018年1月~2019年10月,在信阳市第四人民医院治疗的胆总管结石患者90例,采用随机数字表法分为观察组(n=45)和对照组(n=45)。对照组采用开腹手术取胆、取石,观察组应用LCBDE留胆、取石。比较两组患者手术时间、术后排气时间、住院时间及术后并发症发生情况。结果观察组手术时间、术后排气时间、住院时间短于对照组,术中出血量少于对照组;且观察组并发症发生率(4.44%)低于对照组(20.00%),差异均有统计学意义(P<0.05)。结论对胆总管结石患者应用LCBDE治疗,可有效缩短患者住院时间,促进患者机体恢复,且术后并发症发生率较低,利于预后。

关键词：胆总管结石腹腔镜胆道镜

基于深度学习的手术机器人单目视觉患者头部姿态估计

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中国生物医学工程学报 2022年第5期41卷 537-546页

作者：冯朋飞李亮丁辉王广志清华大学医学院生物医学工程系北京100084 南京医科大学生物医学工程与信息学院南京211100

患者头部姿态估计技术是神经外科手术机器人自主化与智能化感知的关键技术之一。本研究利用基于数据驱动的深度学习方法帮助神经外科手术机器人估算患者头部姿态,为神经外科手术的智能化打下基础。首先,建立患者头部姿态估计任务的基本... 详细信息

患者头部姿态估计技术是神经外科手术机器人自主化与智能化感知的关键技术之一。本研究利用基于数据驱动的深度学习方法帮助神经外科手术机器人估算患者头部姿态,为神经外科手术的智能化打下基础。首先,建立患者头部姿态估计任务的基本数学关系;其次,给出一种高效、鲁棒的头部姿态标注方法,解决面部特征缺失情况下的2D头部图像姿态标注问题;之后,通过采集机器人视角下神经外科手术场景照片,构建共包含79个手术场景、合计4301张照片的患者头部姿态估计数据集;最后,研究HopeNet深度神经网络在患者头部姿态估计问题上的适用性,并通过分布式标签、头部区域自适应裁剪、旋转数据增强以及新提出的旋转速率损失函数等方法提高模型性能。进行网络训练和评价,在包含10个手术场景、386张照片的同源测试集1上,基于单视角的姿态估计在偏航角、滚动角、俯仰角等3个方向平均可以达到±12.76°的预测误差;在8个手术场景、229张照片的异源测试集2上,在上述3个方向平均可以达到±13.41°的预测误差。结果表明,提出的模型能准确估计患者头部姿态,且提出的优化方法可以有效提升算法精度,并提高模型的泛化能力。

关键词：手术机器人头部姿态估计数据标注

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试论网络经济时代工商管理策略

现代商业 2021年第28期 45-47页

作者：王广志吉林建筑大学吉林长春130118

网络经济改变了企业发展模式,出现了很多新型企业,也出现了不规范的企业发展行为,对此应制定行之有效的工商管理策略,以此保证网络经济有序的发展。鉴于此,本文对网络经济概述以及网络经济时代工商管理优势和劣势、网络经济对工商管理... 详细信息

网络经济改变了企业发展模式,出现了很多新型企业,也出现了不规范的企业发展行为,对此应制定行之有效的工商管理策略,以此保证网络经济有序的发展。鉴于此,本文对网络经济概述以及网络经济时代工商管理优势和劣势、网络经济对工商管理的影响、工商管理策略进行了阐述,并从更新管理理念,创新工商管理模式;构建有效的管理机制;发挥工商管理监督职能;规范市场主体等方面分析了网络经济时代工商管理策略,期望对提高网络经济时代工商管理水平有所帮助。

关键词：网络经济时代工商管理策略