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基于COⅠ基因的中国及邻近海域部分笛鲷属鱼类DNA条形码研究

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海洋渔业 2019年第2期41卷 129-137页

作者：唐楚林肖林章群周琪徐示王业磷暨南大学生态系广州510632

笛鲷属(Lutjanus)鱼类经济价值高,物种数量多,但外部形态保守,传统分类鉴定困难。为了解中国笛鲷属鱼类的物种多样性状况,测定了中国沿海19个地点11种笛鲷73个样本线粒体COⅠ基因5'端序列,并与从GenBank下载中国及邻近海域69条同源序列... 详细信息

笛鲷属(Lutjanus)鱼类经济价值高,物种数量多,但外部形态保守,传统分类鉴定困难。为了解中国笛鲷属鱼类的物种多样性状况,测定了中国沿海19个地点11种笛鲷73个样本线粒体COⅠ基因5'端序列,并与从GenBank下载中国及邻近海域69条同源序列进行DNA条形码分析。研究表明,勒氏笛鲷(L. russelli)、金焰笛鲷(L. fulviflamma)、奥氏笛鲷(L. ophuysenii)、约氏笛鲷(L. johni)、蓝点笛鲷(L. rivulatus)、五线笛鲷(L. quinquelineatus)、千年笛鲷(L. sebae)、紫红笛鲷(L. argentimaculatus)、白斑笛鲷(L. bohar)、马拉巴笛鲷(L. malabaricus)、黄笛鲷(L. lutjanus)、印度笛鲷(L. indicus)、画眉笛鲷(L. vitta)、星点笛鲷(L. stellatus)、四带笛鲷(L. kasmira)、驼背笛鲷(L. gibbus)、焦黄笛鲷(L. fulvus)、红鳍笛鲷(L. erythopterus)等18种笛鲷142条COⅠ序列组成18个自展数据支持率(bootstrap)为99%～100%的单系分支,分支间平均遗传距离14.4%(2.9%～21.8%)约为分支内平均遗传距离0.17%(0～0.6%)的85倍,其中10种笛鲷独立成支,支持其物种有效性。勒氏笛鲷分成2小支,小支间平均遗传距离(2.9%)是小支内平均遗传距离(0.5%)的5.8倍,未满足"10×法则",其准确的物种分类地位尚待明确。印度笛鲷与勒氏笛鲷、画眉笛鲷与奥氏笛鲷出现混杂,推测从GenBank下载的印度笛鲷序列KF830898和KF830905可能来自勒氏笛鲷;画眉笛鲷序列KU943888可能来自奥氏笛鲷。中国近海星点笛鲷和蓝点笛鲷混杂且种间遗传距离仅为2.1%,接近一般种内遗传距离2%;红鳍笛鲷和马拉巴笛鲷遗传距离种间(0.3%)与种内(0.2%～0.3%)相当,且形态相似,推测是同一物种,也不排除它们存在种间杂交和为近期分化物种的可能。

关键词： COⅠ基因笛鲷属 DNA条形码

基于线粒体COⅠ的南海北部长棘银鲈遗传多样性分析

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海洋渔业 2020年第3期42卷 257-265页

作者：裴丽梅宫亚运黄柏炎章群徐示王业磷暨南大学生态学系广州510632

为了解中国长棘银鲈(Gerres filamentosus)的遗传背景以更好地保护与开发利用种质资源,测定了南海北部7个群体线粒体COⅠ基因5′端序列,以分析其遗传多样性和遗传结构。结果发现,176尾长棘银鲈652 bp序列中有25个单倍型,155个变异位点。... 详细信息

为了解中国长棘银鲈(Gerres filamentosus)的遗传背景以更好地保护与开发利用种质资源,测定了南海北部7个群体线粒体COⅠ基因5′端序列,以分析其遗传多样性和遗传结构。结果发现,176尾长棘银鲈652 bp序列中有25个单倍型,155个变异位点。7个群体整体呈现较高的单倍型多样性(H d=0.767±0.018)与较低的核苷酸多样性(π=0.0550±0.0037)。就遗传多样性指数而言,碣石群体(H d=0.606±0.092,π=0.0592±0.0066)最高,次高为阳江群体(H d=0.323±0.102,π=0.0270±0.0107);琼海群体(H d=0.560±0.125,π=0.0010±0.0003)最低,次低为陵水群体(H d=0.685±0.077,π=0.0015±0.0003)。群体遗传分化系数F st显示,碣石、阳江群体与其他群体间存在高度(极显著)的遗传分化(F st=0.5171~0.8514,P0.05)。AMOVA分析显示,群体变异主要来源于群体内个体间(61.69%~74.13%),但群组间仍有较多变异(19.06%~37.92%);原因可能与历史上琼州海峡的阻碍、当代复杂的海流以及长棘银鲈只进行短距离洄游等生态特性有关。中性检验显示,海南陵水、东方和新盈群体在晚更新世时期发生过种群扩张,但南海长棘银鲈总体未呈现种群扩张现象,可能是不同谱系的叠加造成整体核苷酸不配对分析图呈现多峰。碣石和阳江群体与其他群体间有高度的遗传分化,可将它们作为一个独立的管理保护单位,其中碣石群体遗传多样性最高,应重点保护;其他群体可作为另一管理保护单位,其中琼海和陵水群体遗传多样性较低,建议及时采取保护措施,避免遗传多样性过度下降而导致资源枯竭。

关键词：长棘银鲈 COⅠ 遗传多样性南海北部

基于线粒体COⅠ基因序列的中国近海蓝圆鲹遗传多样性研究

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海洋渔业 2020年第2期42卷 129-137页

作者：徐示章群王业磷裴丽梅罗纯黄志基暨南大学生态学系广州510632

为了解蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)遗传多样性和种群结构,提出合理的蓝圆鲹种质资源保护依据,测定并分析了中国沿海10个地理群体193个体线粒体细胞色素C氧化酶I(COⅠ)基因序列。在652 bp的COⅠ序列中共检测到62个变异位点,29个单倍型,... 详细信息

为了解蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)遗传多样性和种群结构,提出合理的蓝圆鲹种质资源保护依据,测定并分析了中国沿海10个地理群体193个体线粒体细胞色素C氧化酶I(COⅠ)基因序列。在652 bp的COⅠ序列中共检测到62个变异位点,29个单倍型,总体呈现较高的单倍型多样性(0.62600±0.03000)和低核苷酸多样性(0.00225±0.00116)的特点。核苷酸多样性显示:以福建海域为界北方高于南方(北方π=0.00406~0.00568,南方π=0.00017~0.00305),南海以阳江为界东部高于西部(东部π=0.00143~0.00568,西部π=0.00017~0.00286),单倍型网络图未出现明显系谱结构和地理结构。群体间遗传分化系数Fst显示,北海群体与其他群体有较高的遗传分化(Fst=0.145~0.798,P<0.001),新盈与陵水、惠来、阳江、福州和舟山样本之间也存在较高的遗传分化(Fst=0.006~0.229,P<0.05),其余群体间分化不显著。AMOVA分析表明,组群内群体间的变异比例占到16.66%~19.49%,原因可能是蓝圆鲹只作短距离洄游的生活习性以及受中国沿岸流、黑潮、暖流和北部湾特殊的大陆架的影响、北海和新盈与其他群体基因交流有限所致。蓝圆鲹整体的Fu’s FS为显著性负值(FS=-1.1718,P<0.01);核苷酸错配峰图为明显单峰;单倍型网络图呈典型星状结构,表明蓝圆鲹群体经历过种群扩张。根据Bayesian skyline plot(BSP)分析扩张大约发生在0.222百万年前。北海和新盈群体与其他群体间存在较高的分化,可作为独立的管理保护单位,其中核苷酸多样性最低的新盈群体需避免遗传多样性的进一步降低;其余群体作为另一管理保护单位,其中崂山群体核苷酸多样性最高,舟山群体其次,应重点保护二者的种质遗传资源。

关键词：蓝圆鰺中国近海 COⅠ基因遗传多样性

基于线粒体COI基因的马鲅科鱼类DNA条形码研究

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海洋渔业 2020年第1期42卷 1-9页

作者：王业磷章群邓春兴徐示裴丽梅黄志基罗纯暨南大学广州510632

为明确中国马鲅科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马鲅科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马鲅科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,... 详细信息

为明确中国马鲅科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马鲅科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马鲅科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马鲅(***)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马鲅种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马鲅有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马鲅(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马鲅(***)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一物种;但由于没有可检视的标本,也不能排除GenBank序列种名注释中形态鉴定出错的可能。马伦氏多指马鲅(***)与七丝指马鲅(Filimanus heptadactylus)也混为1支,分支内遗传距离仅为0.1%;如果不是GenBank序列种名注释出错,则二者应为同一物种。GenBank序列中来源于北部湾的六丝多指马鲅(***),则可能是黑斑多指马鲅的错误鉴定。

关键词：马科 DNA条形码 COI基因

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狭果秤锤树种群年龄结构和空间分布格局研究

广东农业科学 2016年第8期43卷 51-57页

作者：徐惠明谢国文王业磷王昌升潘柱强广州大学生命科学学院广东广州510006

对江西永修狭果秤锤树种群径级结构和空间分布格局进行调查和分析,结果表明:该地狭果秤锤树种群年龄结构总体呈现"反J"型趋势,即是增长型;群落个体的存活曲线大致为DeeveyⅠ型,即凸型曲线,表明该种群中的年幼个体比成年个体更容易存活;... 详细信息

对江西永修狭果秤锤树种群径级结构和空间分布格局进行调查和分析,结果表明:该地狭果秤锤树种群年龄结构总体呈现"反J"型趋势,即是增长型;群落个体的存活曲线大致为DeeveyⅠ型,即凸型曲线,表明该种群中的年幼个体比成年个体更容易存活;但静态生命表显示,从年幼个体到老年个体的死亡率变化规律不明显,可能存在未知的的生物学因素导致该现象出现。对于种群密度大的样地,空间分布格局特征不明显,而对于受人类活动影响大、种群密度小的样地,则明显呈现集群分布特征。从年龄结构和空间分布特点来看,研究地的狭果秤锤树种群生存状况受人类活动影响大,除该物种本身的生物学因素外,人类活动是制约种群发展的重要因素,减少人类活动对其影响是保护该物种的重要措施之一。

关键词：濒危树种狭果秤锤树年龄结构空间分布格局

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广西乐业县掌叶木种群动态研究

广东农业科学 2015年第18期42卷 43-48页

作者：高锦伟谢国文林志纲何俊樑王业磷邱超明黄嘉健广州大学生命科学学院广东广州510006

掌叶木(Handeliodendron bodinieri)是国家一级保护植物,中国特有的珍稀濒危单种属植物之一。对广西乐业县神木天坑和穿天洞坑的掌叶木种群展开调查,结果表明:两样地掌叶木种群空间分布格局均为随机分布;径级结构和高度级结构显示Ⅰ和... 详细信息

掌叶木(Handeliodendron bodinieri)是国家一级保护植物,中国特有的珍稀濒危单种属植物之一。对广西乐业县神木天坑和穿天洞坑的掌叶木种群展开调查,结果表明:两样地掌叶木种群空间分布格局均为随机分布;径级结构和高度级结构显示Ⅰ和Ⅴ年龄级的幼苗和老木数量稀少,而大量个体集中在Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ年龄级,呈现纺锤形结构,即为衰退型种群;种群动态指数Vpi为0.592、Vpi′为0.118,即种群属于增长型,但易受外部环境因素干扰,增长趋势极小,从长远来看,由于Ⅰ级幼苗的缺失,最终会导致种群的衰退。静态生命表和存活曲线显示掌叶木种群随着年龄增长,生存质量越来越低,存活曲线更趋于DeeveyⅡ型,属于衰退型种群;针对该种群的特征和濒危原因,探讨其保护策略。

关键词：濒危植物掌叶木种群动态濒危机制保护策略

内侧室膝骨关节炎活动与固定平台单髁置换比较

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中国矫形外科杂志 2025年第01期 32-37页

作者：王海波冯骁王龙蒋健林苏滨王业华徐州医科大学附属医院骨科苏州大学附属第二医院骨科

[目的]探讨活动平台（mobile bearing, MB）和固定平台（fixed bearing, FB）行膝关节单髁置换术（unicompartmental knee arthroplasty, UKA）治疗内侧室膝关节骨关节炎（knee osteoarthritis, KOA）的临床疗效。[方法]回顾性分析本院2020年1月—2023年1月行UKA治疗的102例的内侧室KOA患者的临床资料。根据术前医患沟通结果，54例采用MB假体，48例采用FB假体。对比两组围手术期、随访及影像指标。[结果]所有患者均顺利完成手术，两组手术时间、切口长度、术中失血量、术后引流量、下地行走时间与住院时间的比较差异均无统计学意义（P>0.05）。但MB组治疗费用显著少于FB组[(5.1±0.2)万元vs (5.5±0.3)万元, P0.05）。术后随时间推移，两组VAS评分、WOMAC评分、HSS评分与膝伸屈ROM均显著改善（P0.05）。与术前相比，末次随访两组股胫角（femorotibial angle, FTA）、髋-膝-踝角（hip-knee-ankle, HKA）、内侧胫骨近端角（medial proximal tibial angle, MPTA）均显著改善（P0.05），相应时间点，两组间上述影像指标的差异均无统计学意义（P>0.05）。[结论] MB与FB行UKA治疗内侧室KOA疗效相当。

关键词：膝关节内侧室骨关节炎膝关节单髁置换术活动平台固定平台