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单细胞转录组测序技术在动物上的应用研究

生物技术通报 2022年第3期38卷 226-233页

作者：熊和丽沙茜刘韶娜相德才张斌赵智勇云南省畜牧兽医科学院昆明650024

细胞是机体最基本的结构组成及功能单位,细胞类型和功能由其整个转录表达谱决定,通过单细胞转录组测序可以获得单个细胞转录表达谱,由此以高精度分辨率鉴定细胞类型、细胞状态以及稀有类型细胞,从而可以在单细胞水平分析细胞动态变化及... 详细信息

细胞是机体最基本的结构组成及功能单位,细胞类型和功能由其整个转录表达谱决定,通过单细胞转录组测序可以获得单个细胞转录表达谱,由此以高精度分辨率鉴定细胞类型、细胞状态以及稀有类型细胞,从而可以在单细胞水平分析细胞动态变化及细胞间的关系,深入解析驱动细胞变化及细胞异常背后的分子细胞机制。随着单细胞测序技术稳定性和测序通量的提高,以及测序成本的降低,其在发育生物学、肿瘤、免疫及疾病等领域被广泛应用,研究对象主要涉及人及模式生物,在动物上的应用研究相对较少。本文主要介绍单细胞转录组测序技术及其生物学应用并综述目前其在动物上的一些开创性研究,以期为今后更好的在动物上应用单细胞转录组测序提供方法参考。

关键词：单细胞转录组测序细胞类型生物学应用动物

基于全基因组重测序分析藏猪骨骼肌发育相关基因

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中国农业大学学报 2023年第3期28卷 83-93页

作者：熊和丽张彦张斌相德才常雅洁刘韶娜赵智勇云南省畜牧兽医科学院养猪与动物营养研究所昆明650024

为从全基因组水平探索影响藏猪骨骼肌发育的遗传变异,本研究对5头迪庆藏猪进行全基因组重测序,并合并NCBI数据库中来自3个省的藏猪、与藏猪同样小体型及生长慢的巴马香猪、及体型大且生长快速的杜洛克和大白猪共70个猪只的全基因组重测... 详细信息

为从全基因组水平探索影响藏猪骨骼肌发育的遗传变异,本研究对5头迪庆藏猪进行全基因组重测序,并合并NCBI数据库中来自3个省的藏猪、与藏猪同样小体型及生长慢的巴马香猪、及体型大且生长快速的杜洛克和大白猪共70个猪只的全基因组重测序数据进行整合分析,获得全基因组SNP后结合选择信号检测与等位基因频率(AF)分析鉴定藏猪-香猪与杜洛克-大白猪的遗传差异;利用GO和KEGG功能富集分析藏猪骨骼肌转录组与蛋白组相关基因。结果发现:1)2211个基因在藏猪-香猪与杜洛克-大白猪2个比较组中存在遗传差异,138个基因富集到骨骼肌发育相关的GO功能集及KEGG通路;2)9个基因(UCHL3、POSTN、COL12A1、PGK1、JPH1、GPT2、RBFOX1、FLNB和DCX)已报道参与藏猪60 d胚胎背最长肌发育调控,1个(CKM)参与6月龄藏猪背最长肌发育调控;3)10个基因共包含936个SNP,其中655个SNP位于基因间区,255个是内含子变异,少量SNP是外显子及调控区变异。本研究从全基因组水平鉴定了与藏猪骨骼肌发育相关基因及其遗传变异,为以后持续深入解析藏猪骨骼肌发育的遗传机制提供参考。

关键词：藏猪骨骼肌发育全基因组SNP 选择信号等位基因频率

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鹿茸活性成分的提取分离及其抗肿瘤作用研究

鹿茸活性成分的提取分离及其抗肿瘤作用研究

作者：熊和丽西北农林科技大学

学位级别：硕士

目的:鹿茸是我国传统名贵中药,具有广泛的药理学活性。鹿茸作为一种特殊的软骨,是一个天然的细胞因子库,其中含有大量的蛋白质及蛋白多糖。近年来大量研究证明,蛋白多糖具有抗肿瘤作用,而以往对鹿茸的研究主要是醇提物,其中蛋白质和多... 详细信息

目的:鹿茸是我国传统名贵中药,具有广泛的药理学活性。鹿茸作为一种特殊的软骨,是一个天然的细胞因子库,其中含有大量的蛋白质及蛋白多糖。近年来大量研究证明,蛋白多糖具有抗肿瘤作用,而以往对鹿茸的研究主要是醇提物,其中蛋白质和多糖类水溶性物质研究较少,对其水溶性物质进行系统的抗肿瘤研究更是鲜见,因此本研究通过缓冲液提取出水溶性蛋白质及蛋白多糖,系统的研究鹿茸水溶性提取物的抗肿瘤作用及其机理,同时研究鹿茸中蛋白多糖与化疗药物联合用药时的抗肿瘤效果并将其与鹿茸粗提物的抗肿瘤效果进行比较。方法:利用Tris缓冲液提取出鹿茸中水溶性成分,并分别用Bradford法和天青I法检测其中蛋白质及蛋白多糖含量;采用DEAE Sepharose FF阴离子交换树脂分离出水溶性提取物中的蛋白多糖,Bradford法和天青I法示踪检测洗脱液中蛋白质和蛋白多糖,根据洗脱曲线浓缩收集蛋白多糖组分,SDS聚丙酰胺凝胶电泳鉴定分离效果,冻干提取分离物;建立移植性S180肉瘤模型,随机将植瘤鼠分为7组,分别为阴性对照组(阴性对照组),阳性对照组(环磷酰胺,25mg/kg),鹿茸蛋白多糖低剂量组(40mg/kg)、中剂量组(80mg/kg)、高剂量组(160mg/kg),鹿茸粗提物组(400mg/kg),联合用药组(蛋白多糖80mg/kg+环磷酰胺25mg/kg),连续灌胃给药10d,阴性对照组灌胃生理盐水,阳性对照组隔天腹腔注射环磷酰胺,第11d脱颈椎处死小鼠,剥离肿瘤组织和脾,制备腹腔巨噬细胞悬液和脾淋巴细胞悬液,巨噬细胞吞噬中性红实验,T、B淋巴细胞转化实验,体内抑瘤活性及生命延长率,称重瘤组织和脾,计算抑瘤率和脾指数。结果:经检测鹿茸顶部蛋白质含量占鹿茸干重13.13%,蛋白多糖占鹿茸干重1.67%。离子交换层析在NaCl浓度为0.7mol/L,0.8mol/L,0.9mol/L时出现洗脱峰,经浓缩收集得到三个蛋白多糖组分Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ,其蛋白多糖含量分别占总蛋白多糖含量的45.25%、25.15%、18.26% ,蛋白多糖提取率为88.66%。移植性肿瘤S180免疫调节试验结果表明,灌服蛋白多糖高剂量、鹿茸粗提物及联合用药荷瘤鼠各组间日增重无显著差异,脾指数,T、B淋巴细胞转化能力,巨噬细胞吞噬中性红功能均高于阴性对照组(P<0.05);蛋白多糖高剂量组荷瘤鼠T、B淋巴细胞转化能力,巨噬细胞吞噬中性红功能高于阳性对照组(P<0.05),脾指数无显著差异;鹿茸粗提物组荷瘤鼠的巨噬细胞吞噬功能和T淋巴细胞转化能力高于阳性对照组(P<0.05),B淋巴细胞转化功能和脾指数与阳性对照组间无显著差异;联合用药组荷瘤鼠脾指数,T、B淋巴细胞转化功能均高于蛋白多糖中剂量组和阳性对照组,但仅T淋巴细胞转化功能有显著差异(P<0.05)。移植性肿瘤S180抑制试验结果表明,鹿茸粗提物组抑瘤率(78.15%)与阳性对照组(39.87%)间存在极显著差异(P<0.01),联合用药组体内抑瘤率(50.16%)高于阳性对照组和蛋白多糖中剂量组(-23.07%),但与阳性对照组间不存在显著差异;蛋白多糖高剂量组抑瘤率(23.47%)低于30%;生命延长率方面蛋白多糖高剂量组(119.79%)、鹿茸粗提物组(119.79%)均高于阳性对照组(41.67%),但无显著差异;联合用药组生命延长率(212.50%)高于蛋白多糖中剂量组(103.13%)和阳性对照组,且与阳性对照组间有极显著差异(P<0.01)。结论:鹿茸顶部蛋白质含量占鹿茸干重的13.13%;蛋白多糖含量占鹿茸干重1.67%;利用DEAE Sepharose F.F阴离子交换层析能快速分离出鹿茸中蛋白多糖,此法相对快速,简便;通过移植肿瘤S180抑制试验发现,鹿茸粗提物对荷瘤小鼠的抑瘤效果最好,抑瘤率达78.15%;联合用药组荷瘤鼠的生命延长率最高,达212.50%;移植肿瘤S180免疫调节试验发现,蛋白多糖各剂量组对荷瘤鼠的免疫调节作用呈现一定剂量依赖关系,且蛋白多糖剂量达160mg/kg时,其免疫调节作用强于鹿茸粗提物和联合用药;蛋白多糖的免疫调节功能强于鹿茸粗提物;蛋白多糖与化疗药物联用可增强机体对化疗药物的耐受性。

关键词：鹿茸蛋白多糖 S180肉瘤免疫调节抑瘤率

副猪嗜血杆菌TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

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中国兽医科学 2013年第12期43卷 1268-1273页

作者：李富祥熊和丽姚俊李华春云南省畜牧兽医科学院云南省热带亚热带动物病毒病重点实验室云南昆明650224

根据副猪嗜血杆菌16SrRNA基N的保守序列设计特异性引物和TaqMan探针，通过反应条件优化和特异性、敏感性、重复性试验以及对临床样品的检测，建立了副猪嗜血杆菌TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。结果表明，该方法与猪肺炎支原体、巴氏... 详细信息

根据副猪嗜血杆菌16SrRNA基N的保守序列设计特异性引物和TaqMan探针，通过反应条件优化和特异性、敏感性、重复性试验以及对临床样品的检测，建立了副猪嗜血杆菌TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。结果表明，该方法与猪肺炎支原体、巴氏杆菌、链球菌、葡萄球菌、大肠杆菌、沙门氏菌、肠球菌、乳杆菌、解淀粉芽孢杆菌、奇异变形杆菌以及猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒无交叉反应；标准品浓度在6．92×10^8-6．92×10^3 copies／μL范围内具有良好的线性关系，最低可检测到6．92×10^1copies／μL的标准品阳性质粒；批内和批间变异系数均小于3％。临床样品检测结果表明，该方法具有敏感性高、特异性好、稳定性强和快速的优点，可用于副猪嗜血杆菌感染的早期诊断和流行病学调查以及副猪嗜血杆菌的定量分析。

关键词：副猪嗜血杆菌 TaqMan实时荧光定量PCR 16SrRNA基因早期诊断流行病学调查

豆类丝核菌次级代谢产物对阿霉素所致小鼠骨髓和心肌毒性的保护作用研究

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西北农业学报 2007年第4期16卷 42-46页

作者：杨萍杨鸣琦熊和丽邹林西北农林科技大学动物科技学院陕西杨凌712100

探讨了豆类丝核菌次级代谢产物对阿霉素(ADR)所致小鼠骨髓抑制及心肌损伤的保护作用。建立小白鼠骨髓抑制和心肌损伤模型。检测血常规,描记心电图,测定血清中肌酸激酶(CK)、乳酸脱氢酶(LDH)活性,心肌组织中超氧化物歧化酶(SOD)活性和丙... 详细信息

探讨了豆类丝核菌次级代谢产物对阿霉素(ADR)所致小鼠骨髓抑制及心肌损伤的保护作用。建立小白鼠骨髓抑制和心肌损伤模型。检测血常规,描记心电图,测定血清中肌酸激酶(CK)、乳酸脱氢酶(LDH)活性,心肌组织中超氧化物歧化酶(SOD)活性和丙二醛(MDA)含量。心肌组织石蜡切片,HE染色,光镜观察。结果表明阿霉素4 mg.kg-1可致小白鼠骨髓抑制和心肌损伤。豆类丝核菌次级代谢产物可抑制阿霉素引起的白细胞数、红细胞数、血红蛋白量的减少;使心率加快,心电图Q波振幅减小,QRS波时间缩短和S-T段回升;降低血清CK、LDH活力,增强心肌SOD活力,降低MDA含量,减轻心肌组织损伤。豆类丝核菌次级代谢产物对ADR所致小白鼠骨髓和心肌毒性有一定的保护作用。

关键词：苦马豆素骨髓抑制心肌损伤豆类丝核菌阿霉素

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梅花鹿鹿茸蛋白聚糖的提取与分离

西北农业学报 2007年第4期16卷 80-82,91页

作者：熊和丽杨鸣琦杨萍邹林西北农林科技大学动物科技学院陕西杨凌712100

探讨梅花鹿(Cervus nippon)鲜鹿茸中蛋白聚糖的提取与分离方法,为深入研究和开发利用鹿茸提供了理论基础。采用Tris-HCl缓冲液匀浆提取梅花鹿鲜鹿茸,将粗提液上DEAE Sepharose FF离子交换柱,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测分离组分。结果表明... 详细信息

探讨梅花鹿(Cervus nippon)鲜鹿茸中蛋白聚糖的提取与分离方法,为深入研究和开发利用鹿茸提供了理论基础。采用Tris-HCl缓冲液匀浆提取梅花鹿鲜鹿茸,将粗提液上DEAE Sepharose FF离子交换柱,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测分离组分。结果表明提取液中总蛋白聚糖含量为6.69 mg/g;DEAE Sepharose FF离子交换层析收集到三个蛋白聚糖组分Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ,其蛋白聚糖含量分别占总蛋白聚糖含量的45.25%、25.15%、18.26%;聚丙烯酰胺凝胶电泳考马斯亮蓝和甲苯胺蓝染色均着色,蛋白聚糖Ⅰ核心蛋白分子量大约为40 kD,甲苯胺蓝染色显示3条单一宽带。DEAE Sepharose FF阴离子交换层析能用于梅花鹿鲜鹿茸中蛋白聚糖的分离,且此法快速简便。

关键词：梅花鹿鹿茸蛋白聚糖提取分离

豆类丝核菌次级代谢产物对小鼠行为致畸学研究

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西北农业学报 2007年第3期16卷 15-18页

作者：杨鸣琦邹林杨萍熊和丽高朋西北农林科技大学动物科技学院陕西杨凌712100 西安市雁塔区畜牧兽医工作站陕西西安710061

研究了豆类丝核菌次级代谢产物对小鼠后代的行为致畸作用。将5组孕鼠分为空白对照组、豆类丝核菌次级代谢产物低剂量组、中剂量组、高剂量组及阳性对照组,分别灌胃给予生理盐水、低剂量(SW含量3.54 mg/kg)、中剂量(SW含量14.15 mg/kg)... 详细信息

研究了豆类丝核菌次级代谢产物对小鼠后代的行为致畸作用。将5组孕鼠分为空白对照组、豆类丝核菌次级代谢产物低剂量组、中剂量组、高剂量组及阳性对照组,分别灌胃给予生理盐水、低剂量(SW含量3.54 mg/kg)、中剂量(SW含量14.15 mg/kg)、高剂量(SW含量56.62 mg/kg)豆类丝核菌次级代谢产物及10 mg/kg环磷酰铵(CP),待其自然分娩后,观察其后代生长发育及行为状态。结果表明,豆类丝核菌次级代谢产物3个剂量组在反射能力、协调运动能力、学习记忆能力及自主活动能力各方面指标与空白对照组相比差异均不显著(P>0.05),而与阳性对照组相比差异极显著(P<0.01)。在本实验的剂量和条件下,豆类丝核菌次级代谢产物对小鼠后代不具有行为致畸作用。

关键词：豆类丝核菌次级代谢产物苦马豆素行为致畸小鼠

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云南地方猪FATP1基因多态性分析

养猪 2022年第5期 55-57页

作者：张斌韩敏刘韶娜相德才熊和丽张彦赵智勇云南省种猪性能测定站/云南省种猪质量检验测试中心/云南省畜牧兽医科学院云南昆明650224

研究采用测序技术对云南地方猪杂交后代脂肪酸转运蛋白1(FATP1)基因进行了多态性遗传分析。结果显示:在云南地方猪杂交后代FATP1基因第一外显子上存在1个SNP(c.70 C>T)位点,该位点在杜藏猪(杜洛克×迪庆藏猪)群体中无多态性(仅CC型),在... 详细信息

研究采用测序技术对云南地方猪杂交后代脂肪酸转运蛋白1(FATP1)基因进行了多态性遗传分析。结果显示:在云南地方猪杂交后代FATP1基因第一外显子上存在1个SNP(c.70 C>T)位点,该位点在杜藏猪(杜洛克×迪庆藏猪)群体中无多态性(仅CC型),在杜小猪(杜洛克×滇南小耳猪)群体和杜小藏猪(杜洛克×滇南小耳猪×迪庆藏猪)群体中存在多态性(C C型和C T型),均处于Hardy-Weinderg平衡(P>0.05),且属低度多态(He<0.25,PIC<0.25)。

关键词：猪脂肪酸转运蛋白1(FATP1)基因多态性位点 PCR

肺炎克雷伯菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

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中国兽医科学 2014年第12期44卷 1231-1235页

作者：李富祥廖德芳姚俊熊和丽李华春云南省畜牧兽医科学院云南省热带亚热带动物病毒病重点实验室云南昆明650224

为建立肺炎克雷伯菌TaqMan荧光定量PCR检测方法,根据肺炎克雷伯菌16SrRNA基因的保守序列设计特异性引物和TaqMan探针,通过反应条件优化和特异性、敏感性、重复性试验以及临床样品的检测,建立了肺炎克雷伯菌TaqMan荧光定量PCR。结果显示... 详细信息

为建立肺炎克雷伯菌TaqMan荧光定量PCR检测方法,根据肺炎克雷伯菌16SrRNA基因的保守序列设计特异性引物和TaqMan探针,通过反应条件优化和特异性、敏感性、重复性试验以及临床样品的检测,建立了肺炎克雷伯菌TaqMan荧光定量PCR。结果显示,该方法与猪肺炎支原体、猪鼻支原体、臭鼻克雷伯菌、鼻硬结克雷伯菌、多杀性巴氏杆菌、链球菌、葡萄球菌、大肠杆菌、沙门菌、肠球菌、乳杆菌、解淀粉芽胞杆菌、猪丹毒杆菌、奇异变形杆菌和化脓隐秘杆菌共15种细菌无交叉反应;标准品浓度在2.29×109~2.29×104 copies/μL范围内具有良好的线性关系,最低可检测到2.29×102 copies/μL的标准品阳性质粒;批内和批间变异系数均小于3%。临床样品的检测结果表明,该方法具有敏感性高、特异性好、稳定性强和检测快速的优点,可用于肺炎克雷伯菌感染的早期诊断、样品的快速检测以及肺炎克雷伯菌的定量分析。

关键词：肺炎克雷伯菌 TaqMan荧光定量PCR 16SrRNA基因早期诊断定量分析