检索结果-南通市图书馆

DNA聚合酶对变性高效液相色谱在基因突变检测中的影响

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癌症 2002年第10期21卷 1160-1163页

作者：柳满然潘凯枫王祎吕有勇北京大学临床肿瘤学院

背景与目的:变性高效液相色谱(denaturinghigh-performanceliquidchromatography,DHPLC)是最近发展起来的一种灵敏而高通量的基因突变检测技术,在工作中我们发现某些因素,尤其是DNA聚合酶干扰DHPLC分辨力。本文详细地分析了具校正功能... 详细信息

背景与目的:变性高效液相色谱(denaturinghigh-performanceliquidchromatography,DHPLC)是最近发展起来的一种灵敏而高通量的基因突变检测技术,在工作中我们发现某些因素,尤其是DNA聚合酶干扰DHPLC分辨力。本文详细地分析了具校正功能和非校正功能的DNA聚合酶对变性高效液相色谱在基因突变检测中的影响,旨在寻找更适合DHPLC分析的DNA聚合酶。方法:选择长度为268bp、317bp、590bp的3个代表性的片段用于DHPLC分析。选择6种品牌的TaqDNA聚合酶,1种Ampli-TaqgoldDNA聚合酶,4种具校正功能的DNA聚合酶(Pfu和Vent),用这11种酶扩增同一DNA片段,并进行DHPLC检测,分析并鉴定它们对DHPLC峰型的影响。结果:TaqDNA聚合酶对DHPLC分析产生两种明显的负面影响。一是在DHPLC图谱的主峰前,形成一个额外小峰,影响DHPLC对杂合双链的分辨能力。另一种影响是难以形成正常的DHPLC色谱图,导致DHPLC检测的失败。具校正功能的DNA聚合酶和TaqgoldDNA聚合酶对DHPLC几乎不产生这些负面影响。结论:具校正功能的DNA聚合酶比Taq聚合酶更适合于DHPLC突变或SNP分析,尤其是GC含量高的小片段或其它容易受干扰的片段应首选PfuDNA聚合酶用于DHPLC分析。

关键词：变性高效液相色谱技术 DNA聚合酶基因突变筛查 DHPLC

用DHPLC法研究细胞周期蛋白D1的多态性与NPC遗传易感性之间的关系(英文)

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Acta Biochimica et Biophysica Sinica 2002年第1期34卷 16-20页

作者：邓琳赵晓荣潘凯枫王祎邓锡云吕有勇曹亚北京市肿瘤防治研究所中南大学湘雅医学院肿瘤研究所分子生物学研究室中南大学湘雅医学院肿瘤研究所分子生物学研究室长沙410078

细胞周期蛋白D1是一个关键的细胞周期调节因子和候选的原癌基因 ,其失调参与多种肿瘤 ,包括鼻咽癌的发生。由于细胞周期蛋白D1的基因CCND1第 4外显子存在单个核苷酸多态A/G(A870G) ,因此可产生两种不同的转录本。有报道表明CCND1的基因... 详细信息

细胞周期蛋白D1是一个关键的细胞周期调节因子和候选的原癌基因 ,其失调参与多种肿瘤 ,包括鼻咽癌的发生。由于细胞周期蛋白D1的基因CCND1第 4外显子存在单个核苷酸多态A/G(A870G) ,因此可产生两种不同的转录本。有报道表明CCND1的基因型与某些肿瘤的临床表型相关。为研究细胞周期蛋白D1的基因型对中国南方散发性鼻咽癌遗传易感性是否存在影响 ,用变性高效液相色谱法 (DHPLC)和DNA测序的方法对 84例鼻咽癌患者和 91例对照的PCR产物进行细胞周期蛋白D1的基因分型。对病例组与对照组基因频率的分布分别进行Hardy Weinberg平衡检验 ,两组间基因频率的差异用 χ2 检验进行比较。结果发现 :在鼻咽癌患者中 ,细胞周期蛋白D1基因型为AA型的 (占 2 0 .2 4% )显著低于正常对照 (占38.46 % ) ,而基因型为GG型和AG型的则显著高于对照 (χ2 =6 .946 ,Pcorrected =0 .0 16 ,OR =2 .46 3,95 %CI =1.2 49～4.85 9)。这表明细胞周期蛋白D1基因的A/G多态性与鼻咽癌的遗传易感性相关 ,在鼻咽癌患者中GG和AG型基因型显著高于健康对照

关键词：细胞周期蛋白D1 多态性鼻咽癌变性高效液相色谱法基因型

白血病患儿大剂量化疗后不同阶段免疫学状态的变化

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中华微生物学和免疫学杂志 2001年第3期21卷 272-274页

作者：段渊胡亚美潘凯枫周彤张联吕有勇首都医科大学附属北京儿童医院血液病中心北京100045

目的　对 189例不同治疗阶段和 31例初治白血病患儿外周血标本进行了研究 ,以探讨小儿ALL经大剂量化疗后免疫重建的机制。方法　分别用流式细胞术间接免疫荧光法和高敏感双抗体夹心法对儿童白血病细胞表面标志和细胞因子表达水平进行检... 详细信息

目的　对 189例不同治疗阶段和 31例初治白血病患儿外周血标本进行了研究 ,以探讨小儿ALL经大剂量化疗后免疫重建的机制。方法　分别用流式细胞术间接免疫荧光法和高敏感双抗体夹心法对儿童白血病细胞表面标志和细胞因子表达水平进行检测。结果　用药后不同阶段的T辅助细胞亚群CD4均较对照组明显降低 (P <0 .0 0 0 1)。T杀伤 /抑制亚群CD8在用药初期较对照组明显增高 ,停药几年后才恢复到正常水平 (P <0 .0 0 0 1)。CD4/CD8明显倒置 (P <0 .0 0 0 1)。B细胞早期标志CD19在用药初无明显变化 ,停药后反而呈升高趋势 (P =0 .0 0 0 9)。T细胞的另一亚群之一Tα/ β在用药后也呈上升趋势 (P =0 .0 186 )。而白血病患儿用药前后NK细胞却无明显变化 (P =0 .2 846 )。与对照组相比 ,白血病患儿不同治疗阶段外周血细胞因子表达水平的差异有显著性。在白血病发病初期 ,IL 2、IL 3、IL 12、TNF α和IFN γ均显著降低。IL 2、IL 3用药期间其表达水平最低 (P <0 .0 1) ,随病情的进展呈规律变化趋势 ,停药 2～ 3年后才达正常水平。IL 4、IL 10在初治阶段表达较高 (P值分别小于 0 .0 0 1、0 .0 1) ;而在整个病情进展期间其表达却维持在较低水平。IL 6在白血病初治阶段表达水平较高 (P <0 .0 0 1)。IL 12和IFN γ在用药?

关键词：白血病表面标志细胞因子免疫重建药物疗法

异基因骨髓移植中供者TNFα-308(G/A)基因型与受者急性移植物抗宿主病的关系

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中华血液学杂志 2002年第8期23卷 397-399页

作者：王静波潘凯枫李丹陆道培北京大学人民医院血液病研究所 100044 北京大学肿瘤研究所

目的　探索供者TNFα - 30 8(G A)基因型在Ⅲ Ⅳ度急性移植物抗宿主病 (aGVHD)中的作用。方法　排除可能影响aGVHD发生的因素 ,根据组间均衡原则 ,选择 2 1例Ⅲ Ⅳ度aGVHD患者及其同胞供者为研究对象 ,2 8例 0 Ⅰ度aGVHD患者及其同胞... 详细信息

目的　探索供者TNFα - 30 8(G A)基因型在Ⅲ Ⅳ度急性移植物抗宿主病 (aGVHD)中的作用。方法　排除可能影响aGVHD发生的因素 ,根据组间均衡原则 ,选择 2 1例Ⅲ Ⅳ度aGVHD患者及其同胞供者为研究对象 ,2 8例 0 Ⅰ度aGVHD患者及其同胞供者为对照组 ,通过变性高效液相色谱(DHPLC)结合DNA测序检测TNFα - 30 8基因型 ,用ELISA方法检测患者血清中TNFα含量。结果　通过DHPLC检测 ,2 1例Ⅲ Ⅳ度aGVHD患者的同胞供者中 13例 (6 2 % )呈现单峰 ,经DNA测序验证为TNFα - 30 8(G G) ;8例 (38% )呈现双峰 ,经测序验证为TNFα - 30 8(G A)。 2 8例 0 Ⅰ度aGVHD患者的同胞供者中 2 7例 (96 .4 % )呈现单峰 ,经测序验证为TNFα - 30 8(G G) ;1例 (3.6 % )呈现双峰 ,经测序验证为TNFα - 30 8(G A)。TNFα- 30 8(G A)在上述两组患者的同胞供者中的阳性率经 χ2 检验 ,P <0 .0 5 ,提示两组差异有显著性。通过ELISA检测的Ⅲ Ⅳ度aGVHD患者中 ,TNFα在TNFα - 30 8(G A)患者中的含量明显高于TNFα - 30 8(G G)的患者 (P <0 .0 5 )。在TNFα - 30 8(G G)的患者中 ,TNFα在Ⅲ Ⅳ度aGVHD患者中的含量明显高于 0 Ⅰ度aGVHD的患者 (P <0 .0 1)。结论　TNFα - 30 8(G A)基因型与体内TNFα含量及Ⅲ Ⅳ度aGVHD的易感性关?

关键词：异基因骨髓移植 TNFα-308 基因型急性移植物抗宿主病造血干细胞移植

异基因造血干细胞移植植活状态的变性高效液相色谱检测研究的首次报告

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中国实验血液学杂志 2005年第1期13卷 9-15页

作者：王昱潘凯枫陆道培北京大学血液病研究所北京大学人民医院

异基因造血干细胞移植后动态检测供者嵌合状态对判断移植效果和实施临床早期干预治疗具有重要意义。在临床上已有多种方法用于植活检测 ,本研究用变性高效液相色谱 (DHPLC)技术结合聚合酶链反应扩增短串联重复序列 (STR PCR)检测造血干... 详细信息

异基因造血干细胞移植后动态检测供者嵌合状态对判断移植效果和实施临床早期干预治疗具有重要意义。在临床上已有多种方法用于植活检测 ,本研究用变性高效液相色谱 (DHPLC)技术结合聚合酶链反应扩增短串联重复序列 (STR PCR)检测造血干细胞移植植活状态的特点及可靠性。用非亲缘个体的系列DNA混合体在体外检测此测定方法的可行性和半定量结果的准确性。结果表明 ,体外模拟混合嵌合体检测实验 ,显示扩增前供者DNA嵌合百分率与扩增后供受者DHPLC色谱峰峰面积比值呈直线相关 ,最小检出DNA百分比为 5 %。用该方法分析 5 1例移植对的结果显示 :4 5例均至少有 2个可以区分彼此的有信息位点 (另外 5例无移植前受者标本 ,1例为同卵双生双胞胎 ) ;39例与荧光标记多重PCR扩增STR结合毛细管电泳方法进行对照 ,准确性为 10 0 % ;2 9例与性染色体FISH分析 ,2 7例与特殊基因标记的分析结果一致 ;所有病例均检测到完全供者细胞嵌合状态 (FDC) ;对 3例患者观察到临床复发的同时 ,检测到供者嵌合体的比例明显下降 ,其中 2例为混合嵌合体 ,1例转变为受者自身型。在此基础上 ,我们将该方法首次用于对 8例人类白细胞抗原 (HLA)配型不同单倍型亲缘供者干细胞及无血缘关系脐带血混合移植患者植活情况的动态检测。结果显示 ,8?

关键词：异基因造血干细胞移植短串联重复序列变性高效液相色谱嵌合体

表面增强激光解吸电离飞行时间质谱技术在医学中的应用

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中华预防医学杂志 2007年第S1期41卷 181-183页

作者：王玉书沈靖潘凯枫张联北京大学临床肿瘤学院北京市肿瘤防治研究所 100036

表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术是近几年兴起的一个新方法.它是一种基于质谱技术与蛋白质芯片技术结合的研究方法,为研究蛋白质的结构、属性和功能提供了可靠的技术平台.

关键词：表面增强激光解吸电离电离飞行时间质谱质谱技术医学蛋白质芯片技术平台技术结合新方法属性结构功能

白细胞介素-1β及RN基因多态性与胃癌发病风险的病例对照研究

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中华医学杂志 2003年第17期83卷 1479-1483页

作者：隋国平潘凯枫周彤张联季加孚徐光炜北京大学临床肿瘤学院北京肿瘤医院外科 100036 北京大学临床肿瘤学院北京市肿瘤研究所流行病实验室 100036

目的　探讨白细胞介素 (Interleukin ,IL) 1基因家族中IL 1β 31/ 5 11位点、IL 1RN可变数目重复序列 (VNTR)的多态性及其与胃癌发病风险的关系。方法　使用变性高效液相色谱(DHPLC)对来自山东省临朐县胃癌高发现场人群与北京肿瘤医... 详细信息

目的　探讨白细胞介素 (Interleukin ,IL) 1基因家族中IL 1β 31/ 5 11位点、IL 1RN可变数目重复序列 (VNTR)的多态性及其与胃癌发病风险的关系。方法　使用变性高效液相色谱(DHPLC)对来自山东省临朐县胃癌高发现场人群与北京肿瘤医院标本库部分临床标本进行病例对照研究。PCR反应扩增目的片断 ,DHPLC分析中 ,采用非变性按片段长度分离双链DNA法分析IL 1RNVNTR基因型。采用部分变性法分析IL Iβ 31/ 5 11位点基因型 ,结果测序证实。结果　IL 1β 31基因型多态和IL 1RN基因VNTR ,在弥漫型和肠型胃癌中 ,均不增加胃癌发病风险。IL 1β 5 11位点的T携带子在高发现场组胃癌中 ,增高胃癌发病风险 (OR =5 4 14 ,95 %CI :3 0 38～ 9 6 4 7)。T携带子在肠型胃癌中增高胃癌发病风险 ,OR =3 833( 95 %CI:2 2 82～ 6 4 38)。男性的T携带子在弥漫型胃癌中增高胃癌发病风险OR =3 4 6 4 ( 95 %CI :1 394～ 8 6 0 8)。对照组分为慢性萎缩性胃炎(CAG)、肠上皮化生 (IM )、异型增生 (DYS)三组 ,IL 1β 31基因多态性、IL 1RNVNTR在不同的病变阶段中的分布差异无显著意义 ,IL 1β 5 11位点在各病变阶段的T携带子基因型分布差异也无显著意义 ,均可明显增加现场组胃癌的发病风险。结论　IL 1β 31基因型和IL

关键词：白细胞介素-1β RN基因多态性胃癌病例对照研究

EBV感染与胃癌风险关联的流行病学研究进展

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中国肿瘤临床 2024年第15期51卷 780-784页

作者：王馨羚金昱潘凯枫李文庆北京大学肿瘤医院暨北京市肿瘤防治研究所流行病学研究室消化系肿瘤整合防治全国重点实验室恶性肿瘤转化研究北京市重点实验室北京市100142

Epstein-Barr病毒(Epstein-Barr virus,EBV)是首个被发现与人类肿瘤相关的病毒,其与胃癌的关联近年来受到广泛关注。2014年癌症基因组图谱根据分子特征首次将胃癌分为4种亚型,并将EBV感染者单独归为一类—EBV阳性胃癌,该亚型胃癌患者具... 详细信息

Epstein-Barr病毒(Epstein-Barr virus,EBV)是首个被发现与人类肿瘤相关的病毒,其与胃癌的关联近年来受到广泛关注。2014年癌症基因组图谱根据分子特征首次将胃癌分为4种亚型,并将EBV感染者单独归为一类—EBV阳性胃癌,该亚型胃癌患者具有独特的分子和临床病理特征。EBV感染胃上皮细胞,诱导宿主基因突变及表观遗传异常,通常被认为可能是EBV致癌的重要基础,但个体EBV感染与胃癌发生风险之间的关系尚不明确。本文汇总既往探讨不同EBV感染指标与胃癌之间关联的流行病学证据,并对EBV在胃癌致癌过程中的可能作用及潜在作用机制进行综述,以期为进一步阐明EBV感染与胃癌发生发展的关系提供借鉴。

关键词： Epstein-Barr病毒胃癌发病机制

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人工智能在肿瘤三级预防中的应用机遇与挑战

中国肿瘤临床 2021年第21期48卷 1081-1087页

作者：金昱潘凯枫张艺宝李文庆北京大学肿瘤医院暨北京市肿瘤防治研究所流行病学研究室肿瘤发生与转化研究教育部重点实验室北京市100142 北京大学肿瘤医院暨北京市肿瘤防治研究所放疗科北京市100142

随着人工智能(artificial intelligence,AI)技术的快速发展,其在处理高通量、多维度信息方面的优势逐渐显现,为肿瘤防控带来新的机遇。将AI技术与影像学、病理学、电子健康数据和组学资料结合,将有效促进恶性肿瘤病因和危险因素识别以... 详细信息

随着人工智能(artificial intelligence,AI)技术的快速发展,其在处理高通量、多维度信息方面的优势逐渐显现,为肿瘤防控带来新的机遇。将AI技术与影像学、病理学、电子健康数据和组学资料结合,将有效促进恶性肿瘤病因和危险因素识别以推动一级预防,更早且更准确地发现和诊断恶性肿瘤而增进二级预防,并对患者进行风险评估和预后预测以指导临床用药和治疗使三级预防受益。然而,AI的应用仍受限于数据库的系统完整性和可及性,在模型鲁棒性、泛化性和结果解读等方面仍面临挑战,因此限制了其在真实世界肿瘤防控中的应用。本文阐述近年来AI技术在肿瘤三级预防领域的研究进展和应用现况,介绍当前AI应用于肿瘤防控面临的挑战和进展,并对其前景进行展望。

关键词：人工智能机器学习深度学习肿瘤防控