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溶质载体家族7成员11对MYCN基因扩增高危神经母细胞瘤细胞增殖的影响

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中国药理学与毒理学杂志 2023年第8期37卷 565-573页

作者：战世佳张璇张瑶郭金鑫洪恩宇杨慧鲁洁常艳郭永丽国家儿童医学中心首都医科大学附属北京儿童医院儿科重大疾病研究教育部重点实验室北京市儿科研究所儿童耳鼻咽喉头颈外科疾病北京市重点实验室北京100045

目的分析溶质载体家族7成员11(SLC7A11)在有无MYCN基因扩增的神经母细胞瘤(NB)细胞系和临床样本中的表达及其与患儿预后相关性,研究SLC7A11对MYCN扩增高危NB增殖的影响。方法利用GEO数据库GSE49710数据集、TARGET数据库和R2数据库GSE45... 详细信息

目的分析溶质载体家族7成员11(SLC7A11)在有无MYCN基因扩增的神经母细胞瘤(NB)细胞系和临床样本中的表达及其与患儿预后相关性,研究SLC7A11对MYCN扩增高危NB增殖的影响。方法利用GEO数据库GSE49710数据集、TARGET数据库和R2数据库GSE45547数据集分析NB临床样本中SLC7A11 mRNA水平与MYCN基因扩增状态和NB患儿预后相关性。应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测MYCN扩增NB细胞系SK-N-BE(2)和IMR32细胞以及MYCN非扩增NB细胞系CHLA-255和SH-SY5Y细胞中SLC7A11 mRNA水平。在MYCN扩增NB细胞系SK-N-BE(2)细胞中,利用2条不同序列小干扰RNA瞬时敲低SLC7A11 mRNA,应用RT-qPCR和Western印迹法检测SLC7A11 mRNA和SLC7A11表达及MYCN mRNA和N-MYC表达,采用结晶紫染色和实时无标记细胞分析(RTCA)技术观察NB细胞增殖情况。免疫荧光法检测增殖标记物Ki-67表达情况。利用短发夹RNA慢病毒感染方法构建稳定敲低SLC7A11的SK-N-BE(2)细胞,RT-qPCR和Western印迹法检测SLC7A11的稳定敲低效果和MYCN水平,采用克隆形成实验观察NB细胞克隆形成能力。结果分析NB临床样本GSE49710和GSE45547数据集发现,在MYCN扩增NB中,SLC7A11 mRNA水平显著高于非MYCN扩增NB(P<0.05,P<0.01),且TARGET数据库和R2数据库GSE45547数据集分析表明SLC7A11 mRNA水平与NB患儿生存率呈负相关(P<0.05,P<0.01)。SLC7A11在MYCN扩增NB细胞系SK-N-BE(2)和IMR32中的表达均显著高于非扩增细胞系CHLA-255和SH-SY5Y(P<0.01)。与对照敲低组相比,瞬时敲低SLC7A11导致MYCN扩增NB细胞增殖显著减慢(P<0.01),Ki-67阳性细胞比例明显减少(P<0.05);稳定敲低SLC7A11显著减少了NB细胞克隆形成数(P<0.01)。瞬时和稳定敲低SLC7A11对MYCN mRNA和N-MYC蛋白水平均未见明显影响。结论SLC7A11在MYCN扩增NB细胞系和临床样本中高表达,且其表达水平与患儿预后呈负相关,敲低SLC7A11显著抑制SK-N-BE(2)细胞的增殖和克隆形成能力。

关键词：溶质载体家族7成员11(SLC7A11) MYCN扩增细胞增殖神经母细胞瘤

cobas 4800 HPV检测在宫颈癌筛查中的应用价值

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中国肿瘤临床 2013年第6期40卷 341-344页

作者：崔晓莉王纯雁王红康乐妮陈汶陈凤于露露洪恩宇潘秦镜乔友林辽宁省肿瘤医院妇科沈阳市110042 中国医学科学院肿瘤研究所流行病学教研室

目的:评价cobas 4800 HPV检测技术在宫颈癌及癌前病变筛查中的可行性及应用价值。方法:对河南省新密市856例年龄>21岁有性生活的妇女进行宫颈癌筛查。每位妇女均接受了cobas 4800 HPV检测、高危型HPV第二代杂交捕获试验(hy brid capture... 详细信息

目的:评价cobas 4800 HPV检测技术在宫颈癌及癌前病变筛查中的可行性及应用价值。方法:对河南省新密市856例年龄>21岁有性生活的妇女进行宫颈癌筛查。每位妇女均接受了cobas 4800 HPV检测、高危型HPV第二代杂交捕获试验(hy brid capture 2 technology,HC2)检测、ThinPrep液基细胞学和阴道镜检查。阴道镜下在可见病变处直接取活检;任意筛查结果阳性但无可见病变时,于宫颈外口鳞柱交界处行四象限随机活检和宫颈管搔刮术(endocervical curettage,ECC)。结果:cobas 4800HPV检测与HC2检测对宫颈上皮内瘤变(cervical intraepithelial neoplasia,CIN)2级以上(CIN2、CIN3及宫颈癌)患者的灵敏度均为94.4%(34/36),特异度分别为63.2%(516/817)和63.9%(522/817);一致率为83.4%(711/853),两者具有高度一致性(Kappa=0.65)。cobas 4800 HPV检测对于液基细胞学检查漏诊的患者具有100%检出率。cobas 4800 HPV16及18分型检测对于CIN2以上患者的阳性预测值21.9%为HC2检测10.3%的2.13倍。妇女感染HPV16及18型患CIN2以上病变的年龄比感染其他类型平均小5.4岁。结论:cobas 4800 HPV检测与HC2检测具有相似的准确性和良好的一致性,比ThinPrep液基细胞学检查更为灵敏,并且能鉴别HPV16及18两种高风险类型HPV感染,利于医生更有针对性地随访宫颈病变中的高危病例。

关键词：宫颈癌人乳头瘤病毒筛查 cobas 4800

Some Covering Problems and Their Solutions in Automatic Logic Synthesis Systems

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Journal of Computer Science & Technology 1986年第2期1卷 83-92页

作者：刘明业洪恩宇 Beijing Institute of Technology

This paper describes the partitioning of the set of the Boolean equations generatedby the hardware logic translator and the conversion of the subsets into cube arrays.Subsequent to this,it is aimed:(1)to find out the minimal sets of input variables;(2)tofinish the logic minimization;and(3)to decompose a large logic array into smaller onesto meet the design constraints if necessary.These three problems cart all be reduced to solving the corresponding coveringproblems,which may have considerable scales.This paper gives the method to solvelarge cycling cover tables of these problems with cover-matrix complementation(sharp operation).The salient feature of the method is that it can give the optimalsolutions and need not store the covering matrix.The above work is intended to set up an automatic logic synthesis system totranslate register transfer level language descriptions into hardware logic diagrams.

关键词： Some Covering Problems and Their Solutions in Automatic Logic Synthesis Systems

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自动逻辑综合系统中的几个覆盖问题及其求解

计算机学报 1986年第5期 366-373页

作者：刘明业洪恩宇北京工业学院

本文阐明将硬件逻辑翻译器产生的布尔方程集合划分成子集后,转换成多维体列阵。然后,首先寻求输入变量最小集(消去冗余输入变量),再进行逻辑最小化,并且如果必要还可将一个较大的逻辑列阵分解成较小的列阵,以满足工程设计的约束条件。 ... 详细信息

本文阐明将硬件逻辑翻译器产生的布尔方程集合划分成子集后,转换成多维体列阵。然后,首先寻求输入变量最小集(消去冗余输入变量),再进行逻辑最小化,并且如果必要还可将一个较大的逻辑列阵分解成较小的列阵,以满足工程设计的约束条件。上述三个问题都可归结为求解覆盖问题,并且其规模可能很大。本文给出用覆盖矩阵取补(锐积运算)法求解这些问题的大循环覆盖表的方法。其特点是完全不存储覆盖矩阵,可以很快给出最佳解。上述工作是为了建立一个将寄存器传输级语言描述翻译成硬件逻辑图的自动逻辑综合系统。

关键词：去冗余输人方程多维体覆盖表覆盖矩阵逻辑综合覆盖问题集合划分函数分解子集冗余覆盖最小化

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PLA分解与输入变量最小集的求解方法

计算机工程 1985年第3期 20-28页

作者：刘明业洪恩宇北京工业学院

寻求函数输入变量最小集和函数列阵分解问题,无论对于PLA或门阵列的制版布线及测试设计都是十分重要的。本文将它们统一考虑为用求解质蕴涵项表的覆盖矩阵取补(锐积)法求解。实际上PLA分解需要两次求解覆盖问题。首先求出各子列阵输入... 详细信息

寻求函数输入变量最小集和函数列阵分解问题,无论对于PLA或门阵列的制版布线及测试设计都是十分重要的。本文将它们统一考虑为用求解质蕴涵项表的覆盖矩阵取补(锐积)法求解。实际上PLA分解需要两次求解覆盖问题。首先求出各子列阵输入变量的全部最小集(或无冗余子集);然后再寻求其输入变量最小集能够覆盖全部子列阵输入变量最小集的一组子列阵,于是便获得函数列阵的分解结果。本文针对上述这类规模较大的覆盖问题,围绕如何提高速度、节省内存,运用覆盖矩阵取补法构造出寻求输入变量最小集及PLA分解的算法。其特点是规则性强,实现方便,几乎不需另外占用内存便可求解出这些规模较大的覆盖问题。根据这些算法构成的自动逻辑综合软件可用于以寄存器传输级硬件描述语言(如DDL、AHPL等)为输入的计算机设计自动化系统。

关键词：输入变量函数各子 PLA 小集覆盖矩阵变量集合多维体

A Logic Design Automation System for Generating Logic Diagram from Hardware Description

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Journal of Computer Science & Technology 1989年第3期4卷 245-254页

作者：刘明业郭书明杨淮贾良玉洪恩宇 BeijingInstituteofTechnology

This paper discusses a logic design automation system (LODAS) implemented on APOLLO DOMAIN workstation. LODAS can generate VLSI logic diagram from the hardware description. The system accepts many kinds of input description such as DDL or AHPL language description, functinual array (truth table), covering array , Boolean equations or state transition tables. The system first simulates the functional description to verify the functional description of the system designed, then the translator translates the fnnctional descriptong into register transfer equations, Boolean equatinos and state transition equations antomatically.Logic synthesis software partitions the translation result into a series of blocks, and transforma every small block into a mnlti-level NAND/NOR network according to the fan - in and fan - out restriction.

关键词： NAND NOR DDL VLSI

从硬件描述语言直接生成逻辑图的逻辑设计自动化系统

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计算机学报 1988年第7期 385-394页

作者：刘明业郭书明杨淮贾良玉洪恩宇北京工业学院北京工业学院

本文讨论建立在Apollo DOMAIN系统上的一个从功能描述直接生成逻辑图的VLSI或硅编译器的逻辑设计自动化系统的构成和各组成部分的基本功能及特点.本系统包括寄存器传输级模拟,硬件逻辑翻译器,逻辑划分与函数(列阵)分解,两级逻辑综合与... 详细信息

本文讨论建立在Apollo DOMAIN系统上的一个从功能描述直接生成逻辑图的VLSI或硅编译器的逻辑设计自动化系统的构成和各组成部分的基本功能及特点.本系统包括寄存器传输级模拟,硬件逻辑翻译器,逻辑划分与函数(列阵)分解,两级逻辑综合与多级逻辑综合,自动生成逻辑图和逻辑模拟等五个主要软件.它们可以作为整个系统的组成部分,也可独立完成相应的功能. 本系统自动生成的逻辑图布局十分规整,连线也比较合理,并可通过交互系统进行布局和连线的修改.最后,生成的逻辑图还可以直接进行门和功能块级的逻辑模拟.

关键词：硬件描述语言自动化系统硬件逻辑逻辑模拟寄存器传输级硅编译器交互系统功能块功能描述逻辑划分

保存温度、时间和冻融次数对RNA样本浓度和纯度的影响

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中国医药生物技术 2021年第5期16卷 465-468页

作者：张汝倩洪恩宇于永波任慧敏耿迪杨慧王雅頔周萍萍鲁洁郭永丽国家儿童医学中心(北京)首都医科大学附属北京儿童医院北京市儿科研究所儿童耳鼻咽喉头颈外科疾病北京市重点实验室北京100045 国家儿童医学中心(北京)首都医科大学附属北京儿童医院儿童临床数据和样本资源库北京100045

RNA在人类多种生理和病理过程中发挥着举足轻重的作用。近些年来,随着分子生物技术在生命科学、医学等方面的广泛应用,以RNA为靶标进行的组织及细胞的分子生物学研究较为广泛。在RNA的科学研究中,高质量RNA可满足RT-PCR、Northern blot... 详细信息

RNA在人类多种生理和病理过程中发挥着举足轻重的作用。近些年来,随着分子生物技术在生命科学、医学等方面的广泛应用,以RNA为靶标进行的组织及细胞的分子生物学研究较为广泛。在RNA的科学研究中,高质量RNA可满足RT-PCR、Northern blot、基因表达谱、转录组测序和阵列分析等生物学实验的研究需求[1-2],所以能够获得具有生物活性及化学稳定的完整RNA分子至关重要。然而由于RNA自身结构特性[3]和环境中广泛分布的核糖核酸酶(Ribonuclease,RNase)[4],从血液、组织或培养的细胞中抽提得到的RNA的稳定保存相对困难。

关键词：核糖核酸酶基因表达谱生物学实验分子生物技术冻融次数生命科学病理过程分子生物学研究

KDM4A在儿童和成人甲状腺乳头状癌中的表达及诊断价值

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肿瘤学杂志 2016年第10期22卷 838-843页

作者：金雅琼冯林初平张杰邰隽韩阳王生才耿江桥洪恩宇韩书婧于永波鲁洁倪鑫郭永丽首都医科大学附属北京儿童医院北京市儿科研究所儿童耳鼻喉头颈外科疾病北京市重点实验室北京100045 首都医科大学附属北京儿童医院儿童临床数据和样本资源库北京100045 国家癌症中心中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院北京100021 首都医科大学附属北京儿童医院耳鼻喉头颈外科北京100045

[目的]探讨KDM4A在儿童和成人甲状腺乳头状癌中的表达及诊断价值。[方法]采用实时荧光定量PCR的方法进行组织KDM4A表达检测,其中甲状腺乳头状癌组织样本22例,癌旁组织样本13例(配对样本共13对)。其中,儿童甲状腺乳头状癌样本10例,癌旁组... 详细信息

[目的]探讨KDM4A在儿童和成人甲状腺乳头状癌中的表达及诊断价值。[方法]采用实时荧光定量PCR的方法进行组织KDM4A表达检测,其中甲状腺乳头状癌组织样本22例,癌旁组织样本13例(配对样本共13对)。其中,儿童甲状腺乳头状癌样本10例,癌旁组织3例(配对样本3对);成人甲状腺乳头状癌标本12例,癌旁组织10例(配对样本10对)。并采用受试者工作特征(ROC)曲线对其诊断价值进行评估。[结果]甲状腺乳头状癌组织较配对癌旁组织中KDM4A表达显著增高(P=0.011),非配对比较甲状腺乳头状癌组织较癌旁组织中KDM4A表达显著增高(P=0.027);KDM4A诊断PTC的ROC曲线下面积指数为0.794(P=0.004)(Youden指数0.538);儿童甲状腺乳头状癌中KDM4A表达略高于成人(P>0.05),且儿童甲状腺乳头状癌标本中KDM4A的ROC曲线下面积指数为0.831(P=0.007)(Youden指数0.615),高于成人标本的0.763,P=0.026(Youden指数0.538)。[结论 ]KDM4A表达在甲状腺乳头状癌中显著高于癌旁组织,并明确了KDM4A具有诊断价值。此外,本研究还明确了KDM4A作为分子标志物在儿童甲状腺乳头状癌中的诊断价值高于成人。

关键词： KDM4A 甲状腺肿瘤受试者工作特征曲线