检索结果-南通市图书馆

杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌耐药特征与基因组分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2023年第2期43卷 115-122页

作者：郑之北俞骅陈琦郑伟楼秀芹刘小东汪皓秋潘劲草浙江省杭州市疾病预防控制中心卫生检验中心杭州310021

目的了解杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌的耐药特征,并进行溯源分析。方法对2015—2020年杭州地区分离的60株德尔卑沙门菌进行药敏分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和全基因组测序,并下载公共数据库基因组进行比较;利用测序数据对... 详细信息

目的了解杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌的耐药特征,并进行溯源分析。方法对2015—2020年杭州地区分离的60株德尔卑沙门菌进行药敏分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和全基因组测序,并下载公共数据库基因组进行比较;利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)和耐药基因扫描,并构建基于单核苷酸多态性(SNP)位点的系统发育树。结果杭州地区德尔卑沙门菌临床株和食品株对28种药物的耐药率差异均无统计学意义,多重耐药率为76.7%(46/60);所有菌株均检出氨基糖苷乙酰转移酶基因aac(6′)-Iaa和磷霉素耐药基因fosA7;60株德尔卑沙门菌共分为46种PFGE带型、53种cgMLST(HC2)型别,除1株为ST3220型外,其余均为ST40型;基于439株德尔卑沙门菌(包括60株杭州菌株和379株公共数据库菌株)SNP位点构建的系统发育树显示:部分杭州菌株与东南亚菌株进化距离较近,提示可能存在跨境传播,食品株主要来自猪肉和水产类;其他杭州菌株与北京、广州、湖北、重庆等省市的菌株距离较近,提示可能存在跨省传播,食品株主要来自猪肉、牛肉和鸡肉。结论杭州地区德尔卑沙门菌的流行主要由ST40型引起,其多重耐药现象普遍,推测其临床感染与猪牛肉、鸡肉和水产类的消费密切相关,与东南亚地区和境内其他省市可能存在跨地传播。

关键词：德尔卑沙门菌多重耐药全基因组测序核心基因组多位点序列分型

2013-2018年浙江省杭州市腹泻样本中O4血清群副溶血弧菌分子特征分析

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疾病监测 2022年第7期37卷 931-934页

作者：俞骅郑伟陈琦刘小东郑之北曹飞飞汪皓秋杭州市疾病预防控制中心浙江杭州310021

目的分析浙江省杭州市腹泻样本中O4血清群副溶血弧菌分子特征。方法对2013—2018年杭州市腹泻样本中分离的1061株副溶血弧菌进行血清凝集分析,采用qPCR方法检测其中147株O4血清群副溶血弧菌的耐热直接溶血素(tdh)、耐热相关溶血素(trh)... 详细信息

目的分析浙江省杭州市腹泻样本中O4血清群副溶血弧菌分子特征。方法对2013—2018年杭州市腹泻样本中分离的1061株副溶血弧菌进行血清凝集分析,采用qPCR方法检测其中147株O4血清群副溶血弧菌的耐热直接溶血素(tdh)、耐热相关溶血素(trh)、不耐热溶血素(tlh)和toxRS/new基因,并用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法进行分子分型。结果血清型为O4∶KUT(87.07%,128/147)、O4∶K8(10.20%,15/147)和O4∶K9(2.72%,4/147)的菌株均为tdh+trh-tlh+toxRS/new-基因型。根据PFGE图谱,菌株可以分成PA(以2016年后分离的菌株为主)和PB(2013—2018年菌株)2个簇,分别包含15和16个不同带型。其中O4∶K8菌株均处于PA簇,O4∶K9菌株均处于PB簇,O4∶KUT菌株分布于PA和PB簇中。结论近年来杭州市分离自腹泻患者的O4∶KUT血清型菌株存在2个流行克隆群。其中PB簇O4∶KUT菌株持续存在,PA簇O4∶KUT菌株在2016年出现并引起本地散在暴发,该型别菌株有成为地区流行克隆群的可能。

关键词：副溶血弧菌毒力基因脉冲场凝胶电泳分子分型

杭州市1株不产毒霍乱弧菌食品分离株的基因组特征与溯源研究

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中国食品卫生杂志 2023年第4期35卷 491-497页

作者：俞骅高佳佳朱炜郑伟郑之北吴金飞王毅意潘高翔汪皓秋杭州市疾病预防控制中心浙江杭州310021 滨江区疾病预防控制中心浙江杭州310051

目的研究杭州市1株不产毒小川血清型霍乱弧菌食品分离株与国内外食品和临床分离株的溯源关系及其分子特征。方法采用荧光定量聚合酶链式反应检测菌株毒力基因分布,使用高通量测序获得基因组序列,使用生物信息学方法鉴定其多位点序列分型... 详细信息

目的研究杭州市1株不产毒小川血清型霍乱弧菌食品分离株与国内外食品和临床分离株的溯源关系及其分子特征。方法采用荧光定量聚合酶链式反应检测菌株毒力基因分布,使用高通量测序获得基因组序列,使用生物信息学方法鉴定其多位点序列分型(MLST)型别。将101株食品和临床分离株基因组序列比对到参考基因组N16961获得单核苷酸突变位点(SNV),去除重组并构建进化树,分析食品分离株和近源菌株的基因分布情况。结果该食品分离株是不产霍乱毒素和产毒素共调菌毛的霍乱弧菌(CNTP),MLST分型结果为ST1480,与杭州地区流行的ST75型CNTP菌株属于同一克隆群。该菌属于进化树L3b.1分支,与杭州2011年临床分离株(HZ11-1,HZ11-2)高度同源,去除重组后仅有26个SNVs位点差异。结论从甲鱼涂抹拭子中检出与杭州地区流行的CNTP高度同源的菌株,杭州地区散发病例感染来源可能与爬行类食品污染因素有关,应加强对其养殖场所及销售场所进行消毒。

关键词：霍乱弧菌霍乱毒素多位点序列分型基因组进化树

杭州地区伤寒及甲型副伤寒沙门菌流行菌株分子特征的研究

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杭州地区伤寒及甲型副伤寒沙门菌流行菌株分子特征的研究

作者：汪皓秋浙江大学

学位级别：硕士

目的伤寒、甲型副伤寒是一种急性消化道传染病,传染源为病人及带菌者,传播途径主要为粪-口传播,人群普遍易感。其病原体为伤寒沙门菌及甲型副伤寒沙门菌。近年来杭州地区发生了多起伤寒、甲型副伤寒的暴发与流行,已成为严重的公共卫生... 详细信息

目的伤寒、甲型副伤寒是一种急性消化道传染病,传染源为病人及带菌者,传播途径主要为粪-口传播,人群普遍易感。其病原体为伤寒沙门菌及甲型副伤寒沙门菌。近年来杭州地区发生了多起伤寒、甲型副伤寒的暴发与流行,已成为严重的公共卫生问题。本课题旨在通过研究2002～2008年杭州地区伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌优势菌株的分子特征,为传染源的溯源提供实验室线索,为有效地干预控制伤寒、甲型副伤寒的发生提供依据。方法1.采用脉冲场凝胶电泳分型(PFGE)、多位点串联重复序列分析(MLVA)、多位点序列分型(MLST)三种分型方法对杭州地区31株伤寒沙门菌进行分子分型,并进行药敏试验。2.对杭州地区2002-2008年分离到的404株甲型副伤寒沙门菌进行PFGE分型和药敏试验。3.将八株非伤寒沙门菌应用与伤寒沙门菌一致的扩增条件在TR1、TR2、TR3、Sa102这4个位点进行PCR。4.应用PFGE和MLST方法对生化、血清鉴定有分歧的沙门菌进行鉴定。结果1.131株伤寒沙门菌可分为14个PFGE型,28个MLVA型,3个MLST型,6个耐药型;31株伤寒沙门菌在TR1、TR2、TR3、Sa102这4个VNTR位点表现出多态性,在其余18个VNTR位点均未表现出多态性;3个MLST型中ST1型7株,ST2型23株,ST3型1株。1.22株在TR3位点重复序列拷贝数为2.3的伤寒沙门菌在TR3位点重复序列的5’上游的侧翼序列分别有61bp(重复序列的5’上游的侧翼序列53-113bp)和340bp(重复序列的5’上游的侧翼序列1-340bp)的碱基缺失导致TR3位点扩增的目的片段的大小与串联重复序列的拷贝数不呈正相关。2404株甲型副伤寒沙门菌可分为6个PFGE型和4个耐药型,P1型和P2型属于同一个克隆系,该克隆系菌株占试验菌株数的99%,分离自临安市的310株菌均为P1型,分离自西湖区的主要菌型是P2型和P1型。3八株非伤寒、甲型副伤寒沙门菌在TR1、TR2、TR3、Sa102这四个位点均未表现出多态性。4三株生化、血清鉴定有分歧的沙门菌PFGE图谱与肠炎沙门菌标准株CMCC10022比较分别只有4条和2条条带的差异,与甲型副伤寒沙门菌标准株CMCC50001的图谱完全不同。三株菌与肠炎沙门菌标准株CMCC10022的MLST型别均为ST11型,在MLST数据库中,该型的菌株均为肠炎沙门菌,甲型副伤寒沙门菌标准株CMCC50001的MLST型别为ST85型。结论近年杭州地区甲型副伤寒疫情由同一克隆系菌株感染所致,但本地区流行的伤寒沙门菌株呈现高度多样性。呈高度多态性的可变串联重复序列(VNTR)位点TR1、TR2、Sa102可作为本地区伤寒沙门菌株的检测标志。可以利用分子分型技术来协助鉴定通过表型鉴定难以区分的沙门菌。

关键词：伤寒沙门菌甲型副伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳多位点串联重复序列分析多位点序列分型耐药

杭州地区1998—2008年产ESBL的志贺菌基因型及分子流行病学研究

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中华检验医学杂志 2010年第3期33卷 264-266页

作者：濮小英潘劲草张蔚汪皓秋叶榕杭州市疾病预防控制中心微生物检验科 310006

1999年Ahamed和Kundu在印度首次发现了志贺菌中存在SHV-11型ESBL。ESBL通常由质粒介导，对三代头孢和单环类抗生素有很高的活性，此后，世界各地均有志贺菌中ESBL的报道。法国发现福氏志贺菌中存在SHV-2型ESBL；日本发现了TOHO-1型ESBL... 详细信息

1999年Ahamed和Kundu在印度首次发现了志贺菌中存在SHV-11型ESBL。ESBL通常由质粒介导，对三代头孢和单环类抗生素有很高的活性，此后，世界各地均有志贺菌中ESBL的报道。法国发现福氏志贺菌中存在SHV-2型ESBL；日本发现了TOHO-1型ESBL；阿根延发现福氏志贺菌中存在PER-2型ESBL，从TEM型ESBL中还发现了较多亚型（TEM-17、TEM-19、TEM-20、TEM-15、TEM-52等）。

关键词：福氏志贺菌 ESBL 分子流行病学杭州地区基因型 SHV-11 质粒介导类抗生素

多位点序列分型技术在沙门菌鉴定中的应用研究

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中国卫生检验杂志 2013年第1期23卷 120-122,126页

作者：周国明汪皓秋俞骅郑伟浙江省肿瘤医院检验科杭州310000 浙江省杭州市疾病预防控制中心杭州310021

目的:探讨多位点序列分型技术(Multilocus sequence typing,MLST)在沙门菌鉴定中的应用。方法:对1株分离自腹泻病人的沙门菌疑似菌株用肠杆菌科鉴定试条API 20E进行生化鉴定并进行血清学鉴定,应用MLST分型方法对该菌株分子分型。结果:AP... 详细信息

目的:探讨多位点序列分型技术(Multilocus sequence typing,MLST)在沙门菌鉴定中的应用。方法:对1株分离自腹泻病人的沙门菌疑似菌株用肠杆菌科鉴定试条API 20E进行生化鉴定并进行血清学鉴定,应用MLST分型方法对该菌株分子分型。结果:API 20E鉴定为沙门菌属,Vi因子血清不凝集,O因子血清A-F O多价不凝集。该菌的MLST型别为ST64型,提示为鸭沙门菌。结论:MLST分子分型技术有助于沙门菌的鉴别。

关键词：鸭沙门菌多位点序列分型

杭州市2018年-2020年登革热暴发疫情流行病学及病原特征分析

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中国卫生检验杂志 2022年第1期32卷 86-88页

作者：陈彬彬孙昼黄仁杰汪皓秋杭州师范大学附属医院检验科浙江杭州310015 杭州市疾病预防控制中心浙江杭州310021

目的研究杭州市2018年—2020年登革热暴发疫情的流行病学及病原特征。方法应用RT-PCR方法检测血清标本中的登革病毒核酸及其型别,挑选11株代表性病毒株进行病毒分离、E基因扩增、序列测定及构建进化树,采用描述性流行病学方法分析2018年... 详细信息

目的研究杭州市2018年—2020年登革热暴发疫情的流行病学及病原特征。方法应用RT-PCR方法检测血清标本中的登革病毒核酸及其型别,挑选11株代表性病毒株进行病毒分离、E基因扩增、序列测定及构建进化树,采用描述性流行病学方法分析2018年—2020年疫情流行病学特征。结果 2018年—2020共发生7起登革热暴发疫情,共报告45例本地病例,发生时间集中在2018年及2019年7月下旬—10月上旬,病例均为轻症,60%的病例年龄在50岁及以上。分离到登革病毒株44株,分型均为登革病毒Ⅰ型。11株代表性病毒E基因序列比对及进化分析,2018年分离病毒株与缅甸病毒株,2019年分离病毒株与菲律宾病毒株核苷酸序列一致性最高。结论 2018年—2020年杭州市本地暴发疫情由登革病毒Ⅰ型引起,传染源可能来自缅甸和菲律宾。

关键词：登革热登革病毒暴发疫情序列分析

2002-2013年杭州地区甲型副伤寒沙门菌分子分型研究

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中华微生物学和免疫学杂志 2017年第1期37卷 57-61页

作者：汪皓秋郑伟俞骅张蔚潘劲草杭州市疾病预防控制中心 310021

目的了解近年来杭州地区甲型副伤寒沙门菌的分子特征。方法采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点串联重复序列分析（MLVA）对2002—2013年杭州地区分离的72株甲型副伤寒沙门菌代表株进行分子分型及流行病学分析。结果72株甲型副伤寒沙门... 详细信息

目的了解近年来杭州地区甲型副伤寒沙门菌的分子特征。方法采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点串联重复序列分析（MLVA）对2002—2013年杭州地区分离的72株甲型副伤寒沙门菌代表株进行分子分型及流行病学分析。结果72株甲型副伤寒沙门菌分为11个PFGE（XbaⅠ、BlnⅠ）型别，6个MLVA型别。受检的34个可变串联重复序列（VNTR）位点中，1188K、2075K、2201K、4346K这4个位点表现出多态性。PFGE显示出较MLVA更高的分辨力。除X4B5、X7B7、X8B8、X9B9、X10B10这5种型别外，其他6种型别为同一个克隆系（相似度大于95%），该克隆系菌株占受试总菌株数的93.1%。结论2002—2013年杭州地区甲型副伤寒疫情主要由同一克隆系的菌株引起，联合应用PFGE和MLVA有利于甲型副伤寒的流行病学调查。

关键词：甲型副伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳多位点串联重复序列分析

2009年杭州市01群霍乱弧菌的分子特征及耐药性

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中华预防医学杂志 2011年第10期45卷 895-898页

作者：郑伟俞骅汪皓秋张蔚潘劲草杭州市疾病预防控制中心微生物检验科 310021

目的研究2009年杭州市O1群霍乱弧菌分离株的分子特征及菌株耐药情况。方法选取2009年分离自杭州市7个区县的30株O1群霍乱弧菌分离株，用PCR检测其肠毒素A基因（ctxA）和毒素共调菌毛A基因（tcpA），以脉冲场凝胶电泳（pulsed—fieldgele... 详细信息

目的研究2009年杭州市O1群霍乱弧菌分离株的分子特征及菌株耐药情况。方法选取2009年分离自杭州市7个区县的30株O1群霍乱弧菌分离株，用PCR检测其肠毒素A基因（ctxA）和毒素共调菌毛A基因（tcpA），以脉冲场凝胶电泳（pulsed—fieldgelelectrophoresis，PFGE）进行分子分型并作相似度分析，用改良K—B纸片法检测菌株的耐药谱。结果30株01群霍乱弧菌分离株中，ctxA-并tcpA＋基因型菌株有24株，占80．00％；ctxA-并tcpa-基因型菌株有4株，占13．33％；ctxA＋并tcpA＋基因型菌株有2株，占6．67％。27株菌（3株因降解未分型）分为11种PFGE型别（P1～P11）；23株ctxA-并tcpA＋基因型菌株（1株因降解未分型）分为P1～P7等7种型别，相似度≥91．4％，其中P1型占56．52％（13／23）。7株从同一起暴发事件中分离的ctxA-并tcpA＋菌株的PFGE型别分别为P1（6株）和P2（1株），相似度为97．6％。24株ctxA-并tcpa＋菌株对氨苄西林、妥布霉素和阿米卡星的耐药率分别为20．83％（5／24）、4．17％（1／24）和4．17％（1／24）。结论2009年杭州市01群霍乱弧菌流行株的基因型是ctxA-并tcpA＋型；ctxA-并tcpA＋型01群霍乱弧菌菌株的耐药情况尚不严重。

关键词：弧菌霍乱电泳凝胶脉冲场毒力基因抗药性