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河南省180例重症肺炎病例呼吸道病毒谱分析

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现代疾病预防控制 2024年第7期 509-513页

作者：毋碧聪宋云卢世栋聂轶飞叶莹黄学勇郭万申马红霞河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所河南省传染病病原生物重点实验室

目的分析河南省重症肺炎病例常见呼吸道病毒谱构成及流行特征，研究甲型流感病毒的基因特征，为重症肺炎的病原学诊断和科学防控提供依据。方法对2019年9月—2020年2月河南省20家哨点医院的180份重症肺炎住院病例的呼吸道标本，采用多... 详细信息

目的分析河南省重症肺炎病例常见呼吸道病毒谱构成及流行特征，研究甲型流感病毒的基因特征，为重症肺炎的病原学诊断和科学防控提供依据。方法对2019年9月—2020年2月河南省20家哨点医院的180份重症肺炎住院病例的呼吸道标本，采用多重PCR法检测新型冠状病毒（SARS-CoV-2）、甲型流感病毒（FluA）、乙型流感病毒（FluB）、鼻病毒（RhV）、冠状病毒NL63（CoV-NL63）、冠状病毒229E（CoV-229E）、冠状病毒OC43（CoV-OC43）、冠状病毒HKU1（CoV-HKU1）、副流感病毒1型（PIV1）、副流感病毒2型（PIV2）、副流感病毒3型（PIV3）、副流感病毒4型（PIV4）、人偏肺病毒（MPV）、博卡病毒（BoV）、呼吸道合胞病毒（RSV）、腺病毒（ADV）、肠道病毒（ENV），并对FluA阳性标本进行全基因组测序分析。结果 180份重症肺炎病例的呼吸道标本中，病毒阳性总检出率为26.67%，病原检出前3位依次为FluA（10.00%）、RSV（3.89%）和RhV（3.89%）,SARS-CoV-2阳性检出率为0.00%。病毒阳性检出率男性（31.90%）高于女性（17.19%）(χ2=4.563,P<0.05)，各年龄组间差异有统计学意义（χ2=18.538,P<0.05）,0～<7岁组的病毒阳性检出率最高，为76.92%，以RSV为主。获得5个FluA毒株的全基因组序列，经分析均为H3N2亚型，且与当年推荐疫苗株相比，血凝素（HA）基因出现抗原性位点改变，表明已出现抗原漂移。结论 2019—2020年秋冬季河南省引起重症肺炎的呼吸道病毒主要是FluA、RSV和RhV，且以婴幼儿感染为主。FluA的基因型主要是H3N2亚型。

关键词：重症肺炎呼吸道病毒甲型流感病毒血凝素基因抗原性

2023年河南省外环境H7N9禽流感病毒的基因组序列分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第5期44卷 377-381页

作者：毋碧聪罗雪卢世栋宋云张白帆卫海燕聂轶飞夏晖万思嘉叶莹黄学勇郭万申马红霞河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所河南省传染病病原生物重点实验室郑州450016 许昌市疾病预防控制中心检验检测中心许昌461000

目的分析活禽市场相关环境中检出的H7N9禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)的遗传进化和分子特征。方法采集禽类粪便、污水,以及脱毛机和案板擦拭拭子等标本,实时荧光定量PCR鉴定甲型流感病毒和H7N9亚型。对于H7N9阳性标本以甲型流... 详细信息

目的分析活禽市场相关环境中检出的H7N9禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)的遗传进化和分子特征。方法采集禽类粪便、污水,以及脱毛机和案板擦拭拭子等标本,实时荧光定量PCR鉴定甲型流感病毒和H7N9亚型。对于H7N9阳性标本以甲型流感病毒通用引物扩增病毒全基因组并测序,利用BLAST和MEGA X软件进行序列比对、系统进化和分子特征分析。结果2023年2月采集于许昌市活禽市场的7份外环境标本中检出4份H7N9 AIV阳性,3份H7N9 AIV阳性标本测序成功,其各基因核苷酸一致性较高(98.37%~100.00%)。BLAST分析显示主要与我国2020—2021年国内禽中分离的H7N9毒株一致性最高。遗传进化分析显示3株病毒株聚在同一分支,与最近环境分离株相聚较近,而与最近人/禽感染病毒株关系较远。通过与各时期的代表性病毒株序列比对发现,本研究检出的病毒株呈禽高致病性,裂解位点处插入了4个氨基酸KRAA,病毒株血凝素受体结合位点为QSG,属于禽结合受体,血凝素出现G186I位点突变。聚合酶碱性蛋白2未出现哺乳动物适应性E627K突变。未检测到与神经氨酸酶抑制剂(奥司他韦)和聚合酶酸性蛋白抑制剂(巴洛沙韦)耐药相关的R292K和I38T位点突变,提示病毒对上述药物敏感性未降低。M2蛋白出现S31N突变,提示对烷胺类药物耐药。结论从活禽市场检出的3株H7N9病毒株呈禽高致病性,与既往感染人/禽代表株相比,未明显增加人受体结合力、哺乳动物致病性、病毒传播力和耐药相关分子位点。

关键词：禽流感病毒 H7N9 活禽市场遗传进化突变

住院重症肺炎患者368例呼吸道病原体检测结果及影响因素分析

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现代疾病预防控制 2024年第5期35卷 329-333页

作者：许太彬邵束钰史军张祎洋董柯程春荣毋碧聪郑州市疾病预防控制中心微生物检验所河南郑州450007 河南省疾病预防控制中心

目的了解住院重症肺炎患者呼吸道病原体感染情况及影响因素,为临床治疗提供指导和依据。方法收集368例住院重症肺炎患者的病例资料及呼吸道19种病原体的检测情况进行分析,组间比较分析采用χ^(2)检验或Fisher确切概率法,多因素分析使用l... 详细信息

目的了解住院重症肺炎患者呼吸道病原体感染情况及影响因素,为临床治疗提供指导和依据。方法收集368例住院重症肺炎患者的病例资料及呼吸道19种病原体的检测情况进行分析,组间比较分析采用χ^(2)检验或Fisher确切概率法,多因素分析使用logistic回归分析。结果检出病原体感染阳性患者124例,阳性率为33.70%,其中16例为混合病原体感染。不同年龄组新型冠状病毒(SARS-CoV-2)检出率差异有统计学意义(χ^(2)=24.679,P14~<61岁年龄组中检出率最高,为9.02%。16例混合病原体感染患者中,婴幼儿患者12例,占75.00%;男性患者11例,占69.75%;HRV感染者9例,占56.25%。多因素logistic分析结果显示,患者的年龄(OR=1.025,95%CI:1.007~1.042)、采样年份(OR=0.456,95%CI:0.265~0.786)、标本类型(OR=5.059,95%CI:2.806~9.122)是影响住院重症肺炎患者呼吸道病原体检测结果的独立影响因素。结论应关注儿童感染IFA和老年人感染SARS-Co V-2的情况,积极开展儿童呼吸道感染患者HRV的检测。首选患者的下呼吸道标本进行检测,提高患者病原体的检出率。

关键词：重症肺炎 RT-PCR 多病原影响因素

毒性质粒的丢失促进了宋内氏志贺菌与CD209和CD207之间的相互作用

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毒性质粒的丢失促进了宋内氏志贺菌与CD209和CD207之间的相互作用

作者：毋碧聪华中科技大学

学位级别：硕士

【背景和目的】21世纪以来,在全球引起痢疾的主要病原体是宋内氏志贺菌,由于志贺菌耐受胃酸,极少量的志贺菌(10-100个)感染机体后,可穿透肠屏障,快速侵入结直肠引起强烈的炎症反应,导致细菌性痢疾。据流行病学研究报道,全世界每年菌痢... 详细信息

【背景和目的】21世纪以来,在全球引起痢疾的主要病原体是宋内氏志贺菌,由于志贺菌耐受胃酸,极少量的志贺菌(10-100个)感染机体后,可穿透肠屏障,快速侵入结直肠引起强烈的炎症反应,导致细菌性痢疾。据流行病学研究报道,全世界每年菌痢发生例约有1.6亿,主要集中在5岁以下的儿童,全世界每年因痢疾而死亡的人数约达100万。最新文献表明,宋内氏志贺菌还可通过性传播途径感染,可编码志贺毒素,而且产超广谱β内酰胺酶的多重耐药宋内氏志贺菌与非结石性胆囊炎的发生密切相关。因此迫切需要从志贺菌本身特性以及致病机制方面进行研究。宋内氏志贺菌具有210 kb的毒性质粒,此质粒编码一种亲脂多糖(LPS)的O抗原基因簇。然而,这种毒性质粒在感染过程中却经常丢失。那么对宋内氏志贺菌来说,其感染的优势是否是丢失其毒性质粒?大多数革兰氏阴性的肠道细菌能表达完整的LPS(其结构由内而外包含脂质A、核心多糖core、O抗原三部分组成),细菌失去O抗原会变成为粗糙型菌落,也就是革兰氏阴性细菌在其表面表达了一个LPS core(LOS)。本实验室前期的研究结果表明,淋病奈瑟菌和鼠疫耶尔森氏菌等本身不表达O抗原的革兰氏阴性菌可通过LOS与CD209相互作用;另外假结核耶尔森氏菌和伤寒沙门氏菌等本身具有O抗原的病原菌在人为条件下不表达O抗原时,能够通过LOS与CD209相互作用侵袭抗原提呈细胞(APCs)。而宋内氏志贺菌在其复制过程中极易自然地丢掉O抗原合成基因进而暴露LPS core,那么宋内氏志贺菌是否也可通过这一方式可与机体免疫细胞相互作用呢?本研究从宿主-病原微生物相互作用的角度,提出了失去210kb的毒质粒的宋内氏志贺菌(rough)以其外膜蛋白核心寡糖的某些成分为配体,与宿主细胞表面一类C型凝集素受体相互结合,促进了宋内氏志贺菌对宿主细胞的黏附和侵袭,而在感染过程中这种相互作用很有可能有助于机体对粗糙型的宋内氏志贺菌进行清除,同时我们推测,可能也有很少一部分的宋内氏志贺菌能够利用和鼠疫耶尔森菌相同的感染机制侵入APCs并逃避免疫系统的监视。【方法】1.刚果红平板筛选宋内氏志贺菌光滑型和粗糙型利用宋内氏志贺菌在生长条件下可自然丢失毒性质粒的特性获得光滑型和粗糙型,运用刚果红可与细菌三型分泌系统(T3SS)编码的毒力蛋白结合进而验证,有毒株呈现红色菌落,而无毒株为无色菌落。2.基因检测宋内氏志贺菌光滑型和粗糙型选择编码宋内氏志贺菌的特有基因、210kb毒性质粒基因及O抗原编码基因设计引物,多聚酶链式反应(PCR)鉴定光滑型和粗糙型菌株。3.宋内氏志贺菌脂多糖LPS表型的分析提取并纯化细菌脂多糖LPS,用SDS-PAGE银染的方法检测细菌O抗原的表达情况。4.细胞侵袭实验3.1用大肠杆菌K12粗糙型CS180及表达O抗原的光滑型CS1861做对照,用宋内氏志贺菌光滑型Ss-WT及丢失毒性质粒后的粗糙型Ss-rough侵袭C57BL/6小鼠的腹腔巨噬细胞,利用庆大霉素保护实验观察细菌感染细胞1.5小时后丢失毒性质粒的粗糙型Ss-rough(无侵袭基因的无毒株)对巨噬细胞的侵袭能力。3.2用大肠杆菌K12粗糙型CS180及表达O抗原的光滑型CS1861做对照,用宋内氏志贺菌光滑型Ss-WT及丢失毒性质粒后的粗糙型Ss-rough侵袭人肠道分离的树突状细胞,利用庆大霉素保护实验观察细菌感染细胞1.5小时后丢失毒性质粒的粗糙型Ss-rough对树突状细胞的侵袭能力。3.3用大肠杆菌K12粗糙型CS180及假结核耶尔森氏菌Y1作为对照,用宋内氏志贺菌光滑型Ss-WT,丢失毒性质粒后的粗糙型Ss-rough及人工构建表达O抗原的宋内氏志贺菌roughO侵袭表达鼠CD209b,人CD209a和人CD207受体的CHO细胞,利用庆大霉素保护实验观察细菌感染细胞2小时后侵袭进入细胞内的菌量,确定宋内氏志贺菌粗糙型Ss-rough是否是通过与固有免疫细胞表面受体CD209/CD207相互作用进而进入抗原提呈细胞内的。5.细胞侵袭抑制实验用细菌脂多糖类似物及特异性的抗细胞表面分子抗体先与细胞相互作用,然后再进行侵袭实验,观察感染2小时后侵袭进入细胞内的菌量,以此确定宋内氏志贺菌丢失毒性质粒后的粗糙型Ss-rough与细胞表面受体是否为特异性相互作用,是否Ss-rough的脂多糖核心LPS core参与同CD209和CD207的相互作用。6.动物感染体内实验腹腔注射途径,用适当剂量的宋内氏志贺菌光滑型Ss-WT,丢失毒性质粒后的粗糙型Ss-rough及人工构建表达O抗原的宋内氏志贺菌roughO直接注射入腹腔感染C57BL/6小鼠,24小时后观察细菌在体内的播散情况。【结果】1.光滑型和粗糙型宋内氏志贺菌的筛选及鉴定利用刚果红平板法培养野生型宋内氏志贺菌,通过随机挑选若干菌落并用特异性引物鉴定得到了丢失毒性质粒的粗糙型宋内氏志贺菌Ss-rough。2.丢失毒性质粒后的宋内氏志贺菌

关键词：宋内氏志贺菌 O抗原抗原提呈细胞 C型凝集素受体(CD207和CD209)

COVID-19确诊病例及灭活疫苗接种者不同时期血清IgA、IgM、IgG抗体检测结果比较

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中国公共卫生 2023年第9期39卷 1159-1164页

作者：李东晓卢世栋胡晓宋云毋碧聪李亚飞李懿马红霞王海峰叶莹黄学勇河南省疾病预防控制中心郑州450016

目的研究不同时期新型冠状病毒感染(COVID-19)病例及接种2019-nCoV灭活疫苗人群的抗体免疫应答规律及特点。方法于2020年1月—2021年10月采集河南省43例COVID-19确诊病例的86份血清标本,46名灭活疫苗接种者的184份血清标本,50名未感染... 详细信息

目的研究不同时期新型冠状病毒感染(COVID-19)病例及接种2019-nCoV灭活疫苗人群的抗体免疫应答规律及特点。方法于2020年1月—2021年10月采集河南省43例COVID-19确诊病例的86份血清标本,46名灭活疫苗接种者的184份血清标本,50名未感染健康人的50份血清标本,采用磁微粒化学发光法和酶联免疫吸附法对320份血清标本检测并分析其抗体水平。结果确诊病例恢复期IgA、IgM、IgG抗体阳性率高于急性期(P值均<0.05);恢复期的IgM、IgG抗体水平高于急性期(P值均<0.05)。灭活疫苗接种后31周,IgG和IgA抗体阳性率分别维持在63.04%(29/46)和36.96%(17/46),IgM抗体全部转阴;疫苗接种者第4、8、12、31周IgA抗体吸光度值差异无统计学意义(F=2.365,P=0.073),IgM、IgG抗体水平差异均有统计学意义(P<0.05)。同时期确诊病例的IgA、IgM抗体阳性率高于疫苗接种者,IgM、IgG抗体水平高于疫苗接种者(P值均<0.05)。结论IgG抗体在新型冠状病毒感染早期和恢复期阳性率最高。IgA、IgG抗体出现时间较IgM早,在疫苗接种者体内持续时间超过31周。同时期确诊病例的IgM、IgG抗体水平高于疫苗接种者。

关键词： IgA抗体 IgG抗体 IgM抗体血清学检测 COVID-19确诊病例新冠病毒灭活疫苗接种者

一起新型冠状病毒暴发疫情的基因组特征与溯源分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2022年第4期42卷 245-250页

作者：李懿宋云毋碧聪卢世栋朱琳李东晓张白帆胡晓卫海燕赵升马红霞叶莹黄学勇郭万申河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所河南省传染病病原生物重点实验室郑州450016

目的:了解引起河南省2021年11月COVID-19暴发疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征,分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法:收集病例急性期咽拭子标本,应用实时荧光RT-PCR方法对SARS-CoV-2核酸进行检测。选取SARS-CoV-2核酸... 详细信息

目的:了解引起河南省2021年11月COVID-19暴发疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征,分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法:收集病例急性期咽拭子标本,应用实时荧光RT-PCR方法对SARS-CoV-2核酸进行检测。选取SARS-CoV-2核酸阳性样本进行高通量基因序列测定和全基因组序列比对分析。结果:核酸检测显示,70例阳性标本ORF1ab基因Ct值的中位数为26.41(15.58~39.27),N基因Ct值的中位数为24.43(12.04~39.74)。测序结果显示,同武汉参考株(NC_045512)序列相比,测序成功的63例本土病例SARS-CoV-2基因组序列存在47~49个核苷酸突变位点,共享47个突变位点和41个氨基酸变异位点,其中S蛋白区核苷酸突变位点9个,氨基酸变异位点为12个。指示病例与河南省10月14日俄罗斯输入病例和江西省10月本土病例共享47个突变位点,基因组高度同源,属于VOC/Delta变异株(AY.122进化分支)。结论:应对境外输入性COVID-19进行持续监测,适当延长隔离观察期限,降低输入性COVID-19引起本地暴发与流行的风险;通过分析病毒基因组特征及核苷酸和氨基酸变异情况,进行快速溯源,为我省后续精准防控提供有力依据。

关键词：新型冠状病毒德尔塔变异株基因组特征核苷酸突变氨基酸突变

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新型冠状病毒中和抗体检测方法的建立与应用

河南预防医学杂志 2022年第12期33卷 881-885,890页

作者：卢世栋宋云毋碧聪胡晓马红霞黄学勇郭万申河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所河南郑州450016 河南省传染病病原生物重点实验室

目的建立基于微量细胞中和试验(MRNT)的血清抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)中和抗体的检测方法,并应用于检测新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例的血清抗SARS-CoV-2中和抗体水平。方法用Vero细胞和已知滴度的SARS-CoV-2毒株对待测血清进行基于... 详细信息

目的建立基于微量细胞中和试验(MRNT)的血清抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)中和抗体的检测方法,并应用于检测新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例的血清抗SARS-CoV-2中和抗体水平。方法用Vero细胞和已知滴度的SARS-CoV-2毒株对待测血清进行基于MRNT的中和抗体检测,对中和反应作用时间、Vero细胞代次等影响试验的关键因素进行验证,并用建立的方法重复4次检测8份血清样品的中和抗体效价,计算变异系数(CV),验证方法的重复性;用建立的方法检测165份COVID-19病例血清样本的中和抗体水平并进行分析;采用磁微粒化学发光免疫分析法(CMIA)检测其中55份感染3~4周的血清样本,并与建立方法的结果比对,分析两者的分布情况及相关性。结果不同中和反应作用时间(1.0 h、1.5 h、2.0 h)及不同代次(5代、10代、15代)Vero细胞测得血清样本的中和抗体效价相同;8份血清样本重复检测4次结果的CV为0.0%~14.2%,差异无统计学意义(F=0.508,P>0.05),表明重复性良好;建立的方法测得165份血清阳性率98.18%,中和抗体效价分布范围为4~2048,中位数(M)为128,几何平均效价(GMT)为93.80;对55份感染3~4周的样本,CMIA方法与建立方法检测阳性率均为100.00%,中和抗体分布范围为36.35~2986.49 AU/mL,M为448.11 AU/mL,GMT为476.94 AU/mL。两种方法检测的中和抗体结果呈明显相关性,相关系数r=0.758。结论成功建立了血清抗SARS-CoV-2中和抗体的检测方法,该方法具有良好的重复性,可用于评价血清抗SARS-CoV-2中和抗体水平及接种疫苗后的免疫效果。

关键词：新型冠状病毒 Vero细胞中和抗体微量细胞中和

河南省一起新型冠状病毒肺炎本地聚集性疫情全基因组溯源及传播路径模拟实验分析

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中华预防医学杂志 2022年第12期56卷 1795-1802页

作者：宋云卢世栋胡晓毋碧聪范威马红霞叶莹李东晓李懿张白帆赵升卫海燕潘静静郭大城赵东阳郭万申黄学勇河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所河南省传染病病原生物重点实验室郑州450016 河南省疾病预防控制中心免疫预防与规划所郑州450016

目的对河南省2021年7月31日本土新型冠状病毒肺炎疫情确诊病例的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组进行溯源及特征分析。方法采用全基因组测序技术对河南省2021年7月31日疫情相关的167例本土病例的SARS-CoV-2核酸阳性样本进行全基因组... 详细信息

目的对河南省2021年7月31日本土新型冠状病毒肺炎疫情确诊病例的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组进行溯源及特征分析。方法采用全基因组测序技术对河南省2021年7月31日疫情相关的167例本土病例的SARS-CoV-2核酸阳性样本进行全基因组测序和序列比对分析,分析病毒全基因组序列的一致性和变异进化情况。结果通过高通量测序,共获得106例病例的SARS-CoV-2全基因组序列。基因组分析结果显示,106例病例全基因组序列均属于VOC/Delta变异株(B.1.617.2进化分支)。其中,106例病例全基因组序列与郑州某医院收治的3例缅甸输入病例基因组在共享45个核苷酸位点的基础上增加1~5个核苷酸变异位点,基因组序列高度同源。结论结合病毒基因组学、传播路径模拟实验及流行病学综合分析表明,判定河南省本次本土新冠疫情是由境外输入病例造成院内感染,并外溢造成社区局限感染,同时外溢到部分省辖市并发生局限性聚集性疫情。

关键词：新型冠状病毒全基因组变异

河南省2021年境外输入SARS-CoV-2全基因组测序分析

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郑州大学学报（医学版） 2023年第5期58卷 623-627页

作者：毋碧聪宋云卢世栋胡晓朱琳范威李懿张白帆李东晓卫海燕李金月潘静静许玉玲叶莹黄学勇郭万申马红霞河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所河南省传染病病原生物重点实验室郑州450016

目的:分析河南省2021年境外输入新型冠状病毒SARS-CoV-2的全基因组特征和变异情况。方法:收集河南省2021年85份境外输入SARS-CoV-2阳性标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合二代测序技术进行全基因组测序,应用CLC Genomics Workbench... 详细信息

目的:分析河南省2021年境外输入新型冠状病毒SARS-CoV-2的全基因组特征和变异情况。方法:收集河南省2021年85份境外输入SARS-CoV-2阳性标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合二代测序技术进行全基因组测序,应用CLC Genomics Workbench 20软件进行变异分析,应用进化分析在线平台,采用邻近法构建系统发育进化树。结果:共获得85株病毒,其中非关切变异株(VOC)、Alpha、Beta、Delta和Omicron变异株占比分别为4.71%、10.59%、2.35%、76.47%和5.88%,未发现Gamma变异株输入。非VOC、Alpha、Beta、Delta和Omicron病毒株累计核苷酸突变数和氨基酸突变数分别为59、77、36、288、72个和40、46、20、171、50个。85株均存在C241T、C3037T、C14408T、A23403G核苷酸突变和P4715L、D614G氨基酸突变。系统发育树显示,85株具有基因型多样性,各VOC型病毒株序列形成不同的进化分支,Delta病毒株可形成多种类型的亚分支,且入境来源具有明显的地域性。结论:2021年河南省境外输入的SARS-CoV-2以Delta病毒株为主,基因组突变呈现随机性和多样性。

关键词：新型冠状病毒基因组序列分析河南省