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无乳链球菌AI-2信号分子受体RbsB蛋白的结构生物学研究

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无乳链球菌AI-2信号分子受体RbsB蛋白的结构生物学研究

作者：樊博琳广东海洋大学

学位级别：硕士

无乳链球菌是一类致病性G细菌,广泛分布于土壤和水中,能引起人类及多种动物严重的急性感染,也是近年引起罗非鱼链球菌病的主要病原菌。发病率一般达20%-30%,发病鱼死亡率达95%以上,给我国罗非鱼养殖业带来巨大的经济损失。群体感应系统(... 详细信息

无乳链球菌是一类致病性G细菌,广泛分布于土壤和水中,能引起人类及多种动物严重的急性感染,也是近年引起罗非鱼链球菌病的主要病原菌。发病率一般达20%-30%,发病鱼死亡率达95%以上,给我国罗非鱼养殖业带来巨大的经济损失。群体感应系统(Quorum sensing,QS)广泛存在于细菌中,当细菌种群密度增加时,特定信号分子达到浓度阈值,进而诱导群体感应通路的信号转导,调控细菌的基因表达。AI-2是一类广泛存在于G和G菌,在细菌种间可以作为一种“通用社交语言”发挥相互调控作用。目前已经鉴定出了两类AI-2受体,分别为Lux P蛋白和Lsr B蛋白,但是在无乳链球菌中并没有发现该两种蛋白。因此,围绕着寻找是否存在“第三类”AI-2信号分子识别受体,本研究以罗非鱼源无乳链球菌强毒株ZQ0910为研究对象,采用蛋白质纯化、结晶及X-Ray技术成功解析了该菌RbsB(Ribosome binding protein B)蛋白结构特征,获得其作为AI-2信号分子受体的直接证据。得到以下研究结果:1.无乳链球菌RbsB可溶性高浓度蛋白的制备根据已知ZQ0910菌株全基因组序列设计相关引物,采用PCR方法扩增rbsB基因,将该基因定向克隆到原核表达载体p GEX-6p-1中构建重组质粒p GEX-6p-1-RbsB,表达纯化出高纯度RbsB重组蛋白。采用HRV 3C蛋白酶切除GST标签,分子筛分离后浓缩获得RbsB高纯度蛋白(15 mg/ml)。***蛋白与AI-2信号分子间相互作用研究利用圆二色谱法、等温滴定量热法和分子对接技术,研究RbsB蛋白与AI-2前体分子DPD间相互作用。研究结果表明:圆二色谱结果显示DPD与RbsB以剂量依赖的方式结合,且当DPD浓度在0.8-1.0 m M之间与RbsB达到最大结合量;同样地,ITC测定的热力学结果显示了焓变,熵变和结合自由能都小于零,表明了DPD与RbsB蛋白是自发结合的过程(ΔH<0,ΔS<0,ΔG<0);分子对接结果显示发现了3个与DPD和RbsB蛋白稳定结合有关的疏水残基,分别为:ASN150,ASP185和VAL151。***蛋白晶体结构解析将RbsB蛋白浓缩至15 mg/ml,在0.1 M HEPES,p H 7.0,30%(w/v)Jeffamime ED-2001条件下长出晶形较完整、单一的蛋白质晶体,利用X-Ray技术对得到的晶体进行数据收集,最终得到一套分辨率为2.85(?)的数据。RbsB蛋白晶体的空间群为P222,晶胞参数为:a=39.6(?),b=151.0(?),c=169.5(?),Α=β=γ=90.0,每个不对成单位含有4个RbsB分子。

关键词：无乳链球菌 RbsB蛋白相互作用蛋白结晶

罗非鱼源无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)新型AI-2信号分子受体RbsB蛋白结晶生长研究

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海洋与湖沼 2020年第1期51卷 132-140页

作者：樊博琳潘丽霞王忠良黎源简纪常王蓓广东海洋大学水产学院广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室广东省水产经济动物病害控制重点实验室湛江524088 广西科学院南宁536000 中国科学院实验海洋生物学重点实验室中国科学院海洋研究所青岛266071 海洋生物学与生物技术功能实验室青岛海洋科学与技术试点国家实验室青岛266071

为了开展无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)核糖结合蛋白(Ribose binding protein B,RbsB)结构功能的研究,本实验根据已知无乳链球菌ZQ0910全基因组序列设计相关引物。采用PCR方法扩增其RbsB基因,随后将该基因定向克隆到原核表达载... 详细信息

为了开展无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)核糖结合蛋白(Ribose binding protein B,RbsB)结构功能的研究,本实验根据已知无乳链球菌ZQ0910全基因组序列设计相关引物。采用PCR方法扩增其RbsB基因,随后将该基因定向克隆到原核表达载体pGEX-6p-1中,在大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞中进行IPTG诱导表达;采用HRV 3C蛋白酶切除GST标签,分子筛分离获得RbsB蛋白;运用生物信息学软件对RbsB基因序列进行分析,并对RbsB蛋白二级和三级结构进行预测;采用NeXtal Tubes JCSG Core Suite结晶试剂盒筛选蛋白结晶条件。研究结果表明,该基因全长为969碱基,编码322个氨基酸,RbsB蛋白理论分子量33.9ku,等电点为9.41,二级结构中α螺旋结构所占比重最高,建立RbsB蛋白三维结构模式图;经IPTG诱导后表达的融合蛋白分子量为59ku,筛选RbsB蛋白的初始结晶条件为(0.2mol/L di-Potassium hydrogen phosphate,20%(W/V)PEG3350;1.5mol/L ammonium sulfate,25%(V/V)Glycerol),获得RbsB蛋白结晶体。本研究结果可为无乳链球菌核糖结合蛋白(RbsB)的功能解析提供实验及理论基础。

关键词：无乳链球菌 RbsB蛋白蛋白纯化结晶化

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运城市水产养殖现状调查及对策

农业技术与装备 2023年第3期 48-50页

作者：郭斌樊博琳运城市农业农村局山西运城044000

运城市地处秦晋豫三省交界的黄河三角洲交界地带,具有发展渔业得天独厚的优势,作为山西省最大的商品鱼生产基地,水产品产量常年稳定在全省产量的50%左右。文章概述了运城市渔业资源特点、水产养殖现状,并提出运城市水产养殖业发展中存... 详细信息

运城市地处秦晋豫三省交界的黄河三角洲交界地带,具有发展渔业得天独厚的优势,作为山西省最大的商品鱼生产基地,水产品产量常年稳定在全省产量的50%左右。文章概述了运城市渔业资源特点、水产养殖现状,并提出运城市水产养殖业发展中存在的一些问题,针对这些问题提出解决对策。

关键词：运城市水产养殖现状模式调查

“情景—结构—要素”视角下复杂灾害治理的情报协同体重构

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情报理论与实践 2024年第6期47卷 154-165页

作者：于峰樊博上海交通大学国际与公共事务学院上海200030 上海交通大学应急管理学院上海200030

[目的/意义]灾害复杂化给应急治理提出了新的要求,加强多主体情报协同是必然趋势。针对复杂灾害情景构建不足、情报协同网络结构相对松散固化、情报协同要素缺乏一体化布局的问题,文章提出复杂灾害治理情报协同体的概念,围绕情景、结构... 详细信息

[目的/意义]灾害复杂化给应急治理提出了新的要求,加强多主体情报协同是必然趋势。针对复杂灾害情景构建不足、情报协同网络结构相对松散固化、情报协同要素缺乏一体化布局的问题,文章提出复杂灾害治理情报协同体的概念,围绕情景、结构、要素进行重构。[方法/过程]首先,在情景认知的基础上采用本体构建复杂灾害情景,并描述了其实例化过程。其次,从情报协同主体的挖掘识别与主体关联的凝聚增强两方面阐述了情报协同网络的结构优化方法。最后,探讨了情报协同要素即数据、决策、流程的强化路径,将情报协同体划分为数据共享体、决策集成体、流程弹性体三个关键构成。[结果/结论]文章为复杂灾害治理的情报协同提供了一个顶层设计框架,有助于政府依托数字化转型提升应急情报能力。

关键词：情报协同体复杂灾害治理情景构建协同网络数据—决策—流程

地方政府何以实现技术嵌入性制度创新——以海绵城市实践为例

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中国行政管理 2024年第3期40卷 138-150页

作者：刘珺樊博上海交通大学国际与公共事务学院上海交通大学国际与公共事务学院/应急管理学院上海200230

尽管“技术-制度”协同演变这一主题一直被反复强调,但已有研究大多关注制度逻辑对技术创新方向和速度的影响,而反过来讨论支持新兴技术推广的制度创新的实证文献并不多。本文基于制度创业理论文献,以海绵城市实践为例,采用主题分析法挖... 详细信息

尽管“技术-制度”协同演变这一主题一直被反复强调,但已有研究大多关注制度逻辑对技术创新方向和速度的影响,而反过来讨论支持新兴技术推广的制度创新的实证文献并不多。本文基于制度创业理论文献,以海绵城市实践为例,采用主题分析法挖掘2.5千余份政府官方报告以及21万余字访谈语料数据,构建城市治理中地方政府制度创新理论模型,阐述地方政府制度创新的组织场域特征以及合法性获取机制,并归纳出新兴技术引致的新兴场域中制度创新的特有机制。本文深化了中国治理情境下地方政府制度创新的中层理论,并且拓展了具有技术嵌入特征的制度创新的作用机制,丰富了对于城市治理中“技术-制度”的协同作用的理论解释。

关键词：制度创新技术嵌入城市治理海绵城市

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导弹突防后弹道机动调整策略强化学习

国防科技大学学报 2024年第2期46卷 94-103页

作者：樊博璇陈桂明韩磊李冰火箭军工程大学作战保障学院陕西西安710025 火箭军装备部驻西安地区第一军事代表室陕西西安710025

针对弹道导弹中段突防后飞行弹道与标准弹道产生较大偏离的弹道机动调整问题,建立了机动调整时机策略最优化模型。设计了机动调整逆序Q学习算法,采用Tile coding逼近器编码状态特征空间,并对其进行线性逼近。构建了Q学习算法与蒙特卡罗... 详细信息

针对弹道导弹中段突防后飞行弹道与标准弹道产生较大偏离的弹道机动调整问题,建立了机动调整时机策略最优化模型。设计了机动调整逆序Q学习算法,采用Tile coding逼近器编码状态特征空间,并对其进行线性逼近。构建了Q学习算法与蒙特卡罗方法相结合的逆序更新策略机制,以对导弹机动调整最优时机进行训练。仿真测试分析结果表明,在给定场景参数下,通过10000代强化学习算法训练得到的策略能够可靠地使用最少机动次数控制导弹突防后飞行弹道的调整决策,验证了方法的有效性。

关键词：弹道导弹中段突防强化学习 Q学习控制决策

虚拟夹具约束下的手术机器人辅助持镜视觉随动控制研究

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虚拟夹具约束下的手术机器人辅助持镜视觉随动控制研究

作者：樊博天津理工大学

学位级别：硕士

四川省篮球后备人才培养利益相关者协同治理研究

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四川省篮球后备人才培养利益相关者协同治理研究

作者：樊博浩成都体育学院

学位级别：硕士

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纳米材料在渔用疫苗中的研究进展

广东农业科学 2021年第1期48卷 134-141页

作者：陈信锦王忠良黄瑜樊博琳简纪常王蓓广东海洋大学水产学院/广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室/广东省水产经济动物病害控制重点实验室广东湛江524088 中国科学院实验海洋生物学重点实验室/中国科学院海洋研究所/海洋生物学与生物技术功能实验室/青岛海洋科学与技术试点国家实验室山东青岛266071

鱼病治疗研究已从大量使用抗生素转向主要以灭活细菌为基础的疫苗开发。渔用疫苗主要为注射疫苗,虽能有效防治许多不同的水产疾病,但注射疫苗存在的副作用不可忽视。相比之下,口服疫苗和浸泡疫苗可能是鱼类接种的最佳途径,但鱼类对抗原... 详细信息

鱼病治疗研究已从大量使用抗生素转向主要以灭活细菌为基础的疫苗开发。渔用疫苗主要为注射疫苗,虽能有效防治许多不同的水产疾病,但注射疫苗存在的副作用不可忽视。相比之下,口服疫苗和浸泡疫苗可能是鱼类接种的最佳途径,但鱼类对抗原的摄取有限,通常需要反复多次接种。纳米颗粒作为疫苗递送系统已被认为是改善和解决这些问题的有力工具。纳米颗粒是具有低毒性、良好生物降解性和特定物理属性(大小、表面电荷或负载能力)的分散体或固体颗粒,允许受控输送,从而改善免疫系统的靶向性和刺激性。这些纳米递送系统在鱼类中的应用还处于开发的初始阶段。综述了纳米颗粒在鱼类疫苗研究中的应用进展,重点介绍了聚乳酸-乙醇酸纳米颗粒、壳聚糖纳米颗粒、脂质体和碳纳米管,提出了未来渔用疫苗研究的热点方向以及需要解决的问题,为渔用疫苗的开发提供一个新思路。

关键词：纳米颗粒渔用疫苗疫苗递送聚乳酸-羟基乙酸(PLGA) 壳聚糖脂质体碳纳米管