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拓扑关联结构域边界的遗传变异与中国人群胰腺癌的易感性研究

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拓扑关联结构域边界的遗传变异与中国人群胰腺癌的易感性研究

作者：梅淑芳华中科技大学

学位级别：硕士

背景:近年来大量的研究结果提示真正的致病性遗传变异多位于基因调控元件中,如增强子和启动子。随着三维基因组学的发展,研究者们发现增强子与其靶基因启动子的交互作用通常在一个高度有序折叠的基因组单元即拓扑关联结构域(topological... 详细信息

背景:近年来大量的研究结果提示真正的致病性遗传变异多位于基因调控元件中,如增强子和启动子。随着三维基因组学的发展,研究者们发现增强子与其靶基因启动子的交互作用通常在一个高度有序折叠的基因组单元即拓扑关联结构域(topologically associating domains,TADs)内进行,并且相邻该区域的边界富集了许多转录因子CTCF的结合。TAD边界的干扰被证实可以影响染色质折叠成环,扰乱正常的基因表达,进而影响多种疾病的发生发展。目的:分析TAD边界上影响CTCF结合的遗传变异与中国人群胰腺癌易感性的关联。方法:我们首先通过整合公共数据库胰腺癌细胞系Panc1的Hi-C和染色质免疫共沉淀测序(chromatin immunoprecipitation-sequencing,ChIP-seq)数据,以及JASPAR数据库中转录因子CTCF结合位点的预测数据和千人基因组计划数据来筛选出可能影响CTCF结合的候选遗传变异;其次通过我们前期中国人群胰腺癌的全基因组关联研究(Genome-Wide Association Studies,GWAS)结果(981例病例和1991例对照)和另外的独立人群(1208例病例和1465例对照)来验证真正和胰腺癌易感性相关的遗传变异;最后通过凝胶电泳迁移率变动实验(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)、基因型-组织表达(The Genotype-Tissue Expression,GTEx)数据库中的表达数量性状位点(Expression Quantitative Trait Loci,eQTL)分析,以及细胞增殖实验来验证阳性位点的生物学功能。结果:1.通过生物信息筛选和人群验证,我们发现rs2001389与胰腺癌易感性显著相关(杂合模型:Odds Ratio,OR=1.18,95%confidence intervals,CI=1.05-1.32,P=4.65×10;显性模型:OR=1.21,95%CI=1.09-1.35,P=5.63×10),并且发现在加性模型下,每增加一个风险等位基因G,胰腺癌发生风险则增加17%(加性模型:OR=1.17,95%CI=1.08-1.26,P=2.14×10)。2.功能研究显示,携带rs2001389 G等位基因的片段具有较弱的与转录因子CTCF结合的能力。进一步的e-QTL分析结果也显示,在胰腺组织中,rs2001389与MFSD13A基因的表达显著相关(P=1.1×10),个体具有rs2001389 G等位基因则MFSD13A基因表达水平明显较低。最后,我们利用siRNA在胰腺癌细胞系Panc1和BxPC-3中对MFSD13A基因进行敲降,通过细胞增殖实验证实,MFSD13A表达被抑制可显著促进胰腺癌细胞系的增殖能力,提示MFSD13A可能为胰腺癌的抑癌基因。结论:本研究通过多组学数据整合、两阶段多中心人群关联研究和功能实验验证,发现遗传变异rs2001389的G等位基因通过降低转录因子CTCF的结合能力,显著抑制了MFSD13A的转录水平,从而增加了胰腺癌发病风险。

关键词：胰腺癌拓扑关联结构域转录因子CTCF 遗传变异 MFSD13A

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彩叶马棘的培育与研究

彩叶马棘的培育与研究

作者：梅淑芳浙江大学

学位级别：硕士

利用剂量150Gy、200Gy、250Gy、300Gy、350Gy、400Gy、450Gy的Co-γ射线辐照马棘干种子,开展了马棘的辐射敏感性试验,观察了诱变当代的主要生物学效应;以剂量350Gy辐照马棘干种子,进行诱变育种,筛选获得了多种类型的马棘叶色突变体,在... 详细信息

利用剂量150Gy、200Gy、250Gy、300Gy、350Gy、400Gy、450Gy的Co-γ射线辐照马棘干种子,开展了马棘的辐射敏感性试验,观察了诱变当代的主要生物学效应;以剂量350Gy辐照马棘干种子,进行诱变育种,筛选获得了多种类型的马棘叶色突变体,在此基础上观察了彩叶马棘的特征特性,研究了彩叶马棘的繁育与栽培技术,并对彩叶马棘的推广应用作了探讨。主要结果如下: 1.马棘的诱变一代效应。低剂量辐射具有刺激效应,过高剂量具有显著的抑制作用,剂量与出苗率、成苗率和苗高呈现密切关系,综合考虑苗高和成苗率,马棘诱变以350Gy为佳。马棘的诱变当代,叶片出现白条纹和部分黄边的嵌合体;在高剂量处理下,马棘叶片皱缩,诱变后代开花明显变迟,种子成熟滞后;较低剂量150～250Gy处理,种子结实正常,但在剂量高于300Gy处理下种子结实显著下降。 2.马棘的彩叶突变。在诱变二代,观察并跟踪后期的变化,发现深黄、黄色、浅黄、黄绿、黄白、白边、白虎斑、浅紫叶等10种可稳定表达的显著叶色变异。黄色类突变频率约0.5×10-4,白色类突变频率约0.1×10-4,浅紫叶的突变频率极低,仅为1×10-6。黄色、浅紫叶和黄白三种突变具有良好的生产性。 3.彩叶马棘的特征特性。黄叶、浅紫叶和黄白叶马棘的物候期相对推迟,其中尤以黄白叶马棘为明显,浅紫叶接近野生型;彩叶马棘的成枝力相对较弱;花序数和结荚果明显下降。与野生型相比,黄叶马棘具有更强的耐热和耐冷能力。 4.彩叶马棘繁育与栽培技术。彩叶马棘可种子育苗繁殖,也可从母树剪取枝条和细根繁殖。 5.彩叶马棘的推广应用。科企联合,加强科技创新能力,走产业化发展之路;树立专利意识,加强知识产权保护;建立专业化、标准化种子生产体系。

关键词：马棘彩叶诱发突变特征特性推广应用

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我国种子业如何应对洋种子挑战

种子 2002年第6期21卷 96-97页

作者：梅淑芳吴芳云金华职业技术学院生物工程学院浙江金华321007

针对我国种子行业的现状和存在问题 ,本文提出了中国种业应对国外种业冲击的八条对策 ,加快体制改革步伐 ;尽快培育“种子选手”;走产业化发展之路 ;加强科技创新能力 ;树立品牌 ,增强“精品种子”意识 ;引进优质品种 ,洋为中用 ;制定... 详细信息

针对我国种子行业的现状和存在问题 ,本文提出了中国种业应对国外种业冲击的八条对策 ,加快体制改革步伐 ;尽快培育“种子选手”;走产业化发展之路 ;加强科技创新能力 ;树立品牌 ,增强“精品种子”意识 ;引进优质品种 ,洋为中用 ;制定保护法规及优惠政策 ;成立种子贸易协会和种子认证机构协会。以期为中国种业制定进一步发展蓝图提供依据。

关键词：种子业中国种子贸易协会种子认证机构协会体制改革种子产业化科技品牌战略

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甘蓝型油菜DH群体苗期抗旱性的评价

作物学报 2012年第11期38卷 2108-2114页

作者：李真梅淑芳梅忠刘芳周广生吴江生金华职业技术学院农业与生物工程学院浙江金华321000 华中农业大学植物科学技术学院湖北武汉430070

中国油菜主产区常常受到秋冬旱和春旱危害而影响产量及品质。本文通过盆栽试验,以株高、根长、地上部干重、根干重、根冠比、总干重6个性状的抗旱系数作为抗旱性评价指标,对甘蓝型油菜DH(doubled haploid)群体的118个株系及其亲本进行... 详细信息

中国油菜主产区常常受到秋冬旱和春旱危害而影响产量及品质。本文通过盆栽试验,以株高、根长、地上部干重、根干重、根冠比、总干重6个性状的抗旱系数作为抗旱性评价指标,对甘蓝型油菜DH(doubled haploid)群体的118个株系及其亲本进行苗期抗旱性评价,筛选极端抗旱DH系。结果表明,与对照相比,干旱严重抑制了甘蓝型油菜苗期的生长,6个评价指标均表现出显著差异,其中根干重的变异系数最大;在对照和干旱条件下,群体各株系各性状均表现出超亲连续分离,大部分呈正态分布,抗旱条件下的分离更为明显;相关性分析表明,地上部干重、根干重和总干重抗旱系数可作为甘蓝型油菜苗期抗旱性的主要评价指标;综合应用这3个评价指标,筛选出032、034、035为候选的极端抗旱基因型,006、091、104等为候选的极端不抗旱基因型,为抗旱相关研究及育种提供了材料。

关键词：甘蓝型油菜苗期抗旱性评价指标

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区域粮食生产系统变化趋势分析与预测

中国农学通报 2005年第6期21卷 411-414页

作者：梅淑芳梅忠金华职业技术学院生物工程学院浙江金华321007

利用浙江省区域粮食生产系统时间序列数据,分析粮食种植面积、总产和单产等生产指标的变化特征及趋势,结果表明各区种植面积呈大幅减少趋势,减少幅度浙北>浙中西>浙南;粮食总产呈显著减少趋势,减少幅度浙北>浙中西>浙南;粮食单产均呈增... 详细信息

利用浙江省区域粮食生产系统时间序列数据,分析粮食种植面积、总产和单产等生产指标的变化特征及趋势,结果表明各区种植面积呈大幅减少趋势,减少幅度浙北>浙中西>浙南;粮食总产呈显著减少趋势,减少幅度浙北>浙中西>浙南;粮食单产均呈增加趋势,增加的幅度浙南>浙北>浙中西,但增幅都较小。利用综合增长率或减少率法,分别建立悲观、一般、乐观条件下的粮食生产系统预测方案,并以实际生产指标值为基数,预测未来粮食的总产、种植面积和单产。

关键词：生产系统变化趋势分析时间序列数据种植面积变化特征生产指标粮食单产预测方案浙江省总产浙南浙北幅度减少率增长率指标值增幅

叶色标记不育系与多分蘖突变体选育优质杂交水稻新组合浙辐两优12

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核农学报 2013年第4期27卷 425-429页

作者：梅淑芳王勇强赵华舒小丽吴殿星浙江大学原子核农业科学研究所浙江杭州310029 金华职业技术学院浙江金华321017 义乌市稠江街道办事处农业服务中心浙江义乌322000

为选育种子纯度可控的优质高产新品种,采用携带白化转绿型叶色标记两系不育系NHR111S与多分蘖优质突变体ZF-2配制了两系杂交籼稻新组合浙辐两优12。该组合具有优质、抗稻瘟病、抗倒等特点,本文介绍了该组合的选育过程、特征特性和高产... 详细信息

为选育种子纯度可控的优质高产新品种,采用携带白化转绿型叶色标记两系不育系NHR111S与多分蘖优质突变体ZF-2配制了两系杂交籼稻新组合浙辐两优12。该组合具有优质、抗稻瘟病、抗倒等特点,本文介绍了该组合的选育过程、特征特性和高产栽培技术。

关键词：杂交水稻浙辐两优12 白化转绿型标记选育

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高产、高蛋白与低纤维马棘突变体的筛选鉴定

核农学报 2013年第5期27卷 539-544页

作者：梅淑芳赵华黄新叶红霞舒小丽吴殿星浙江大学原子核农业科学研究所浙江杭州310029 金华职业技术学院浙江金华321017 浙江农业科学院畜牧兽医研究所浙江杭州310021

野生马棘植株低矮,叶片窄小,生物产量低,且可食性较差,但与玉米、苜蓿和高粱等主要饲料作物相比,马棘的饲料应用具有广适性、耐逆性和低种植成本的技术优势。本研究旨在利用诱变方法提高马棘的产量、营养和可食性,采用300Gy的60Co-γ射... 详细信息

野生马棘植株低矮,叶片窄小,生物产量低,且可食性较差,但与玉米、苜蓿和高粱等主要饲料作物相比,马棘的饲料应用具有广适性、耐逆性和低种植成本的技术优势。本研究旨在利用诱变方法提高马棘的产量、营养和可食性,采用300Gy的60Co-γ射线诱变马棘干种子,筛选获得了高产、高蛋白质、低纤维含量的突变体MJ-HPLF1。MJ-HPLF1叶片的蛋白质含量显著增加,比野生型平均高30%以上;粗纤维含量明显降低,比野生型平均低20%以上;鲜草和干草产量都为野生型的2倍以上。

关键词：马棘产量蛋白质纤维突变体

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生物有机肥对改善黄瓜幼苗素质的影响

广东农业科学 2012年第7期39卷 83-84页

作者：张树生梅淑芳赵华胡蕾金华职业技术学院浙江金华321007

生物有机肥具有对作物的生物防治及促生作用,但其在作物育苗中的应用研究较少。应用1.5%生物有机肥调配营养土进行营养钵黄瓜育苗,结果发现生物有机肥能促进黄瓜幼苗的根系生长,提高根系活力;使黄瓜幼苗叶大色浓,光合效率高,光合产物积... 详细信息

生物有机肥具有对作物的生物防治及促生作用,但其在作物育苗中的应用研究较少。应用1.5%生物有机肥调配营养土进行营养钵黄瓜育苗,结果发现生物有机肥能促进黄瓜幼苗的根系生长,提高根系活力;使黄瓜幼苗叶大色浓,光合效率高,光合产物积累多,从而促进了黄瓜幼苗的株高、茎粗及植株鲜重显著提高,改善黄瓜幼苗的栽培素质,为黄瓜的高产优质栽培奠定基础。

关键词：生物有机肥黄瓜幼苗促生作用

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原子吸收光谱法在陶瓷分析中的应用

陶瓷 1986年第2期 37-42页

作者：梅淑芳国家建材局咸阳陶瓷研究设计院

随着我国陶瓷生产技术和科学研究工作的迅速发展,对各种物质化学分析的要求不断提高,迫使化学工作者去寻找简单、快速,特效和可靠的新的分析方法。目前陶瓷行业广泛采用的化学分析方法,大多操作繁琐,时间冗长,准确性也不够理想。为了满... 详细信息

随着我国陶瓷生产技术和科学研究工作的迅速发展,对各种物质化学分析的要求不断提高,迫使化学工作者去寻找简单、快速,特效和可靠的新的分析方法。目前陶瓷行业广泛采用的化学分析方法,大多操作繁琐,时间冗长,准确性也不够理想。为了满足先进的生产工艺和质量控制的要求,在陶瓷原料及成品的分析中,采用并逐步推广原子吸收光谱分析法是当前急待解决的一项重要测试技术。从事陶瓷原料和成品分析的技

关键词：原子吸收光谱法分析方法标准溶液原子吸收分光光度法规定溶液标准物质原子吸收光谱仪原子吸收分光光度计原子吸收光谱分析吸收光谱法化学分析法试样溶液多种元素原子蒸气