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鲤食物转化率相关候选基因ffar3序列与表达分析

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水产学杂志 2020年第6期33卷 14-21页

作者：张晓峰栾培贤户国中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室黑龙江哈尔滨150070

FFAR3(Free fatty acid receptor 3)是一类短链脂肪酸和重要的能量来源,可调节机体内脂肪形成和动物肠道对营养物质的吸收。体质量约200 g的1龄鲤Cyprinus carpio投喂后0 h(对照组)、2 h、4 h和6 h分别取5尾鱼,用MS-222麻醉解剖取适量... 详细信息

FFAR3(Free fatty acid receptor 3)是一类短链脂肪酸和重要的能量来源,可调节机体内脂肪形成和动物肠道对营养物质的吸收。体质量约200 g的1龄鲤Cyprinus carpio投喂后0 h(对照组)、2 h、4 h和6 h分别取5尾鱼,用MS-222麻醉解剖取适量脑、肠、肝脏和肌肉等新鲜组织,用SuperScript Ⅲ First-Strand Synthesis System for RT-PCR试剂盒(Invitrogen)和定量PCR试剂盒One Step SYBR■Prime ScriptTM RT-PCR Kit Ⅱ(TaKaRa)等测定了鲤ffar3序列及其表达。结果表明:鲤ffar3基因全长为3318 bp,具有一个长度为990 bp的开放式阅读框,编码329个氨基酸;含有7个跨膜螺旋结构区域,与斑马鱼Danio rerio的相似性最高,达94.19%;与人类Homo sapiens、小鼠Mus musculus、半滑舌鳎Cynoglossus semilaevis、虹鳟Oncorhynchus mykis、斑点叉尾鮰Ictalurus punctatus、牙鲆Paralichthys olivaceus、大刺鳅Mastacembelus armatu及青鳉Oryzias melastigma等物种相似性差异不大,同源性介于70.37%~78.46%之间。分子进化树分析表明,所有硬骨鱼类ffar3基因与哺乳动物ffar3基因分属于系统树的2个分支。硬骨鱼类分支中,不同物种形成2个亚支。鲤ffar3基因聚在斑马鱼、剑尾鱼Xiphophorus couchianus、半滑舌鳎和斑点叉尾鮰的分支中。组织表达结果显示,ffar3基因在肠中表达量最高,肌肉和脑中次之,而在肝组织中表达量最小。进食后不同时间在脑、肠和肌肉中表达量差异显著,进食2 h脑中基因表达量最高,随着时间的推移,在4 h和6 h基因的表达量递减;而在肠和肌肉中,进食后2~6 h基因表达量升高,6 h时表达量最高。本研究结果表明:ffar3基因参与鲤摄食调控。

关键词：鲤 ffar3基因序列分析基因表达

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东北地区林蛙资源利用现状及养护对策

水产学杂志 2022年第3期35卷 93-97页

作者：户国郭佳祥栾培贤中国水产科学研究院黑龙江水产研究所农业农村部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室黑龙江哈尔滨150070

林蛙是以名贵药材“哈士蟆油”广为人知的东北林区特产,应用于增养殖的林蛙种类主要有东北林蛙(Rana dybowskii)、黑龙江林蛙(***)和中国林蛙(***)。2020年5月以来,随着管理体制的转变,林蛙资源面临以保护为主转为保护与利用并重的新局... 详细信息

林蛙是以名贵药材“哈士蟆油”广为人知的东北林区特产,应用于增养殖的林蛙种类主要有东北林蛙(Rana dybowskii)、黑龙江林蛙(***)和中国林蛙(***)。2020年5月以来,随着管理体制的转变,林蛙资源面临以保护为主转为保护与利用并重的新局面,人工增养殖已成为林蛙产业绿色高质量发展的必由之路。本文综述了东北地区林蛙增养殖历史、种质资源、饲料营养、疾病和环境控制以及产品加工流通等资源利用现状,分析了当前制约林蛙产业发展的主要问题,如全产业链多项核心技术亟待攻克、产业尚需转型升级、林蛙种质资源监测、评价与利用等,提出了支撑林蛙产业绿色高质量发展的对策建议。

关键词：林蛙资源增殖技术产业

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水产动物基因组近交分析软件的开发和应用

水产学杂志 2021年第4期34卷 79-84页

作者：栾培贤张晓峰户国中国水产科学研究院黑龙江水产研究所黑龙江哈尔滨150070

水产动物种质资源保存和管理工作中需要分析基因组亲缘关系及近交水平,为此开发了一套水产动物基因组近交分析软件工具包。该软件工具包从高通量基因分型数据预处理起始,以多种统计基因组学分析方法解析、呈现群体遗传特征,提供如基因... 详细信息

水产动物种质资源保存和管理工作中需要分析基因组亲缘关系及近交水平,为此开发了一套水产动物基因组近交分析软件工具包。该软件工具包从高通量基因分型数据预处理起始,以多种统计基因组学分析方法解析、呈现群体遗传特征,提供如基因组共祖系数(Genomic coancestry coefficient)、显性亲缘关系(Dominance coefficient)、血缘同源(Identity by descent,IBD)、状态同源(identical by state,IBS)、基因组近交系数(Genomic inbreeding coefficient)、多维标度分析(Multidimensional scaling,MDS)及群体遗传结构分析等基因组亲缘关系及近交水平参数分析计算方法。该软件是在Windows操作系统下,基于*** 2012语言和多种开源工具包开发完成,可在安装有*** Framework 4.0运行环境的Windows 10操作系统上运行。该软件工具包已经应用在白斑狗鱼Esox lucius种质资源评价及保种项目中。该软件的推广和应用有望提升渔业资源养护领域的保种技术水平,推动我国水产动物种质资源保存及管理工作的发展。

关键词：水产动物基因组近交估计基因组亲缘关系分析软件

显微介导中国对虾基因鲤肌肉蛋白差异表达分析

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水产学杂志 2023年第3期36卷 10-16页

作者：闫学春张颖栾培贤中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室农业农村部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室黑龙江哈尔滨150070

本文通过显微注射方法,将中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)总DNA直接导入鲤(Cyprinus carpio L.)受精卵内,获得显微介导中国对虾基因鲤。为了研究显微介导中国对虾基因鲤蛋白质的表达变化,利用iTRAQ技术定量蛋白质测序分析了未进... 详细信息

本文通过显微注射方法,将中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)总DNA直接导入鲤(Cyprinus carpio L.)受精卵内,获得显微介导中国对虾基因鲤。为了研究显微介导中国对虾基因鲤蛋白质的表达变化,利用iTRAQ技术定量蛋白质测序分析了未进行显微介导和显微介导中国明对虾基因的2种鲤的肌肉组织,寻找与氨基酸和脂肪酸相关的差异表达蛋白,并分析了差异表达蛋白GO功能注释和KEGG代谢通路。结果共鉴定蛋白质999个,表达差异蛋白92个,其中上调蛋白58个,下调蛋白34个。差异蛋白Pathway富集分析表明,显著富集于脂肪酸和氨基酸等代谢通路上的差异蛋白有13个,其中在精氨酸和脯氨酸代谢通路中发现的上调7.51倍的肌酸激酶(creatine kinase)有促进鱼类肌肉发育的作用;而在脂肪酸代谢通路中发现的下调0.59倍的线粒体三功能蛋白(mitochondrial trifunctional protein),有提高鱼体内多种饱和与不饱和脂肪酸含量的作用。同时对筛选到的两个蛋白进行实时荧光定量PCR验证,证实了蛋白质组的分析结果。

关键词：显微介导中国明对虾鲤 iTRAQ 差异蛋白质表达

显微介导鳜基因镜鲤F_(1)代肌肉中蛋白质和氨基酸组成与含量

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水产学杂志 2022年第3期35卷 15-21页

作者：闫学春栾培贤吴学工中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室农业农村部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室黑龙江哈尔滨150070

本研究利用显微介导远缘杂交技术,将鳜(Siniperca chuatsi)基因组DNA直接导入镜鲤(Cyprinus carpio L)受精卵内并获得F1代,测定1龄显微介导F1代鳜基因镜鲤和普通镜鲤肌肉中蛋白质和氨基酸组成与含量。结果发现,显微介导鳜基因镜鲤F1代... 详细信息

本研究利用显微介导远缘杂交技术,将鳜(Siniperca chuatsi)基因组DNA直接导入镜鲤(Cyprinus carpio L)受精卵内并获得F1代,测定1龄显微介导F1代鳜基因镜鲤和普通镜鲤肌肉中蛋白质和氨基酸组成与含量。结果发现,显微介导鳜基因镜鲤F1代肌肉中粗蛋白质含量为18.69%,高于对照镜鲤的17.45%;氨基酸总量为79.77%,高于对照镜鲤的74.53%,其中4种鲜味氨基酸总含量和必需氨基酸总量分别为30.07%、28.12%和32.71%、30.48%,均高于对照镜鲤。显微介导鳜基因镜鲤F1代肌肉中必需氨基酸含量(WEAA)和总氨基酸含量(WTAA)的比值为41.01%,必需氨基酸含量与非必需氨基酸含量的比值(WEAA/WNEAA)为69.54%。结果表明,显微介导鳜基因镜鲤F1代肌肉中氨基酸的组成符合FAO/WHO标准的要求,且第一限制性氨基酸含量丰富,显著高于普通镜鲤,可在蛋白质营养上对人体起到补缺作用。本研究结果为显微介导鳜基因镜鲤的商品化提供理论依据。

关键词：显微介导鳜总DNA 镜鲤F_(1)代肌肉营养成分

显微介导中国对虾基因鲤转录组测序及差异表达基因分析

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水产学杂志 2022年第5期35卷 1-7页

作者：闫学春栾培贤何立川中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室农业农村部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室黑龙江哈尔滨150070

运用显微介导的远缘杂交技术,将中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)总DNA直接导人鲤(Cyprinus carpio)受精卵内,创建鲤外源DNA导入系。利用Illumina高通量测序平台,对未进行显微介导和显微介导中国明对虾基因的2种鲤的肌肉组织进行... 详细信息

运用显微介导的远缘杂交技术,将中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)总DNA直接导人鲤(Cyprinus carpio)受精卵内,创建鲤外源DNA导入系。利用Illumina高通量测序平台,对未进行显微介导和显微介导中国明对虾基因的2种鲤的肌肉组织进行转录组测序分析,结果获得差异表达基因417个,并对其进行GO(Gene Ontology)功能注释和KEGG代谢通路注释,得到18个与氨基酸相关的差异表达基因,其中14个下调基因,4个上调基因。分析发现,其中有2个基因在氨基酸代谢通路中能引起氨基酸含量的升高,即氨甲酰-磷酸合成酶(CPS2)基因和脯氨酰4-羟化酶(P4H)基因。对这2个基因进行实时荧光定量PCR验证发现,其基因的表达趋势与转录组结果一致,从而证实了转录组的分析结果。

关键词：显微介导中国对虾总DNA 转录组测序差异表达基因

鲤mstn基因RNA干涉载体构建与检测分析

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水产学杂志 2021年第5期34卷 22-27页

作者：闫学春栾培贤何立川中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室黑龙江哈尔滨150070

肌肉生长抑制素(Myostation,MSTN)是影响肌肉生长的负调控因子,其缺失或突变会导致肌肉量的增加。本研究参照鲤(Cyprinus carpio)高通量转录组测序数据的拼接结果,筛选出针对mstn基因的si RNA序列(19bp保守同源序列),合成si RNA转录模... 详细信息

肌肉生长抑制素(Myostation,MSTN)是影响肌肉生长的负调控因子,其缺失或突变会导致肌肉量的增加。本研究参照鲤(Cyprinus carpio)高通量转录组测序数据的拼接结果,筛选出针对mstn基因的si RNA序列(19bp保守同源序列),合成si RNA转录模板的发夹结构,构建包含斑马鱼(Danio rerio)U6启动子、干涉片段si MSTN和鲤mstn的供体质粒pzu6p-si MSTN。通过显微注射方法,获得一批转鲤mstn基因的转基因鲤。经PCR检测,转基因鲤mstn外源基因的平均整合率为36.2%,对其中5尾转基因阳性鲤的扩增产物进行回收、克隆和测序验证。结果表明:转基因阳性鲤中均含有转基因目的片段,说明鲤mstn基因RNA干涉载体可在鲤中实现基因整合,为进一步获得具有特殊功能的转基因鱼类提供新的方法。

关键词：鲤 MSTN 干涉载体检测

通过显微介导将鳜总DNA片段导入镜鲤基因组的分子验证

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水产学杂志 2020年第4期33卷 1-6页

利用外源基因导入技术,将1nL左右未经遗传修饰的鳜Siniperca chuatsi基因组DNA导入2500余粒镜鲤Cyprinus carpio受精卵核区附近,孵出仔鱼1500余尾,放入池塘300尾正常饲养。利用引物(E-AGG,M-CTA)对显微介导鳜基因镜鲤进行扩增片段长度... 详细信息

利用外源基因导入技术,将1nL左右未经遗传修饰的鳜Siniperca chuatsi基因组DNA导入2500余粒镜鲤Cyprinus carpio受精卵核区附近,孵出仔鱼1500余尾,放入池塘300尾正常饲养。利用引物(E-AGG,M-CTA)对显微介导鳜基因镜鲤进行扩增片段长度多态性(AFLP)检测,研究显微介导外源总DNA转化当代的分子生物学结果。结果表明:在AFLP的15对引物中,显微介导鳜基因镜鲤中有3对引物扩增出了供体鳜基因片段,从DNA水平上验证了在受体鱼的基因组中整合了供体基因片段。将6尾阳性显微介导鳜基因镜鲤与供体鳜相同的AFLP条带进行切下、回收、克隆、测序,发现供体鳜片段序列与阳性显微介导鳜基因镜鲤片段序列完全一致,找到了精确的遗传证据。本研究结果为构建转全鳜基因镜鲤AFLP检测体系,从基因角度研究供体大片段在受体鱼中的导入情况提供了理论依据。

关键词：显微介导鳜总DNA 镜鲤 AFLP 分子验证

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猪瘟防控技术的研究进展

黑龙江畜牧兽医 2016年第7期 50-53页

作者：栾培贤肖建华王洪斌中国水产科学研究院黑龙江水产研究所哈尔滨150070 东北农业大学动物医学学院哈尔滨150030

猪瘟(classical swine fever,CSF)是高度传染性动物疫病,给全世界养猪业造成巨大的经济损失。清除和控制猪瘟的发生,需从多个方面提高猪瘟防控水平,才能达到猪瘟综合防控的目的。近年来,猪瘟防控相关方面的研究主要集中在以下几个点:开... 详细信息

猪瘟(classical swine fever,CSF)是高度传染性动物疫病,给全世界养猪业造成巨大的经济损失。清除和控制猪瘟的发生,需从多个方面提高猪瘟防控水平,才能达到猪瘟综合防控的目的。近年来,猪瘟防控相关方面的研究主要集中在以下几个点:开发有效的新型猪瘟疫苗、构建快速高效的猪瘟诊断方法、应用计算机模拟技术研究猪瘟防控策略及建立可靠的猪瘟疫情监测体系。文章详细介绍了国内外有关猪瘟防控方面的研究进展。

关键词：猪瘟(CSF) 防控诊断免疫接种计算机模拟监测