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深海微杆菌Microbacterium sediminis YLB-01耐压耐冷机理的初步分析

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深海微杆菌Microbacterium sediminis YLB-01耐压耐冷机理的初步...

作者：林文珍厦门大学

学位级别：硕士

海洋覆盖了地球面积的70%以上,其中深海环境占地球表面积的49%,是地球表面最大的生物栖息场所。深海微生物处于高压力、无光照、贫营养、厌氧、极端低温(pH梯度,温度高的地区,如热液喷口部分)、高度的盐浓度含量、高的金属浓度和其他的... 详细信息

海洋覆盖了地球面积的70%以上,其中深海环境占地球表面积的49%,是地球表面最大的生物栖息场所。深海微生物处于高压力、无光照、贫营养、厌氧、极端低温(pH梯度,温度高的地区,如热液喷口部分)、高度的盐浓度含量、高的金属浓度和其他的特殊极端环境中,鉴于其生态环境的特殊性,决定了深海微生物相比于陆生微生物具有极为特异的代谢途径和生物结构。在深海中,最典型的环境因素为低温(2-4℃)及高压(平均380大气压)。为生活在这样的极端环境,深海细菌必然发展出与之相应的分子基础,包括各种代谢途径的调节、物质的转运、生物大分子结构的改变和膜结构的改变等等。本文以深海革兰氏阳性菌株Microbacterium sediminis YLB-01为模型,通过模拟深海环境培养条件(低温、高压),利用转录组和蛋白质组技术分析其差异表达的基因及蛋白质,并结合基因组分析,尝试回答Microbacterium sediminis YLB-01对深海中低温和高压因素的适应性分子基础。 Microbacterium sediminis YLB-01的基因组精细图测序表明该菌全长2,760,011bp, G+C%含量为71.88%。使用GeneMarkS软件进行编码基因预测,预测到2,630个编码基因,其中编码区域长度占基因组的比例为91.78%。使用软件IslandPath-DIOMB预测到有2个基因岛。基因岛可以编码多种功能,具有提高生物的适应性等作用。通过软件PHAST显示YLB-01含有1个prophage。前噬菌体具有增强对环境的适应性,提高粘附力等功能。基因组预测结果显示YLB-01含有5个可疑的CRISPR个数。从物种间的进化关系图中可知,海洋来源的2株微杆菌比陆源的3株微杆菌在进化关系上更为原始,与3株陆源微杆菌的祖先可能在同一进化关系。转录组分析结果显示,高表达的lipoprotein涉及的KEGG代谢通路为Peptidoglycan biosynthesis:mts:MTES232,涉及到细胞壁的合成;ribosomal protein L30涉及的KEGG代谢通路为Ribosome:mts:MTES907,与核糖体的结构稳定性有关;phosphate ABC transporter ATP-binding protein涉及的KEGG代谢通路为ABC transporters:mts:MTES452,参与了物质的转运和离子的运输。蛋白质组学质谱分析结果显示,19个差异蛋白点中有14个可信蛋白点。分别与细菌细胞壁的合成、生物大分子的合成、物质转运或跨质膜运输、基因的转录调控、嘧啶核苷酸的合成代谢、核糖体结构的稳定相关。

关键词：深海细菌基因组转录组蛋白质组

广西眼镜王蛇毒酸性磷脂酶A2-1的表达及杂合性酸性磷脂酶A2的克隆及序列分析

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广西眼镜王蛇毒酸性磷脂酶A2-1的表达及杂合性酸性磷脂酶A2的克隆...

作者：林文珍广西医科大学

学位级别：硕士

将广西眼镜王蛇毒酸性磷脂酶A2-1(APLA2-1)基因克隆至表达载体pBLMVL2和 pET28a(+),分别转化入大肠杆菌RR1和BL21,经过诱导,SDS-PAGE检测,重组质粒pBLMVL2-APLA2-1无明显表达, pET28a-APLA2-1在18kD有一明显的表达条带,表达产物APLA2-1约占细菌总量30%,并以包涵体的形式存在,将产物变复性后用Sephadex G-75 纯化,产物经过SDS-PAGE检测只有单一条带, 通过Western-blot检测,证实纯化产物即是酸性磷脂酶A2 ，最后对表达的APLA2进行了酶活性和生物活性的测定，至此我们在大肠杆菌中表达了广西眼镜王蛇毒APLA2 。此外，我们从广西眼镜王蛇毒腺中提取总RNA，根据种属关系接近的台湾眼镜蛇毒酸性磷脂酶A2（简称APLA2）两端非翻译区的保守序列设计引物，利用RT-PCR进行体外扩增，获得磷脂酶A2基因，克隆至pMD18-T载体，经测序筛选出APLA2-1、APLA2-2及一个新的酸性磷脂酶A2（命名为APLA2-3）。根据测序结果确定了APLA2-3基因的全序列，并由此推导编码的氨基酸序列。利用Antheprot 4.3c蛋白序列分析软件包计算它的等电点为4.885，相对分子质量为16.543kD,并预测了它的二级结构和部分理化性质。同源性比较表明，APLA2-3的1～39位氨基酸残基序列与APLA2-2相同，其同源性为64%，而40～108位氨基酸残基序列与APLA2-1相同，其同源性为69%，109位氨基酸残基序列不同于这两种APLA2 ，这揭示了PLA2具有基因多样性，可能与物种进化和生物活性有关，并为进一步研究PLA2的结构与功能的关系提供更多的信息。

关键词：广西眼镜王蛇毒酸性磷脂酶A2 表达复性活性测定基因克隆

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蛋白质双向电泳技术中两种上样方法的比较

广西医科大学学报 2007年第5期24卷 695-697页

作者：林文珍张荣泰广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室南宁530021 香港中文大学生物化学系

目的:比较蛋白质组研究的双向电泳中第一向(等电聚焦电泳)的杯上样法和溶涨上样法对2D图谱的影响。方法:以固相pH梯度等电聚焦为第一向和垂直SDS-PAGE为第二向,对上样方法及等电聚焦电泳程序及参数进行比较研究和条件优化。结果:在总电... 详细信息

目的:比较蛋白质组研究的双向电泳中第一向(等电聚焦电泳)的杯上样法和溶涨上样法对2D图谱的影响。方法:以固相pH梯度等电聚焦为第一向和垂直SDS-PAGE为第二向,对上样方法及等电聚焦电泳程序及参数进行比较研究和条件优化。结果:在总电压时间积较短的情况下,运用杯上样法可以得到满意的图谱,而运用溶涨上样法却要在总电压时间积较长的情况下才能得到较好的图谱。结论:杯上样法和溶涨上样法均可得到满意的图谱,但杯上样法所需的总电压时间积比溶涨上样法要短。

关键词：蛋白质双向电泳杯上样法溶涨上样法

氨基酸代谢重编程对肝细胞癌发生发展及治疗的影响

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中国生物化学与分子生物学报 2024年第10期40卷 1392-1399页

作者：张青周青鸟林文珍广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室南宁530021 广西高校生物分子医学研究重点实验室南宁530021

在肿瘤细胞中,特定氨基酸的改变会对癌细胞的代谢产生显著影响,并使肿瘤微环境中的免疫细胞发生改变,影响肿瘤的发生发展和治疗效果。本文首先介绍肿瘤中氨基酸的作用,从外源性氨基酸的摄入,氨基酸修饰,支链氨基酸的代谢探讨肿瘤中必需... 详细信息

在肿瘤细胞中,特定氨基酸的改变会对癌细胞的代谢产生显著影响,并使肿瘤微环境中的免疫细胞发生改变,影响肿瘤的发生发展和治疗效果。本文首先介绍肿瘤中氨基酸的作用,从外源性氨基酸的摄入,氨基酸修饰,支链氨基酸的代谢探讨肿瘤中必需氨基酸的代谢,并阐明非必需氨基酸在非必需氨基酸营养缺陷型肿瘤中的作用。其次,阐述了氨基酸代谢重编程对肝细胞癌发生发展的影响。必需氨基酸和非必需氨基酸在肝细胞癌中存在不可或缺的作用。在肝癌细胞内,必需氨基酸含量异常升高,促进肝癌细胞的发生发展,但支链氨基酸含量的升高却存在双重作用。非必需氨基酸在肝癌细胞中常作为抑制因子发挥作用,但精氨酸可联合天冬酰胺形成正反馈循环促进肝细胞癌的发生发展。最后阐述了氨基酸代谢重编程对肝细胞癌治疗的影响。谷氨酸、丝氨酸,支链氨基酸,S-腺苷甲硫氨酸,甘氨酸,精氨酸等可作为肝细胞癌的作用靶点,抑制氧化戊二酸脱氢酶的表达可以提高肝细胞癌患者对索拉非尼的药物敏感性。肝细胞癌肿瘤微环境中的氨基酸代谢重编程促进了肝癌细胞的恶性增殖和免疫逃逸,研究其中特异性改变的氨基酸有利于为患者制定个性化的免疫治疗。

关键词：氨基酸代谢支链氨基酸非必需氨基酸肿瘤肝细胞癌

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RAS对各肝病影响的研究进展

基因组学与应用生物学 2017年第1期36卷 64-71页

作者：孙芳廖维芳林文珍广西医科大学生物化学与分子生物学教研室南宁530021 广西高校生物分子医学研究重点实验室南宁530021

肾素-血管紧张素系统(rennin angiotensin system,RAS)是机体内重要的具有调节血压、水钠平衡等功能的内分泌调节系统。近年在各肝病的研究中发现,RAS失衡与各种肝病的发生与发展均有密切关系。肝组织内存在局部的完整RAS系统,当肝细胞... 详细信息

肾素-血管紧张素系统(rennin angiotensin system,RAS)是机体内重要的具有调节血压、水钠平衡等功能的内分泌调节系统。近年在各肝病的研究中发现,RAS失衡与各种肝病的发生与发展均有密切关系。肝组织内存在局部的完整RAS系统,当肝细胞或肝组织受到某种致病因素的刺激时,局部RAS被激活,各成分活性增强并重新分布,继而影响肝病的发展。早期研究已证实ACE-AngⅡ-AT1R轴表达上调可加重肝脏损伤,促进各肝病的进展。新近研究发现的ACE2-Ang(1-7)-Mas轴被不断证明是ACE-AngⅡ-AT1R轴的反向调节轴,被称为"替代RAS经典轴",发挥拮抗ACE-AngⅡ-AT1R轴的作用,对肝病的进展起一定的缓解或逆转作用。本研究就近年来关于RAS对各肝病的影响的相关研究做一综述,为找到更有效的缓解和治愈肝病的新方法提供新思路。

关键词：肾素-血管紧张素系统肝炎脂肪肝肝纤维化肝硬化肝癌

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纤维素酶辅助粉葛糖化工艺的研究

食品研究与开发 2017年第4期38卷 92-95页

作者：李妍林文珍肇庆学院化学化工学院广东肇庆526061

在常规糖化工艺基础上,添加纤维素酶辅助粉葛的糖化。采用单因素试验、正交试验优化得到纤维素酶解的最优工艺条件为:纤维素酶用量为0.6%,酶解温度为55℃,酶解时间为60 min,最终糖化液的还原糖含量为8.312 g/100 m L,未加纤维素酶处理... 详细信息

在常规糖化工艺基础上,添加纤维素酶辅助粉葛的糖化。采用单因素试验、正交试验优化得到纤维素酶解的最优工艺条件为:纤维素酶用量为0.6%,酶解温度为55℃,酶解时间为60 min,最终糖化液的还原糖含量为8.312 g/100 m L,未加纤维素酶处理的糖化液还原糖含量为7.385 g/100 m L,说明纤维素酶处理能够改善粉葛糖化的效果。

关键词：粉葛糖化纤维素酶还原糖

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中国地区汉族人类血小板抗原基因多态性研究

基因组学与应用生物学 2017年第2期36卷 433-444页

作者：陈语嫣龚祖康林文珍广西医科大学南宁530021 南宁急救医疗中心南宁530021 广西医科大学生物化学与分子生物学教研室广西高校生物分子医学研究重点实验室南宁530021

为探讨中国汉族人群的人类血小板特异性抗原(human platelet antigens,HPA)的基因多态性特点并对南北方汉族人群进行比较,本研究合并了24个地区的28篇HPA基因多态性调查文献中HPA-1、HPA-2、HPA-3、HPA-4、HPA-5、HPA-6和HPA-15的基因... 详细信息

为探讨中国汉族人群的人类血小板特异性抗原(human platelet antigens,HPA)的基因多态性特点并对南北方汉族人群进行比较,本研究合并了24个地区的28篇HPA基因多态性调查文献中HPA-1、HPA-2、HPA-3、HPA-4、HPA-5、HPA-6和HPA-15的基因分型数据,利用统计学方法及相关软件进行整理,并对整理后数据进行对比分析。结果显示HPA-1、HPA-2、HPA-3、HPA-4、HPA-5和HPA-6位点的a、b基因频率差距很大且bb基因型频率接近于0,而HPA-3和HPA-15位点的a、b基因频率差距不大。南北方汉族人群的比较中,HPA-1和HPA-5的基因分型有所差异,而HPA-2的基因型频数分布差异有统计学意义(p<0.05)。此结果旨在获取人类血小板抗原基因多态性的特点并提供建立人类血小板抗原数据库的相关资料,对临床输血的指导具有重要意义。

关键词：人类血小板抗原基因多态性汉族