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The Synthesis, Reaction and Crystal Structures of Ethyltetramethylcyclopentadienylruthenium Compounds

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Science China Chemistry 1993年第10期36卷 1167-1176页

作者：来鲁华张泽莹邵美成 Department of Chemistry Peking University Beijing 100871 PRC

Pentamethylcyclopentadienyl-trimethylphosphine-metal compounds play an important role in the activation studies of saturated hydrocarbons. A method to synthesize ethyltetramethylruthenium compounds was established, which started from the reaction of RuCl_3. H_2O with ethyltetramethylcyclopentadiene to give a dimer compound of 2. When 2 was reacted with different amounts of trimethylphosphine, compounds 3 [C_5Me_4EtRu(PMe_3)Cl_2] and 4 [(C_5Me_4Et)Ru(PMe_3)_2Cl] were obtained. Compound 3 is a 17-electron species which is in formula similar to Bergman's Ir compound used in hydrocarbon activation reaction, but might be more reactive because of its unsaturated electron structure. The crystal structure analysis of compounds 2, 3 and 4, showed that the ruthenium atom was coordinated in a 'threeleg-piano-stool' geometry in all the three compounds. The Ru—Cl bond in 3 and 4 was lengthened, making it labile to other substitution reactions.

关键词： synthesis of ethyltetramethyleyelopentadienylruthenium compounds crystal structures of ethyltetramethylcyclopentadienylruthenium compounds carbonhydrogen bond aetivation.

冠状病毒3CL蛋白酶活性调控机制及抑制剂研究

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中国科学：化学 2020年第10期50卷 1250-1279页

作者：李春梅孙琦陆阳彬刘莹来鲁华北京大学化学与分子工程学院北京分子科学国家研究中心北京100871 北京大学前沿交叉学科研究院定量生物学中心北京100871 北京大学-清华大学生命科学联合中心北京100871

由冠状病毒感染引发的全球性疫情对人类健康造成了巨大威胁,时至今日尚未有特效的治疗药物或疫苗问世,因此开发具有临床应用价值的抗冠状病毒药物刻不容缓. 3CL蛋白酶在冠状病毒的复制过程中起关键作用,其序列具有高度保守性,是进行抗... 详细信息

由冠状病毒感染引发的全球性疫情对人类健康造成了巨大威胁,时至今日尚未有特效的治疗药物或疫苗问世,因此开发具有临床应用价值的抗冠状病毒药物刻不容缓. 3CL蛋白酶在冠状病毒的复制过程中起关键作用,其序列具有高度保守性,是进行抗冠状病毒药物设计的关键靶标.本文围绕SARS-CoV、MERS-CoV和SARS-CoV-2 3CL蛋白酶的结构与功能关系、已报道抑制剂的结构类型与活性及可能的作用机制进行归纳总结,探讨3CL蛋白酶抑制剂研发的新方向,为抗新型冠状病毒药物研发提供参考.

关键词：新型冠状病毒肺炎冠状病毒 3CL蛋白酶抑制剂药物研发

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蛋白质别构调控分子设计

蛋白质别构调控分子设计

中国化学会-生物物理化学专业委员会第四届全国生物物理化学会议

作者：来鲁华北京大学化学与分子工程学院

蛋白质的别构调控是生物体系中广泛存在的功能调节方式。对于各种复杂的生物分子体系,别构调控是如何实现的,为什么不同的蛋白质会采取不同的调控方式以及如何设计化学小分子进行蛋白质特定功能的针对性调控等都有待深入研究。我们在生... 详细信息

蛋白质的别构调控是生物体系中广泛存在的功能调节方式。对于各种复杂的生物分子体系,别构调控是如何实现的,为什么不同的蛋白质会采取不同的调控方式以及如何设计化学小分子进行蛋白质特定功能的针对性调控等都有待深入研究。我们在生物网络和单个结点蛋白质水平上研究了别构调控的影响,发展了蛋白质别构位点预测方法,并通过分子设计手段获得了可以上调或下调蛋白质活性的化合物,为进一步揭示蛋白质别构调控的机理奠定了基础。

关键词：蛋白质别构调控分子设计

来源： cnki会议评论

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基于微扰突变的蛋白质侧链安装的遗传算法

计算机与应用化学 1999年第5期16卷 349-350页

作者：刘志杰李维忠韩玉真来鲁华北京大学物理化学研究所北京100871

在侧链转子库的基础上，我们提出了用于蛋白质侧链安装的微扰突变的遗传算法。它在常规单点突变的同时又采用了微扰突变的方法，因而同时具有传统遗传算法和理论搜索模拟方法的特点。我们分别用均方根偏差能量函数和真实的能量函灵敏... 详细信息

在侧链转子库的基础上，我们提出了用于蛋白质侧链安装的微扰突变的遗传算法。它在常规单点突变的同时又采用了微扰突变的方法，因而同时具有传统遗传算法和理论搜索模拟方法的特点。我们分别用均方根偏差能量函数和真实的能量函灵敏计算了单个蛋白质和蛋白与蛋白复合物结合区域的侧链构象。结果表明该方法优于传统的遗传算法，能精确地重建蛋白质侧链的构象。

关键词：蛋白质侧链安装构象序列设计侧链转子库

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基于靶标结构的环肽分子计算设计

合成生物学 2023年第3期4卷 551-570页

作者：王凡灏来鲁华张长胜北京大学前沿交叉学科研究院定量生物学中心北京100871 北京大学化学与分子工程学院北京分子科学国家研究中心北京100871 北京大学-清华大学生命科学联合中心北京100871

环肽在调控蛋白质-蛋白质相互作用方面具有独特的优势,在新药研发领域受到了越来越多的关注。蛋白质相互作用界面一般较大而平坦,相较于小分子化合物,环肽分子更容易获得与这些靶标位点结合的高亲和力和高特异性。相较于线性多肽或蛋白... 详细信息

环肽在调控蛋白质-蛋白质相互作用方面具有独特的优势,在新药研发领域受到了越来越多的关注。蛋白质相互作用界面一般较大而平坦,相较于小分子化合物,环肽分子更容易获得与这些靶标位点结合的高亲和力和高特异性。相较于线性多肽或蛋白质,环肽结构一般具有更大的骨架刚性,更难被酶降解,从而在代谢上更稳定,而且环肽更易于通过修饰改造增加跨膜活性,从而结合细胞内的靶标蛋白。结构数据和结构建模方法是开发基于靶标结构计算设计环肽药物的基础。本文分析了蛋白质结构数据库中环肽与靶标蛋白结合情况,介绍了目前环肽构象生成或结构预测的四类主要算法;总结了基于靶标结构计算设计环肽分子的主要方法,包括基于分子对接的虚拟筛选方法、借助于动力学模拟的设计方法、从头生成的设计方法以及具有跨膜活性的环肽设计方法;并展望了数据驱动的机器学习方法在环肽设计领域中的可能应用以及未来环肽药物分子开发的可能方向。

关键词：环肽多肽药物多肽设计构象生成

Study on the Three-dimensional Quantitative Structure-activity Relationship of Pyridazinonyl-substituted 1,3,4-Thiadiazoles

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Chinese Journal of Chemistry 2005年第8期23卷 1120-1122页

作者：邹霞娟来鲁华金桂玉 State Key Laboratory for Structural Chemistry of Unstable and Stable Species Institute of Physical Chemistry College of Chemistry and Molecular Engineering Peking University Beijing 100871 China Proteomics Laboratory Medical and Healthy Analytical Center Peking University Beijing 100083 China Institute of Elemento-organic Chemistry State Key Laboratory of Elemento-organic Chemistry Nankai University Tianjin 300071 China

The three-dimensional quantitative structure-activity relationships of a series of 5-[ 1-aryl-1,4-dihydro-6-methylpyridazin-4-one-3-yl]-2-arylamino-1,3,4-thiadiazoles, related to the fungicidal activity, were studied using the comparative molecular field analysis （CoMFA）. The results show that the contributions of steric and electrostatic fields to the activity are 0.505 and 0.495, respectively. The cross-validated q^2 and the correlation coefficient r^2 for the model established by the study are 0.769 and 0.938, respectively, with the F value of 60.996, and the standard deviation s of 0.074. These values indicate that the model is significant and has good predictability. The analysis results are in good agreement well with the study of 2D-QSAR, and offered important structural insights into designing highly active compounds prior to synthesis.

关键词： pyridazinonylthiadiazoles fungicides 3D-QSAR comparative molecular field analysis

5-脂氧合酶结构模建及其在抑制剂虚拟筛选中的应用

维普期刊数据库评论

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5-脂氧合酶结构模建及其在抑制剂虚拟筛选中的应用

第一届全国生物物理化学会议暨生物物理化学发展战略研讨会

作者：吴屹然来鲁华北京大学化学与分子工程学院

＜正＞炎症是机体对外界刺激的防御反应。如果炎症失去控制,将产生多种疾病,如风湿性关节炎、哮喘、炎症性肠病等等。炎症的发生依赖花生四烯酸代谢产生的一系列炎症因子,包括前列腺素类化合物和白三烯类化合物。5-脂氧合酶（5-lipoxyge... 详细信息

＜正＞炎症是机体对外界刺激的防御反应。如果炎症失去控制,将产生多种疾病,如风湿性关节炎、哮喘、炎症性肠病等等。炎症的发生依赖花生四烯酸代谢产生的一系列炎症因子,包括前列腺素类化合物和白三烯类化合物。5-脂氧合酶（5-lipoxygenase,5-LOX）催化转化花生四烯酸生成白三烯A4,是抗炎药物的重要靶标。目前尚未有5-脂氧合酶的结构报道,为基于结构的药物设计带来了困难。

关键词： 5-脂氧合酶抑制剂同源模建分子对接

来源： cnki会议评论

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基于蛋白质结构的药物分子设计

国外医学（药学分册） 1995年第6期22卷 331-336页

作者：骆兆文来鲁华北京大学化学系北京100871

随着蛋白质晶体学和分子模型技术的发展，基于蛋白质结构的药物分子设计已成为药物设计的主要潮流之一。这类方法从与疾病有关的蛋白质的三维结构出发，利用计算机程序，先对药物结合位点进行描述，然后通过各种方法产生潜在的配体分子... 详细信息

随着蛋白质晶体学和分子模型技术的发展，基于蛋白质结构的药物分子设计已成为药物设计的主要潮流之一。这类方法从与疾病有关的蛋白质的三维结构出发，利用计算机程序，先对药物结合位点进行描述，然后通过各种方法产生潜在的配体分子，最后才配体分子进行打分，给出设计结果。目前已出现了多种基于蛋白质结构的药物分子设计方法，也有了一些商业化的软件。文章综述了近年来出现的有关设计方法，列举了成功的设计实例，并对各种方法的优缺点以及所存在的问题进行了简要的讨论。

关键词：蛋白质三维结构药物分子设计分子模型

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一种新的四糖柴胡皂苷结构的NMR研究

化学学报 1996年第12期54卷 1200-1208页

作者：马立斌金怡珠涂光忠罗何生赵玉英胡长风张如意来鲁华徐筱杰唐有祺北京微量化学研究所北京100091 北京医科大学药学院植化室北京100083 北京大学化学系北京100871

本文报道从小叶黑柴胡(Bupleurum Smithii Wolff *** Shan et ***)分离出的一种新皂苷,应用COSY,CH-COSY,TOCSY,HMQC-COSY,HMBC等NMR方法对其结构进行了研究,确定该化合物为3β,16β,23,28-四羟基齐墩果烷-11,13(18)-二烯-3-O-β-D-吡喃葡萄糖基-(1→2)-β-D-吡喃葡萄糖基-(1→6)-[β-D-吡喃葡萄糖基-(1→2)]-β-D-吡喃葡萄糖苷(1).命名为柴胡皂苷O(Saikosapnin O).

关键词：柴胡皂苷 TOCSY HMQC-COSY HMBC NMR