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基于纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒的测序鉴定及其基因特征分析

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中华流行病学杂志 2024年第4期45卷 574-578页

作者：曹蓝夏丹陈艺韵周腾飞殷尚晖刘艳慧李魁彪狄飚张周斌秦鹏哲广州市疾病预防控制中心广州510440

目的利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生... 详细信息

目的利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。

关键词：禽流感病毒基因重组纳米孔测序

新冠疫情大流行期间广州市H3N2流感病毒分子流行特征分析

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中华预防医学杂志 2024年第3期58卷 351-357页

作者：曹蓝周腾飞陈艺韵马蒙蒙夏丹刘艳慧李魁彪狄飚秦鹏哲张周斌广州市疾病预防控制中心病毒免疫部广州510440 广州市疾病预防控制中心传染病预防控制部广州510440 广州市疾病预防控制中心主任室广州510440

分析新型冠状病毒疫情(新冠疫情)大流行期间广州市H3N2流感病毒分子变异特征。收集流感监测哨点医院流感样病例样本,进行病毒分离和全基因组高通量测序。结果显示,新冠疫情大流行期间广州市在2022年第二季度出现了一次H3N2流感流行高峰... 详细信息

分析新型冠状病毒疫情(新冠疫情)大流行期间广州市H3N2流感病毒分子变异特征。收集流感监测哨点医院流感样病例样本,进行病毒分离和全基因组高通量测序。结果显示,新冠疫情大流行期间广州市在2022年第二季度出现了一次H3N2流感流行高峰(阳性率为52.23%),流行强度和持续时间均高于2019年H3N2流感流行期。2022年流行株HA基因和NA基因均属于3C.2a1b.2a.1a.1分支,与2019年冬季的H3N2流行株进化分支(Group-3 毒株3C.2a1b.1a)不同。2022年流行株抗原位点变异主要发生在C区I48T位,HA蛋白受体结合位点与疫苗株一致。大部分流行株在HA蛋白上带有13个糖基化位点,一起暴发疫情分离株发生24-NST处糖基化位点的缺失。综上,新冠疫情大流行期间,引起广州市2022年H3N2流感流行的病毒株属于新衍生进化分支,进化起源上并非由2019年广州市毒株直接传播进化而来。

关键词： H3N2流感病毒分子变异遗传特征新型冠状病毒监测

1例A(H1N1)pdm09流感重症病例感染株病毒基因组学变异特征分析

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华南预防医学 2024年第4期50卷 375-379页

作者：曹蓝陈艺韵马蒙蒙周腾飞夏丹刘艳慧李魁彪狄飚秦鹏哲广州市疾病预防控制中心广东广州510440

目的通过比较1株重症A(H1N1)pdm09流感病毒株与轻型感染株及疫苗株的病毒遗传进化和基因变异差异,探讨重症流感病毒基因组学特点。方法收集流感监测哨点医院重症流感病例和轻型流感样病例的呼吸道样本,全基因组序列测序后,通过生物信息... 详细信息

目的通过比较1株重症A(H1N1)pdm09流感病毒株与轻型感染株及疫苗株的病毒遗传进化和基因变异差异,探讨重症流感病毒基因组学特点。方法收集流感监测哨点医院重症流感病例和轻型流感样病例的呼吸道样本,全基因组序列测序后,通过生物信息学软件对流感病毒的遗传进化和基因变异特征进行分析。结果1株重症A(H1N1)pdm09流感病毒株与同期流行的8株轻型毒株病毒核苷酸同源性差异最大的为HA基因(97.0%~99.9%),差异最小的为PB2基因(98.9%~100.0%)。病毒株各基因片段与A/Brisbane/02/2018疫苗株同源性普遍高于与A/Michigan/45/2015疫苗株的同源性。氨基酸位点分析上,重症毒株携带有特异的氨基酸变异位点,分别位于HA蛋白K521R、NP蛋白A129S和NS蛋白L52I/S87P/M104I。在遗传进化特征上,重症毒株HA和NA基因均位于6B.1A.5a进化分支,不同于大部分轻型病毒株。重症毒株与轻型病毒株NA蛋白神经氨酸酶催化位均未发生变异。结论重症流感病毒株位于6B.1A.5a进化分支,与轻型流感病毒株进化分支不同。重症毒株在HA蛋白、NP蛋白和NS蛋白发生特异性氨基酸突变,建议应持续密切关注重症流感病毒基因变异特点。

关键词： A(H1N1)pdm09流感病毒重症流感基因组变异遗传进化

广州市2016—2020年风疹实验室确诊病例特征及影响因素分析

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中国预防医学杂志 2022年第4期23卷 316-320页

作者：朱娉婷张颖许杨李魁彪贺晴广州市疾病预防控制中心广东广州510440

本研究为了探讨广州市风疹实验室确诊病例的特征和影响因素,提高风疹疑似病例的早期识别和诊断,为及时发现和应对风疹暴发疫情提供科学依据,选择2016—2020年经实验室确诊的风疹病例,采用logistic逐步回归分析检出阳性病例的特征和影响... 详细信息

本研究为了探讨广州市风疹实验室确诊病例的特征和影响因素,提高风疹疑似病例的早期识别和诊断,为及时发现和应对风疹暴发疫情提供科学依据,选择2016—2020年经实验室确诊的风疹病例,采用logistic逐步回归分析检出阳性病例的特征和影响因素。结果显示,2016—2020年广州市共报告2772例风疹疑似病例,经筛选纳入研究的病例包括496例实验室阳性病例和1516例阴性病例。多因素分析结果显示,年龄(6~<20和20~<40岁)、与实验室病例有流行病学关联、无含风疹成分疫苗(rubella-containing vaccine,RCV)接种史、免疫史不详和有淋巴结肿大症状的人群是实验室检出风疹阳性病例的危险因素,OR值分别为:5.21(95%CI:3.12~8.68)、5.54(95%CI:3.36~9.12)、2.69(95%CI:1.69~4.28)、3.03(95%CI:1.47~6.25)、2.59(95%CI:1.27~5.25)、1.50(95%CI:1.1~2.02)。与完成2剂次RCV接种的人群相比,接种1剂次疫苗是危险因素(OR=2.46,95%CI:1.57~5.71)。年龄(6~<40岁)、流行病学信息、疫苗接种史和淋巴结肿大症状有助于风疹疑似病例的早期识别和诊断。对无疫苗接种史的高风险人群建议完成2剂次的RCV接种以获得足够的抵抗力。

关键词：风疹实验室确诊病例影响因素含风疹成分疫苗

广州市2017-2021年病毒性腹泻监测的病原学特征分析

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中国人兽共患病学报 2023年

作者：刘静雯曾庆耿进妹鲁影李魁彪狄飚谢华萍广州市疾病预防控制中心

目的分析2017-2021年广州市病毒性腹泻监测的流行病学特征情况，了解主要病原轮状病毒和诺如病毒的特征，为病毒性腹泻病例监测和防控提供参考依据。方法收集广州市2017年1月1日-2021年12月31日各哨点监测医院的疑似及确诊腹泻病例标本... 详细信息

目的分析2017-2021年广州市病毒性腹泻监测的流行病学特征情况，了解主要病原轮状病毒和诺如病毒的特征，为病毒性腹泻病例监测和防控提供参考依据。方法收集广州市2017年1月1日-2021年12月31日各哨点监测医院的疑似及确诊腹泻病例标本，使用实时荧光RT-PCR法检测病毒核酸。结果5年内共采集粪便或肛拭子等标本共5364份，检测总阳性例数有1583例（29.51%，1583/5364）；A组轮状病毒和诺如病毒的阳性率分别为11.26％、20.74％；检出轮状病毒和诺如病毒混合感染134份，GI和GII混合感染30份。诺如病毒GII型主要在秋冬季高发。轮状病毒全年均可发病，其高发季节为冬春季。A组轮状病毒和诺如病毒发病患者年龄主要集中在0～5岁。A组轮状病毒阳性的男女比为1.27:1，诺如病毒的男女比1.52:1，GII.4[P31]型和GII.2[P16]型是诺如病毒最主要的两种基因亚型。A组轮状病毒主要为G9P[8]型最多，其次分别是G8P[8]、G2P[8]、G3P[8]型，由同一病例多重基因型别感染的情况暂未发现。结论广州地区诺如病毒的高发季节为秋冬季，轮状病毒则是每年11月至次年3月，两种病毒均在5岁以下儿童更易感染，GII.4[P31]型和GII.2[P16]型是诺如病毒中最主要的两种基因亚型，轮状病毒以G9P[8]型流行，发现G8P[8]型出现小流行。应加强病毒性腹泻的日常监测，分析该病毒病原谱的变化，做好预防控制措施。

关键词：病毒性腹泻轮状病毒诺如病毒病原学特征

甲型H3N2流感病毒基因特征全基因组测序分析

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中国公共卫生 2022年第3期38卷 302-308页

作者：曹蓝李魁彪陈艺韵吴迪曾庆夏丹刘艳慧狄飚张周斌广州市疾病预防控制中心病毒免疫部广东510440

目的通过对H3N2流感病毒进行全基因组序列基因特征分析,为H3N2流感的科学防控提供研究数据。方法选取2019年广东省广州市13株H3N2流感病毒进行全基因组序列测定,通过生物信息学软件分析各基因特征。结果各基因核苷酸同源性最低为94%,最... 详细信息

目的通过对H3N2流感病毒进行全基因组序列基因特征分析,为H3N2流感的科学防控提供研究数据。方法选取2019年广东省广州市13株H3N2流感病毒进行全基因组序列测定,通过生物信息学软件分析各基因特征。结果各基因核苷酸同源性最低为94%,最高为100%,差异最大为NA基因(94%~100%),差异最小为PA基因(98.9%~100%)。各基因核苷酸位点变异率最高为NA基因(8.37%),最低为PA基因(2.14%),不同基因核苷酸变异率差异具有统计学意义(χ^(2)=123.503,P=0.000)。各基因均与疫苗株A/HONG KONG/2671/2019(H3N2)归属于同一进化分支,且来源于门诊监测毒株与暴发疫情毒株进化起源相同。根据流行时间的不同,HA、PB2、PB1、NP、M、NS基因可以继续划分为Group 1-3三个小分支,Group 1分支流行于2019年1-8月,Group 2分支流行于2019年11-12月,Group 3分支同时包含2019年1-8月和2019年11-12月流行期的毒株。结论2019年广州H3N2流感病毒与疫苗株位属于同一进化分支,不同来源毒株具有相同的进化起源。但全基因组在进化特点、同源性、分子变异率等方面存在基因多样性差异。

关键词： H3N2流感全基因组基因进化变异

2017-2021年广州市病毒性腹泻病原学特征分析

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中国人兽共患病学报 2023年第9期39卷 872-878页

作者：刘静雯曾庆耿进妹鲁影李魁彪狄飚谢华萍广州市疾病预防控制中心广州510440

目的分析2017-2021年广州市病毒性腹泻主要病原轮状病毒和诺如病毒的特征,为病毒性腹泻病例监测和防控提供参考依据。方法收集广州市2017年1月1日-2021年12月31日各哨点监测医院的疑似及确诊腹泻病例标本,使用实时荧光RT-PCR法检测病毒... 详细信息

目的分析2017-2021年广州市病毒性腹泻主要病原轮状病毒和诺如病毒的特征,为病毒性腹泻病例监测和防控提供参考依据。方法收集广州市2017年1月1日-2021年12月31日各哨点监测医院的疑似及确诊腹泻病例标本,使用实时荧光RT-PCR法检测病毒核酸。结果5年内共采集粪便或肛拭子等标本共5364份,检测为阳性的有1583份,阳性率为29.51%;A组轮状病毒和诺如病毒的阳性率分别为11.26%、20.74%;检出轮状病毒和诺如病毒混合感染134份,GI和GII混合感染30份。诺如病毒GII型主要在秋冬季高发。轮状病毒全年均可发病,其高发季节为冬春季。患者年龄主要集中在0~5岁。A组轮状病毒阳性者的男女比为1.27∶1,诺如病毒阳性者的男女比1.52∶1,GII.4[P31]型和GII.2[P16]型是诺如病毒最主要的2种基因亚型。A组轮状病毒以G9P[8]型最多,其次分别是G8P[8]、G2P[8]、G3P[8]型,同一病例多重基因型别感染的情况暂未发现。结论广州地区诺如病毒的高发季节为秋冬季,轮状病毒则是每年11月至次年3月,两种病毒均在5岁以下儿童更易感染,GII.4[P31]型和GII.2[P16]型是诺如病毒最主要的2种基因亚型,轮状病毒以G9P[8]型流行为主,G8P[8]型出现小流行。应加强病毒性腹泻的日常监测,分析该病毒病原谱的变化,做好预防控制措施。

关键词：病毒性腹泻轮状病毒诺如病毒病原学特征

H5N1流感DNA疫苗和腺病毒载体疫苗的免疫原性研究

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H5N1流感DNA疫苗和腺病毒载体疫苗的免疫原性研究

作者：李魁彪中国疾病预防控制中心

学位级别：硕士

自1997年H5N1禽流感病毒开始感染人以后,人间病例不断发生,在泰国、印度尼西亚、中国和巴基斯坦还出现过有限的人传人的病例,这表明H5N1流感病毒正在不断进化,一旦H5N1流感病毒获得人传人的能力,引起的世界大流行将给人类带来巨大的灾... 详细信息

自1997年H5N1禽流感病毒开始感染人以后,人间病例不断发生,在泰国、印度尼西亚、中国和巴基斯坦还出现过有限的人传人的病例,这表明H5N1流感病毒正在不断进化,一旦H5N1流感病毒获得人传人的能力,引起的世界大流行将给人类带来巨大的灾难。目前防控流感/禽流感最有效的措施仍为接种疫苗。而基于鸡胚生产的季节性流感疫苗的生产能力是有限的,因此,如何缩小当前疫苗生产能力与大流行期间疫苗巨大需求量的差距,提高疫苗产量是全球流感大流行疫苗研究的一个热点问题。提高疫苗产量除了加强、扩大灭活疫苗的生产能力外,提高疫苗主要成分血凝素(HA)蛋白的表达量从而减少疫苗的使用量也是一种有效的方法。本研究拟构建针对H5N1流感病毒的DNA疫苗和腺病毒载体疫苗,通过优化HA基因的密码子,大大提高血凝素的表达水平,从而提高疫苗的免疫效果。另外,目前针对流感大流行疫苗的研究多采用Clade1的H5N1香港株或越南株,然而我国流行的H5N1流感病毒株基本上都是Clade2.3.4的毒株,与Clade1的毒株在抗原性上有很大不同,因此本研究选用中国的分离株具有重要意义。本研究以我国人感染病例中分离到的、WHO推荐的Clade2.3.4疫苗候选株A/Anhui/1/2005(H5N1)为研究对象,首先按照人的偏爱密码子将H5N1(A/Anhui/1/2005)流感病毒的HA基因进行优化改造,以提高其表达量,经全基因合成后,插入到真核表达载体pDC315中,构建了真核表达质粒***;将此质粒和含野生HA基因的真核表达质粒***分别转染293T细胞,比较HA蛋白的表达量。在比较密码子优化效果之后,将优化的HA基因***插入DNA疫苗载体——pVR-1012,构建了一种H5N1流感病毒的DNA疫苗***;又利用AdMax腺病毒包装系统,分别构建了***和***两个腺病毒载体疫苗;最后采用BALB/c小鼠单独或者联合免疫方法,评价不同疫苗和不同免疫策略所诱导的体液免疫及细胞免疫效果,并就疫苗诱导的中和抗体研究了其对8株不同H5N1流感病毒的交叉反应性。结果表明: 1)密码子优化后HA蛋白在293T细胞中的表达水平显著提高,而且疫苗诱导小鼠产生的体液免疫和细胞免疫效果也有明显提高;2)本研究构建的优化的腺病毒载体疫苗不仅能够有效诱导出中和抗体,而且对中国分离的不同年代不同地域的H5N1流感病毒普遍具有较强的中和作用;3)单独免疫两次优化的腺病毒载体疫苗能够诱导较强的体液免疫和细胞免疫,而且都显著优于单独免疫两次DNA疫苗;4) DNA疫苗初免-腺病毒载体疫苗加强的免疫策略是一种相对较好的联合免疫策略,值得进一步研究;5)从A/Anhui/1/2005(H5N1)HA全序列中筛选到了两个能够刺激BALB/c小鼠CD8+T淋巴细胞分泌IFN-γ的表位,即HA:TYISVGTSTLNQRLVPKI和HA:IYSTVASSLA,后者比前者强。

关键词： H5N1 密码子优化 DNA疫苗腺病毒载体疫苗

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广州市某小学一起A组鼻病毒聚集性疫情调查

中国热带医学 2022年第7期22卷 603-606页

作者：曾庆吴迪陈艺韵夏丹曹蓝狄飚陆剑云李魁彪广州市疾病预防控制中心广东广州510440

目的分析广州市某小学人鼻病毒(human rhinovirus, HRV)聚集性疫情的流行病学特征及其血清型,为今后HRV暴发疫情处置提供参考。方法采用现场流行病学方法对病例进行调查,采集出现病例班级的学生咽拭子排查新型冠状病毒及流感病毒,两... 详细信息

目的分析广州市某小学人鼻病毒(human rhinovirus, HRV)聚集性疫情的流行病学特征及其血清型,为今后HRV暴发疫情处置提供参考。方法采用现场流行病学方法对病例进行调查,采集出现病例班级的学生咽拭子排查新型冠状病毒及流感病毒,两者为阴性样品进行呼吸道多病原体检测。对HRV阳性样本进行VP4/VP2基因序列扩增及测序,采用SeqMen及MEGA6.0软件对基因序列进行修饰及构建系统进化树。结果本次疫情共发现34例病例,罹患率为2.39%(34/1 421),其中男性16例,女性18例。发病人群年龄6~12岁,中位年龄为9岁。首例病例发病时间为2020年9月4日,末例9月15日发病,经过7 d最长潜伏期无新发病例。班级分布具有明显聚集性,主要分布于3个班。病例均为轻症,其中发热34例(100%,34/34),流涕18例(52.94%,18/34),咽痛15例(44.12%,15/34),喷嚏13例(38.24%,13/34),咳嗽12例(35.29%,12/34),头痛1例(2.94%,1/34)。采集17份咽拭子样本检测,有7份为HRV阳性,其他样本呼吸道病原体均为阴性。VP4/VP2序列分析显示引起此次疫情的HRV为A34血清型。结论在新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019, COVID-19)常态化防控背景下,应加强对学校发热人群中新型冠状病毒及其他呼吸道病原体的监测。

关键词：鼻病毒流行病学特征系统发育树