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自组织映射网络中数种拓扑函数的建立与应用

计算机应用与软件 2006年第10期23卷 71-73页

作者：张文军李趣欢中山大学昆虫学研究所广东广州510275

在人工神经网络中,拓扑函数用于生成神经元的空间拓扑结构。不同的拓扑函数可能导致神经网络形成不同的学习结果。以Matlab的拓扑函数模板为基础,建立了四种拓扑函数:cossintopf、sincostopf、acossintopf及expsintopf。同时,以这些拓... 详细信息

在人工神经网络中,拓扑函数用于生成神经元的空间拓扑结构。不同的拓扑函数可能导致神经网络形成不同的学习结果。以Matlab的拓扑函数模板为基础,建立了四种拓扑函数:cossintopf、sincostopf、acossintopf及expsintopf。同时,以这些拓扑函数生成神经元拓扑结构,用于自组织特征映射网络对田间无脊椎动物目的无监督自组织聚类。结果显示,聚类各有差异,可根据与实际情形的比较来选择拓扑函数与聚类结果,或进行综合分析。

关键词：人工神经网络拓扑函数自组织特征映射 Matlab聚类

血管性血友病因子和血小板表面受体突变的数据库构建及数据分析

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中国组织工程研究 2014年第29期18卷 4599-4604页

作者：李娜李趣欢王安琪华南理工大学生物科学与工程学院广东省广州市510006 华南理工大学计算机科学与工程学院广东省广州市510006

背景:血管性血友病因子和血小板表面受体之间的相互作用在血小板黏附、传播、聚集等血栓形成过程中起到关键作用。目前关于血管性血友病因子突变信息的数据库并不完善且血小板表面受体相关的数据库仍未构建。目的:致力于构建血管性血友... 详细信息

背景:血管性血友病因子和血小板表面受体之间的相互作用在血小板黏附、传播、聚集等血栓形成过程中起到关键作用。目前关于血管性血友病因子突变信息的数据库并不完善且血小板表面受体相关的数据库仍未构建。目的:致力于构建血管性血友病因子及血小板糖蛋白Ibα相关突变的数据库,以利于相关领域的研究人员快速查找到该分子对的重要突变信息。方法:以数据库Uniprot、VWFdb及文献报道的突变信息为数据源,采用MySQL和Apache为后台数据库和服务器,运用PHP语言开发血管性血友病因子及血小板糖蛋白Ibα突变数据库。结果与结论:收集了341条血管性血友病因子,13条血小板糖蛋白Ibα的野生或者突变序列数据,并人工构建A1结构域的虚拟突变3 920条,建立了包括背景介绍、相关病理图册和资料下载等登录页面,初步实现了数据检索、突变位点分析以及虚拟突变位点信息等相关功能。该数据库较全面搜集及分析血管性血友病因子及血小板糖蛋白Ibα的数据信息,有利于研究人员对血管性血友病因子和血小板糖蛋白Ibα相关信息的查询,有助于新型抗血栓药物的研发,进一步提高临床诊断和治疗水平。

关键词：血管性血友病疾病血小板糖蛋白GPⅠb-Ⅸ复合物突变蛋白质类数据库,蛋白质

两亲α-螺旋抗菌肽的分子设计研究现状与进展

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中国新药杂志 2005年第9期14卷 1126-1132页

作者：李趣欢张文军中山大学生命科学学院昆虫学研究所与生物防治国家重点实验室广州510275

抗菌肽以其广谱、快速、特异性作用及抗菌、抗病毒、抗肿瘤等活性,成为具有重要潜在价值的新型药物。最大限度地发挥其活性和降低毒性,是抗菌肽新药开发的首要问题。用分子设计手段改造抗菌肽已成为解决这一问题的关键。以两亲α-螺旋... 详细信息

抗菌肽以其广谱、快速、特异性作用及抗菌、抗病毒、抗肿瘤等活性,成为具有重要潜在价值的新型药物。最大限度地发挥其活性和降低毒性,是抗菌肽新药开发的首要问题。用分子设计手段改造抗菌肽已成为解决这一问题的关键。以两亲α-螺旋抗菌肽为对象,对分子设计过程中遵守阳离子性和两亲性的原则及影响活性的物理化学参数,可以采取序列修饰或全新设计的方法,以达到定向改造的目的。对分子设计在医药上的应用和发展前景进行了综述和展望。

关键词：抗菌肽两亲α-螺旋分子设计构效关系

通过流动腔实验测量HL-60细胞微绒毛弹性

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医用生物力学 2010年第4期25卷 277-282页

作者：黄强凌颖琛李趣欢吴建华方颖华南理工大学生物科学与工程学院广州510006 中山大学生命科学学院广州510275

目的滤除平行平板流动腔实验数据中的噪声,以清晰观测细胞滚动黏附过程,并发展基于流动腔实验的细胞微绒毛弹性的测定方法。方法运用小波分析方法技术,分离从流动腔实验中得到的E-选择素介导的HL-60细胞滚动黏附实验数据的高频热噪声信... 详细信息

目的滤除平行平板流动腔实验数据中的噪声,以清晰观测细胞滚动黏附过程,并发展基于流动腔实验的细胞微绒毛弹性的测定方法。方法运用小波分析方法技术,分离从流动腔实验中得到的E-选择素介导的HL-60细胞滚动黏附实验数据的高频热噪声信号;利用能量均分定理和拴缚细胞的力平衡方程,构建细胞微绒毛的伸长与弹性间的关系。结果通过小波分析滤噪,可以清晰定位细胞滚动黏附的不同阶段:自由滚动-减速-停止-加速;在壁面剪切应力为0.01～0.06Pa的条件下,源于热噪声的细胞脉动能量约占总的脉动能的80%,测得HL-60细胞微绒毛的弹簧常数为(13.7±7.4)μN/m。结论小波分析技术可滤除流动腔细胞滚动黏附实验数据中的热噪声;细胞热脉动信号中含有细胞微绒毛弹性的信息,使得人们可以采用流动腔实验技术来测量细胞微绒毛的弹性。

关键词：细胞黏附细胞微绒毛刚度小波分析平行平板流动腔 HL-60细胞

动脉粥样硬化分子互作网络的构建及生物学通路分析

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生物医学工程学杂志 2015年第6期32卷 1255-1260页

作者：李趣欢顾珊珊李娜李圳阳赖文龙曾杨华南理工大学生物科学与工程学院广东省发酵与酶工程重点实验室广州510006 中国科学研究院上海研究所上海200031 清华大学医学院北京100084

动脉粥样硬化是由脂质在血管壁积累造成的一种复杂疾病,受多种遗传因素和环境因素影响。本文为了更好地理解动脉粥样硬化的分子调控机制,构建了与动脉粥样硬化相关的蛋白质互作网络。首先从核酸数据库和生物分子对象网络数据库(BOND)中... 详细信息

动脉粥样硬化是由脂质在血管壁积累造成的一种复杂疾病,受多种遗传因素和环境因素影响。本文为了更好地理解动脉粥样硬化的分子调控机制,构建了与动脉粥样硬化相关的蛋白质互作网络。首先从核酸数据库和生物分子对象网络数据库(BOND)中下载相关的基因数据以及互作信息,将数据导入Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,利用度分布挖掘Hub蛋白,借助KOBAS 2.0在线服务器来识别显著相关的通路和疾病,最后构建出与疾病相关的生物学通路网络。总之,本文挖掘出了一系列与动脉粥样硬化相关的关键分子,这些关键分子有可能成为有效预防动脉粥样硬化或相关治疗药物的新靶标。

关键词：动脉粥样硬化互作网络 Hub蛋白生物学通路

全反式维甲酸处理下HL-60细胞在E-选择素上的滚动黏附

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中国组织工程研究 2018年第13期22卷 2120-2125页

作者：肖静李趣欢杨碧珊方颖吴建华华南理工大学生物科学与工程学院广东省广州市510006

背景:全反式维甲酸能诱导早幼粒细胞向成熟粒细胞分化,是治疗急性早幼粒细胞白血病的理想手段。然而全反式维甲酸治疗过程中出现的分化综合征对其治疗效果有一定影响,该并发症与细胞形态改变、黏附分子表达及功能差异密切相关,特别是整... 详细信息

背景:全反式维甲酸能诱导早幼粒细胞向成熟粒细胞分化,是治疗急性早幼粒细胞白血病的理想手段。然而全反式维甲酸治疗过程中出现的分化综合征对其治疗效果有一定影响,该并发症与细胞形态改变、黏附分子表达及功能差异密切相关,特别是整合素和选择素家族。目的:研究不同流体剪切力下,全反式维甲酸处理的HL-60细胞在E-选择素上的滚动黏附,揭示蕴含其中的药物影响效应和力学调控机制。方法:利用平行平板流动腔,驱动经或未经全反式维甲酸处理的HL-60细胞在铺有E-选择素的基质上滚动,记录滚动过程,提取平均滚动速度和平均停留时间等参数。其中,HL-60细胞采用1×10^(-6)mol/L的全反式维甲酸处理48,72,96 h,剪切力取值为0.02,0.04,0.06 Pa,底板铺展E-选择素的质量浓度为40μg/L。结果与结论:(1)随剪切力的升高,经和未经全反式维甲酸处理的HL-60细胞在E-选择素上的滚动速度曲线呈现出先减小后增大的两阶段趋势。相应地,平均停留时间和停留时间比率表现出先增加后减小的趋势,由此推断,HL-60细胞在E-选择素上的流动增强型滚动现象是由逆锁键所调控的;(2)同一剪切力下HL-60细胞的滚动速度随着加药时间的增加呈现出下降趋势。相反地,HL-60细胞的停留比率、平均停留时间时间呈现上升趋势。这进一步说明细胞的停留时间是细胞滚动速度的主要调控因素。

关键词：干细胞 HL-60细胞 E-选择素全反式维甲酸增殖分化平行平板流动腔滚动与黏附滚动速度国家自然科学基金

EVI1高表达AML的潜在治疗新靶点GNGT2

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基因组学与应用生物学 2019年第10期38卷 4763-4768页

作者：刘云峰王林杨碧珊粟尤敏李趣欢华南理工大学生物科学与工程学院

EVI1基因高表达的AML患者对化疗药物有耐药性,总体生存率低。寻找针对EVI1高表达AML的潜在治疗新靶点,对于提高这类病人存活率具有重要意义。本研究从GEO数据库获取EVI1高表达和低表达AML的表达谱,利用R软件Limma包进行差异表达分析,共... 详细信息

EVI1基因高表达的AML患者对化疗药物有耐药性,总体生存率低。寻找针对EVI1高表达AML的潜在治疗新靶点,对于提高这类病人存活率具有重要意义。本研究从GEO数据库获取EVI1高表达和低表达AML的表达谱,利用R软件Limma包进行差异表达分析,共筛选出713个差异基因。用STRING数据库和Cytoscape软件对差异基因进行蛋白互作网络构建并找出7个Hub基因。用Oncomine数据库对Hub基因进行临床生存分析,评估基因的预后价值。本研究发现了一个与AML预后相关的新基因GNGT2,它可能成为EVI1高表达AML治疗药物的重要靶点。

关键词： EVI1基因 AML 治疗靶标生存分析 GEO数据库 Oncomine

γ显像在层析分离及蛋白分子位点密度测定中的应用

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生物医学工程学杂志 2017年第3期34卷 445-448页

作者：张金赫李趣欢凌颖琛钟建秋尹吉林徐浩暨南大学附属第一医院核医学科广州510632 广州军区广州总医院核医学科广州510010 华南理工大学生物科学与工程学院广州510641

本文用放射性核素标记以及单光子发射型计算机断层(SPECT)γ显像的方法,进行E-选择素蛋白分子位点密度测定,以探讨其实用价值。采用Indogen法对E-选择素蛋白分子抗体进行125I标记,标记产物经G25葡聚糖凝胶层析柱分离纯化,对分离出的样... 详细信息

本文用放射性核素标记以及单光子发射型计算机断层(SPECT)γ显像的方法,进行E-选择素蛋白分子位点密度测定,以探讨其实用价值。采用Indogen法对E-选择素蛋白分子抗体进行125I标记,标记产物经G25葡聚糖凝胶层析柱分离纯化,对分离出的样品排列在塑胶试管架上,用SPECT进行平面显像并定量分析。制备不同浓度的E-选择素标准溶液,将放射性计数换算为位点密度,作蛋白量位点密度标准曲线。标记产物经SPECT定量分析,E-选择素抗体标记率为78%;不同浓度样品饱和曲线显示,当浓度在0~1 mg/m L浓度范围时,得标准曲线为y=6 045.7x—51.166,决定系数R^2=0.997 9。研究结果表明,γ显像在放射性标记产物分析及位点密度测定时有一定实用价值。

关键词：体层摄影术,发射型计算机,单光子层析分离 E-选择素位点密度

用^(125)I测定低水平P-选择素平面位点密度新方法

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实验技术与管理 2014年第6期31卷 36-40页

作者：凌颖琛李趣欢黄冰张金赫方颖华南理工大学生物科学与工程学院广东广州510006 广州军区广州总医院核医学科广东广州510010

建立了一种基于125I放射性标记并与Infinia Hawkeye 4ECT检测相结合的检测蛋白分子位点密度的新方法。实验结果显示,P-选择素的位点密度与吸附浓度呈线性关系,且P-选择素在玻璃平面上的吸附能力高于在聚苯乙烯平面上的吸附。在相同P-选... 详细信息

建立了一种基于125I放射性标记并与Infinia Hawkeye 4ECT检测相结合的检测蛋白分子位点密度的新方法。实验结果显示,P-选择素的位点密度与吸附浓度呈线性关系,且P-选择素在玻璃平面上的吸附能力高于在聚苯乙烯平面上的吸附。在相同P-选择素浓度下,对比标记P-选择素和P-选择素单克隆抗体9E1的放射性强度,结果发现,物理吸附作用下大概只有10%的P-选择素是头部向上分布的。对比传统方法,新方法更为快速有效,且应用范围更广,新方法所测定的位点密度结果可以与流动腔实验相结合,从而获得一系列二维分子动力学参数。

关键词：蛋白分子 P-选择素位点密度碘125标记 SPECT