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基于生物信息学的胃癌关键糖酵解相关差异表达基因的鉴定及预后模型的构建

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医学分子生物学杂志 2025年第1期22卷 76-83页

作者：许娟胡琬琪仙桃市第一人民医院肿瘤科湖北省仙桃市433000 仙桃市第一人民医院胃肠外科湖北省仙桃市433000

目的应用生物信息学工具探索糖酵解相关基因(glycolysis-related genes,GRGs)在胃癌中的表达及基于其所构建的风险评分模型与胃癌患者预后的关系。方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TC-GA)数据库下载胃癌组织转录组和临床... 详细信息

目的应用生物信息学工具探索糖酵解相关基因(glycolysis-related genes,GRGs)在胃癌中的表达及基于其所构建的风险评分模型与胃癌患者预后的关系。方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TC-GA)数据库下载胃癌组织转录组和临床特征数据。从基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)数据库中获得GRGs集。使用limma包来识别胃癌组织中差异表达的GRGs。使用单因素Cox回归分析筛选预后相关的GRGs,应用LASSO回归分析构建基于GRGs的预后预测模型。根据Cox回归分析确定的独立预后危险因素构建Nomogram图。最后,分析22种浸润性免疫细胞与GRGs、风险评分模型相关性。结果鉴定出21个差异表达的GRGs,其主要富集在酒精代谢过程和酪氨酸代谢途径。利用LASSO和Cox模型筛选出5个预后相关的糖酵解基因(ADH1B、ADH4、CLDN9、VCAN及LHX90),构建预测胃癌预后风险评分模型。低风险评分的胃癌患者总生存时间明显优于高风险评分的胃癌患者,ROC曲线分析显示该模型预测胃癌患者1年、3年及5年生存期曲线下面积(area under curve,AUC)值分别为0.602、0.680和0.802,发现该模型预测患者生存期的效能优于肿瘤分期及分级。单因素和多因素Cox分析显示构建的模型、患者的年龄、性别及肿瘤分期、分级是胃癌患者独立预后因素。基于独立危险因素构建了用来预测胃癌患者生存Nomogram图。最后,发现CD8 T细胞和辅助性滤泡T细胞比例在高危组中明显降低,而M0型和M2型巨噬细胞比例在高危组中明显高于低危组。辅助性滤泡T细胞与ADH1B表达水平、VCAN表达水平和风险评分呈负相关。M2型巨噬细胞与VCAN表达水平和风险评分呈正相关。结论研究筛选出胃癌预后相关的5个GRGs构建的模型可作为评估胃癌患者预后的可靠工具,为胃癌提供潜在的糖酵解治疗靶点。

关键词：胃癌糖酵解差异表达基因 Cox回归预后指标诺莫图

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去亚甲基小檗碱的药理作用研究进展

中国药理学通报 2025年第1期41卷 7-12页

作者：李靖琪张琪陈雨桐仝永斌鲁澄宇广东医科大学药学院广东东莞523808

去亚甲基小檗碱(demethyleneberberine,DMB)是小檗碱在体内的主要代谢产物之一,其具有广泛的药理特性。大量研究表明其具有改善感染、抗炎、抗纤维化、抑制癌细胞、调节血脂等多种生物活性,而且在神经退行性疾病治疗领域有巨大潜力。该... 详细信息

去亚甲基小檗碱(demethyleneberberine,DMB)是小檗碱在体内的主要代谢产物之一,其具有广泛的药理特性。大量研究表明其具有改善感染、抗炎、抗纤维化、抑制癌细胞、调节血脂等多种生物活性,而且在神经退行性疾病治疗领域有巨大潜力。该文通过对DMB药理作用及其机制进行系统概述,以期为深入理解其药理作用及合理开发提供科学依据。

关键词：去亚甲基小檗碱药理作用抗感染抗炎肝保护神经保护

响应面法优化信号分子AI-2合成蛋白LuxS表达条件

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河南师范大学学报（自然科学版） 2025年第1期53卷 136-143,I0009页

作者：李祎韩朔王玉琪秦梦园吴晓敏河南师范大学生命科学学院河南新乡453007

群体感应是一种由自诱导物(autoinducers,AIs)介导的、细菌密度依赖的基因表达调控方式,已经被证实参与细菌多种生理功能的调控.信号分子AI-2介导的LuxS/AI-2型群体感应系统广泛存在于革兰氏阳性和阴性细菌,并备受关注.AI-2的合成依赖... 详细信息

群体感应是一种由自诱导物(autoinducers,AIs)介导的、细菌密度依赖的基因表达调控方式,已经被证实参与细菌多种生理功能的调控.信号分子AI-2介导的LuxS/AI-2型群体感应系统广泛存在于革兰氏阳性和阴性细菌,并备受关注.AI-2的合成依赖于S-核糖同型半胱氨酸酶(LuxS)的催化作用,而LuxS蛋白则是由luxS基因经过转录、翻译得到的.为了探索LuxS蛋白在表达菌株Escherichia coli BL21(DE3)中的最佳表达条件,从而获得较高产量且具有一定的生物活性的LuxS蛋白.首先对LuxS蛋白结构进行预测,确定*** BL21(DE3)作为表达菌株.其次,在单因素优化的基础上,进一步通过响应面法优化LuxS蛋白的表达条件.在菌液浓度OD 600为0.5、诱导温度为37℃、IPTG浓度为0.5 mmol/L、诱导时间为31 h条件下,获得LuxS蛋白的最高表达量.研究成功优化了LuxS蛋白在*** BL21(DE3)中的诱导表达条件,获得了具有生物活性的LuxS蛋白,并在后续的研究中成功合成了具有生物活性的信号分子AI-2,为体外合成AI-2奠定了基础.

关键词：群体感应 AI-2 LuxS蛋白原核表达条件优化

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小区播种机供种装置的技术研究现状及展望

农机化研究 2025年第2期47卷 262-268页

作者：叶岩吴泽全蔡晓华刘俊杰杨存志李源源赵丽平李尧黑龙江省农业机械工程科学研究院哈尔滨150081

供种装置是小区播种机的关键装置之一。为此,简述了国内外小区播种机配套的主要供种装置与技术研究现状。从供种装置的主要结构形式和供种方式出发,阐述了现有单漏斗式、中央锥斗式、弹匣式和新型弹匣式供种装置的工作原理、结构组成和... 详细信息

供种装置是小区播种机的关键装置之一。为此,简述了国内外小区播种机配套的主要供种装置与技术研究现状。从供种装置的主要结构形式和供种方式出发,阐述了现有单漏斗式、中央锥斗式、弹匣式和新型弹匣式供种装置的工作原理、结构组成和前沿技术研究进展。同时,分析了当前国内外供种装置的研发现状,列举国内外具有代表性的小区播种机供种装置的研究成果,并结合国内供种装置发展现状展望了国内小区播种机配套供种装置的未来发展方向,为企业及研究人员了解国内小区播种机供种装置的技术研究现状提供一定的参考。

关键词：小区播种机供种装置研究现状

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基于诗词文本分析的民国时期南岳衡山风景意象研究

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现代园艺 2025年第1期48卷 62-65页

作者：宋亚琪沈守云王薇薇中南林业科技大学风景园林学院湖南长沙410004 湖南省自然保护地风景资源大数据工程技术研究中心湖南长沙410004

南岳衡山是我国著名的国家级重点风景名胜区,不仅拥有独秀的自然风景,也是文明奥区、宗教圣地、抗战名山。研究衡山景观意象特征,有利于再现衡山民国时期景观风貌,更好地保护和弘扬历史文化古迹。以1912—1949年南岳衡山古诗词为研究对... 详细信息

南岳衡山是我国著名的国家级重点风景名胜区,不仅拥有独秀的自然风景,也是文明奥区、宗教圣地、抗战名山。研究衡山景观意象特征,有利于再现衡山民国时期景观风貌,更好地保护和弘扬历史文化古迹。以1912—1949年南岳衡山古诗词为研究对象,探究民国时期衡山的风景意象,共搜集到诗词文本379首,利用Python语言jieba分词、ROST CM6等相关软件进行文本词频统计、共线分析、情感分析等,感知大众心中衡山的景观形象,并进行数据可视化分析。通过分析可将衡山划分为梵音古刹、烟霞胜境、暮色山林、曲径通幽、云影飞瀑五大景观类型,祝融峰、天柱峰、上封寺、磨镜台是民国时期衡山核心景点;天景、生景等自然景观感知度高于人文景观;文本情感虽以积极为主,但消极情感仍占有一定比例;“高耸”“青翠”“幽深”“巍峨”是衡山主要特征。研究表明,秀美的自然山水与独具特色的人文景观是诗意形成的基础,受时代背景影响,文人多通过借景抒情的方式表达豪情壮志。基于古诗词的文本挖掘能够强化对民国时期衡山景观价值的提炼,为地域性景观的保护与延续提供参考。

关键词：风景意象南岳衡山民国诗词文本挖掘

永恒蛋白基因/周期蛋白基因介导多条通路在昼夜节律中的作用

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中国组织工程研究 2025年第20期29卷 4305-4315页

作者：王士杰文登台孙国琪王京峰高颖晖鲁东大学体育学院山东省烟台市264025

背景:昼夜节律与大多数哺乳动物及昆虫的生命活动息息相关。永恒蛋白基因作为编码永恒蛋白基因-周期蛋白基因复合物的关键成分在产生昼夜节律过程中起到十分关键的作用,但其在昼夜节律中的作用机制仍不清楚。目的:通过整理永恒蛋白基因... 详细信息

背景:昼夜节律与大多数哺乳动物及昆虫的生命活动息息相关。永恒蛋白基因作为编码永恒蛋白基因-周期蛋白基因复合物的关键成分在产生昼夜节律过程中起到十分关键的作用,但其在昼夜节律中的作用机制仍不清楚。目的:通过整理永恒蛋白基因、周期蛋白基因、昼夜节律、环境及隐花色素基因之间的关系,更加全面地认识昼夜循环的入核、积累机制及环境对昼夜节律的影响。方法:应用计算机在Web of Science核心合集、PubMed数据库及CNKI中进行检索,以“永恒蛋白基因,周期蛋白基因,昼夜节律,环境”为中文检索词,以“Timeless,Period,circadian rhythm,environment”为英文检索词,通过全文阅读逐步排除非相关文献,最终纳入126篇文献进行综述。结果与结论:在昼夜时钟中,昼夜自发输出周期蛋白kaput和CYCLE激活永恒蛋白基因/周期蛋白基因,永恒蛋白基因调控周期蛋白基因的入核机制及稳定性,而周期蛋白基因也可以通过一些机制单独入核。酪蛋白激酶2、Shaggy蛋白激酶及双倍时间基因都可以通过磷酸化永恒蛋白基因/周期蛋白基因的方式来调节昼夜节律,参与转录。隐花色素基因介导的永恒蛋白基因降解对转录的完整性有十分重要的作用。环境因素、膳食方式等外界因素均可以通过永恒蛋白基因/周期蛋白基因对昼夜节律产生影响,而限时进食可作为一种改善昼夜节律紊乱的有效方法。

关键词：昼夜节律永恒蛋白基因环境隐花色素周期蛋白基因工程化组织构建

压电型机械门控离子通道组件1在大鼠压力性损伤中的作用机制

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中国组织工程研究 2025年第8期29卷 1578-1584页

作者：孙家琪卞璐史文涛吴学潮鲁晓杰江南大学附属中心医院神经外科江苏省无锡市214026 无锡市神经外科研究所江苏省无锡市214026

背景:压力性损伤的发生机制复杂,哪些因素在其发生中起到核心作用,这些因素具体又是如何发生的尚不完全清楚。目的:探讨压电型机械门控离子通道组件1(piezo-type mechanosensitive ion channel component 1,PIEZO1)与压力性损伤发生的... 详细信息

背景:压力性损伤的发生机制复杂,哪些因素在其发生中起到核心作用,这些因素具体又是如何发生的尚不完全清楚。目的:探讨压电型机械门控离子通道组件1(piezo-type mechanosensitive ion channel component 1,PIEZO1)与压力性损伤发生的关系。方法:①细胞实验:采用不同浓度的PIEZO1激动剂Yoda1干预人永生化角质形成细胞(HaCaT),检测细胞活性、钙离子内流及PIEZO1、凋亡相关蛋白的表达。②动物实验:采用随机数字表法将12只SD大鼠随机分为4组,每组3只:对照组大鼠不进行任何处理,1,2,3 mm组分别采用厚度1,2,3 mm的磁铁在大鼠背部两侧压迫1 h,建立压力性损伤模型,造模后切除全部创面组织,分别进行苏木精-伊红、Masson、免疫荧光染色及Western blot检测。结果与结论:①细胞实验:活/死细胞染色结果显示,随着Yoda1浓度(0,2.5,5,10μmol/L)的升高,HaCaT细胞凋亡增加;随着Yoda1浓度(0,5,10μmol/L)的升高,HaCaT细胞钙离子内流增加,并且随着处理时间的延长,钙离子内流增多;Western blot检测结果显示,与对照组(0μmol/L Yoda1干预)比较,5,10μmol/L Yoda1干预可提升HaCaT细胞中BAX、TG2、PIEZO1蛋白的表达,降低Bcl-2蛋白的表达;②动物实验:苏木精-伊红与Masson染色结果显示,3个实验组压迫部位皮肤结构被破坏,皮下脂肪液化坏死,胶原蛋白稀疏且排列紊乱,并且随着磁铁厚度(压力)的增加,压迫部位皮肤组织结构破坏程度加重;免疫荧光染色与Western blot检测结果显示,与对照组比较,3个实验组大鼠BAX、TG2、Yap1与PIEZO1蛋白表达升高,Bcl-2蛋白表达降低,并且随着磁铁厚度(压力)的增加,相关蛋白表达值改变更加明显;③结果表明:皮肤受压会激活PIEZO1使钙离子大量内流,随着所受压力的不断增加,最终导致钙超载后的细胞凋亡。

关键词：压力性损伤压电型机械门控离子通道组件1 PIEZO1 钙超载 HaCaT细胞

碱性神经酰胺酶1在硫酸钠葡聚糖诱导小鼠溃疡性结肠炎中的保护作用

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实用医学杂志 2025年第1期 7-14页

作者：何榕茂方泽扬张芸芸吴友谅梁世秀王斯琪广州医科大学附属第一医院消化内科广州医科大学附属第一医院变态反应科

目的研究碱性神经酰胺酶1(Acer1)在溃疡性结肠炎（UC）的黏膜屏障和免疫调节中发挥的作用和影响。方法通过构建Acer1基因敲除鼠（Acer1 KO），利用硫酸钠葡聚糖（DSS）连续饮水7 d诱导构建UC模型，对比C57小鼠和Acer1 KO小鼠在UC疾病... 详细信息

目的研究碱性神经酰胺酶1(Acer1)在溃疡性结肠炎（UC）的黏膜屏障和免疫调节中发挥的作用和影响。方法通过构建Acer1基因敲除鼠（Acer1 KO），利用硫酸钠葡聚糖（DSS）连续饮水7 d诱导构建UC模型，对比C57小鼠和Acer1 KO小鼠在UC疾病中症状严重程度，利用RT-PCR和免疫组化检测肠黏膜屏障（ZO-1、Occludin、Claudin、JAMA）的表达水平，通过ELISA评估全身免疫反应水平（IL-1β、IL-6、IL-23、IL-17、IL-10和TNF-α的水平）以及RT-PCR评估肠道炎症浸润程度（TNF-α、IL-1β、IL-6、IL-17、IL-21等）。结果自由饮水中C57和Acer1 KO小鼠两组无明显差异；在DSS诱导的UC模型中，与C57小鼠相比Acer1 KO小鼠存活率下降，体质量下降明显，机械屏障和黏液屏障蛋白表达程度显著降低，肠上皮屏障损伤严重，炎症反应强烈，细胞因子浸润明显，结果差异有统计学意义（P <0.05）。结论 Acer1通过维持肠黏膜屏障完整性，防御内毒素抑制炎症浸润，在UC发生发展过程中具有延缓疾病进展的作用。

关键词：碱性神经酰胺酶1 溃疡性结肠炎机械屏障黏液屏障炎症损伤

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覃怀1号鲜地黄化学成分及其降糖活性研究

药学学报 2025年第01期 205-210页

作者：杨梦郝志友王小兰肖超远张俊阳周诗琪郑晓珂冯卫生河南中医药大学药学院河南省中药开发工程技术研究中心河南中医药大学中医科学院呼吸疾病中医药防治省部共建协同创新中心

采用硅胶、MCI gel CHP-20、ODS、Toyopearl HW-40C等柱色谱技术,并结合TLC和半制备液相等手段对覃怀1号鲜地黄70%丙酮提取物的乙酸乙酯部位进行分离纯化,得到8个单体化合物。运用现代波谱学技术(NMR、MS、UV、IR)鉴定化合物的结构,分... 详细信息

采用硅胶、MCI gel CHP-20、ODS、Toyopearl HW-40C等柱色谱技术,并结合TLC和半制备液相等手段对覃怀1号鲜地黄70%丙酮提取物的乙酸乙酯部位进行分离纯化,得到8个单体化合物。运用现代波谱学技术(NMR、MS、UV、IR)鉴定化合物的结构,分别鉴定为地黄新苷A (1)、osmanthuside B6 (2)、地黄苷(3)、异马蒂罗苷(4)、反式对羟基肉桂酸(5)、咖啡酸(6)、阿魏酸(7)、咖啡酸甲酯(8)。其中,化合物1为新苯乙醇苷,鉴定为地黄新苷A,化合物2为首次从地黄中分离得到。药理活性研究表明,化合物2、6和7可以显著增加相对葡萄糖消耗量,表现出潜在的降糖活性。

关键词：地黄地黄新苷A 苯乙醇苷苯丙素分离鉴定降糖活性