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基于DNA损伤应答的肝细胞癌预后基因筛选和预后模型构建

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右江民族医学院学报 2024年第1期46卷 24-31页

作者：曹骏张豪郭泽皓王小燕李康智莫之婧桂林医学院智能医学与生物技术学院广西桂林541199 广西高校生物化学与分子生物学重点实验室广西桂林541199

目的筛选差异表达的DDR相关基因(differential expressed-DNA damage response associated genes,DEDDR)构建肝细胞癌(HCC)预后模型。方法使用limma R软件包从TCGA-LIHC数据集中筛选HCC样本和正常样本之间的差异表达基因(DEGs),将其与276个DDR基因取交集获得差异表达DEDDR。通过单因素Cox分析和Lasso回归分析以确定DEDDR预后模型,ROC曲线评估模型的准确性。单因素、多因素Cox回归分析DEDDR预后模型风险评分是否为HCC的预后独立危险因素,并采用国际癌症基因组联盟(ICGC)中LIHC数据作为外部数据进行验证。最后对low-DEDDR组和high-DEDDR组进行GSEA和免疫浸润分析。结果1361个DEGs与276个DDR基因取交集获得25个DEDDR,Lasso回归分析得到4个DEDDR(TTK、NSMCE2、NUDT1、NEIL3)用于构建预后模型。low-DEDDR组比high-DEDDR组患者具有更高的生存率。ROC曲线显示该模型预测HCC患者1年、2年和3年生存率的AUC值分别为0.77、0.70和0.68;单因素和多因素Cox回归分析结果显示DEDDR预后模型风险评分是HCC患者的独立预后危险因素,且其AUC值高于其他临床病理特征,ICGC中LIHC数据进一步验证了该模型的准确性和临床适用性较好。GSEA分析显示high-DEDDR组主要富集细胞周期、细胞衰老、DNA复制等信号通路,此外high-DEDDR组中2型辅助性T细胞(Th2)丰度更高,而嗜酸性粒细胞丰度更低。结论DEDDR预后模型在预测HCC患者的预后方面具有较好的表现,可为评估HCC患者预后、识别高危患者提供参考。

关键词： DNA损伤肝肿瘤预后

基于蛋白互作网络分析SNRPB在肝癌发生中的作用

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基因组学与应用生物学 2019年第10期38卷 4673-4679页

作者：李康智王小燕莫之婧桂林医学院生物技术学院

本研究旨在探讨SNRPB影响肝细胞癌发生的分子机制及其与患者预后的关系。利用Oncomine数据库分析SNRPB基因在肝细胞癌中的表达水平,从GEO数据库GSE14520中筛选出与SNRPB共表达的基因,STRING构建蛋白互作网络,Cytoscape识别网络模块进行... 详细信息

本研究旨在探讨SNRPB影响肝细胞癌发生的分子机制及其与患者预后的关系。利用Oncomine数据库分析SNRPB基因在肝细胞癌中的表达水平,从GEO数据库GSE14520中筛选出与SNRPB共表达的基因,STRING构建蛋白互作网络,Cytoscape识别网络模块进行聚类分析,Kaplan-Meier法分析SNRPB基因表达与肝细胞癌预后的关系。Oncomine数据库中3个数据集均显示SNRPB在肝细胞癌组织中高表达,SNRPB共表达基因构建的蛋白互作网络中识别出3个网络模块,GO分析发现网络模块中涉及基因主要参与有丝分裂细胞周期和G1/S有丝分裂细胞周期的转变等生物过程,KEGG分析发现网络模块中涉及基因主要参与细胞周期和DNA复制等信号通路,此外肝细胞癌中SNRPB基因表达水平与患者预后相关。上述结果表明,SNRPB可能通过调控细胞周期信号通路影响肝细胞癌的发生,可以作为一个候选的肝细胞癌临床预后标志物和潜在的治疗靶点。

关键词：肝细胞癌小核糖核蛋白相关蛋白B 蛋白互作网络细胞周期

基于基因表达谱分析的乙肝阳性转移性肝细胞癌的分子机制分析

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基因组学与应用生物学 2017年第4期36卷 1272-1279页

作者：莫之婧李康智马义丽苏何玲桂林医学院生物化学与分子生物学教研室桂林541100

本研究旨在筛选与乙肝阳性转移性肝细胞癌相关的基因并揭示其潜在的分子机制。利用GEO数据库中GSE364数据集,筛选在肝内扩散转移组和门静脉癌栓转移组都差异表达的基因,DAVID对差异表达基因进行GO与信号通路富集分析,并用STRING和Cytosc... 详细信息

本研究旨在筛选与乙肝阳性转移性肝细胞癌相关的基因并揭示其潜在的分子机制。利用GEO数据库中GSE364数据集,筛选在肝内扩散转移组和门静脉癌栓转移组都差异表达的基因,DAVID对差异表达基因进行GO与信号通路富集分析,并用STRING和Cytoscape构建蛋白互作网络,随后用mi Rwalk 2.0筛选可能参与肝细胞癌转移的miRNAs,构建miRNA-枢纽基因调控网络。之后使用Smoami R DB 2.0和c Bio Portal分析枢纽基因突变与circRNA和肝细胞癌预后的关系。我们获得在肝内扩散转移组和门静脉癌栓转移组都差异表达的基因701个,富集分析发现这些基因主要涉及血管生成和血管内皮生长因子信号转导等信号通路。从构建的蛋白互作网络中获得参与蛋白互作模式1的15个枢纽基因,GO分析发现其主要参与RNA加工、代谢、剪接等生物过程。构建的miRNA-枢纽基因调控网络中有4个miRNA参与两个枢纽基因的调控,此外肝细胞癌中SRSF1基因有突变并可转录为hsa_circ_0044757,SNRNP200基因突变与患者预后相关。本研究发现的差异表达基因和枢纽基因,有助于我们认识乙肝相关性肝细胞癌转移的分子机制,并可作为新的用于诊断和预后判断的分子标志物。

关键词：转移性肝细胞癌差异基因表达信号通路蛋白互作网络 mi RNA

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对粮食风险基金的思考

商业会计 2007年第18期 39-40页

作者：李康智山西省晋城市粮食局

粮食风险基金是从上世纪90年代开始,国家为促进粮食生产稳定增长,维护粮食正常流通秩序,时粮食经济实施宏观调控设立的专项基金,它主要是通过利益再分配方式,保证保护价收购制度和粮食储备制度的有效运作与落实,最终实现粮食安全和粮食... 详细信息

粮食风险基金是从上世纪90年代开始,国家为促进粮食生产稳定增长,维护粮食正常流通秩序,时粮食经济实施宏观调控设立的专项基金,它主要是通过利益再分配方式,保证保护价收购制度和粮食储备制度的有效运作与落实,最终实现粮食安全和粮食市场稳定两大目标。几年来的实践证明,粮食风险基金的建立取得了很大的成效。

关键词：粮食农民种粮劳动者创业基金风险基金储备粮

以LPAR3为中心的2型糖尿病相关基因功能富集及蛋白互作分析

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基因组学与应用生物学 2016年第11期35卷 2890-2896页

作者：莫之婧马义丽李康智刘永明桂林医学院生物化学与分子生物学教研室桂林541100

本研究目的是查找与2型糖尿病相关的潜在基因及其参与的生物过程、信号通路和蛋白互作网络。利用GEO数据库中GSE20966数据集,采用GENE-E平台,筛选出与LPAR3共表达的基因,结合生物信息学工具GOC、DAVID、COREMINE、Gene Mania对共表达基... 详细信息

本研究目的是查找与2型糖尿病相关的潜在基因及其参与的生物过程、信号通路和蛋白互作网络。利用GEO数据库中GSE20966数据集,采用GENE-E平台,筛选出与LPAR3共表达的基因,结合生物信息学工具GOC、DAVID、COREMINE、Gene Mania对共表达基因进行基因功能富集分析、文本挖掘及蛋白互作分析。我们筛选出LPAR3在2型糖尿病患者胰腺β细胞中表达值显著低于正常对照组,其共表达基因603个,主要涉及代谢过程、信号调控等生物过程和Hippo信号通路。共表达相关系数高的8个基因与2型糖尿病相关,且均与肿瘤相关,涉及代谢过程、信号转导、发病机理、细胞增殖、细胞粘附等生物过程。LPAR3与20个已报道的2型糖尿病基因存在互作关系。本研究发现LPAR3及其共表达基因可能与2型糖尿病相关,并可能增加患者罹患各系统肿瘤的风险。

关键词： LPAR3 2型糖尿病生物信息学数据库

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对粮食风险基金的思考

商业会计（下半月） 2007年第9期 39-40页

作者：李康智山西省晋城市粮食局

关键词：粮食风险基金粮食储备制度 90年代稳定增长粮食生产流通秩序专项基金宏观调控

“生物医学+创新创业”相融合的探索与实践--以开展生物医学科教营为例

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科技视界 2023年第7期 83-86页

作者：李康智莫之婧广西桂林市临桂区桂林医学院广西桂林541199

基于双创教育与生物医学专业教育融合的视角,结合生物医学专业特征,基于学生受益于创新创业教育以及助力应用型人才培养的目标,构建了"生物医学科教营"教育模式,将"生物医学+创新创业"相融合。其主讲团队在科教营项目中培养能够结合应... 详细信息

基于双创教育与生物医学专业教育融合的视角,结合生物医学专业特征,基于学生受益于创新创业教育以及助力应用型人才培养的目标,构建了"生物医学科教营"教育模式,将"生物医学+创新创业"相融合。其主讲团队在科教营项目中培养能够结合应用基本理论知识攻克具体难题,把科学结论转换为具体的项目方法,或转化至公益科普项目方面的技能。参营者也能通过科教营活动接触生物医学知识,提升实践能力和培养科学思维方式。

关键词：生物医学创新创业生物医学科教营

高校医药生物技术实验室安全教育现状调查及改进对策

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广东化工 2021年第7期48卷 225-226页

作者：李康智莫之婧桂林医学院生物技术学院广西桂林541004

该文采取问卷星网上调查方式,在一定范围内了解医药生物技术实验室生物安全教育存在的问题。根据现实情况,提出了八点建议:内容涵盖制度、课程及培训设置、安全检查、安全投入等等,对生物安全课程体系构建、医药生物技术实验室长治久安... 详细信息

该文采取问卷星网上调查方式,在一定范围内了解医药生物技术实验室生物安全教育存在的问题。根据现实情况,提出了八点建议:内容涵盖制度、课程及培训设置、安全检查、安全投入等等,对生物安全课程体系构建、医药生物技术实验室长治久安等都具有长远积极的意义。

关键词：生物安全管理教育

医学院校生物技术专业虚拟仿真平台与生物安全教育教学结合研究

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科技风 2022年第34期 107-110页

作者：李康智王凛桂林医学院智能医学与生物技术学院广西桂林541004

该文根据医学院校生物技术专业虚拟仿真项目现状,提出生物安全教育的必要性和紧迫性,认为两者结合对于安全教育有一定优化作用。根据学校目前条件,给出了以下一些建议:教师可以在课前通过网络训练平台上传与实验的相关课程资源;老师在... 详细信息

该文根据医学院校生物技术专业虚拟仿真项目现状,提出生物安全教育的必要性和紧迫性,认为两者结合对于安全教育有一定优化作用。根据学校目前条件,给出了以下一些建议:教师可以在课前通过网络训练平台上传与实验的相关课程资源;老师在课堂上根据学生上课前所查阅有关资料的具体情况,在交代了实验条件和目的后,有针对性地介绍了虚拟实验中所包含的实验技术原理和操作步骤;学生通过PC版软件或计算机客户端直接登录操作系统,完成实践练习;学生在进行实践训练和课堂交流之后,也要进行实验报告,并解答课前的引导问题。

关键词：生物安全虚拟仿真生物技术

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