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基于特征信息融合预测Anti-CRISPR蛋白

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内蒙古大学学报（自然科学版） 2024年第3期55卷 281-291页

作者：张迪萌李凤敏内蒙古农业大学理学院呼和浩特010018

CRISPR-Cas系统是一种存在于细菌和古细菌中的获得性免疫系统,作为基因编辑工具在癌症治疗等方面被广泛研究,但CRISPR-Cas基因编辑技术存在基因脱靶效应。研究发现,Anti-CRISPR蛋白是一种可以调节CRISPR-Cas系统功能的蛋白质,在不破坏... 详细信息

CRISPR-Cas系统是一种存在于细菌和古细菌中的获得性免疫系统,作为基因编辑工具在癌症治疗等方面被广泛研究,但CRISPR-Cas基因编辑技术存在基因脱靶效应。研究发现,Anti-CRISPR蛋白是一种可以调节CRISPR-Cas系统功能的蛋白质,在不破坏靶向基因编辑的情况下,可以减少脱靶效应等不良影响,从而提高基因编辑技术的效率和安全性。因此,研究Anti-CRISPR蛋白对于理解CRISPR-Cas系统的功能和细菌-病毒相互作用具有重要意义。本文构建了Anti-CRISPR蛋白数据集,提取氨基酸组分、氨基酸二肽组分、g-gap二肽组成、蛋白质二级结构、平均化学位移和蛋白质骨架6种特征参数,利用支持向量机对Anti-CRISPRs蛋白进行预测,在Jackknife检验下,单特征参数最高预测成功率为93.50%;对维度过高的氨基酸二肽组分和g-gap二肽组成分别进行降维处理,得到g-gap二肽组成在g=3、维数是121维时预测成功率最高,为95.10%,进一步研究发现有16种g-gap二肽组合对应11种氨基酸与Anti-CRISPR蛋白预测相关度较大;最后对特征参数进行融合,融合后最高预测成功率为96.07%。

关键词： Anti-CRISPR蛋白特征信息降维预测

玉米根际多功能促生菌的筛选及其对冬小麦-夏玉米轮作体系产量提升效果

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生物技术通报 2024年第1期40卷 231-242页

作者：常泸尹王中华李凤敏高梓源张辉红王祎李芳韩燕来姜瑛河南农业大学资源与环境学院郑州450046

【目的】黄淮海平原小麦玉米生产区主要实行冬小麦-夏玉米轮作种植模式。砂质潮土是广泛分布于黄淮海地区的土壤,属性和衍生障碍较多,包括结构性较差、蓄水保肥能力较弱等。为了提高肥料利用率、改善土壤肥力,综合实现作物产量提升和品... 详细信息

【目的】黄淮海平原小麦玉米生产区主要实行冬小麦-夏玉米轮作种植模式。砂质潮土是广泛分布于黄淮海地区的土壤,属性和衍生障碍较多,包括结构性较差、蓄水保肥能力较弱等。为了提高肥料利用率、改善土壤肥力,综合实现作物产量提升和品质优化,筛选了一株多功能促生菌,并在该轮作体系验证其广谱促生效应。【方法】从玉米根际砂质潮土中筛选多功能促生菌,测定其产吲哚乙酸(IAA)、溶有机磷、解钾能力。通过形态学、生理生化及16SrDNA序列分析方法对其种属进行鉴定。摇瓶条件下探究其产IAA的最适条件,通过玉米盆栽验证其促生能力,通过冬小麦-夏玉米大田试验验证其在轮作体系中的广谱性增产效果。【结果】(1)试验筛选得到一株命名为YM3的多功能根际促生菌枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis),其产IAA能力达到59.21 mg/L、解有机磷能力达到0.72 mg/L、解钾能力达到18.56 mg/L。当装液量为25 mL/250 mL,pH 6-8范围内,分别以麦芽糖、蛋白胨为碳、氮源时,YM3产IAA能力最佳。(2)玉米盆栽试验结果可见,与接种灭活菌相比,接种YM3菌水剂的土壤IAA、速效磷、速效钾含量分别显著提高75.00%、48.66%、20.00%。玉米幼苗的根长、根表面积、根体积、根尖数、根分枝数分别显著增加67.95%、59.21%、51.13%、71.34%、92.06%。玉米植株的鲜重、株高、相对叶绿素含量、全氮、全磷、全钾分别显著提高了39.86%、23.51%、18.27%、17.68%、52.26%和36.53%。(3)小麦玉米轮作大田试验结果表明,接种YM3菌剂的小麦大田土壤有效氮、速效磷、速效钾分别显著增加了9.08%、13.78%、16.66%,增产率达到42.18%。玉米大田土壤速效磷和速效钾含量分别显著增加了19.18%和15.95%,增产率达到13.22%。【结论】筛选得到的枯草芽孢杆菌YM3菌株兼具产IAA、溶有机磷、解钾功能,在黄淮海平原小麦玉米轮作体系土壤中适应性强,广谱性强,能够提升砂质潮土土壤肥力,提高冬小麦-夏玉米轮作体系的产量。

关键词：根际促生菌 IAA 溶磷解钾小麦玉米轮作产量

基于气象数据及体感温度的内蒙古赤峰油松人工林小气候分析

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安徽农业科学 2024年第1期52卷 125-132页

作者：张今奇崔晓慧李显玉穆喜云李凤敏李向晨杨旭亮赤峰市林业科学研究所内蒙古赤峰024005 内蒙古赤峰森林生态系统国家定位观测研究站内蒙古赤峰024000 赤峰市防灾减灾中心内蒙古赤峰024000

为揭示油松人工林小气候效应,以赤峰森林生态站南山生态园油松人工林为研究对象,采用定位观测获取2019-2021年林内温度、露点、相对湿度、风速及风速总量5个气象因子,通过对比风寒指数、热指数、体感温度3项指标及相关性分析,探究该研... 详细信息

为揭示油松人工林小气候效应,以赤峰森林生态站南山生态园油松人工林为研究对象,采用定位观测获取2019-2021年林内温度、露点、相对湿度、风速及风速总量5个气象因子,通过对比风寒指数、热指数、体感温度3项指标及相关性分析,探究该研究区油松人工林小气候变化特征。结果表明:2019-2021年油松人工林内夏季温度降低,秋季温度回暖,2021年夏季温度均较2019、2020年有所下降,相较于2019年整体下降了2.14℃,秋季温度均较2019、2020年有所升高,相较于2019年升高了4.99℃;林内相对湿度增加,富含大量水汽,空气湿润,露点均较2019、2020年有所升高,夏季相较于2019年升高了0.15℃,秋季升高了8.69℃,相对湿度变化与露点一致,夏季整体升高10%,秋季整体升高17.48%;林内风速减小,风速及总量均较2019、2020年有所下降,夏季风速相较于2019年整体降低了0.02 m/s,风速总量减少了0.11 m/s,秋季风速降低了0.06 m/s,风速总量减少了0.23 m/s。

关键词：油松人工林小气候气象因子体感温度相关分析赤峰

合金元素及热处理对新型槽帮钢组织与性能的影响

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金属热处理 2023年第4期48卷 148-154页

作者：徐海峰李海李凤敏付胜敏明科宇郁言中煤张家口煤矿机械有限责任公司河北张家口075025 钢铁研究总院有限公司特殊钢研究院北京100081 河北省高端智能矿山装备技术创新中心河北张家口075025

通过Cr、Mo等合金化设计出新型槽帮铸钢,利用扫描电镜、拉伸、冲击试验机及布氏硬度计等研究了新型槽帮钢在不同热处理条件下的组织与性能变化。结果表明,添加Cr、Mo等合金元素提高了钢的淬透性和回火稳定性,细化组织并促进碳化物析出,... 详细信息

通过Cr、Mo等合金化设计出新型槽帮铸钢,利用扫描电镜、拉伸、冲击试验机及布氏硬度计等研究了新型槽帮钢在不同热处理条件下的组织与性能变化。结果表明,添加Cr、Mo等合金元素提高了钢的淬透性和回火稳定性,细化组织并促进碳化物析出,热处理后钢的强度、硬度、塑性和韧性得到明显改善。ZG-1试验钢经900、920℃淬火、500℃回火时抗拉强度为999~1002 MPa,屈服强度931~933 MPa,断后伸长率15.0%~14.0%,室温硬度296~298 HBW,冲击吸收能量61.0~63.0 J;ZG-2试验钢920℃淬火、500~520℃回火时强韧性更优异,抗拉强度1039~1011 MPa,屈服强度981~947 MPa,断后伸长率15.0%~15.3%,室温硬度305~298 HBW,冲击吸收能量64.5~67.5 J,可以满足刮板输送机中部槽材料的性能要求。

关键词：槽帮钢合金元素热处理微观组织力学性能

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新型槽帮钢的连续冷却转变曲线及微观组织

金属热处理 2023年第6期48卷 191-196页

采用膨胀仪、光学显微镜和维氏硬度计研究新型槽帮钢的连续冷却转变行为,获得连续冷却转变(CCT)曲线。结果表明,CCT曲线存在高温铁素体-珠光体转变区、中温贝氏体转变区和低温马氏体转变区。随着冷却速度的增大,室温硬度不断提高,微观... 详细信息

采用膨胀仪、光学显微镜和维氏硬度计研究新型槽帮钢的连续冷却转变行为,获得连续冷却转变(CCT)曲线。结果表明,CCT曲线存在高温铁素体-珠光体转变区、中温贝氏体转变区和低温马氏体转变区。随着冷却速度的增大,室温硬度不断提高,微观组织由铁素体-珠光体向贝氏体和马氏体过渡,最终形成单一马氏体组织。在实测冷却曲线中,当冷却速度小于0.14℃/s时,组织主要为高温铁素体-珠光体转变区;当冷却速度为0.14~0.81℃/s时主要为高温、中温复合转变区,室温组织主要为铁素体、珠光体和贝氏体;当冷却速度为0.81~1.62℃/s时为高温、中温和低温复合转变区,室温组织为铁素体、珠光体、贝氏体和马氏体;当冷却速度为4.05℃/s时为中温、低温两相转变区,高温转变区消失,室温组织为贝氏体和马氏体;当冷却速度高于8.10℃/s时,为马氏体单相转变区。随着冷却速度由0.06℃/s提高到40.5℃/s,微观组织由铁素体-珠光体过渡为贝氏体-马氏体,直至单相马氏体组织,其室温显微硬度由195 HV5(冷速为0.06℃/s)增大到515 HV5(冷速为40.5℃/s)。

关键词：槽帮钢连续冷却转变微观组织显微硬度 CCT曲线

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基于支持向量机预测C2H2型锌指蛋白

生物信息学 2023年

作者：刘哲李凤敏内蒙古农业大学理学院

转录作为遗传信息传递的第一步，会受到多种转录因子的调控。转录因子（Transcription Factors， TF），是指能够在基因上游的特异核苷酸位点结合从而影响转录过程的蛋白质因子。锌指蛋白是数量最多的一类转录因子。由于锌指基序大多是... 详细信息

转录作为遗传信息传递的第一步，会受到多种转录因子的调控。转录因子（Transcription Factors， TF），是指能够在基因上游的特异核苷酸位点结合从而影响转录过程的蛋白质因子。锌指蛋白是数量最多的一类转录因子。由于锌指基序大多是不相同的，表明它们很可能结合不同的位点，行使多样化的调控功能。C2H2型锌指蛋白是数量最多的一类锌指蛋白。本文构建C2H2型锌指蛋白数据集，提取了氨基酸单肽组分信息、平均化学位移、氨基酸二肽组分信息三类特征信息，利用支持向量机算法对锌指蛋白进行预测，在Jackknife检验下最高预测成功率为87.86%。之后对氨基酸二肽组分信息特征参数进行不同方式的降维处理，降维后最高预测成功率为90.21%。最后对三类特征信息进行融合，融合特征后最高预测成功率为92.55%。对锌指蛋白进行预测，有助于更加深入的了解锌指蛋白的结构、功能和调控机理。

关键词：转录因子锌指蛋白特征信息预测

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瘀血痹片治疗痛风性关节炎的研究进展

内蒙古中医药 2023年第5期42卷 163-165页

作者：李凤敏天津市津南医院天津300350

痛风性关节炎治疗应以清热利湿、消肿止痛为主要方向。瘀血痹片具有活血化瘀、通络定痛等功效,能有效缓解患处疼痛,对痛风性关节炎治疗后的关节功能康复十分关键。对此,本文从瘀血痹片治疗痛风性关节炎对关节功能的影响、对血清炎性因... 详细信息

痛风性关节炎治疗应以清热利湿、消肿止痛为主要方向。瘀血痹片具有活血化瘀、通络定痛等功效,能有效缓解患处疼痛,对痛风性关节炎治疗后的关节功能康复十分关键。对此,本文从瘀血痹片治疗痛风性关节炎对关节功能的影响、对血清炎性因子的影响、对疼痛缓解时间的影响以及与其他方式联合治疗四个方面进行分析。

关键词：瘀血痹片痛风性关节炎关节功能

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某高速公路滑坡形成原因及稳定性分析

土工基础 2022年第4期36卷 518-522页

作者：李凤敏武汉恒顺通勘察设计有限公司武汉430050

贵州省发育较多软硬互层岩质边坡,受岩性差异影响,软硬互层边坡差异风化明显,加上构造条件复杂等因素,在软岩区域易形成软弱结构面,从而造成崩塌或滑坡。贵州省遵义市某高速公路H匝道HK0+200~HK0+300段在开挖施工过程中发生滑坡,通过地... 详细信息

贵州省发育较多软硬互层岩质边坡,受岩性差异影响,软硬互层边坡差异风化明显,加上构造条件复杂等因素,在软岩区域易形成软弱结构面,从而造成崩塌或滑坡。贵州省遵义市某高速公路H匝道HK0+200~HK0+300段在开挖施工过程中发生滑坡,通过地质调绘和勘探,发现该滑坡发生的一个主要原因是泥灰岩与页岩软硬互层,长时间的降雨入渗致页岩软化形成一个软弱面,该软弱面就成了滑坡的滑动面。确定滑坡的形态和性质以及滑坡的范围后,采用了传递系数法建立地质模型,分别计算天然状态下、饱和状态下的滑坡稳定性安全系数以及滑坡推力,为滑坡治理提供了依据。

关键词：公路高边坡滑坡形成原因稳定性分析

NaAsO_(2)染毒HaCaT细胞中丝氨酸合成途径关键酶的表达及其作用

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环境与职业医学 2022年第5期39卷 545-549页

作者：李凤敏韩进美黄红茜王娜张爱华韩雪贵州医科大学公共卫生与健康学院/环境污染与疾病监控教育部重点实验室贵州贵阳550025

[背景]丝氨酸合成途径(SSP)关键酶在肿瘤的生长、增殖、侵袭中发挥重要作用,但其在砷致癌中的作用尚不明确。[目的]以人永生化皮肤角质形成细胞(HaCaT细胞)和NaAsO_(2)所致恶性转化HaCaT(T-HaCaT)细胞为研究对象,观察NaAsO_(2)染毒对SS... 详细信息

[背景]丝氨酸合成途径(SSP)关键酶在肿瘤的生长、增殖、侵袭中发挥重要作用,但其在砷致癌中的作用尚不明确。[目的]以人永生化皮肤角质形成细胞(HaCaT细胞)和NaAsO_(2)所致恶性转化HaCaT(T-HaCaT)细胞为研究对象,观察NaAsO_(2)染毒对SSP关键酶[如磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、磷酸丝氨酸转氨酶1(PSAT1)和磷酸丝氨酸磷酸酶(PSPH)]表达及对细胞增殖、迁移能力的影响,探讨SSP关键酶在砷致癌中的作用。[方法](1)取课题组前期构建的T-HaCaT细胞,实验分组为传代对照(0μmol·L^(-1)NaAsO_(2))组、THaCaT(0.5μmol·L^(-1)NaAsO_(2))组、NCT503(PHGDH抑制剂,25μmol·L^(-1)组、NCT503(25μmol·L^(-1)+T-HaCaT(0.5μmol·L^(-1)NaAsO_(2))组。Western blotting法检测传代对照组和T-HaCaT组细胞的SSP关键酶蛋白表达水平,CCK8法和细胞划痕试验分别检测各组细胞的增殖率和迁移率。(2)取生长良好的对数生长期HaCaT细胞,以0、0.625、1.25和2.5μmol·L^(-1)NaAsO_(2)染毒细胞0、24、48和72 h,检测细胞增殖率和SSP关键酶的蛋白表达水平。后续实验给予HaCaT细胞25μmol·L^(-1)NCT503预处理6 h后,用2.5μmol·L^(-1)NaAsO_(2)继续染毒72 h,实验分组为对照(0μmol·L^(-1)NaAsO_(2))组、染毒(2.5μmol·L^(-1)NaAsO_(2))组、预处理组(25μmol·L^(-1)NCT503)、预处理(25μmol·L^(-1)NCT503)+染毒(2.5μmol·L^(-1)NaAsO_(2))组,检测各组细胞的增殖率。[结果] T-HaCaT组细胞中PHGDH的蛋白表达水平是传代对照组的1.60倍(P <0.05),其增殖率(177.51%±14.69%)和迁移率(53.85%±0.94%)高于传代对照组[(100.00%±0.00%)、(24.30%±2.26%)](均P <0.05)。NCT503干预后,NCT503+T-Ha CaT组细胞的增殖率(144.97%±8.08%)和迁移率(35.80%±0.99%)较T-HaCaT组细胞降低(均P <0.05)。NaAsO_(2)染毒72 h后HaCaT细胞的增殖率随染毒浓度的增加而增加(r=0.862,P <0.05),与此一致,各染毒组HaCaT细胞中SSP关键酶的蛋白水平均较对照组表达增加(均P <0.05)。2.5μmol·L^(-1)NaAsO_(2)染毒后的HaCaT细胞增殖率随染毒时间的延长而增加(r=0.775,P <0.05),与细胞中PHGDH蛋白表达水平的变化一致。NCT503干预后,预处理+染毒组细胞增殖率低于染毒组细胞(P <0.05)。[结论] SSP关键酶可能在NaAsO_(2)所致的T-HaCaT细胞增殖中扮演重要的角色。

关键词：磷酸甘油酸脱氢酶磷酸丝氨酸氨基转移酶磷酸丝氨酸磷酸酶亚砷酸钠 HaCaT细胞 NaAsO_(2)所致的恶性转化HaCaT细胞