检索结果-南通市图书馆

玉米性别决定基因TASSELSEED2及其同源基因的分子进化特征

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应用与环境生物学报 2014年第2期20卷 198-203页

作者：李书粉刘方胡利宗邓传良高武军卢龙斗河南师范大学生命科学学院新乡453007

TS2是最早在玉米中发现的性别决定基因,但是在其他的单性花或者两性花的被子植物中其同源基因是否也与花的性别形成有关以及其进化特征仍不清楚.以玉米性别决定基因TASSELSEED2(TS2)为检索序列,通过BLAST搜索得到21个测序植物物种的27个... 详细信息

TS2是最早在玉米中发现的性别决定基因,但是在其他的单性花或者两性花的被子植物中其同源基因是否也与花的性别形成有关以及其进化特征仍不清楚.以玉米性别决定基因TASSELSEED2(TS2)为检索序列,通过BLAST搜索得到21个测序植物物种的27个TS2同源基因,并利用生物信息学和比较基因组学方法详细分析了这些TS2基因的序列特征、进化关系及选择压力.结果表明,植物TS2基因具有3种基因结构类型、2种典型的功能结构域和7种保守基序组织模式,且单性花和两性花植物间并没有表现出特异性.系统进化树显示,以江南卷柏TS2蛋白为系统树基部,除了PtrTS2b、SlaTS2、CsaTS2和CpaTS2这4种单性花的TS2蛋白外,剩余22个植物TS2蛋白被划分为4个亚群.值得注意的是,除杨树外,其余4种单性花植物的TS2基因距离较远,均单独为一分支.进一步对4个亚群的选择位点分析发现,这些亚群共包含出24个正选择位点(P>0.05),说明各亚群TS2基因均受控于纯净选择或松弛的纯净选择.由上述结果可知,TS2基因在进化过程中发生了多次重复和基因扩增事件,而多次独立的重复或者基因扩增事件导致TS2基因失去了对性别的决定或者调控作用.

关键词：植物 TS2同源基因性别决定分子进化

新乡市获嘉县传统耕作区农田土壤微生物群落结构和多样性研究

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河南师范大学学报（自然科学版） 2019年第1期47卷 112-117页

作者：张昆苏婷李书粉高武军邵云河南师范大学生命科学学院河南新乡453007

新乡地区是河南省重要的粮食产区,其农田土壤微生物的群落结构和多样性目前仍不清楚.以新乡市获嘉县长期免耕和传统耕作的农田土壤为材料,测定其土壤理化特征,并且采用高通量测序技术分析其土壤微生物的群落特征.结果显示,该区域农田土... 详细信息

新乡地区是河南省重要的粮食产区,其农田土壤微生物的群落结构和多样性目前仍不清楚.以新乡市获嘉县长期免耕和传统耕作的农田土壤为材料,测定其土壤理化特征,并且采用高通量测序技术分析其土壤微生物的群落特征.结果显示,该区域农田土壤的基本理化性质为:含水量9.37%～13.39%,pH值8.55～8.65,全氮和全磷质量分数分别为0.91～0.96mg/g和4.06～5.34mg/g.土壤中优势细菌菌群为变形菌门(～30%)、浮霉菌门(～20%)、酸杆菌门(～16%)和放线菌门(～8%),优势真菌菌群为子囊菌门的粪壳菌纲(～50%)、散囊菌纲(3%～10%)和座囊菌纲(～10%).免耕处理的土壤微生物丰富度和多样性要高于常规耕作的土壤微生物,而且轮作处理的土壤微生物数量要高于同等条件下单一种植模式的对照处理.本研究有助于了解该地区不同种植模式下的土壤微生物群落结构,可为进一步改良土壤和防治土传病害提供理论依据.

关键词：新乡地区农田土壤土壤微生物群落

植物抵御非生物胁迫的内源性保护物质及其作用机制

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植物生理学通讯 2006年第2期42卷 337-342页

作者：高武军李书粉常生辉李锁平河南师范大学生命科学学院河南大学生命科学学院河南开封475001 河南大学生命科学学院

对几种主要的抵御非生物胁迫危害的内源性保护物质,包括热休克蛋白、LEA蛋白、脯氨酸、甜菜碱、多胺和糖类物质的作用及其机制作了介绍。

关键词：植物非生物胁迫内源性保护物质

哺乳动物抗凝血酶基因的分子特征、微共线性与适应性进化

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生物技术通报 2012年第3期28卷 104-110页

作者：张国俊胡利宗李书粉宋向凤新乡医学院新乡453003

抗凝血酶(AT)是哺乳动物体内重要的天然抗凝血因子之一,它隶属于丝氨酸蛋白酶抑制物家族,主要参与并调节复杂的血凝过程。基于比较基因组学手段,共挖掘出17个哺乳动物抗凝血酶基因(AT),并剖析了它们的基因结构、微共线性、保守基序、功... 详细信息

抗凝血酶(AT)是哺乳动物体内重要的天然抗凝血因子之一,它隶属于丝氨酸蛋白酶抑制物家族,主要参与并调节复杂的血凝过程。基于比较基因组学手段,共挖掘出17个哺乳动物抗凝血酶基因(AT),并剖析了它们的基因结构、微共线性、保守基序、功能结构域、以及系统进化关系。基因结构与微共线分析表明,哺乳动物AT基因具有5-12个外显子,大多数是7个外显子;不同物种AT基因所处区段之间具有较好的共线性。哺乳动物AT蛋白特征分析显示,SERPIN功能结构域与保守基序1、2、3、4、5、8和9存在相互重叠的部分。AT基因进化树揭示基因进化和通常认为的物种进化几乎一致。同时,利用PAML中Codeml的位点特异模型在AT基因中发掘了1个正选择位点328D。

关键词：哺乳动物抗凝血酶微共线性保守基序进化

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20个红花品种资源的ISSR分析

河南师范大学学报（自然科学版） 2014年第2期42卷 114-118页

作者：高武军刘方高琳琳李书粉邓传良卢龙斗河南师范大学生命科学学院河南新乡453007

目的：利用ISSR标记技术分析国内20个主要红花品种遗传多样性，为红花种质资源选育提供参考资料．方法：选用ISSR分子标记法对不同地理区域的20个红花品种基因组DNA进行PCR扩增．结果：20个ISSR引物共产生382条扩增带，其中多态性带366... 详细信息

目的：利用ISSR标记技术分析国内20个主要红花品种遗传多样性，为红花种质资源选育提供参考资料．方法：选用ISSR分子标记法对不同地理区域的20个红花品种基因组DNA进行PCR扩增．结果：20个ISSR引物共产生382条扩增带，其中多态性带366条，多态性条带比例为95．42％．10个品种间的遗传相似系数分布在0．6152～0．7906之间，说明不同红花品种间遗传多样性较为丰富．聚类分析结果表明，利用ISSR技术可将来自不同地区的20个红花品种分为5个主要类群．其中，杞县刺红花单独为一类群．其余四个类群均未表现出品种遗传多样性与地理分布的相关性．

关键词：红花 ISSR 遗传多样性

石刁柏核质体DNA的生物信息学分析及染色体定位

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植物学报 2019年第3期54卷 328-334页

作者：程广前贾克利李娜邓传良李书粉高武军河南师范大学生命科学学院新乡453007 新乡医学院三全学院新乡453003

在植物基因组中,叶绿体DNA(cpDNA)序列可以向核基因组转移成为核质体DNA(NUPT)。NUPTs在植物染色体(包括性染色体)的演化过程中具有重要作用,但目前相关研究比较缺乏。以雌雄异株植物石刁柏(Asparagus officinalis)为材料,采用生物信息... 详细信息

在植物基因组中,叶绿体DNA(cpDNA)序列可以向核基因组转移成为核质体DNA(NUPT)。NUPTs在植物染色体(包括性染色体)的演化过程中具有重要作用,但目前相关研究比较缺乏。以雌雄异株植物石刁柏(Asparagus officinalis)为材料,采用生物信息学方法对其核基因组NUPTs进行注释及分析,并选取叶绿体基因组反向重复区(IR)2个片段进行染色体定位。结果表明,石刁柏核基因组中有2239个NUPTs序列的插入,总长度为565970bp,占核基因组的0.047%。不同染色体上插入的NUPTs数量存在较大差异,Y染色体上的NUPTs数量、密度及总长度均高于其它染色体,表明NUPTs在石刁柏性(Y)染色体上累积的更多。石刁柏叶绿体基因组中的IR区、大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)序列均能够向核基因组转移,但IR区序列转移频率更高。此外,对2个IR区的叶绿体序列进行荧光原位杂交,其中AocpIR1主要分布在所有染色体的着丝粒部位,而AocpIR2特异性分布在Y染色体上。研究结果为深入揭示石刁柏基因组的结构及其性染色体的演化奠定了坚实的基础。

关键词：石刁柏生物信息学分析核质体DNA NUPTs 性染色体

石刁柏雄性连锁的AFLP及SCAR标记的建立

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河南师范大学学报（自然科学版） 2014年第1期42卷 115-119页

作者：李书粉王聪慧徐嘉铭高武军邓传良卢龙斗河南师范大学生命科学学院河南新乡453007 吉林大学电子科学与工程学院长春130012

目的:对石刁柏雌雄株基因组差异进行分析,筛选雄性或雌性连锁的分子标记.方法:利用限制性片段长度多态性技术,设计了多个引物组合,分别对石刁柏雌雄株基因组进行扩增.结果:在使用的72个引物组合中,引物组合E-AAG+M-CAT从雄性基因组中扩... 详细信息

目的:对石刁柏雌雄株基因组差异进行分析,筛选雄性或雌性连锁的分子标记.方法:利用限制性片段长度多态性技术,设计了多个引物组合,分别对石刁柏雌雄株基因组进行扩增.结果:在使用的72个引物组合中,引物组合E-AAG+M-CAT从雄性基因组中扩增出了一个雄性连锁的标记(MLDA555),该序列长度为555bp,AT含量为59%.Blast检索未发现相似序列.根据该片段序列设计的引物将该标记转化为雄性连锁的大小为523bp的稳定的SCAR标记,经过不同基因型雄性个体的验证证明该标记广泛存在于不同基因型石刁柏雄性个体中.结论:通过AFLP扩增筛选得到了石刁柏雄性连锁的AFLP和SCAR标记,为石刁柏性别决定机制的理解及石刁柏的分子标记辅助育种提供理论资料和技术支持.

关键词：石刁柏雌雄异株 AFLP SCAR

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石刁柏雄性偏向核质体DNA的克隆与分析

西北植物学报 2016年第12期36卷 2385-2390页

作者：李书粉李旭王冰肖袁金红邓传良高武军河南师范大学生命科学学院河南新乡453007

该研究以雌雄异株植物石刁柏为材料,利用基因组消减杂交技术对石刁柏雌雄核基因组中的性别差异核质体DNA（nuclear plastid DNA,NUPTs）进行了分离和分析。结果表明：（1）通过构建消减杂交文库共获得了52个雄性偏向序列,序列长度分布在... 详细信息

该研究以雌雄异株植物石刁柏为材料,利用基因组消减杂交技术对石刁柏雌雄核基因组中的性别差异核质体DNA（nuclear plastid DNA,NUPTs）进行了分离和分析。结果表明：（1）通过构建消减杂交文库共获得了52个雄性偏向序列,序列长度分布在63-297bp之间,其中有19个差异序列属于叶绿体来源序列（命名为Ao1-Ao19）,且这些序列与石刁柏叶绿体基因组的相似性均大于84%,Ao19与石刁柏叶绿体基因组相似性为100%。（2）利用基因组半定量PCR对19个NUPTs序列的性别差异分析表明,有4条序列为稳定的雄性偏向NUPTs序列,分别为Ao1、Ao3、Ao10和Ao18。（3）序列比对表明,转移到核基因组的NUPTs主要来源于叶绿体基因组的反向重复区（包含IRa和IRb区）,说明石刁柏叶绿体基因组重复区序列更容易向核基因组进行转移形成雄性偏向的NUPTs序列。

关键词：石刁柏性别差异核质体DNA 雄性偏向

苹果Hsf家族成员的序列特征、表达与进化分析

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华北农学报 2017年第2期32卷 71-80页

作者：张国俊王婷婷胡利宗李书粉高武军新乡医学院基础医学院河南新乡453003 河南师范大学生命科学学院河南新乡453007 漯河职业技术学院食品工程系河南漯河462000

为全面了解苹果基因组中热激转录因子(Hsf)的序列特征及进化,采用生物信息学手段,在苹果全基因组水平上鉴定出50个MdHsf基因,并对其系统发育关系、序列特征、表达情况以及选择压力进行详细分析。系统发育与序列分析显示:与拟南芥和水稻... 详细信息

为全面了解苹果基因组中热激转录因子(Hsf)的序列特征及进化,采用生物信息学手段,在苹果全基因组水平上鉴定出50个MdHsf基因,并对其系统发育关系、序列特征、表达情况以及选择压力进行详细分析。系统发育与序列分析显示:与拟南芥和水稻相似,50个MdHsf基因可分为A、B、C 3个亚族;2个或多个MdHsf基因位于同一个末端进化支,说明该基因家族在苹果中发生了物种特异性扩增;尽管MdHsf基因的内含子数目和长度变异较大,但其蛋白的保守基序和功能结构域具有较高的保守性,这可能与功能约束有关。基于EST数目,可推知:除了MdHsfA2a和MdHsfA3a/b/c等14个基因没有相应的EST外,其余72%的基因都有转录活性。选择压力检测和结构建模分析显示:在36个MdHsf蛋白的选择压力检测中,位点模型未鉴定到正选择位点的存在;而在显著水平下(P<0.05),分支-位点模型在d和e进化分支上,共检测到5个正选择位点,它们是28R、30L、35D、51M、67V,其中28R和30L位于Hsf结构域中,35D、51M和67V位于Hsf结构域之外,这说明除了MdHsfA4d/e和MdHsf C1a/b发生快速进化外,其他成员受控于纯净选择,具有高度保守性。综合以上研究结果,苹果基因组中存在多种热激转录因子,其蛋白的保守基序和功能结构域具有较高保守性,大多具有转录活性,在进化上该家族受纯净选择主导。

关键词：苹果热激转录因子表达进化