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陕西省榆林地区犬弓首蛔虫的流行情况调查及其遗传多样性与种系发育关系分析

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黑龙江畜牧兽医 2024年第1期 65-72,79页

作者：崔巍山李中波榆林职业技术学院陕西榆林719000 怀化职业技术学院湖南怀化418000

为了调查陕西省榆林地区犬弓首蛔虫的流行情况,并研究其基因变异、遗传多样性及种系发育关系,试验采用饱和盐水漂浮法对采自该地区的402份犬粪便进行虫卵检查,利用IBM SPSS Statistics 22软件对虫卵检测数据进行统计和分析,并采用χ^(2... 详细信息

为了调查陕西省榆林地区犬弓首蛔虫的流行情况,并研究其基因变异、遗传多样性及种系发育关系,试验采用饱和盐水漂浮法对采自该地区的402份犬粪便进行虫卵检查,利用IBM SPSS Statistics 22软件对虫卵检测数据进行统计和分析,并采用χ^(2)检验分析各地区、各类型犬感染犬弓首蛔虫的差异性;PCR扩增犬弓首蛔虫的cox1、18S rRNA基因序列并测序;运用Clustal X与DNAStar软件分析2个基因的碱基组成与遗传多样性;运用Clustal X及PhyML 3.0软件分析犬弓首蛔虫的种系发育关系。结果表明:陕西省榆林地区犬对弓首蛔虫的总感染率为20.65%,其中宠物犬的感染率为8.42%,而流浪犬的感染率为33.00%,各地区、各类型犬感染犬弓首蛔虫的情况存在一定差异;cox1基因序列长度为1044 bp,A+T含量为61.5%~62.2%,G+C含量为37.8%~38.5%,种内差异为0~1.3%,种间差异为9.87%~14.37%;18S rRNA基因序列长度为598 bp,A+T含量为50.0%~50.5%,G+C含量为49.5%~50.0%,种内差异为0~1.4%,种间差异为0.33%~6.68%。在2个种系发育树中,犬弓首蛔虫均互相掺杂在一起共同形成每个种系发育树的一个分支。说明犬弓首蛔虫在榆林地区的流行情况较为严重,各个体之间虽存在较低程度的基因变异和遗传多样性,但具有较近的亲缘关系。

关键词：犬弓首蛔虫流行状况基因变异遗传多样性种系发育关系

湖南省怀化地区微小扇头蜱溴氰菊酯抗药性及与钠离子通道结构域Ⅲ基因突变位点的关联研究

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中国血吸虫病防治杂志 2024年第1期36卷 17-24页

作者：李中波杨甜舒鸣胡辉黄翠琴怀化职业技术学院湖南怀化418000 龙岩学院生命科学学院福建龙岩364012 动物源性人兽共患病防控福建省高校工程研究中心福建龙岩364012

目的检测湖南省怀化地区微小扇头蜱对溴氰菊酯的抗药性及蜱虫钠离子通道基因碱基突变位点,并探究两者间的关联。方法2022年6—9月,从湖南省怀化地区黄牛养殖场采集微小扇头蜱,采用成虫浸渍法检测所采集的蜱虫对溴氰菊酯的抗药性。采用PC... 详细信息

目的检测湖南省怀化地区微小扇头蜱对溴氰菊酯的抗药性及蜱虫钠离子通道基因碱基突变位点,并探究两者间的关联。方法2022年6—9月,从湖南省怀化地区黄牛养殖场采集微小扇头蜱,采用成虫浸渍法检测所采集的蜱虫对溴氰菊酯的抗药性。采用PCR技术扩增抗药及非抗药微小扇头蜱钠离子通道结构域Ⅲ基因,经测序、比对,检测序列中的碱基突变位点。翻译微小扇头蜱钠离子通结构域Ⅲ基因,检测其氨基酸序列信号肽、跨膜结构域、磷酸化与糖基化位点,推导抗药及非抗药微小扇头蜱钠离子通道结构域Ⅲ蛋白三级结构,并对其差异进行比对分析。结合抗药性检测、序列与蛋白三级结构比对结果,分析碱基突变位点与抗药性间的关联。结果所采集微小扇头蜱对溴氰菊酯的半数致死浓度(LC_(50))为121.39 mg/L、95%致死浓度为(LC_(95))为952.61 mg/L;其对溴氰菊酯的抗性系数(RF)为9.24,抗药程度(RL)为Ⅱ级抗药。所获得的微小扇头蜱钠离子通道结构域Ⅲ基因序列长度为1010 bp,在抗药性微小扇头蜱钠离子通道结构域Ⅲ基因序列中检测出2个相邻碱基突变位点。抗药及非抗药微小扇头蜱钠离子通道结构域Ⅲ蛋白虽均无信号肽,但存在6个跨膜结构域、42个磷酸化与8个糖基化位点,且在其三级结构中存在明显的结构差异。结论湖南省怀化地区微小扇头蜱对溴氰菊酯表现出Ⅱ级抗药,且在抗药蜱株钠离子通道结构域Ⅲ基因序列中检出2个与其抗药性产生存在一定关联的突变位点。

关键词：微小扇头蜱溴氰菊酯钠离子通道结构域Ⅲ基因成虫浸渍法突变位点抗药性

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常州至泰州铁路功能定位研究

交通建设与管理 2024年第2期 130-133,137页

作者：李中波中铁第五勘察设计院集团有限公司北京102600

首先根据本项目所在区域铁路网分析,通过主要运输径路比较合理界定区域内相关铁路客运分工及本项目吸引范围,进行区域铁路OD分配预测确定本项目铁路转移运量;再分析项目吸引范围内公路、民航转移运量及诱增运量,预测本项目客运量;最后... 详细信息

首先根据本项目所在区域铁路网分析,通过主要运输径路比较合理界定区域内相关铁路客运分工及本项目吸引范围,进行区域铁路OD分配预测确定本项目铁路转移运量;再分析项目吸引范围内公路、民航转移运量及诱增运量,预测本项目客运量;最后综合项目吸引范围、客运分工、运量预测、客流构成分析研究本项目功能定位,是一条以区域城际为主,兼顾路网中长途客流的高标准铁路。

关键词：铁路网运量预测功能定位

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宁波至武汉货运中通道建设必要性分析

中阿科技论坛（中英文） 2024年第4期 34-38页

作者：李中波中铁第五勘察设计院集团有限公司北京102600

目前,宁波至武汉货运通道分为南北两个通道,北通道合武铁路货运功能不足,经宣杭—芜铜铁路运输效率低,而南通道衢九铁路货运功能弱,沪昆铁路金华至衢州段能力无法满足运输需求。基于此,文章针对既有通道存在的问题,提出构建新通道——... 详细信息

目前,宁波至武汉货运通道分为南北两个通道,北通道合武铁路货运功能不足,经宣杭—芜铜铁路运输效率低,而南通道衢九铁路货运功能弱,沪昆铁路金华至衢州段能力无法满足运输需求。基于此,文章针对既有通道存在的问题,提出构建新通道——宁波至武汉货运中通道。根据通道内主要货物运输径路比较分析,合理确定通道分工,进而对区域内通道货运量进行OD分配预测及新通道货运量预测,并论证了建设武汉至宁波货运中通道的必要性。

关键词：货运通道运量预测必要性

湖南省怀化市鸡蛔虫流行情况调查及其遗传多样性与种系发育关系研究

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黑龙江畜牧兽医 2024年

作者：向书涵胡辉李中波湖南农业大学动物科学技术学院怀化职业技术学院

为调查湖南省怀化市鸡蛔虫的流行情况,探究其遗传多样性,阐述其种系发育关系,试验以采自湖南省怀化市不同地区的430份鸡粪便,用饱和盐水漂浮法检测虫卵,利用IBM SPSS Statistics 22软件统计、分析数据,并用χ2法检验各地区、各类型鸡感... 详细信息

为调查湖南省怀化市鸡蛔虫的流行情况,探究其遗传多样性,阐述其种系发育关系,试验以采自湖南省怀化市不同地区的430份鸡粪便,用饱和盐水漂浮法检测虫卵,利用IBM SPSS Statistics 22软件统计、分析数据,并用χ2法检验各地区、各类型鸡感染鸡蛔虫的差异性;PCR扩增其cox1与nad4基因的部分序列并测序;运用Clustal X、DNAStar软件分析基因的碱基组成与遗传多样性;运用Clustal X、PhyML 3.0软件分析鸡蛔虫的种系发育关系。结果表明:湖南省怀化市鸡蛔虫的总感染率为56.98%,其中圈养鸡的感染率为9.07%,放养鸡的感染率为47.91%,各地区、各类型鸡对鸡蛔虫的感染存在一定程度的差异;鸡蛔虫cox1基因序列的长度为953 bp,A、T、G、C碱基含量分别为19.0%～19.3%、45.9%～46.5%、23.0%～23.2%、11.3%～12.0%,A+T及G+C含量分别为64.9%～65.8%和34.3%～35.2%,种内差异为0～2.1%,种间差异为13.12%～14.48%;nad4基因序列的长度为876 bp,A、T、G、C碱基含量分别为19.1%～19.4%、 52.4%～52.9%、19.9%～20.2%、7.9%～8.3%,A+T及G+C含量分别为71.5%～72.3%和27.8%～28.5%,种内差异为0～2.0%,种间差异为26.37%～27.40%;来自于湖南省怀化市的鸡蛔虫均处于发育树的一个分支上。说明湖南省怀化市鸡蛔虫的流行情况较严重,其cox1、nad4基因序列均呈AT偏好,均具有种内差异小而种间差异大的特征,是一类良好的遗传标记,且其个体之间虽存在一定程度的基因变异和遗传多样性,但具有较近的亲缘关系。

关键词：鸡蛔虫流行情况 cox1 nad4 遗传多样性种系发育

微小扇头蜱microRNA文库建立及miR-275靶蛋白Vg-2的生物信息学分析

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西南农业学报 2024年第3期37卷 678-687页

作者：李中波罗世民杨甜侯强红舒鸣黄翠琴怀化职业技术学院湖南怀化418000 龙岩学院生命科学学院福建龙岩364012 动物源性人兽共患病防控福建省高校工程研究中心福建龙岩364012

【目的】建立饱血状态雌性微小扇头蜱的microRNA文库,鉴定所含microRNA的种类,分析miR-275靶蛋白Vg-2的二、三级结构,检测其信号肽、跨膜结构域、磷酸化及糖基化位点,预测其优势抗原表位。【方法】以雌性、饱血状态的微小扇头蜱为研究对... 详细信息

【目的】建立饱血状态雌性微小扇头蜱的microRNA文库,鉴定所含microRNA的种类,分析miR-275靶蛋白Vg-2的二、三级结构,检测其信号肽、跨膜结构域、磷酸化及糖基化位点,预测其优势抗原表位。【方法】以雌性、饱血状态的微小扇头蜱为研究对象,通过高通量测序技术建立其microRNA文库,利用软件miRDP及检索miRBase数据库,鉴定饱血状态雌性微小扇头蜱所含的microRNA种类;运用在线软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL等分析Vg-2蛋白质理化性质,推断其二、三级结构;运用在线软件SignalP 5.0、TMHMM、NetPhos 3.1及NETCGlyc 1.0检测该蛋白的信号肽、跨膜结构域、磷酸化与糖基化位点;利用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL预测Vg-2蛋白的B、T细胞优势抗原表位。【结果】获得成熟的microRNA 383个,其中67个为已被鉴定和注释的microRNA,316个为新发现的microRNA;微小扇头蜱的Vg-2基因序列全长5040 bp,共编码1679个氨基酸;Vg-2蛋白为亲水性酸蛋白,分子大小为189.89 kDa,理论等电点(pI)为6.08,其二级结构以无规则卷曲为主要结构成分,而其三级结构却以β-折叠为主要结构成分;Vg-2蛋白存在268个磷酸位点,20个糖基化位点,无信号肽和跨膜结构域,拥有58个B细胞优势抗原表位和8个T细胞优势抗原表位。【结论】在饱血状态雌性微小扇头蜱体内含有383个microRNA,受miR-275调控的Vg-2蛋白为结构不稳定的亲水性酸蛋白,具有良好的抗原性与免疫源性。

关键词：微小扇头蜱 microRNA文库 miR-275 Vg-2蛋白生物信息学抗原表位

微小扇头蜱Enolase基因序列特征及其编码蛋白结构与抗原表位预测

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中国血吸虫病防治杂志 2023年第2期35卷 163-170页

作者：白玲李中波怀化职业技术学院湖南怀化418000 龙岩学院生命科学学院福建龙岩364012

目的分析微小扇头蜱Enolase基因序列特征,并预测其所编码Enolase蛋白二、三级结构及抗原表位。方法 2022年6月25日在湖南省怀化市芷江县某黄牛养殖场采集62只雌性饱血微小扇头蜱,提取其DNA,PCR扩增其Enolase基因,PCR扩增产物克隆、测... 详细信息

目的分析微小扇头蜱Enolase基因序列特征,并预测其所编码Enolase蛋白二、三级结构及抗原表位。方法 2022年6月25日在湖南省怀化市芷江县某黄牛养殖场采集62只雌性饱血微小扇头蜱,提取其DNA,PCR扩增其Enolase基因,PCR扩增产物克隆、测序并表达。采用软件Clustal X分析Enolase基因序列特征,并将基因序列翻译成氨基酸序列。采用PRABI软件推导出Enolase蛋白二、三级结构,并对其理化性质进行分析;采用ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL软件预测Enolase蛋白B、T细胞抗原表位。结果微小扇头蜱Enolase基因序列全长1 323 bp,碱基A、T、G、C含量分别为24.5%、22.5%、27.0%、26.0%,A+T含量为47.0%、G+C含量为53.0%。该基因共编码434个氨基酸;Enolase蛋白分子量大小为47.12 k Da,其二级结构含186个(42.86%)α-螺旋、32个(7.37%)β-转角、144个(33.18%)无规卷曲、72个(16.59%)扩展链。Enolase蛋白存在于细胞质中的概率最大(76.7%),其次是线粒体(39.1%)和细胞核(21.7%),该蛋白无信号肽和跨膜结构域。Enolase蛋白预计有14个B细胞优势抗原表位和8个T细胞优势抗原表位。结论微小扇头蜱Enolase基因序列呈GC偏好;其所编码的Enolase蛋白为酸性亲水性蛋白,以α-螺旋和无规卷曲为主要结构,且具有B、T细胞优势抗原表位,是微小扇头蜱疫苗研发的一种理想靶标。

关键词：微小扇头蜱 Enolase基因 Enolase蛋白蛋白结构抗原表位

怀化地区犬瘟热病毒H、F基因遗传多样性及其遗传进化分析

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中国畜牧兽医 2023年第8期50卷 3248-3257页

作者：罗世民李中波怀化职业技术学院怀化418000

【目的】探究怀化地区犬瘟热病毒的基因变异与遗传多样性情况,阐明其遗传进化关系。【方法】从怀化地区收集30株犬源犬瘟热病毒样本,用PCR法扩增其H、F基因序列。利用DNAStar软件分析H、F基因序列碱基组成;利用Clustal X、MegAlign软件... 详细信息

【目的】探究怀化地区犬瘟热病毒的基因变异与遗传多样性情况,阐明其遗传进化关系。【方法】从怀化地区收集30株犬源犬瘟热病毒样本,用PCR法扩增其H、F基因序列。利用DNAStar软件分析H、F基因序列碱基组成;利用Clustal X、MegAlign软件进行变异位点和遗传多样性分析;运用Clustal X、PhyML 3.0软件,采用最大似然法(ML)对怀化地区犬瘟热病毒进行遗传进化分析,并用FigTree v 1.3.1软件构建遗传进化树。【结果】30株怀化地区犬瘟热病毒均为Asia-Ⅰ型,其H、F基因序列长度分别为1778和1850 bp,其AT含量分别为56.8%~57.9%和54.9%~56.1%,GC含量分别为42.2%~43.0%和44.1%~44.9%。H基因的种内差异为0~3.1%,种间差异为51.36%~60.15%;F基因的种内差异为0~2.4%,种间差异为39.60%~53.09%。基于H、F基因序列所构建的遗传进化树发现,来源于怀化地区的30株犬源犬瘟热病毒全部位于遗传进化树的同一分支上。【结论】来源于怀化地区犬瘟热病毒之间虽存在一定程度的基因变异和遗传多样性,但它们之间的亲缘关系较近。且其H、F基因序列的种内差异小、种间差异大,是研究犬瘟热病毒基因变异、遗传多样性和遗传进化的重要遗传标记。

关键词：犬瘟热病毒 H基因 F基因基因变异遗传多样性

非洲猪瘟病毒B646L基因序列分析及p72蛋白质结构与细胞抗原表位预测

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江苏农业科学 2023年第16期51卷 141-146页

作者：罗世民李中波怀化职业技术学院湖南怀化418000

为探究非洲猪瘟病毒B646L基因序列的碱基组成特点,及预测该基因所编码的p72蛋白质结构与细胞抗原表位,利用PCR技术对非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框的序列进行扩增、测序及碱基组成分析;运用软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL对p72蛋白质进... 详细信息

为探究非洲猪瘟病毒B646L基因序列的碱基组成特点,及预测该基因所编码的p72蛋白质结构与细胞抗原表位,利用PCR技术对非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框的序列进行扩增、测序及碱基组成分析;运用软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL对p72蛋白质进行理化性质分析及二、三级结构预测;运用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL对p72蛋白在B、T细胞的抗原表位进行预测。结果表明,非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列全长为1941 bp,其中,碱基A含量为26.9%,T含量为28.9%,G含量为24.2%及C含量为20.0%,A+T的含量为55.8%,G+C的含量为44.2%,AT含量显著高于GC含量;该序列共编码646个氨基酸,p72蛋白大小为76 ku;在整个p72蛋白分子的二、三级结构中,α-螺旋占19.35%,β-转角占5.42%,无规卷曲占50.15%,扩展链为25.08%,以无规卷曲为主要结构;该蛋白存在细胞质的概率最大,其次是细胞核,存在于线粒体、高尔基体和内质网的概率较低;p72蛋白B淋巴细胞优势抗原表位分别为12~18 aa、27~37 aa、45~55 aa、77~88 aa、110~120 aa;T淋巴细胞优势抗原表位分别为203~212 aa、298~307 aa、520~531 aa。说明非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列呈明显AT偏好性;p72蛋白为一亲水性蛋白,其高级结构主要以无规卷曲为主,且具有B、T淋巴细胞优势抗原表位,是检测试剂和疫苗研发的理想靶标。

关键词：非洲猪瘟病毒 B646L基因 p72蛋白序列分析结构预测抗原表位预测