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TaqMan荧光定量PCR检测脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌和肺炎链球菌方法的建立及应用

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TaqMan荧光定量PCR检测脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌和肺炎链球菌...

作者：朱兵清中国疾病预防控制中心

学位级别：硕士

细菌性脑膜炎是一种严重的中枢神经系统疾病,发病急、病情重,如不及时诊断和治疗,病死率高。脑膜炎奈瑟菌(Nm)、流感嗜血杆菌(Hi)和肺炎链球菌(Sp)是引起细菌性脑膜炎的三个主要病原菌。目前对于细菌性脑膜炎病例的诊断,多依靠传统的细... 详细信息

细菌性脑膜炎是一种严重的中枢神经系统疾病,发病急、病情重,如不及时诊断和治疗,病死率高。脑膜炎奈瑟菌(Nm)、流感嗜血杆菌(Hi)和肺炎链球菌(Sp)是引起细菌性脑膜炎的三个主要病原菌。目前对于细菌性脑膜炎病例的诊断,多依靠传统的细菌培养和脑脊液标本乳胶凝集快速检测方法。但是,抗生素的广泛使用使细菌培养非常困难,乳胶凝集的方法也存在灵敏性不够和检测细菌群(型)不全的问题,因此,目前我国脑膜炎病例的诊断多为临床诊断,缺乏病原学检测结果。传统的PCR检测方法通过检测可疑标本中不同病原菌的特异基因,可用以辅助诊断细菌性脑膜炎。与传统的PCR方法相比,荧光定量PCR检测方法具有更高的灵敏性、特异性以及耗时更短的特点,近年来,逐渐应用于细菌性脑膜炎的检测中。本研究中,我们建立了能检测多种细菌性脑膜炎病原体的荧光定量PCR方法。共设计合成9组引物和TaqMan探针,分别用来检测脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌和肺炎链球菌种属特异性的基因:ctrA(Nm)、bexA(Hi)、lytA(Sp),脑膜炎奈瑟菌不同血清群特异性的基因:sacB(A群)、siaD(B群)、siaD(C群)、xcbB(X群)、synF(Y群)、synG(W群),对各组引物和探针的反应浓度进行了优化。特异性检测结果显示,9组引物和探针具有高度的种属或血清群特异性。通过检测全基因组DNA模板的拷贝数确定9组引物和探针检测敏感性,结果分别为:ctrA(8)、bexA(10)、lytA(90)、sacB(8)、siaD-B群(80)、siaD-C群(8)、xcbB(8)、synF(80)、synG(8)。与传统PCR比较,脑膜炎奈瑟菌种属特异性和A、B、C、Y、W群特异性荧光定量PCR检测方法灵敏性提高了10～10倍。本研究中还初步确定了不同细菌荧光定量PCR检测的循环域值(Ct)的cut-off界值。将荧光定量PCR和乳胶凝集两种检测方法同时应用于282份细菌性脑膜炎病人脑脊液标本的检测,并与细菌培养结果进行比较。至少一种方法检测结果为阳性的标本有47份,其中除1份标本外,细菌培养或乳胶凝集检测阳性的标本,荧光定量PCR检测结果也均为阳性,分群检测结果也一致;有4份标本荧光定量PCR同时检测出两种病原,其中1份培养出流感嗜血杆菌,余细菌培养和乳胶凝集结果均为阴性。本研究还试探性地将荧光定量PCR方法应用于6份血液标本的检测,结果均为阴性。本研究中建立的TaqMan荧光定量PCR方法能特异、灵敏、快速地检测细菌性脑膜炎中的脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌和肺炎链球菌,并对脑膜炎奈瑟菌主要致病血清群A、B、C、X、Y、W进行分群鉴定,能提高临床疑似细菌性脑膜炎病人的阳性检出率。

关键词： TaqMan荧光定量PCR 脑膜炎奈瑟菌流感嗜血杆菌肺炎链球菌

同方学位论文库评论

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同方学位论文库

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自建数据库评价体系及其数学模型的研究

现代情报 2007年第6期27卷 30-32,18页

作者：赵宏铭朱兵清四川大学成都610065

建立一个科学、合理的自建数据库评价体系,有助于指导高校图书馆特色数据库的开发与建设。本文在确定了自建数据库评价指标体系总体框架后,建立了可以对评价结果进行量化的数学模型。

关键词：自建数据库评价体系数学模型

图书馆微信服务长效工作模式探析——基于移动互联网思维

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图书馆杂志 2018年第1期37卷 66-73页

作者：周一萍朱兵清四川大学图书馆

图书馆微信移动服务是图书馆服务的扩展和补充。从移动互联网思维出发,对图书馆微信移动服务进行了解读,对微信服务的长效工作模式进行了设计。从该模式的工作理念、工作流程展开到将该模式应用于日常图书馆微信图文推送、接口开发工作... 详细信息

图书馆微信移动服务是图书馆服务的扩展和补充。从移动互联网思维出发,对图书馆微信移动服务进行了解读,对微信服务的长效工作模式进行了设计。从该模式的工作理念、工作流程展开到将该模式应用于日常图书馆微信图文推送、接口开发工作案例。实践证明,转变思维是图书馆移动服务创新的前提,创新微信工作模式是提高服务质量和效率的正确选择。

关键词：移动互联网思维图书馆移动服务微信公众平台工作模式

颠覆您的传统思维——强大而恐怖的“人肉搜索引擎”

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图书与情报 2009年第4期 102-105页

作者：朱兵清刘裴裴四川大学图书馆四川成都610065

文章从一个图情人的角度介绍了"人肉搜索引擎"的概念及来由,并通过两个"人肉搜索"事例论述了它的运行特点,在将"人肉搜索引擎"与普通搜索引擎的对比后,阐述了"人肉搜索引擎"如此强大的原因,认为这种"人肉搜索"精神对图书馆信息服务和资... 详细信息

文章从一个图情人的角度介绍了"人肉搜索引擎"的概念及来由,并通过两个"人肉搜索"事例论述了它的运行特点,在将"人肉搜索引擎"与普通搜索引擎的对比后,阐述了"人肉搜索引擎"如此强大的原因,认为这种"人肉搜索"精神对图书馆信息服务和资源共建共享有一定的启示借鉴作用。

关键词：人肉搜索人肉搜索引擎搜索引擎

脑膜炎奈瑟菌4种聚合酶链反应检测方法的评价

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中国疫苗和免疫 2015年第2期21卷 173-176页

作者：徐丽朱兵清徐征高源邵祝军中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206

目的对脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,Nm)检测中常用的聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)方法进行适用性评价。方法选取130株不同血清群Nm及109株其他种属细菌,通过PCR检测荚膜转移基因A(Capsule Transport A,ctr A)、铜-锌超氧化物歧化酶(Cu-Zn Superoxide Dismutase C,sod C)和lysR家族转录调节基因A(LysR-family Transcriptional Regulator A,crg A),其中,荧光实时(Real Time)-PCR(RT-PCR)检测ctr A基因(ctr A-RT)和sod C基因(sod C-RT),普通PCR检测crg A(crg A)和sod C(sod C);并采用281份脑脊液(Cerebrospinal Fluid,CSF)标本和162份健康人群咽拭子标本对两种RT-PCR检测方法进行了比较。结果在菌株检测中,ctr A-RT法能检测出所有可分群Nm菌株和大部分不可分群菌株,未检出其他菌株;sod C-RT、crg A和sod C法除检测出所有Nm菌株,还能检测出部分其他菌株。在CSF标本检测中,ctr A-RT和sod C-RT法结果完全一致。在咽拭子标本检测中,ctr A-RT和sod C-RT法符合率低。结论 4种PCR检测方法中,单独采用任何1种,均不能将Nm与其他细菌完全区分开。建议根据不同的标本选择适宜的检测方法。

关键词：脑膜炎奈瑟菌聚合酶链反应

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中国B群脑膜炎奈瑟菌分子流行病学特征分析

中华预防医学杂志 2019年第2期53卷 153-158页

作者：朱兵清高婉迎徐丽高源邵祝军中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206

目的分析中国B群脑膜炎奈瑟菌分子流行病学特征。方法485株B群脑膜炎奈瑟菌为1968—2016年分离和收集于29个省份的菌株,包括流行性脑脊髓膜炎(流脑)病例脑脊液或血液标本分离菌株100株,健康带菌者鼻咽部分离菌株385株。根据多位点序列分... 详细信息

目的分析中国B群脑膜炎奈瑟菌分子流行病学特征。方法485株B群脑膜炎奈瑟菌为1968—2016年分离和收集于29个省份的菌株,包括流行性脑脊髓膜炎(流脑)病例脑脊液或血液标本分离菌株100株,健康带菌者鼻咽部分离菌株385株。根据多位点序列分型(MLST)网站公布的方法,对菌株进行PorA外膜蛋白分型和MLST分型,采用Bionumerics软件分析序列型(ST型),构建最小生成树;针对B群脑膜炎奈瑟菌蛋白疫苗的主要成分FHbp、NadA和NHBA蛋白进行分子型别分布和序列特征分析。结果485株B群脑膜炎奈瑟菌分为270种ST型,其中107种ST型(211株菌)可归入已知的10个克隆群,163种ST型(274株)不能归入任何克隆群;CC4821为主要流行的克隆群(28.7%,139株)。病例分离菌株的主要PorA型为P1.5-2,2-2(10.0%,10株)、P1.5-1,2-2(9.0%,9株)和P1.5-1,10-4(9.0%,株)。421株含有完整的FHbp氨基酸序列,其中变异1型(v1)、2型(v2)和3型(v3)菌株分别占12.8%(54株)、85.0%(358株)和2.2%(9株)。432株完成nadA基因测序,其中10株(2.3%)含有完整的nadA基因。172株完成nhba基因测序,均具有完整的nhba基因序列,其中170株的NHBA氨基酸序列共分为68个型,呈现出多态性特征。结论中国B群脑膜炎奈瑟菌优势克隆群为CC4821;其疫苗相关蛋白多态性较强。中国应该根据本国菌株的特征慎重选择B群流脑疫苗候选蛋白。

关键词：奈瑟球菌,脑膜炎,血清B群疫苗抗原 H因子结合蛋白

血清杀菌试验和酶联免疫吸附试验测定C群脑膜炎奈瑟菌血清抗体滴度比较

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中华流行病学杂志 2012年第5期33卷 521-524页

作者：朱兵清徐丽周海健邵祝军中国疾病预防控制中心传染病预防控制所国家重点实验室北京102206

目的比较血清杀菌试验（SBA）和酶联免疫吸附试验（ELISA）N定两种C群脑膜炎奈瑟菌（Nm）疫苗免疫后血清抗体滴度的差异。方法采用SBA测定75名未免疫健康成年人（40-70岁）血清、143名3-8月龄婴儿及194名3-5岁儿童NmA和C群结合疫苗或A＋... 详细信息

目的比较血清杀菌试验（SBA）和酶联免疫吸附试验（ELISA）N定两种C群脑膜炎奈瑟菌（Nm）疫苗免疫后血清抗体滴度的差异。方法采用SBA测定75名未免疫健康成年人（40-70岁）血清、143名3-8月龄婴儿及194名3-5岁儿童NmA和C群结合疫苗或A＋C群多糖疫苗免疫前后血清中Nm杀菌抗体水平，然后用ELISA测定相应血清的Nm特异性IgG含量，并利用线性相关与回归分析两种测定结果的相关性。结果未免疫健康成年人血清中Nm杀菌抗体水平和特异性IgG含量之间的相关性较高（r=0．81433，P〈0．001）；3-8月龄婴儿和3-5岁儿童接种结合／多糖疫苗前，Nm杀菌抗体水平和特异性IgG含量之间相关性较差（3-8月龄：r=0．14064，P〉0．100／r=0．2899，P〈0．05；3-5岁：r=0．54040，P〈0．05／r=0．19436，P〈0．05），接种1剂结合疫苗后，杀菌抗体水平和特异性IgG含量之间的相关性较好（r=0．80938，P〈0．001和r=0．83723，P〈0．001）；接种多糖疫苗后，杀菌抗体水平和特异性IgG含量之间的相关性较差（r〈0．50000）。结论健康成年人血清和结合疫苗免疫后的婴幼儿血清中特异性C群NmIgG含量可以间接反映血清杀菌抗体水平，ELISA方法可以替代SBA。但ELISA检测方法不适用于3-8月龄婴儿多糖疫苗免疫后的效果评价。

关键词： C群脑膜炎奈瑟菌血清杀菌试验酶联免疫吸附试验

2005-2019年中国流行性脑脊髓膜炎死亡病例流行病学特征

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中国疫苗和免疫 2021年

作者：高婉迎徐丽朱兵清高源郭蓬勃陈紫曼邵祝军中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室

目的分析中国流行性脑脊髓膜炎（流脑）死亡病例流行病学特征。方法通过中国疾病预防控制信息系统收集2005-2019年流脑报告死亡病例信息，描述性分析流行病学特征。结果 2005-2019年中国共报告流脑死亡病例864例，年均死亡率为0.044/... 详细信息

目的分析中国流行性脑脊髓膜炎（流脑）死亡病例流行病学特征。方法通过中国疾病预防控制信息系统收集2005-2019年流脑报告死亡病例信息，描述性分析流行病学特征。结果 2005-2019年中国共报告流脑死亡病例864例，年均死亡率为0.044/100万，总病死率为10.19%。在所有死亡病例中，0-4岁、5-9岁、10-14岁、15-19岁、≥20岁病例分别占54.75%、9.14%、11.23%、7.99%、16.90%；东部、中部、西部地区分别占31.48%、30.90%、37.62%；发病后0-1d、2-3d、4-5d、6-7d、≥8d死亡病例分别占54.05%、26.97%、8.91%、4.28%、5.79%，发病后死亡时间与年龄呈弱正相关（r=0.23，P=0.000）；实验室确诊、临床诊断病例分别占28.12%、71.88%。结论婴幼儿和青少年是中国流脑死亡的高危人群；建议优化该人群脑膜炎球菌疫苗免疫策略，并加强流脑实验室监测。

关键词：流行性脑脊髓膜炎死亡流行病学特征

广西贵港地区2009-2012年新生隐球菌和格特隐球菌临床分离株基因分型与毒力特性研究

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中华流行病学杂志 2015年第5期36卷 491-495页

作者：边富宁吴媛于栓宝车洁李文革邵祝军朱兵清卢金星中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室感染性疾病诊治协同创新中心北京102206

目的研究广西贵港地区新生隐球菌和格特隐球菌临床分离株，在种、基因型和交配型的构成及毒力特性。方法收集2009--2012年广西贵港地区临床分离的新生隐球菌株20株，PCR扩增转录间隔区（ITS）序列进行分子生物学验证，通过特异性引物进... 详细信息

目的研究广西贵港地区新生隐球菌和格特隐球菌临床分离株，在种、基因型和交配型的构成及毒力特性。方法收集2009--2012年广西贵港地区临床分离的新生隐球菌株20株，PCR扩增转录间隔区（ITS）序列进行分子生物学验证，通过特异性引物进行PCR扩增，鉴定血清型、交配型。利用M13-PCR指纹图谱法和URA5-限制性片段长度多态性分析法，鉴定和验证基因型。表型研究包括37℃生长试验、黑色素生成试验和尿素酶试验。结果20株有19株为新生隐球菌格鲁比变种，血清型为A型，cL交配型，基因型为VNI型。1株为格特隐球菌，属a交配型，基因型VGI。毒力特性研究结果显示，所有临床分离株37℃正常生长，黑色素试验、尿素酶试验阳性。结论广西贵港地区隐球菌致病菌株中绝大多数（95％）为新生隐球菌格鲁比变种、血清型为A型，a交配型，基因型为VNI型，并发现格特隐球菌菌株。

关键词：新生隐球菌格特隐球菌基因型交配型毒力特性

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