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牦牛HSFY基因的克隆及其结构分析

生物技术通报 2013年第7期29卷 82-88页

作者：曾贤彬王永刘仲娜马志杰海汀钟金城西南民族大学动物遗传育种学国家民委--教育部重点实验室成都610041 青海大学畜牧兽医科学院西宁810016

Y染色体上的热休克转录因子(HSFY)是精子发生障碍的候选基因之一。通过克隆牦牛HSFY基因,并与普通牛Y染色体上的84条HSFY序列比对。结果表明:牦牛HSFY基因由2个外显子和1个内含子组成,与普通牛基因组中的相应序列的一致性高达99.54%。... 详细信息

Y染色体上的热休克转录因子(HSFY)是精子发生障碍的候选基因之一。通过克隆牦牛HSFY基因,并与普通牛Y染色体上的84条HSFY序列比对。结果表明:牦牛HSFY基因由2个外显子和1个内含子组成,与普通牛基因组中的相应序列的一致性高达99.54%。牦牛、普通牛的该基因具有4处插入/缺失,且序列与其相邻序列极为相似。在1 012-1 020 bp(Ⅰ)处有AAAGAAGA/TG等9个核苷酸缺失,位于内含子内;在1 071-1 073 bp(Ⅱ)、1 249-1 251 bp(Ⅲ)处分别有AAG、CCA/C等3个核苷酸缺失,位于第二外显子内,分别导致赖氨酸和组氨酸的缺失;在1 708-1 710 bp(Ⅳ)处有CAA 3个核苷酸缺失,位于3'末端非编码区。在普通牛的84条HSFY基因序列中Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ插入/缺失分别有29、3、2、1次。未发现Ⅱ、Ⅲ同时缺失的拷贝,但Ⅱ、Ⅲ缺失均伴有Ⅰ缺失,且导致了蛋白三维结构的变化。牦牛HSFY是在睾丸中表达的多拷贝基因,经密码子偏好性分析,该基因编码的蛋白质偏好使用以A或T结尾的密码子。

关键词：牦牛 HSFY 插入缺失精子发生

牦牛CAPN2基因的电子克隆及生物信息学分析

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生物技术 2013年第1期23卷 42-45页

作者：刘仲娜柴志欣曾贤彬钟金城动物遗传育种学国家民委-教育部重点实验室西南民族大学四川成都610041

目的:对牦牛CAPN2基因进行电子克隆和序列分析,以期为进一步研究牦牛该基因与其肉质性状相关性以及基因结构和表达奠定理论基础。方法:利用人的CAPNA2基因cDNA序列为探针,在EST数据库进行同源性筛选,运用CAP3进行拼接得到完整序列并结... 详细信息

目的:对牦牛CAPN2基因进行电子克隆和序列分析,以期为进一步研究牦牛该基因与其肉质性状相关性以及基因结构和表达奠定理论基础。方法:利用人的CAPNA2基因cDNA序列为探针,在EST数据库进行同源性筛选,运用CAP3进行拼接得到完整序列并结合生物信息学进行序列分析。结果:牦牛CAPN2基因全长3 200bp,包含一个2 103bp的开放阅读框,共编码700个氨基酸;牦牛CAPN2的核苷酸序列与普通牛、羊、马、猪、小鼠、鸡、人相应序列间的一致性分别为99%、97%、90%、87%、85%、79%、90%。经聚类分析,牦牛首先与普通牛聚在一起,然后与羊、猪聚为一类;人与小鼠聚为一类;这两类相聚为一大类后,再依次与马、鸡相聚,其结果与以往的生物学分类结果一致。牦牛CAPN2基因编码蛋白的分子式为C3569H5503N255O1082S26,相对分子质量为79 935.2,理论等电点PI为4.86。结论:牦牛与普通牛、羊、马、猪、小鼠、鸡、人在CAPN2基因的编码序列具有较高有一致性。该基因编码的蛋白为位于细胞质中的水溶性蛋白。

关键词：牦牛 EST 电子克隆 CAPN2基因

CAPN1和CAST基因在牦牛不同组织中的表达差异研究

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河南农业科学 2014年第3期43卷 139-141,149页

作者：姚慧陈智华钟金城曾贤彬柴志欣西南民族大学青藏高原研究院动物遗传育种学国家民委-教育部重点实验室四川成都610041

为检测钙蛋白酶基因(CAPN1)和钙蛋白酶抑制基因(CAST)在牦牛心、肝、脾、肺、肾、胃、眼肌、腹肌等不同组织中的表达水平,采用实时荧光定量PCR技术分析这2个基因的表达规律。结果显示,CAPN1和CAST基因在牦牛的8种组织中均有表达,但在不... 详细信息

为检测钙蛋白酶基因(CAPN1)和钙蛋白酶抑制基因(CAST)在牦牛心、肝、脾、肺、肾、胃、眼肌、腹肌等不同组织中的表达水平,采用实时荧光定量PCR技术分析这2个基因的表达规律。结果显示,CAPN1和CAST基因在牦牛的8种组织中均有表达,但在不同组织的表达量存在差异。CAPN1基因在眼肌中的表达量最高,其次为腹肌,在肌肉中的表达量显著高于内脏组织,内脏组织中,在肝脏的表达量最高,其次为肾脏,胃中的表达量最低;CAST基因在胃中的表达量最高,其次为眼肌、腹肌,在肾脏中的表达量最低。

关键词：牦牛 CAPN1基因 CAST基因实时荧光定量PCR 基因表达差异

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犏牛精子发生阻滞的比较转录组研究

中国科学：生命科学 2014年第6期44卷 584-601页

作者：曾贤彬柴志欣王永马志杰杨琴宋乔乔钟金城西南民族大学青藏高原研究院动物遗传育种学国家民委-教育部共建重点实验室成都610041 青海省畜牧兽医科学院畜牧研究所西宁810016

犏牛是牦牛与普通牛的杂交后代,其雄性不育是牦牛杂交改良中的一大难题.运用高通量测序技术对健康成年犏牛和牦牛的睾丸组织进行转录组测序和比较研究,探讨了犏牛激素调节、精子发生及细胞凋亡等相关基因的表达情况.结果表明,犏牛、牦... 详细信息

犏牛是牦牛与普通牛的杂交后代,其雄性不育是牦牛杂交改良中的一大难题.运用高通量测序技术对健康成年犏牛和牦牛的睾丸组织进行转录组测序和比较研究,探讨了犏牛激素调节、精子发生及细胞凋亡等相关基因的表达情况.结果表明,犏牛、牦牛睾丸组织中分别有17784和18529个基因表达,在犏牛中表达显著上调和下调的基因分别有5000和4089个.犏牛睾丸组织中睾酮合成相关基因和抑制素基因表达均显著上调,认为前者的表达上调可能促进睾丸内睾酮分泌和后者的表达,而后者的表达上调可能分别抑制和几乎不影响脑垂体前叶合成、分泌促卵泡刺激素和黄体生成素.比较睾丸组织中细胞标记基因在两种牛间的表达差异,发现犏牛精原干细胞、支持细胞、间质细胞、肌样细胞(睾丸纤维化)和已分化精原细胞的标记基因分别呈显著表达上调和下调,而减数分裂后期或精子形成期呈极显著下调.精原干细胞自我更新与分化异常可能导致犏牛精子发生障碍,认为其与视黄酸信号通路障碍密切相关.Syce3,Fkbp6和Dmrt7等在犏牛睾丸组织中极显著表达下调与同源染色体间、尤其是性染色体间的联会复合体数量减少有关.Spo11和Dmc1分别参与双链断裂和同源修复过程,其在犏牛睾丸中表达下调分别可能使联会复合体减少和同源修复失常.参与高度浓缩细胞核的相关基因,尤其是Tnp2,Hmgb4和H1fnt等几乎不表达,其调控表达基因Crem,GRTH/DDX25等极显著表达下调,该现象与犏牛生精细胞最终只能分化至圆形精子细胞阶段的结果相符.促凋亡相关基因,如p53,TNF-α,Trail,Bmp8b,Bax,Caspase-3,Caspase-6和Caspase-7表达均显著上调,而抑凋亡基因,如survivin,Bcl-2等显著下调,这可能是导致犏牛睾丸组织中有更多的生精细胞发生凋亡的原因之一.通过对生殖相关基因的表达分析研究,为揭示犏牛雄性不育机理以及牦牛杂交改良研究提供了理论基础.

关键词：犏牛牦牛睾丸转录组精子发生

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对中蜂箱型的探讨

对中蜂箱型的探讨

中国（湖北·潜江）蜂业博览会暨2017年全国蜂产品市场信息交流会

作者：唐凤姣龙小飞曾贤彬李运雄武隆区畜牧兽医局

该文对中蜂箱型包括意蜂箱、GN式箱以及传统饲养的圆桶存在的弊端进行了全面系统的分析与探讨,并对合格的新型中蜂箱型的设计与制作提出了更高的要求,为提高中蜂养殖经济效益起到了抛砖引玉的作用。

关键词：中蜂箱型探讨

来源： cnki会议评论

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麦洼牦牛SRY基因克隆及序列分析

中国畜牧兽医 2013年第12期40卷 5-11页

作者：刘仲娜钟金城柴志欣马志杰曾贤彬宋乔乔西南民族大学动物遗传育种学国家民委-教育部重点实验室四川成都610041 青海大学畜牧兽医科学院青海省放牧家畜营养与生态国家重点实验室培养基地青海高原牦牛研究中心青海西宁810016

SRY是Y染色体上具体决定生物雄性性别的基因片段,是多数哺乳动物性别决定基因之一。本试验采用克隆测序SRY基因并结合生物信息学对其序列进行分析,利用软件Codon W分析麦洼牦牛、普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡和人该基因编码区的密... 详细信息

SRY是Y染色体上具体决定生物雄性性别的基因片段,是多数哺乳动物性别决定基因之一。本试验采用克隆测序SRY基因并结合生物信息学对其序列进行分析,利用软件Codon W分析麦洼牦牛、普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡和人该基因编码区的密码子偏好性。克隆测序得到SRY基因序列含1个690bp的开放阅读框,共编码229个氨基酸;其编码区核苷酸序列与普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡、人相应序列间的一致性分别为99.9%、93.9%、91.2%、76.5%、43.3%、21.4%、69.1%。经聚类分析,麦洼牦牛首先与普通牛聚在一起,绵羊与山羊聚为一类,这两类相聚后再依次与猪、人、小鼠相聚,最后与鸡聚为一类,其结果与以往的生物学分类结果一致。该基因编码的蛋白质分子式为C1155H1827N351O348S11,相对分子质量为2655.0,理论等电点PI为9.55,亲水性平均数为-0.855。其密码子偏好性分析显示,T3s为0.2905、C3s为0.3240、A3s为0.3728、G3s为0.2963,第3位碱基中出现G和C占第3位碱基总量的48%,同义密码子数为61。上述数据表明麦洼牦牛SRY基因编码序列与普通牛、绵羊、山羊、猪、人具有较高的一致性,在物种进化过程中较为保守。该基因对含A的密码子有较高的偏爱性,尽量避开以G结尾的密码子,且其所编码的蛋白质为亲水性蛋白。

关键词：麦洼牦牛 SRY基因聚类分析密码子偏好性

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西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性及系统进化分析

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家畜生态学报 2014年第11期35卷 11-17页

作者：海汀柴志欣张成福信金伟姬秋梅曾贤彬钟金城西南民族大学动物遗传育种学国家民委/教育部重点实验室四川成都610041 西藏自治区农牧科学院畜牧兽医研究所西藏拉萨850000

为从分子水平上探究西藏牦牛的序列多态性、遗传多态性及其系统进化关系,对西藏15个牦牛类群150个个体的mtDNA ND6基因全序列进行了测定,确定了多态位点和单倍型数目,计算了单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi),并构建了分子聚类关系图... 详细信息

为从分子水平上探究西藏牦牛的序列多态性、遗传多态性及其系统进化关系,对西藏15个牦牛类群150个个体的mtDNA ND6基因全序列进行了测定,确定了多态位点和单倍型数目,计算了单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi),并构建了分子聚类关系图和单倍型系统发育树。结果表明:西藏牦牛mtDNA ND6基因全序列长度均为528bp,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为42.2%、7.6%、20.9%、29.3%,存在一定的碱基组成偏倚性。序列变异中存在转换、颠换2种核苷酸变异类型,其中转换37次,颠换2次,表现出较强的转换偏倚性。根据序列间核苷酸变异共确定7种单倍型,其中Hap_1为西藏牦牛类群的主流单倍型,其余6种单倍型为部分类群所特有。平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.2978、0.00191,揭示西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性较贫乏。根据遗传距离构建了分子聚类关系图,表明西藏15个牦牛类群可分为2大类;根据7种单倍型序列构建了单倍型系统发育树,表明西藏牦牛存在2个母系起源。

关键词：西藏牦牛 mtDNA ND6基因遗传多样性系统进化

西藏牦牛mtDNA ND5遗传多样性及系统进化分析

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西南农业学报 2014年第6期27卷 2666-2672页

作者：海汀张成福信金伟姬秋梅柴志欣曾贤彬钟金城西南民族大学动物遗传育种学国家民委/教育部重点实验室四川成都610041 西藏自治区农牧科学院畜牧兽医研究所西藏拉萨850000

为了解西藏牦牛的遗传多样性和群体分化情况,本研究测定了西藏15个牦牛类群的mtDNA ND5基因序列,分析其遗传多样性、亲缘关系及分类。结果表明：①西藏牦牛mtDNA ND5全序列长度在1821～1823 bp,无内含子,T、C、A和G 4种碱基的平均比例... 详细信息

为了解西藏牦牛的遗传多样性和群体分化情况,本研究测定了西藏15个牦牛类群的mtDNA ND5基因序列,分析其遗传多样性、亲缘关系及分类。结果表明：①西藏牦牛mtDNA ND5全序列长度在1821～1823 bp,无内含子,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为32.9%、10.6%、27.5%、29.0%,存在一定的碱基组成偏倚性。②共发现变异位点36个,其中15个单态突变位点,13个简约信息位点;存在碱基缺失、插入、转换和颠换等,插入或缺失位点8个,T/C转换较多,G/C颠换较少。③西藏牦牛mtDNA ND5共有23种单倍型,平均单倍型数（H）、平均单倍型多样性（Hd）、平均核苷酸多样性（Pi）分别为3.4667、0.5100和0.00102,表明西藏牦牛具有丰富的遗传多样性。④西藏牦牛mtDNA ND5基因共含20种氨基酸,其中缬氨酸最多,占10.37%,组氨酸最少,仅为1.11%。⑤在西藏牦牛的聚类分析中,仲巴牦牛、桑桑牦牛、斯布牦牛、错那牦牛、日多牦牛、嘉里牦牛、工布江达牦牛、康布牦牛、江达牦牛、桑日牦牛、丁青牦牛、聂荣牦牛、帕里牦牛首先聚为一大类,再依次与隆子牦牛和类乌齐牦牛相聚。

关键词：西藏牦牛 ND5基因遗传多样性

麦洼牦牛H-FABP、HSL基因遗传多态性及与生长性状的关联分析

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麦洼牦牛H-FABP、HSL基因遗传多态性及与生长性状的关联分析