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基于文昌鱼（Branchiostoma floridae）ESTs的转录组比较分析及EST数据库构建

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基于文昌鱼（Branchiostoma floridae）ESTs的转录组比较分析及ES...

作者：戴雅丽安徽农业大学

学位级别：硕士

文昌鱼是现存的与脊椎动物最接近的非脊椎动物,长期以来文昌鱼一直作为研究动物进化和胚胎发育的模式生物,被称为“活化石”。近来分子系统学的研究结果对文昌鱼的进化地位提出了挑战,因此本论文在文昌鱼基因组计划尚未完成之前,对文昌... 详细信息

文昌鱼是现存的与脊椎动物最接近的非脊椎动物,长期以来文昌鱼一直作为研究动物进化和胚胎发育的模式生物,被称为“活化石”。近来分子系统学的研究结果对文昌鱼的进化地位提出了挑战,因此本论文在文昌鱼基因组计划尚未完成之前,对文昌鱼EST序列的转录组比较分析以及EST数据库分析平台的建立,为更进一步地注释文昌鱼的基因功能、揭示其进化地位以及比较基因组学的研究都具有十分重要的理论与实践意义。本论文利用生物信息学的理论与方法对公共数据库中文昌鱼(Branchiostomafloridae)的五个不同发育阶段的EST序列进行了聚类拼接、基因注释、功能分类、核酸序列分析以及MicroRNA的靶标预测和比较研究。并利用EST分析得出的文昌鱼基因表达谱和功能表达谱与尾索动物海鞘、棘皮动物海胆以及脊椎动物的代表动物进行转录组比较分析。同时在获得文昌鱼EST分析和转录组分析结果数据的基础上,更进一步地运用Apache、Php、MySQL技术搭建了Widows平台的数据库。数据库提供了非常友好的用户界面,该库的建立为文昌鱼的比较基因组和功能基因组学研究提供了坚实的基础。本论文获得的主要研究结果如下:1对文昌鱼277539条EST进行聚类得到15778 clusters,拼接得到19875 contigs和18414 singlets。其中,81.9%的序列与uniprot数据库中序列有同源匹配,并获得功能注释。206条序列在已知的核酸库中没有找到同源性序列,预测这206条基因中含有未知基因或未知功能的基因。2文昌鱼EST序列的GO功能注释表明:基因产物中39%表达为分子功能活性相关,37%表达为参与生物过程,24%表达为与细胞组分相关。3利用Mirnada和Targetscan软件对3'UTR区进行microRNA靶标预测,得到1736304个靶标,各发育阶段的靶标类型基本相同,约为2625种,属于902个microRNA家族。幼体期高表达的靶标种类与其它发育阶段有较大的差异,并且靶标的表达量与EST的表达量基本成正相关,但幼体期明显是个例外。4在文昌鱼五个不同的发育阶段中,神经胚时期的基因表达量最高,但其可注释的序列最少,可注释序列最多的是在成体期。此外,平均每个contig的EST组成密度是随着发育的进程越来越大。5文昌鱼的五个发育阶段中,在不同的发育阶段,其C、P、F各类功能的阶段特异性表达量大于各类的持续表达量。与细胞组件相关的功能特异性表达量与持续表达量差异不显著,而分子功能活性相关的和参与生物学过程的功能特异性表达量则远高于该两类功能在各发育阶段的持续表达量。6在特定C、P、F功能的不同发育阶段,其阶段持续性表达水平大小依次为C、F、P,而阶段特异性表达水平大小则为F、P、C,但在成体期其表达水平为C、F、P表达量依次增高。进一步分析发现:在与细胞组件相关的功能特异性表达方面,幼体期的特异性表达量最高;在与分子功能活性相关的功能特异性表达中,神经胚时期的特异性表达量最高;而参与生物过程的功能特异性表达方面,神经胚时期的特异性表达量则最高。7不同物种间转录组分析显示尾索动物海鞘的转录组与棘皮动物海胆的最接近,其相关系数为0.896,而海胆与文昌鱼的相关系数只有0.682,结果表明在进化上文昌鱼可能与脊椎动物更接近。8运用Apache、php、MySQL技术搭建了Widows平台的文昌鱼EST分析数据库。数据库中收录了原始的277538条EST数据,收录了文昌鱼转录层次各方面的数据和结果(http://***/homepage.php)。上述研究结果为更深入地注释文昌鱼基因组的功能、理解文昌鱼的进化地位以及揭示脊椎动物基因组的进化机制提供了重要的理论基础,对更进一步地研究文昌鱼功能基因组学具有重要的理论意义和实践价值。

关键词：文昌鱼 EST 转录组 microRNA靶标 GO功能进化数据库

去乙酰化酶Sirtuin家族与糖尿病肾脏疾病关系的研究进展

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中国糖尿病杂志 2021年第11期29卷 855-858页

作者：戴雅丽易斌中南大学湘雅三医院肾内科长沙410000

DKD是DM常见微血管并发症,因其高患病率和不良预后,逐渐成为DM和肾脏病领域的研究热点。去乙酰化酶Sirtuin家族与IR、炎症、氧化应激、细胞凋亡、自噬、纤维化等密切相关。本文对去乙酰化酶Sirtuin家族与DKD关系的研究进展进行综述,旨在... 详细信息

DKD是DM常见微血管并发症,因其高患病率和不良预后,逐渐成为DM和肾脏病领域的研究热点。去乙酰化酶Sirtuin家族与IR、炎症、氧化应激、细胞凋亡、自噬、纤维化等密切相关。本文对去乙酰化酶Sirtuin家族与DKD关系的研究进展进行综述,旨在为DKD发病机制提供依据。

关键词： Sirtuin 糖尿病肾脏疾病胰岛素抵抗炎症基因多态性

日本七鳃鳗(Lampetra japonica)肝脏ESTs分析与比较转录组研究

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中国科学（C辑） 2007年第6期37卷 609-619页

作者：朱丽娜戴雅丽马飞李庆伟辽宁师范大学生命科学学院大连116029 安徽农业大学生命科学学院合肥230036

以日本七鳃鳗(Lampetra japonica)肝脏为材料构建cDNA文库,在文库中随机挑选克隆子进行测序共得到10077条有效ESTs(expressed sequencetags)序列.ESTs序列分析显示,8515条ESTs拼成648条片段重叠群,共得到2210条转录本,其中47.06%的转录... 详细信息

以日本七鳃鳗(Lampetra japonica)肝脏为材料构建cDNA文库,在文库中随机挑选克隆子进行测序共得到10077条有效ESTs(expressed sequencetags)序列.ESTs序列分析显示,8515条ESTs拼成648条片段重叠群,共得到2210条转录本,其中47.06%的转录本预测为全长序列;利用BLAST程序在GenBank数据库中进行同源性搜索发现2053条转录本有同源序列匹配,占总转录本的92.9%.更进一步对这些基因产物进行GeneOntology注释,结果发现,在日本七鳃鳗肝脏中与有颌类免疫、凝血和代谢相关的基因大量表达,并预测了8个新基因.通过对日本七鳃鳗与底鳉(Fundulus heteroclitus)、鼠(Mus musculus)、牛(Bos taurus)和人(Homo sapiens)肝脏转录组的比较分析,发现日本七鳃鳗肝脏中比其他物种优势表达的是甲壳质酶和多糖代谢等相关的基因,这些基因可能在日本七鳃鳗免疫中发挥重要作用.此外,也利用TargetScan软件对日本七鳃鳗肝脏转录组中3'UTR区进行microRNA靶标识别,结果发现了与人类癌症基因调控同源的microRNA靶标,这为研究人类癌症提供了有益的线索.上述结果将为七鳃鳗功能基因和蛋白组学的研究以及脊椎动物的基因组进化提供重要的理论基础.

关键词：日本七鳃鳗(Lampetra japonica) 肝脏 EST 转录组比较

中性粒细胞/淋巴细胞比值和血小板/淋巴细胞比值与2型糖尿病患者肾小管损伤的相关性研究

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中华糖尿病杂志 2021年第1期13卷 66-72页

作者：吴苏戴雅丽王阳阳彭娟廖祥玉易斌中南大学湘雅三医院肾内科长沙410013

目的探讨中性粒细胞/淋巴细胞(NLR)和血小板/淋巴细胞(PLR)与2型糖尿病(T2DM)患者肾小管损伤的相关性。方法收集2018年9月至2019年9月于中南大学湘雅三医院住院治疗的268例T2DM患者,根据尿白蛋白/肌酐比值(UACR),将其分为正常白蛋白尿组... 详细信息

目的探讨中性粒细胞/淋巴细胞(NLR)和血小板/淋巴细胞(PLR)与2型糖尿病(T2DM)患者肾小管损伤的相关性。方法收集2018年9月至2019年9月于中南大学湘雅三医院住院治疗的268例T2DM患者,根据尿白蛋白/肌酐比值(UACR),将其分为正常白蛋白尿组(UACR30 mg/g、eGFR<60 ml·min^(-1)·(1.73 m^(2))^(-1)及肾小管损伤的曲线下面积(AUC)分别为0.700、0.679、0.717、0.702、0.737,灵敏度分别为75.29%、85.87%、80.88%、83.74%、85.59%,均优于PLR(AUC分别为0.639、0.639、0.659、0.644、0.676,灵敏度分别为58.05%、75.00%、63.24%、65.04%、58.56%)和hs-CRP(AUC分别为0.597、0.559、0.618、0.644、0.653,灵敏度分别为62.50%、30.12%、63.93%、68.42%、70.87%)。结论NLR和PLR与T2DM患者肾小管损伤密切相关,NLR在综合反映肾小球及肾小管损伤方面优于PLR和hs-CRP。

关键词：糖尿病,2型中性粒细胞/淋巴细胞比值血小板/淋巴细胞比值尿白蛋白/肌酐比值肾小管损伤标志物

我为什么学习不好——小学学习困难学生自我归因的特点分析与指导策略

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我为什么学习不好——小学学习困难学生自我归因的特点分析与指导...

第四届中国教育家大会

作者：戴雅丽瑞安市第二实验小学

曾经在网络上看到这么一篇短文: 《我为什么学习不好》:我数学不好是因为我做人慷慨不喜欢凡事斤斤计较;我历史不好是因为人要往未来看,不能留在过去;我地理不好是因为我没出过国,坐过的交通工具也只是那几项;我英文不好是因为我不崇洋...

曾经在网络上看到这么一篇短文: 《我为什么学习不好》:我数学不好是因为我做人慷慨不喜欢凡事斤斤计较;我历史不好是因为人要往未来看,不能留在过去;我地理不好是因为我没出过国,坐过的交通工具也只是那几项;我英文不好是因为我不崇洋;我语文不好是因为我

关键词：

来源： cnki会议评论

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我国民营企业人力资源管理的不足与对策

湖南工业职业技术学院学报 2002年第1期2卷 37-40页

作者：戴雅丽长沙国家高新技术产业开发区管委会湖南长沙410013

我国民营企业的人力资源管理在发展过程中体现了许多优势。近年来 ,随着宏观环境的变化 ,人力资源管理体现出了许多新的特点 ,我国民营企业人力资源管理中的许多不足逐渐暴露出来。今后 ,如何发展和完善人力资源管理 ,使之能够发挥优势 ... 详细信息

我国民营企业的人力资源管理在发展过程中体现了许多优势。近年来 ,随着宏观环境的变化 ,人力资源管理体现出了许多新的特点 ,我国民营企业人力资源管理中的许多不足逐渐暴露出来。今后 ,如何发展和完善人力资源管理 ,使之能够发挥优势 ,紧跟时代步伐 ,是我国民营企业进一步发展的关键。本文对此提出了一些不成熟的看法 ,供大家参考。

关键词：民营企业人力资源管理制度管理

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DCS系统的应用研究

计算机与数字工程 2007年第10期35卷 179-181页

作者：戴雅丽武汉船舶职业技术学院武汉430040

介绍集散控制系统的结构特点及其应用,并将它与传统的仪表控制系统比较,集散控制系统具有可靠性高、价格低、易于实现的优点。

关键词：集散控制系统(DCS) 调节器仪表控制系统

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“广义”类比教学法探讨

武汉船舶职业技术学院学报 2007年第4期6卷 86-88页

作者：戴雅丽武汉船舶职业技术学院电子电气工程系湖北武汉430050

通过对《电工基础》的教学实践,阐述"广义"类比的定义、分类、作用、优点及采用这种教学方法的技巧,以期达到提高教学质量共同进步的目的。

关键词： “广义”类比教学法教学质量

复合抗氧化剂对2型糖尿病患者糖负荷时炎性细胞因子表达的影响

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中国临床康复 2004年第9期8卷 1693-1695页

作者：张帆朱翠凤戴雅丽蓝薇徐晓燕苏宜香郭松超深圳市北京大学深圳医院内分泌科广东省深圳市518036 深圳市北京大学深圳医院营养科广东省深圳市518036 中山大学公共卫生学院营养系广东省广州市510080 广西医科大学公共卫生学院营养系广西壮族自治区南宁市530021

目的:探讨不同剂量的大豆异黄酮、维生素C和维生素E复合抗氧化剂协同作用对2型糖尿病患者糖负荷时血管内皮炎性细胞因子表达的影响。方法:将120例符合条件的2型糖尿病患者按性别和体质量指数分层后随机分为4组(分别为糖尿病对照组、低... 详细信息

目的:探讨不同剂量的大豆异黄酮、维生素C和维生素E复合抗氧化剂协同作用对2型糖尿病患者糖负荷时血管内皮炎性细胞因子表达的影响。方法:将120例符合条件的2型糖尿病患者按性别和体质量指数分层后随机分为4组(分别为糖尿病对照组、低剂量组、中剂量组、高剂量组),进行口服葡萄糖耐量试验(OGTT)时分别给予不同剂量的大豆异黄酮、维生素C和维生素E的混合干预物或安慰剂并与正常人(正常对照组)比较,观察各组在OGTF时0,1,2,4,6h血清中肿瘤坏死因子α(TNF-α)和白细胞介素6(IL-6)的变化。结果:4个2型糖尿病组空腹时TNF-α水平显著高于正常对照组(F=8.76,P<0.01)。OGTT中糖尿病对照组IL-6水平于餐后1h[(54.03±99.26)μg/L]达峰值,1,2 h均显著高于空腹[(54.65±104.70)μg/L](F=9.12,P<0.01;F=3.56,P<0.05);TNF-α水平于餐后2h[(67.26±95.05)μg/L]达峰值,2,4h均显著高于空腹(F=10.23,9.56,P<0.01)、1h(F=3.45,3.26,P<0.05)和6h(F=11.36,10.05,P<0.01)。低剂量组波动趋势同糖尿病对照组,IL-6水平餐后1h达高峰显著高于空腹(F=4.13,P<0.05);TNF-α水平餐后于餐后2h达峰值,2,4h均显著高于0 h(F=8.97,8.56,P<0.01)、1h(F=3.12,3.01,P<0.05)和6 h(F=9.01,8.87,P<0.01)。4h开始下降,至6 h时回落至空腹水平。

关键词：复合抗氧化剂 2型糖尿病糖负荷炎性细胞因子大豆异黄酮维生素C 维生素E