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γ-羟基丁烯羟酸内酯类内皮激素拮抗剂的比较分子场分析

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高等学校化学学报 2001年第11期22卷 1864-1868页

作者：顾长明侯廷军徐筱杰北京大学化学与分子工程学院北京100871

采用比较分子场分析方法 ( Co MFA)分析了一组 γ-羟基丁烯羟酸内酯类内皮激素拮抗剂的活性与结构的关系 .在计算中 ,除了考察立体场和静电场 ,还引入了氢键场 ,结果表明 ,引入氢键场可以明显改善计算的结果 .所得模型不仅能够很好地预... 详细信息

采用比较分子场分析方法 ( Co MFA)分析了一组 γ-羟基丁烯羟酸内酯类内皮激素拮抗剂的活性与结构的关系 .在计算中 ,除了考察立体场和静电场 ,还引入了氢键场 ,结果表明 ,引入氢键场可以明显改善计算的结果 .所得模型不仅能够很好地预测训练集中的分子 ,而且还可准确地预测测试集中的化合物 .通过分析分子场等值面图在空间的分布 ,可以观察到叠合分子周围的立体、静电以及氢键特征对化合物活性的影响 .

关键词： γ-羟基丁烯羟酸内酯内皮激素拮抗剂比较分子场法分析血管收缩药物抑制作用抑制剂

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基于分子表面的水化自由能预测方法

物理化学学报 2002年第11期18卷 1052-1056页

作者：侯廷军徐筱杰北京大学化学与分子工程学院北京100871

报导了一种基于加权原子表面的水合自由能预测(SAWSA).对于不同原子类型的溶剂化参数,其参数化分为三个步骤:首先用SMARTS语言确定不同的原子类型;然后计算每个原子的溶剂可及化表面;最后用遗传算法来优化不同原子类型的溶剂化参数.采... 详细信息

报导了一种基于加权原子表面的水合自由能预测(SAWSA).对于不同原子类型的溶剂化参数,其参数化分为三个步骤:首先用SMARTS语言确定不同的原子类型;然后计算每个原子的溶剂可及化表面;最后用遗传算法来优化不同原子类型的溶剂化参数.采用该模型,计算了18个蛋白质分子的水合自由能,预测结果和PB/SA的计算结果呈现了很好的线性关系(r=0.99).计算表明,SAWSA模型对有机小分子和生物大分子都具有很好的预测能力.

关键词：预测方法水化自由能溶剂效应分子表面遗传算法原子类型定义溶剂化能

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褪黑激素受体拮抗剂的三维定量构效关系研究

物理化学学报 2002年第12期18卷 1087-1092页

作者：朱丽荔徐筱杰北京大学化学与分子工程学院北京100871

采用两种分子场分析方法即比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似因子分析法(CoMSIA)进行了37个褪黑激素受体拮抗剂的构效关系研究.计算结果表明,两种方法得到的构效关系模型都具有较好的预测能力.在计算中,还考察了不同格点距离和电... 详细信息

采用两种分子场分析方法即比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似因子分析法(CoMSIA)进行了37个褪黑激素受体拮抗剂的构效关系研究.计算结果表明,两种方法得到的构效关系模型都具有较好的预测能力.在计算中,还考察了不同格点距离和电荷计算方法对构效关系模型的影响.通过分析分子场等值面图在空间的分布,可以观察到叠合分子周围分子场特征对化合物活性的影响,为设计新的褪黑激素拮抗剂提供了一些理论依据.

关键词：褪黑激素受本拮抗剂三维定量构效关系比较分子场分析法比较分子相似因子分析法药物设计

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利用亲和选择筛选法从组合化学库中筛选新药

分析化学 2002年第1期30卷 101-106页

作者：吴增茹徐筱杰北京大学化学与分子工程学院北京大学化学与分子工程学院北京100871

组合化学方法可以产生大量的新化合物供新药筛选，但传统的逐一筛选法不能满足如此数量庞大的化合物。因此，针对混合物进行筛选显得非常重要。亲和选择筛选法利用药物作用的靶蛋白与潜在药物之间的亲和活性，使目标化合物与大量无亲和... 详细信息

组合化学方法可以产生大量的新化合物供新药筛选，但传统的逐一筛选法不能满足如此数量庞大的化合物。因此，针对混合物进行筛选显得非常重要。亲和选择筛选法利用药物作用的靶蛋白与潜在药物之间的亲和活性，使目标化合物与大量无亲和活性的化合物分离，然后只对有亲和活性的化合物进行结构鉴定，从而快速地从大量混合物中找到目标化合物。本文着重讨论了亲和选择筛选的几种形式、相应技术和在组合化学库筛选中的应用。亲和选择筛选大体分为两种方式：一种是将靶蛋白固定在支持物上，有亲和活力的化合物被保留，大量非亲和化合物被洗掉；另一种是在溶液中靶蛋白与混合物库孵育，然后利用受体配基复合物与不结合的游离化合物性质的差别进行区分。亲和选择筛选法也适合于化合物的种类和含量都未知的天然提取物的筛选。

关键词：组合化学库药物发现亲和选择评述

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中药有效成分三维结构数据库的开发和研究

化学学报 2001年第10期59卷 1788-1792页

作者：侯廷军乔学斌徐筱杰北京大学化学与分子工程学院北大养生堂天然药物研究室

介绍了北京大学中药有效成分三维结构数据库软件系统的结构、功能及开发步骤,该数据库系统不仅仅提供6500个中草药有效成分的二维和三维结构以及其它各类相关信息,同时拥有功能强大的数据库查询、维护及分子表达系统.在该系统中,用户可... 详细信息

介绍了北京大学中药有效成分三维结构数据库软件系统的结构、功能及开发步骤,该数据库系统不仅仅提供6500个中草药有效成分的二维和三维结构以及其它各类相关信息,同时拥有功能强大的数据库查询、维护及分子表达系统.在该系统中,用户可以交互式地实现多种分子特征的查询以及二维子结构的查询查询得到的分子可以直接在北京大学药物设计系统(PKUDDS)中进行三维结构的显示和分析.该数据库系统和我们科研组开发的北京大学药物设计系统以及中草药信息、系统构成了完整的基于中药的药物设计系统该系统已经用于NS3-NS4A蛋白酶抑制剂以及其它本系的研究并取得了很好的结果.

关键词：中药有效成分数据库三维结构子结构匹配北京大学药物设计系统

基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法

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化学进展 2004年第2期16卷 153-158页

作者：侯廷军徐筱杰北京大学化学与分子工程学院北京100871

近些年 ,基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法受到了越来越多的关注 ,其中MM PBSA就是最具代表性的方法。在MM PBSA中 ,体系的焓变采用分子力学 (MM )的方法计算得到 ;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Poisson Bol... 详细信息

近些年 ,基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法受到了越来越多的关注 ,其中MM PBSA就是最具代表性的方法。在MM PBSA中 ,体系的焓变采用分子力学 (MM )的方法计算得到 ;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Poisson Boltzmann(PB)方程的方法计算得到 ;溶液效应中非极性部分对自由能的贡献则通过分子表面积 (SA)计算得到。本文结合我们科研组的工作 ,就近几年MM PBSA方法的最新进展做了较为详细的阐述 ,同时对MM PBSA的发展前景进行了展望。

关键词：分子动力学模拟连续介质模型自由能计算方法 MM/PBSA 药物分子设计计算机辅助设计去溶剂化能熵效应

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遗传算法在计算机辅助药物分子设计中的应用

化学进展 2004年第1期16卷 35-41页

作者：侯廷军徐筱杰北京大学化学与分子工程学院北京100871

作为一种重要的启发式优化算法 ,遗传算法在计算机辅助药物分子设计中得到了广泛的应用。本文介绍了遗传算法的基本概念以及工作原理 ,同时结合作者科研组的工作 ,就遗传算法在定量构效关系、构象分析、药效团模拟。

关键词：遗传算法计算机辅助药物分子设计工作原理定量构效关系构象分析药效团模拟分子对接虚拟组合化学启发式优化算法

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比较分子场分析方法研究的最新进展

化学进展 2001年第6期13卷 436-440页

作者：侯廷军徐筱杰北京大学化学与分子工程学院北京100871

比较分子场分析方法 ( Co MFA)是目前在三维定量构效关系 ( 3D- QSAR)中应用最为广泛的方法之一。但传统的比较分子场分析方法在具体的实现过程中还存在着一些缺陷和不足 ,包括分子场势能函数的选择 ,活性构象的确定 ,分子的叠合以及分... 详细信息

比较分子场分析方法 ( Co MFA)是目前在三维定量构效关系 ( 3D- QSAR)中应用最为广泛的方法之一。但传统的比较分子场分析方法在具体的实现过程中还存在着一些缺陷和不足 ,包括分子场势能函数的选择 ,活性构象的确定 ,分子的叠合以及分子场变量的选取等等。本文结合我们科研组的工作 ,就近几年Co MFA方法的最新进展做了较为详细的阐述 ,同时对 Co

关键词：比较分子场分析药物设计三维定量构效关系遗传算法药物活性结构

应用反向传播神经网络预测化合物脑血分配系数

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物理化学学报 2002年第5期18卷 385-388页

作者：乔学斌侯廷军章威徐筱杰北京大学化学与分子工程学院北京100871

选用27种三维结构性质描述符对脑血分配系数预测建立神经网络模型.网络模型选用典型的适合函数逼近的两层结构神经网络对脑血分配系数(lgBB,BB为脑血浓度比)进行预测,计算中采用的模型具有一个双曲正切型激活函数的隐含层和一个线性激... 详细信息

选用27种三维结构性质描述符对脑血分配系数预测建立神经网络模型.网络模型选用典型的适合函数逼近的两层结构神经网络对脑血分配系数(lgBB,BB为脑血浓度比)进行预测,计算中采用的模型具有一个双曲正切型激活函数的隐含层和一个线性激活函数的输出层.计算表明,使用小心选择的反向传播神经网络模型对化合物脑血分配系数具有较好的预测能力.

关键词：反向传播神经网络预测脑血分配系数脑血屏障 QSPR 定量结构性质分析药物设计