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中国欧李根癌病病原菌鉴定

植物病理学报 2023年第6期53卷 1253-1261页

作者：杨雯冯钰梅张志想李世访植物病虫害生物学国家重点实验室中国农业科学院植物保护研究所北京100193

0引言欧李(Cerasus humilis(Bge.)Sok.)又称钙果、山梅子、小李仁等,是我国特有的野生型灌木类果树[1],具有独特的环境适应性和丰富的营养价值。自20世纪80年代以来,该果树作为我国西部地区的生态扶贫战略中重点栽培品种,种植面积不断扩... 详细信息

0引言欧李(Cerasus humilis(Bge.)Sok.)又称钙果、山梅子、小李仁等,是我国特有的野生型灌木类果树[1],具有独特的环境适应性和丰富的营养价值。自20世纪80年代以来,该果树作为我国西部地区的生态扶贫战略中重点栽培品种,种植面积不断扩大[2]。近年来,欧李根癌病发生严重,严重威胁产业发展[3]。根癌病主要发生在植物根及根颈部,在枝干上也时有发生。

关键词：根癌病病原菌鉴定根颈部欧李栽培品种钙果生态扶贫营养价值

苹果锈果类病毒(ASSVd)的种群及遗传变异分析

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植物保护 2023年第2期49卷 103-110页

作者：杜亚杰张煜泓李世访朱英波张志想河北科技师范学院农学与生物科技学院河北科技师范学院河北省作物逆境生物学重点实验室(筹)秦皇岛066004 中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害综合治理全国重点实验室北京100193

苹果锈果类病毒apple scar skin viroid(ASSVd)引起苹果锈果病,是限制我国苹果生产的重要因素之一。然而,目前对ASSVd全球种群的组成及遗传变异仍缺乏足够的了解。为此,本研究对GenBank中登录的212条基因组序列进行了比较、变异分析以... 详细信息

苹果锈果类病毒apple scar skin viroid(ASSVd)引起苹果锈果病,是限制我国苹果生产的重要因素之一。然而,目前对ASSVd全球种群的组成及遗传变异仍缺乏足够的了解。为此,本研究对GenBank中登录的212条基因组序列进行了比较、变异分析以及系统发育分析。确认ASSVd的种群符合准种模式,由165种序列相似但不相同的变体组成。以来自我国苹果的MW315909和MW302328为代表的两种变体的数量最多,是主流变体。依据参考序列(NC001340)分析碱基变异,发现碱基变异偏好于某种碱基,并且偏好于基因组上的一些特定位点。变异不仅发生在基因组二级结构的左末端区、致病区、中央区,也发生在可变区和右末端区。值得指出的是,基因组上有4个区域极少发生变异,为保守区。其中的两个保守区(末端保守区和中央保守区)是已知的,而在可变区与右末端区交界处的两个保守区是新发现的,它们对ASSVd的复制和移动可能具有重要作用。这些结果不仅有助于掌握ASSVd的发生及流行,而且为研发RT-PCR/qPCR检测技术提供了参考,为研究ASSVd与寄主的相互作用提供了线索。

关键词：苹果类病毒种群遗传变异变异

新疆野杏桃褪绿叶斑病毒和梅相关黄症病毒的鉴定

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植物病理学报 2023年

作者：米美璇李世访战斌慧张志想麦合木提江·米吉提中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室新疆农业大学农学院农业农村部西北荒漠绿洲农林外来入侵生物防控重点实验室新疆慧尔农业集团股份有限公司

Xinjiang wild apricot(Prunus armeniaca) has strong resistance to drought and cold. It is an important genetic resource for breeding. In 2021, twenty leaf samples of Xinjiang wild apricot were collected in the wild forests of Tianshan Mountain in Yili, Xinjiang. Using the high-throughput sequencing and RT-PCR, peach chlorotic leaf spot virus(PCLSV) and mume-associated luteovirus(Ma LV) were identified. Whole genomes of these two viruses were obtained by RT-PCR and RACE.After removing poly(A), the genome of PCLSV from Prunus armeniaca(PCLSV-YX) contains 7 462 nucleotides(nts) with three overlapping open reading frames(ORFs). The genome of MaLV from Prunus armeniaca(MaLV-YX) contains 5 753 nts, and has six ORFs. Phylogenetic analysis showed that PCLSV-YX was closely related to isolates of ‘PR19-2’ and ‘TaTao’. MaLV-YX was closely related to cherry-associated luteovirus(ChALV), Prunus mahaleb-associated luteovirus(PmALV), peach-associated luteovirus(PaLV) and peach-associated luteovirus 2(PaLV 2).

关键词：

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利用高通量测序检测新疆野苹果上的病毒

植物保护 2023年第6期49卷 247-252页

作者：米美璇张志想李世访战斌慧麦合木提江·米吉提新疆农业大学农学院农业农村部西北荒漠绿洲农林外来入侵生物防控重点实验室乌鲁木齐830052 中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害综合治理全国重点实验室北京100193 新疆慧尔农业集团股份有限公司昌吉831199

新疆野苹果Malus sieversii(Ledeb.)Roem.是苹果的祖先,也是重要的育种遗传资源,常用作砧木。近年来,新疆野苹果的分布面积骤减,对其的保护越来越重要。本研究采用高通量测序技术,对采自新疆伊犁天山野果林的26份样本进行病毒检测,检测... 详细信息

新疆野苹果Malus sieversii(Ledeb.)Roem.是苹果的祖先,也是重要的育种遗传资源,常用作砧木。近年来,新疆野苹果的分布面积骤减,对其的保护越来越重要。本研究采用高通量测序技术,对采自新疆伊犁天山野果林的26份样本进行病毒检测,检测到苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)和苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)。通过RT-PCR检测所有样品(127份),检测到ACLSV、ASPV和苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV),检出率分别为22%、19.7%和11%。结合RACE PCR技术扩增得到ASGV新疆野苹果分离物基因组全长序列,暂时命名为ASGV-XJ。去除3′末端poly(A)后的长度为6506 bp,有两个彼此重叠的开放阅读框(open reading frame,ORF),ORF1(47-6364 nt)编码一个241 kD的多聚蛋白,包含甲基转移酶(methyltransferase)、木瓜蛋白酶(papain-like-protease)、解旋酶(nucleotide triphosphate-binding helicase)、RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase)和C端的外壳蛋白(coat protein,CP)等;ORF2(4798-5760 nt)编码一个36 kD的运动蛋白(movement protein,MP)。系统发育分析表明,分离物间没有表现出寄主专一性和地理分布规律。上述结果对新疆野苹果的保护工作有重要的参考意义。

关键词：新疆野苹果高通量测序苹果茎沟病毒

我国部分地区鲜食辣椒及其加工品中辣椒轻斑驳病毒的调查

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植物保护 2017年第1期43卷 158-160,164页

作者：张蔚张志想李世访中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室北京100193

本研究利用RT-PCR技术对我国部分地区鲜食辣椒和辣椒加工品中的辣椒轻斑驳病毒Pepper mild mottle virus(PMMoV)进行了调查。其中,鲜食辣椒样品(249份)中PMMoV检出率为75.5%;147份辣椒加工品中有97份检测到PMMoV,且所采集的每一类别的... 详细信息

本研究利用RT-PCR技术对我国部分地区鲜食辣椒和辣椒加工品中的辣椒轻斑驳病毒Pepper mild mottle virus(PMMoV)进行了调查。其中,鲜食辣椒样品(249份)中PMMoV检出率为75.5%;147份辣椒加工品中有97份检测到PMMoV,且所采集的每一类别的辣椒制品中都有阳性样品。调查结果表明:PMMoV不仅广泛分布于我国辣椒种植区,而且在多种辣椒加工品中的检出率也较高。该研究进一步明确了PMMoV的来源及可能的传播途径,为该病毒的防控提供了理论依据。

关键词：辣椒轻斑驳病毒 RT-PCR 鲜食辣椒辣椒加工品

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拮抗根癌土壤杆菌的桃内生细菌的筛选鉴定

中国农业科学 2017年第20期50卷 3918-3929页

作者：李昱佳李茜张志想李世访中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室中国农业大学园艺学院

【目的】从对根癌病具有获得抗性(SAR)的桃单株"西北13-1"的枝条内分离鉴定内生细菌,分析其种群组成并从中筛选拮抗根癌土壤杆菌的高效生防菌,为桃根癌病的生物防治探索新方向并提供新的生防菌资源。【方法】首先,将根癌土壤杆菌(Agroba... 详细信息

【目的】从对根癌病具有获得抗性(SAR)的桃单株"西北13-1"的枝条内分离鉴定内生细菌,分析其种群组成并从中筛选拮抗根癌土壤杆菌的高效生防菌,为桃根癌病的生物防治探索新方向并提供新的生防菌资源。【方法】首先,将根癌土壤杆菌(Agrobacterium tumefaciens)接种到"西北13-1"的桃树枝条上,并以无菌水接种作为对照;然后,分别于接种前、接种后10 d和接种后60 d采集接种处理和对照处理的"西北13-1"枝条。表面消毒桃树枝条样品后采用涂布平板法分离内生细菌;并结合16S r DNA序列鉴定,比对初步鉴定菌株,分析内生细菌的数量及组成差异。采用平板拮抗法、温室防病效果测定筛选拮抗根癌土壤杆菌的活性菌株,通过生理生化测定和分子鉴定,明确其分类地位。为揭示拮抗菌可能具有的其他拮抗作用机制,通过电击转化将含有GFP基因的p BBR1MCS-2质粒导入拮抗菌株中,然后进行GFP标记菌株对根癌土壤杆菌的抑菌试验、生长动力学分析、稳定性测试。采用灌根法提前接种标记菌株菌悬液,第2天接种根癌土壤杆菌菌悬液,应用激光扫描共聚焦显微镜和平板稀释法研究标记菌株在番茄根部的定殖情况。【结果】从"西北13-1"桃枝条中共分离到108株内生细菌,基于16S r DNA序列,这些菌株分别属于伽马变形菌类(Gammaproteobacteria)、阿尔法变形菌类(Alpharoteobacteria)、放线菌类(Actinobacteria)、厚壁菌类(Firmicutes)、拟杆菌(Bacteroidetes),共计5个细菌类群17个属,显示了桃树枝条中内生细菌丰富的种群多样性。其中,伽马变形菌类的肠杆菌属(Enterobacter)、泛菌属(Pantoea)和根瘤菌属(Rhizobium)最多,其数量在接种根癌土壤杆菌后显著上升,包含了14株产抑菌圈的拮抗菌中的10株细菌。经鉴定,筛选出的两株抑菌活性较高、具有生防潜力的拮抗菌10DM4-1和10DI2-2分别为泛菌(Pantoea deleyi)和肠杆菌(Enterobacter cowanii),它们可显著抑制向日葵根癌瘤的形成,防治效果分别为86.08%和89.87%。标记菌株10DM4-1-gfp和10DI2-2-gfp灌根番茄后,可在根部细胞间隙观察到目标菌落,标记菌株的数量在0—10 d时呈现急剧下降趋势,最后保持相对稳定的较低水平(104CFU/g),说明了它们在番茄根组织内具有良好的生存和定殖能力。【结论】桃"西北13-1"的内生菌中存在着能够拮抗根癌土壤杆菌的细菌,这些具有拮抗活性的菌株与桃"西北13-1"具有根癌病抗性有关。分离得到的泛菌10DM4-1和肠杆菌10DI2-2可能通过产拮抗物质、占据根部有利生态位拮抗根癌土壤杆菌。

关键词：桃根癌病内生细菌拮抗菌生物防治定殖

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我国河南和甘肃地区梨树根癌病病原菌鉴定

植物保护 2020年第6期46卷 55-59页

作者：杨雯张志想李世访中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室北京100193

近年来,我国梨树根癌病多有发生,危害严重,但病原尚不明确。本研究采集了河南商丘和甘肃庆阳梨树根瘤,共分离得到13个分离物,对其进行形态特征观察、序列分析和特异性PCR检测、生理生化测定和致病性测定。结果表明,这13个分离物在NA平... 详细信息

近年来,我国梨树根癌病多有发生,危害严重,但病原尚不明确。本研究采集了河南商丘和甘肃庆阳梨树根瘤,共分离得到13个分离物,对其进行形态特征观察、序列分析和特异性PCR检测、生理生化测定和致病性测定。结果表明,这13个分离物在NA平板上的菌落呈白色、圆形,单菌落中间凸起、边缘整齐。它们均能在New Kerr培养基上良好生长。其16S rRNA基因序列与GenBank中已登录的Agrobacterium tumefaciens和A.rhizogenes序列相似性大于98%。将分离物人工接种向日葵后能使接种部位产生癌瘤。鉴定结果表明,梨树根瘤中分离出的13个分离物均为生物Ⅱ型土壤杆菌。

关键词：根癌病梨树病原菌

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锦紫苏类病毒研究进展

植物保护 2021年第1期47卷 27-30,39页

作者：姜冬梅张志想李世访北京市农林科学院北京农业质量标准与检测技术研究中心北京100097 中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室北京100193

锦紫苏又名彩叶草,是一种草本观赏植物,可以被马铃薯纺锤块茎类病毒科锦紫苏类病毒属的类病毒侵染。目前为止,共发现了6种锦紫苏类病毒,分别为锦紫苏类病毒-1~锦紫苏类病毒-6(CbVd-1~CbVd-6),它们具有共同的中央保守区(CCR),存在广泛的... 详细信息

锦紫苏又名彩叶草,是一种草本观赏植物,可以被马铃薯纺锤块茎类病毒科锦紫苏类病毒属的类病毒侵染。目前为止,共发现了6种锦紫苏类病毒,分别为锦紫苏类病毒-1~锦紫苏类病毒-6(CbVd-1~CbVd-6),它们具有共同的中央保守区(CCR),存在广泛的分子间重组,其嵌合体的发现为研究类病毒RNA重组提供了较为理想的试验材料。本文系统综述了锦紫苏类病毒的分类地位及分子特征、检测方法、与寄主互作等方面的研究进展,并对锦紫苏类病毒研究中的热点和难点问题进行了讨论和展望。

关键词：类病毒锦紫苏 RNA重组寄主

甘蔗线条花叶病毒HC-Pro基因的分子变异分析

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植物保护 2017年第2期43卷 29-36页

作者：贺振李文凤张志想李世访扬州大学园艺与植物保护学院扬州225009 中国农业科学院植物保护研究所/植物病虫害生物学国家重点实验室北京100193 云南省农业科学院甘蔗研究所/云南省甘蔗遗传改良重点实验室开远661699

为了解析甘蔗线条花叶病毒Sugarcane streak mosaic virus(SCSMV)不同分离物HC-Pro基因的分子变异规律,本研究利用RT-PCR法扩增获得SCSMV HC-Pro基因的序列,通过生物信息学分析,分别从重组、系统发生、选择压力等方面研究SCSMV HC-Pro... 详细信息

为了解析甘蔗线条花叶病毒Sugarcane streak mosaic virus(SCSMV)不同分离物HC-Pro基因的分子变异规律,本研究利用RT-PCR法扩增获得SCSMV HC-Pro基因的序列,通过生物信息学分析,分别从重组、系统发生、选择压力等方面研究SCSMV HC-Pro基因的分子变异特征。共测定了44条SCSMV HC-Pro基因序列,相似性最低值为70%;HC-Pro基因重组频率较低,仅发现3个重组位点,其中一个系首次报道;与先前报道相比,部分新测定云南蔗区的SCSMV分离物在HC-Pro基因上形成一个新组-第Ⅲ组;HC-Pro基因处于很强的负选择压力作用,未发现正向选择作用位点。本研究结果进一步证明SCSMV HC-Pro基因具有高度的遗传多样性。

关键词：甘蔗线条花叶病毒 HC-Pro基因分子变异