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一株定植ST23-K1型耐碳青霉烯高毒力肺炎克雷伯菌的耐药性及全基因组分析

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宁夏医科大学学报 2024年第3期46卷 236-244,249页

作者：邱卓然康宇婷汪澎涛郭琴琴李秋洁贾伟宁夏医科大学总医院医学实验中心宁夏医科大学第一临床医学院银川750004 宁夏医科大学总医院医学科学研究院宁夏医科大学第一临床医学院银川750004

目的分析肺炎克雷伯菌临床分离株K63[第63号耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)]的毒力耐药情况及全基因组特征。方法收集分离自宁夏某医院新生儿重症监护室男性患儿痰液标本的肺炎克雷伯菌K63株,通过VITEK 2 Compact对其进行鉴定和药物敏... 详细信息

目的分析肺炎克雷伯菌临床分离株K63[第63号耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)]的毒力耐药情况及全基因组特征。方法收集分离自宁夏某医院新生儿重症监护室男性患儿痰液标本的肺炎克雷伯菌K63株,通过VITEK 2 Compact对其进行鉴定和药物敏感性试验。PCR法检测菌株毒力基因(ybtS、iutA、iucA、iroB、rmpA2、fimH、mrkD、peg344)和耐药基因(bla_(TEM)、bla_(SHV)、bla_(NDM)、bla_(IMP)、bla_(OXA-48)、bla_(VIM))。PacBio RSⅢ和illuminate高通量测序平台对其进行全基因组测序、基因组组装及生物信息学分析,获得菌株基因组特征。结果成功从呼吸窘迫和新生儿肺部感染患儿痰液标本中分离出一株CRKP,命名为K63。药敏结果显示其对碳青霉烯类、磺胺类、头孢菌素类、β-内酰胺类、β-内酰胺酶抑制剂复合物等抗生素均耐药。PCR结果显示,毒力基因ybtS、iucA、iutA、rmpA2、iroB、fimH、mrkD、peg344为阳性,同时携带bla_(TEM)、bla_(SHV)、bla_(NDM)及bla_(VIM)耐药基因。全基因组测序及组装得到1条完整的基因组序列及1条质粒序列,其基因组大小为5880871 bp,序列比对结果显示K63菌株为ST23-K1型。在染色体基因组基因鉴定中,发现有8种毒力基因,有7种耐药相关基因。质粒携带有bla_(SHV-66)、bla_(SNDM-5)、sul1、mphA和aph(3’)-Ia、tetC、vanA和mexe等耐药基因。clb(ABCDFGHIJKLMNOPQS)、glf、pilW、ibeB等毒力基因也被注释。同时,水平转移区域预测结果显示质粒pVir-CR-63-1具有转移的潜力。基因富集及功能分析显示主要富集于代谢相关通路。结论分离定植的K63株可能为高毒力耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌,有潜在传播风险,临床上应予以高度重视。

关键词：碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌全基因组测序耐药性毒力抗生素

脓毒症早期发生血流感染患者的临床特点及危险因素分析

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中华危重病急救医学 2022年第6期34卷 608-613页

作者：景佩刘勤富杨明月康宇婷赵志军杨晓军宁夏医科大学临床医学院银川750004 宁夏医科大学总医院重症医学科银川750004 宁夏医科大学总医院医学实验中心银川750004

目的分析宁夏医科大学总医院重症医学科脓毒症患者早期发生血流感染(BSI)的临床特点、发生的危险因素及预后情况。方法采用前瞻性观察研究,纳入2019年11月1日至2021年8月31日宁夏医科大学总医院重症医学科收治的脓毒症患者,脓毒症诊断2... 详细信息

目的分析宁夏医科大学总医院重症医学科脓毒症患者早期发生血流感染(BSI)的临床特点、发生的危险因素及预后情况。方法采用前瞻性观察研究,纳入2019年11月1日至2021年8月31日宁夏医科大学总医院重症医学科收治的脓毒症患者,脓毒症诊断24 h内留取血培养。记录患者的一般资料、诊断脓毒症24 h内实验室检查指标、血培养结果,随访患者并观察患者预后相关指标,包括机械通气时间、重症监护病房(ICU)住院时间及28 d存活情况。根据患者血培养结果分为BSI组和非BSI组,对两组患者的一般临床特征进行单因素和多因素Logistic回归分析,筛选脓毒症患者早期发生BSI的危险因素。绘制受试者工作特征曲线(ROC曲线),评价各危险因素对脓毒症患者早期发生BSI的预测价值。结果共纳入脓毒症患者202例,其中BSI组62例,非BSI组140例。BSI组患者以合并腹腔感染为主(61.3%),非BSI组以合并肺部感染为主(49.3%)。BSI组脓毒症患者共分离出菌株76株,主要病原菌从多到少依次为大肠埃希菌26株(34.2%)、肺炎克雷伯菌11株(14.4%)、肠球菌7株(9.2%)、脆弱拟杆菌6株(7.9%)和金黄色葡萄球菌6株(7.9%)。BSI组与非BSI组之间的机械通气时间、ICU住院时间、28 d病死率比较差异均无统计学意义。单因素分析显示,两组间体温、急性生理学与慢性健康状况评分Ⅱ(APACHEⅡ)、入ICU前使用抗菌药物、腹腔感染、超敏C-反应蛋白(hs-CRP)、血肌酐(SCr)、总胆红素(TBil)、血小板计数(PLT)、血乳酸(Lac)及高降钙素原(PCT)水平比例比较差异均有统计学意义(均P<0.05)。多因素Logistic分析显示,低PLT〔优势比(OR)=1.004,P=0.019〕、高Lac(OR=1.314,P=0.002)、高体温(OR=1.482,P=0.027)、合并腹腔感染(OR=2.354,P=0.040)、入ICU前未使用抗菌药物(OR=2.260,P=0.049)是脓毒症患者早期发生BSI的独立危险因素。ROC曲线分析显示,PLT、Lac、体温、腹腔感染及入ICU前未使用抗菌药物预测脓毒症患者早期发生BSI的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.711、0.686、0.594、0.592和0.590,PLT、Lac和体温的最佳截断值分别为PLT 122.50×10^(9)/L、Lac 2.95 mmol/L和体温39.45℃,5项联合预测时的AUC最大,为0.754,敏感度为75.8%,特异度为68.8%。结论脓毒症早期发生BSI患者的病情严重程度比非BSI患者更重;低PLT、高Lac、高体温、合并腹腔感染及入ICU前未使用抗菌药物是脓毒症患者早期发生BSI的独立危险因素,5项联合时具有良好的预测价值。

关键词：脓毒症血流感染重症监护病房危险因素预后

短链脂肪酸对THP-1细胞和COPD小鼠炎症反应的影响

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西安交通大学学报（医学版） 2022年第3期43卷 361-367页

作者：张桐汪澎涛康宇婷杨宁爱赵志军贾伟宁夏医科大学临床医学院宁夏银川750004 宁夏医科大学总医院宁夏病原微生物重点实验室宁夏银川750004

目的探讨短链脂肪酸在人单核细胞白血病(THP-1)细胞和慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)中的抗炎作用及意义。方法采用qRT-PCR、ELISA、Western blotting、HE染色、天狼星染色实验方法检测短链脂肪酸处理... 详细信息

目的探讨短链脂肪酸在人单核细胞白血病(THP-1)细胞和慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)中的抗炎作用及意义。方法采用qRT-PCR、ELISA、Western blotting、HE染色、天狼星染色实验方法检测短链脂肪酸处理前、后的THP-1细胞和COPD小鼠炎症因子变化。结果ELISA和qRT-PCR检测结果表明,COPD患者血清中炎症因子白介素6(interleukin-6,IL-6)、白介素1β(interleukin-1β,IL-1β)、肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)mRNA表达和浓度高于健康人群;THP-1细胞系在LPS刺激后这些炎症因子高表达,经过短链脂肪酸处理后,丁酸盐比乙酸盐和丙酸盐能更好降低这些炎症因子的表达。在COPD小鼠饮水中加入丁酸盐后,通过qRT-PCR和ELISA检测发现,小鼠肺组织炎症因子IL-6、IL-1β、TNF-αmRNA表达降低,外周血炎症因子IL-6和IL-1β浓度降低,但TNF-α浓度并无统计学差异;Western blotting检测蛋白结果表明,转录因子kappa B(NF-κB)磷酸化表达降低,丁酸盐可能通过抑制NF-κB信号通路而抑制炎症因子的表达。结论短链脂肪酸中的丁酸盐能够抑制由LPS诱导的THP-1细胞炎症反应,并对COPD小鼠的炎症起到一定抑制作用。

关键词：短链脂肪酸人单核细胞白血病细胞炎症反应慢性阻塞性肺疾病小鼠

含有bla_(OXA-48)基因BL21(DE3)菌株的转录组测序与分析

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中国病原生物学杂志 2023年第8期18卷 917-921,926页

作者：潘亚菲康宇婷刘文淼贾伟李刚宁夏医科大学总医院医学实验中心宁夏银川750004 宁夏临床病原微生物重点实验室宁夏医学检验临床研究中心

目的了解含有bla_(OXA-48)基因的BL21(DE3)菌株其细菌转录谱的变化,探究bla_(OXA-48)基因的引入对BL21(DE3)菌株代谢及耐药性的影响。方法采用高通量转录组测序的RNA-seq技术对pET32a(+)-OXA-48-BL21(DE3)与pET32a(+)-BL21(DE3)及OXA-48菌株进行检测,测序数据处理后获得表达差异基因,差异表达基因的筛选阈值为:|log2(FoldChange)|>1且qvalue<0.005。对差异表达基因进行聚类分析,利用GO数据库和KEGG数据库对表达差异基因进行注释与富集性分析,筛选部分差异表达关键基因进行分类整理。结果pET32a(+)-OXA-48-BL21(DE3)与pET32a(+)-BL21(DE3)相比有1201个差异表达基因,其中上调592个,下调609个;GO分析表明,代谢过程、生物合成过程、分子功能、催化活性、离子结合等途径共同参与OXA-48菌株的生物过程。KEGG富集分析表明差异基因主要与碳代谢、不同环境中的微生物代谢、抗生素的生物合成、嘌呤代谢、次生代谢物的生物合成等有关。对差异表达关键基因进行整理分析,与耐药性、生物膜形成、及脂多糖合成代谢相关的差异基因有acrA、acrB、ompF、pedR、mcbR和LptD等。结论bla_(OXA-48)在BL21(DE3)菌株中的表达能调控多种与细菌耐药性及代谢相关基因的表达,这为研究耐药基因对于肠杆菌科细菌产生的影响奠定了基础,可为OXA-48菌株的流行病学监测及其感染的预防控制提供参考。

关键词：碳青霉烯类肠杆菌科细菌细菌耐药性转录组

过表达碳青霉烯酶OXA-48对菌株耐药性、适应性及宿主细胞Toll样受体信号通路的影响

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中国生物制品学杂志 2023年第9期36卷 1032-1038页

作者：潘亚菲赵志军党甜甜康宇婷贾伟宁夏医科大学总医院医学实验中心宁夏银川750004 宁夏病原微生物重点实验室宁夏银川750004 宁夏医科大学总医院医学科学研究院宁夏银川750004

目的探讨过表达OXA-48对菌株耐药性、适应性及宿主细胞Toll样受体(Toll-like receptor,TLR)信号通路的影响。方法将重组质粒pET32a(+)-OXA-48转化至E.coli BL21(DE3)中,获得的重组菌pET32a(+)-OXA-48-BL21(DE3)进行菌落PCR及测序鉴定。以A_(600)(0.3、0.5、0.7)、IPTG终浓度(0.4、0.6、0.8 mmol/L)及诱导时间(2、4、6 h)为变量,mRNA转录水平为响应值,设计3因素3水平正交试验,优化质粒的诱导表达条件。纸片扩散法检测重组菌pET32a(+)-OXA-48-BL21(DE3)对亚胺培南(Imipenem,IPM)、美罗培南(Meropenem,MEM)、头孢曲松(Ceftriaxone,CRO)、头孢吡肟(Cefepime,FEP)的耐药性;通过生物膜形成试验和血清抵抗力试验检测重组菌pET32a(+)-OXA-48-BL21(DE3)的适应性。将pET32a(+)-OXA-48-BL21(DE3)、pET32a(+)-BL21(DE3)和E.coli BL21(DE3)菌株分别感染小鼠肺泡巨噬细胞MH-S,qRT-PCR法检测细胞中TLR2、TLR4和NF-кB(p65)基因mRNA转录水平,ELISA法检测细胞因子白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、IL-10、肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)和转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)的表达情况。结果经菌落PCR及测序鉴定,重组菌pET32a(+)-OXA-48-BL21(DE3)构建正确。最佳诱导条件:A_(600)为0.3,IPTG终浓度为0.6 mmol/L,诱导时间为2 h。与pET32a(+)-BL21(DE3)菌株比较,重组菌pET32a(+)-OXA-48-BL21(DE3)对IPM、MEM、CRO和FEP 4种抗生素的耐药性明显降低(t=7.14~22.32,P均0.05);感染12和24 h时,IL-6表达水平显著高于pET32a(+)-BL21(DE3)组(t分别为2.92和3.79,P均<0.05)。结论过表达OXA-48可降低细菌的耐药性,提高适应性及宿主细胞TLRs信号通路相关因子的转录水平,还可影响宿主细胞下游细胞因子的表达水平。

关键词：碳青霉烯酶OXA-48 耐药性适应性 Toll样受体细胞因子

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酵素源乳酸菌的益生性及抑菌特性的评价

现代食品科技 2023年

作者：肖仔君钟瑞敏陆伟东康宇婷林丽芳韶关学院英东食品学院韶关学院化学与土木工程学院韶关市紫背桃源生态科技有限公司

为筛选到发酵性能稳定且高效的功能性菌株，以韶关紫背桃源生产的酵素中分离出的12株乳酸菌为试验菌株，测定其益生特性。分别对12株乳酸菌进行了自聚集性、耐酸性，以及对胆盐、胃蛋白酶、胰蛋白酶与抗生素的耐受性和对肠道致病菌的拮... 详细信息

为筛选到发酵性能稳定且高效的功能性菌株，以韶关紫背桃源生产的酵素中分离出的12株乳酸菌为试验菌株，测定其益生特性。分别对12株乳酸菌进行了自聚集性、耐酸性，以及对胆盐、胃蛋白酶、胰蛋白酶与抗生素的耐受性和对肠道致病菌的拮抗作用实验，结果表明：12株受试乳酸菌均表现出良好的自聚集性；除XZJ07外，其他11株菌株在p H值为2.5的模拟胃液中培养3 h存活率仍达75%以上；在人工模拟胃液以及肠液中对胃蛋白酶和胰蛋白酶孵育2、3 h存活率仍超过75%；在含有胆盐浓度为3 g/L MRS培养基中培养3 h后，活菌数仍达106CFU/m L，另外，受试菌株对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌均有一定的抑制作用，对大肠杆菌抑菌圈直径均大于15 mm，对金黄色葡萄球菌抑菌圈直径均大于17 mm；受试菌株对氨苄青霉素敏感，对四环素、红霉素、土霉素较为耐受。这些研究结果预示着受试菌株具有作为优质益生性发酵剂的潜在能力。

关键词：乳酸菌益生性耐受性

鲍曼不动杆菌abaI基因的克隆表达分析、同源建模及分子对接分析

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化学研究与应用 2022年第12期34卷 2886-2893页

作者：乔霞苏雅静康宇婷汪澎涛贾伟宁夏医科大学总医院宁夏临床病原微生物重点实验室宁夏银川750004 宁夏医科大学总医院医学实验中心宁夏银川750004

高丝氨酸内脂合成酶(homoserine lactone synthase,abaI)是导致鲍曼不动杆菌生物被膜形成的关键酶之一,对其结构功能的研究有助于我们对抑制生物被膜形成有很大帮助。本研究通过Genebank查找abaI(A1S_0109)蛋白序列,运用分子技术对其进... 详细信息

高丝氨酸内脂合成酶(homoserine lactone synthase,abaI)是导致鲍曼不动杆菌生物被膜形成的关键酶之一,对其结构功能的研究有助于我们对抑制生物被膜形成有很大帮助。本研究通过Genebank查找abaI(A1S_0109)蛋白序列,运用分子技术对其进行表达分析,应用生物分析软件ExPASy、ESPript、MEG5.0、SWISS-MODEL等对其进行结构分析,使用分子对接软件分析抑制剂的关键结合位点。结果显示,在含有pET28a-abaI重组质粒BL21菌株与野生BL21菌株相比生物被膜形成能力以及运动性显著增高。从生成生物膜被膜的定义上,BL21从不产生物被膜菌株,变成了产膜菌株。预测其结构蛋白与TofI蛋白高度相似,通过分子对接首次揭示abaI蛋白抑制剂与abaI蛋白相互作用关系。研究结果显示abaI在BL21中能够促使生物被膜的形成和增强细菌的运动,分子对接揭示了abaI蛋白的相互作用位点,为进一步研究其活性以及抑制剂提供了重要的参考信息。

关键词：鲍曼不动杆菌 abaI 生物被膜克隆与表达分子对接

基于GIS技术的中国地区牛源弓形虫流行病学及空间分布特征研究

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中国人兽共患病学报 2023年第10期39卷 998-1008,1023页

作者：苏雅静林雪康宇婷乔霞王亮薛頔宁夏医科大学总医院医学科学研究院银川750004 宁夏医科大学总医院医学实验中心银川750004

目的了解我国牛源弓形虫的流行现状及空间分布特征,以期为牛源弓形虫疾病监测和预防策略提供科学依据。方法检索中国知网、百度学术和PubMed数据库,搜集我国区域近40年(1985—2022年)的牛源弓形虫相关文献,应用地理信息系统(Geographica... 详细信息

目的了解我国牛源弓形虫的流行现状及空间分布特征,以期为牛源弓形虫疾病监测和预防策略提供科学依据。方法检索中国知网、百度学术和PubMed数据库,搜集我国区域近40年(1985—2022年)的牛源弓形虫相关文献,应用地理信息系统(Geographical information systems,GIS)对我国牛源弓形虫的流行情况进行空间定位与表达。结果我国牛源弓形虫血清抗体总阳性率为11.08%(8139/73480,95%CI:10.96%~11.20%)。南方地区比北方地区的牛源弓形虫病问题严重,南方地区牛源弓形虫感染率为14.74%(4332/29383,95%CI:13.46%~16.02%),而北方地区感染率为9.23%(4294/46501,95%CI:8.97%~9.49%),但两者间无统计学差异(χ^(2)=27.964,P>0.05)。牛源弓形虫血清抗体阳性率较高的省份有浙江(27.64%,76/275,95%CI:22.34%~32.94%)、重庆(27.25%,94/345,95%CI:22.57%~31.93%)、西藏(21.97%,76/346,95%CI:22.57%~26.35%)和湖南(20.26%,487/2404,95%CI:12.93%~36.13%)。江西、湖北、香港地区、澳门地区和台湾地区尚未见对牛弓形虫病的流行病学调查。我国牛源弓形虫流行病学调查主要集中在青海、河南、云南、新疆和甘肃等省份,尤其青海地区,涉及的地级县市高达20个。我国牦牛弓形虫血清抗体总阳性率为16.27%(1469/9029,95%CI:15.51%~17.03%)。牦牛弓形虫阳性率较高的省份有四川(33.73%,85/252,95%CI:30.75%~36.71%),西藏(26.96%,62/230,95%CI:21.23%~32.67%)和甘肃(22.53%,639/2836,95%CI:21.00%~24.06%)。与1985—2004年采集的牛源和牦牛源弓形虫感染率相比,2005—2022年我国牛源和牦牛源弓形虫总感染率明显降低(χ^(2)=1393.914,P<0.05)。结论应用GIS技术可视化展现了我国牛源弓形虫的空间分布特征;牛源弓形虫在我国广泛传播,流行周期稳定,且不同地区间的弓形虫阳性率差异很大,应加强对牛源弓形虫感染的监测和防控。

关键词：弓形虫病 GIS技术流行病学中国牛

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酵素源乳酸菌的益生功能及抑菌特性评价

现代食品科技 2023年第8期39卷 62-68页

作者：肖仔君钟瑞敏陆伟东康宇婷林丽芳韶关学院英东食品学院广东韶关512005 韶关学院化学与土木工程学院广东韶关512005 韶关市紫背桃源生态科技有限公司广东韶关512000

为筛选到发酵性能稳定且高效的功能性菌株,以韶关紫背桃源生产的酵素中分离出的12株乳酸菌为试验菌株,测定其益生特性。分别对12株乳酸菌进行了自聚集性、耐酸性,以及对胆盐、胃蛋白酶、胰蛋白酶与抗生素的耐受性和对肠道致病菌的拮抗... 详细信息

为筛选到发酵性能稳定且高效的功能性菌株,以韶关紫背桃源生产的酵素中分离出的12株乳酸菌为试验菌株,测定其益生特性。分别对12株乳酸菌进行了自聚集性、耐酸性,以及对胆盐、胃蛋白酶、胰蛋白酶与抗生素的耐受性和对肠道致病菌的拮抗作用实验,结果表明:12株受试乳酸菌均表现出良好的自聚集性;除XZJ07外,其他11株菌株在pH值为2.5的模拟胃液中培养3 h存活率仍达75%以上;在人工模拟胃液以及肠液中对胃蛋白酶和胰蛋白酶孵育2、3 h存活率仍超过75%;在含有胆盐浓度为3 g/L MRS培养基中培养3 h后,活菌数仍达10^(6)CFU/mL,另外,受试菌株对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌均有一定的抑制作用,对大肠杆菌抑菌圈直径均大于15 mm,对金黄色葡萄球菌抑菌圈直径均大于17 mm;受试菌株对氨苄青霉素敏感,对四环素、红霉素、土霉素较为耐受。研究结果预示着受试菌株具有作为优质益生性发酵剂的潜在能力。

关键词：乳酸菌益生性耐受性