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空肠弯曲杆菌快速检测方法研究进展

中国动物保健 2024年第6期26卷 107-110,114页

作者：申秋平沈静怡刘晓明庄林林江苏农林职业技术学院江苏镇江212400

空肠弯曲杆菌是一种常见的人畜共患病原菌,快速精准检测是有效控制其传播和感染的关键。本文主要介绍了近年来发表的快速检测空肠弯曲杆菌的相关方法,包括免疫学方法(酶联免疫吸附试验、免疫层析技术)、核酸检测方法(聚合酶链式反应及... 详细信息

空肠弯曲杆菌是一种常见的人畜共患病原菌,快速精准检测是有效控制其传播和感染的关键。本文主要介绍了近年来发表的快速检测空肠弯曲杆菌的相关方法,包括免疫学方法(酶联免疫吸附试验、免疫层析技术)、核酸检测方法(聚合酶链式反应及其衍生技术、多种等温扩增技术等),以及其他新型检测方法(表面等离子共振技术、生物传感器、CRISPR-Cas12b检测系统)。此外,本文还讨论了这些方法的优缺点以及在实际应用中的考虑因素,以期为行业研究者提供相对全面的空肠弯曲杆菌检测方法参考和科学依据。

关键词：空肠弯曲杆菌快速检测免疫学方法核酸检测方法生物传感器

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猪急性腹泻综合征冠状病毒分子检测方法研究进展

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现代畜牧兽医 2024年第7期 70-74页

作者：申秋平黄子惠孙丽孙梦凡蔡恒庄林林江苏农林职业技术学院

猪急性腹泻综合征冠状病毒（swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV）是一种新型猪α冠状病毒，可引起5日龄以下仔猪出现剧烈呕吐、腹泻和脱水，并导致高死亡率。早期、精准诊断对科学防控SADS-CoV感染具有重要的现实意... 详细信息

猪急性腹泻综合征冠状病毒（swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV）是一种新型猪α冠状病毒，可引起5日龄以下仔猪出现剧烈呕吐、腹泻和脱水，并导致高死亡率。早期、精准诊断对科学防控SADS-CoV感染具有重要的现实意义。文章介绍了SADS-CoV分子检测方法研究进展，包括酶联免疫吸附试验（ELISA）、逆转录聚合酶链式反应（RT-PCR）及其衍生技术（多重RT-PCR、荧光定量RT-PCR、多重荧光定量RT-PCR、微滴数字PCR）、核酸等温扩增技术[环介导等温扩增（LAMP）、重组酶聚合酶扩增（RPA）]，对上述检测方法的优缺点进行了总结和讨论，并对SADS-CoV分子检测方法的未来发展方向进行了展望，以期为科学防控SADS-CoV提供参考。

关键词： SADS-CoV ELISA RT-PCR LAMP RPA

我国猪萨佩罗病毒分子流行病学及检测方法研究进展

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畜禽业 2024年第6期35卷 7-13页

作者：申秋平黄子惠王新茹孙丽庄林林江苏农林职业技术学院江苏镇江212400 扬州大学江苏扬州225009

猪萨佩罗病毒(porcine sapelovirus,PSV)是一种可引发仔猪腹泻、生长发育迟缓、肌肉震颤等多系统症状的重要病原体,严重影响养猪业的发展。已有研究表明,PSV已在我国多个省市呈现流行趋势,且不同地区的病毒毒株存在一定的差异。由于尚... 详细信息

猪萨佩罗病毒(porcine sapelovirus,PSV)是一种可引发仔猪腹泻、生长发育迟缓、肌肉震颤等多系统症状的重要病原体,严重影响养猪业的发展。已有研究表明,PSV已在我国多个省市呈现流行趋势,且不同地区的病毒毒株存在一定的差异。由于尚无抗病毒药物和有效疫苗,早期识别和精准诊断对科学防控PSV感染具有决定性的作用。目前,PSV分子检测方法主要分为2大类:免疫学检测技术和核酸检测技术。免疫学检测技术包括酶联免疫吸附试验和间接免疫荧光技术;核酸检测技术包括逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、多重RT-PCR、巢式RT-PCR、荧光定量PCR、多重荧光定量PCR、环介导等温扩增、重组酶聚合酶扩增以及原位杂交技术等。在此基础上,作者对PSV分子检测方法的优缺点进行了讨论,并对其未来发展方向进行了展望,以期为我国科学防控PSV提供参考依据。

关键词：猪萨佩罗病毒分子特征流行病学免疫学检测技术核酸检测技术

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基于RNA检测畜禽病原菌活菌方法研究进展

现代畜牧兽医 2024年第6期 81-85页

作者：沈静怡徐佳瑶陈赵圆刘晓明庄林林申秋平江苏农林职业技术学院江苏镇江212400

致病菌对人类健康和畜牧业发展造成了巨大威胁,因此,快速精准检测具有感染能力的病原菌活菌具有重要的公共卫生学意义。已有研究表明,RNA分子与细胞的代谢活性高度相关,并且会在细菌死亡后迅速降解,因此RNA具有作为活菌分子标志物的应... 详细信息

致病菌对人类健康和畜牧业发展造成了巨大威胁,因此,快速精准检测具有感染能力的病原菌活菌具有重要的公共卫生学意义。已有研究表明,RNA分子与细胞的代谢活性高度相关,并且会在细菌死亡后迅速降解,因此RNA具有作为活菌分子标志物的应用价值。文章对已应用于常见畜禽病原菌活菌检测的RNA分子进行了分类和总结,并讨论了当前相关方法的优缺点和面临的挑战,最后展望了RNA的活菌检测方法未来的发展方向。期待未来能够发掘更多的新靶标并发展更多的新兴技术,为科学防控畜禽病原菌感染及相关传染病的临床诊断提供更多有力工具支持。

关键词：畜禽病原菌活菌检测 RNA 检测方法

三重LAMP检测禽源沙门氏菌、大肠杆菌磺胺耐药基因(sul1、sul2、sul3)研究

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三重LAMP检测禽源沙门氏菌、大肠杆菌磺胺耐药基因(sul1、sul2、s...

作者：庄林林扬州大学

学位级别：硕士

磺胺类药物的长期使用已使多种细菌对其产生了耐药性。大量研究表明,细菌尤其是革兰氏阴性菌对磺胺类药物产生耐药主要是通过获得质粒编码的耐药基因所引起的,目前共发现3种磺胺耐药基因(sull、sul2和sul3)。本研究利用环介导等温扩增(L... 详细信息

磺胺类药物的长期使用已使多种细菌对其产生了耐药性。大量研究表明,细菌尤其是革兰氏阴性菌对磺胺类药物产生耐药主要是通过获得质粒编码的耐药基因所引起的,目前共发现3种磺胺耐药基因(sull、sul2和sul3)。本研究利用环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification, LAMP)技术,建立高效扩增sull、sul2和sul3的三个LAMP系统;经过优化,合并三个LAMP系统,成功地建立可以同时扩增三种磺胺耐药基因的三重LAMP方法。该方法可快速、灵敏、特异地检测禽源沙门氏菌和大肠杆菌中三种磺胺耐药基因,为指导临床用药、控制耐药菌株的流行提供重要的技术支撑。一、禽源沙门氏菌和大肠杆菌的鉴定及其对磺胺异嗯唑的敏感性检测对从规模化养禽场、动物疫病诊断部门分离的沙门氏菌(468株)、大肠杆菌(171株)进行纯化、鉴定,并检测其对磺胺异嗯唑的敏感性。磺胺耐药表型检测结果发现,耐药菌株有532株,占总数的83.26%。其中沙门氏菌耐药菌株389株,耐药率为83.12%(389/468);大肠杆菌耐药菌株143株,耐药率为83.63%(143/171)。在沙门氏菌耐药菌株中,鸡白痢沙门氏菌、肠炎沙门氏菌和印第安纳沙门氏菌三种主要流行血清型的耐药率分别为83.61%(255/305)、83.91% (73/87)和84.48% (49/58)。此外,鼠伤寒沙门氏菌、奥尔巴尼沙门氏菌、海德堡沙门氏菌和圣保罗沙门氏菌的耐药率分别为71.43%、66.67%、66.67%和50%。二、三重LAMP检测磺胺耐药基因(sul1、sul2、sul3)方法的建立根据GenBank中提供的三种磺胺耐药基因序列,基于sul1,sul2,sul3基因的保守区域分别设计三组LAMP引物,建立sul1,sul2,sul3的LAMP反应体系。确定三种磺胺耐药基因的LAMP最优反应体系,并进行了灵敏度与特异性的验证。在此基础上,探索、优化三重LAMP反应各组分浓度及反应参数等条件,包括优化内外引物比例、Mg2+浓度、Bst DNA polymerase的添加量、dNTPs浓度及反应温度等,并进行了特异性、敏感性等性能的测试,且扩增产物通过限制性内切酶Hinfl快速酶切验证。同时,本方法实现了结果判定可视化,通过加入钙黄绿素试剂,根据颜色差异即可在可见光下判定结果。研究结果表明,该检测方法具有良好的特异性和稳定性,检测灵敏度达到0.5 pg/管,优于普通PCR的5 pg/管,且方便快捷,适于现场快速检测。三、禽源沙门氏菌、大肠杆菌临床分离株磺胺耐药基因(sul1、sul2、sul3)的检测应用所建立LAMP方法对禽源沙门氏菌和大肠杆菌菌株进行磺胺耐药基因(sul1、sul2、sul3)的检测。其中522株菌检测结果为阳性,耐药基因检出率为81.69% (522/639)。与耐药表型相比,有497株菌株的LAMP检测结果与药敏试验结果一致,符合率为93.42%(497/532)。在含有磺胺耐药基因的菌株中,沙门氏菌383株,占沙门氏菌菌株总数的81.84%;其中,含sull基因型有194株,sul2基因型有242株,sul3基因型有23株。大肠杆菌139株,占大肠杆菌总菌株数的81.29%(139/171);其中,sull基因型阳性菌101株,sul2基因型阳性121株,sul3基因型阳性17株。从耐药基因分布来看,sul2基因在大肠杆菌和沙门氏菌7个血清型中均有存在,而圣保罗沙门氏菌外的其他各血清型细菌均检测到sull基因。鸡白痢沙门氏菌、肠炎沙门氏菌和印第安纳沙门氏菌三种主要流行血清型均含有三种耐药基因,而圣保罗沙门氏菌仅检测到sul2基因型。从耐药基因阳性率看出,大肠杆菌及沙门氏菌各血清型的sul2阳性率(363/522;69.54%)均高于sul1(295/522;56.51%),sul3的阳性率则非常低(40/522;7.66%)。含1种sul基因的菌株共有172株,占阳性株总数的32.95%;含2种sul基因的菌株共有322株,占阳性株总数的61.69%;含3种sul基因的菌株共有28株,占阳性株总数的5.36%。可见,目前含有磺胺耐药基因的菌株,主要是由sull和sul2基因所介导。综上所述,本研究利用LAMP技术快速、简便、特异、灵敏的优点,建立了一种三重LAMP检测磺胺耐药基因的方法。三种磺胺耐药基因的LAMP扩增产物均可通过限制性内切酶Hinfl快速酶切验证。同时,本方法实现了结果判定可视化,通过加入钙黄绿素试剂,根据颜色差异即可在可见光下判定结果。本研究检测方法不仅适用于临床分离菌株的磺胺耐药基因(sul1、sul2、sul3)的检测,以合理、科学地指导用药,而且对于探究细菌耐药基因与耐药表型间的关系提供了一

关键词：磺胺类药物鉴定磺胺异噁唑敏感性试验磺胺耐药基因三重LAMP

面向重叠网络多径传输的路径管理和评价技术研究

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面向重叠网络多径传输的路径管理和评价技术研究

作者：庄林林东北大学

学位级别：硕士

3GPP在R5版本中引入的多媒体通信标准体系IMS,是下一代电信技术的主要网络架构,然而IMS媒体传输模式采用完全依赖承载网络的单径传输模式,存在着端到端QoS保证困难、传输效率低等问题,已严重制约了IMS业务发展。面向重叠网络的多径传输... 详细信息

3GPP在R5版本中引入的多媒体通信标准体系IMS,是下一代电信技术的主要网络架构,然而IMS媒体传输模式采用完全依赖承载网络的单径传输模式,存在着端到端QoS保证困难、传输效率低等问题,已严重制约了IMS业务发展。面向重叠网络的多径传输,被认为是实现IMS媒体传输技术升级的重要方式。为实现QoS保证的多径传输,为路径选择和负载动态分配提供依据,均需依赖于传输路径QoS的测量和评价技术。面向重叠网络多径传输的QoS评价,尚没有完善的技术方案：目前的路径QoS测量均是针对于端到端或某段链路的,无法适用于存在中继节点的多径传输路径：传统的预测估计方法虽然可以弥补测量的滞后性,但为保证不失真恢复的多次采样会给网络增加大量额外负担;相关协议方面,目前主要是基于传输层协议或者ICMP协议等,RTCP协议为针对实时传输媒体路径的QoS评价,通过统计分析时延、带宽、丢包率等内容来进行评价,无法兼顾多径传输中继节点间的消息传递。结合本文基于应用中继的多径传输场景,本文重点研究以下几个方面：1)重叠网络中继节点及路径的组织管理;2)中继节点间路径QoS测量-预测机制及协议;3)端到端传输路径QoS评价协议。本文的主要研究内容及成果如下：1]分别对重叠网络路径和中继节点进行分类描述,进而量化的表征了传输路径选择度的概念,为面向重叠网络多径传输的路径管理和路径QoS评价提供依据;2)在总结传统路径QoS评价参数及其测量方法的基础上,确定本文采用时延、可用带宽作为表征路径QoS的评价参数,通过对现有测量方法的扩展,设计出基于中继控制器的中继节点间路径QoS测量机制及其交互消息格式;3)为弥补主动测量方式的不足,通过深入分析传统预测估计算法,设计出主要基于压缩感知理论的路径QoS预测模块,并给出相应的预测估计流程;4)通过对RTCP协议进行扩展,提出多径接收端报告和多径发送端报告,其为两个携带了路径ID等参数信息的新分组类型,并给出相应的交互机制,实现端到端路径的QoS评价。最后通过基于OMNeT++仿真平台的仿真测试,验证本文提出的解决方案的普适性和准确性,能够应用于面向重叠网络的基于应用中继多径传输路径QoS的评价。

关键词：重叠网络多径传输应用中继路径QoS评价

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无监督机器学习揭示金属表面本征反应性

Science Bulletin 2024年第6期69卷 756-762页

作者：魏丰源庄林 College of Chemistry and Molecular Sciences Wuhan UniversityWuhan 430072China

The reactivity of metal surfaces is a cornerstone concept in chemistry,as metals have long been used as catalysts to accelerate chemical *** fundamentally important,the reactivity of metal surfaces has hitherto not been explicitly *** example,in order to compare the activity of two metal surfaces,a particular probe adsorbate,such as O,H,or CO,has to be specified,as comparisons may vary from probe to *** we report that the metal surfaces actually have their own intrinsic/eigen reactivity,independent of any probe *** employing unsupervised machine learning algorithms,specifically,principal component analysis(PCA),two dominant eigenvectors emerged from the binding strength dataset formed by 10 commonly used probes on 48 typical metal *** to their chemical characteristics revealed by vector decomposition,these two eigenvectors can be defined as the covalent reactivity and the ionic reactivity,*** the ionic reactivity turns out to be related to the work function of the metal surface,the covalent reactivity cannot be indexed by simple physical properties,but appears to be roughly connected with the valence-electron number normalized density of states at the Fermi *** findings expose that the metal surface reactivity is essentially a two-dimensional vector rather than a scalar,opening new horizons for understanding interactions at the metal surface.

关键词： Metal surface reactivity Binding energy Density functional calculations Principal component analysis Covalent reactivity Ionic reactivity

猪繁殖与呼吸综合征病毒分子生物学检测方法研究进展

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北方牧业 2023年第2期 20-21页

作者：陈欣雅申秋平宋春雷庄林林江苏农林职业技术学院江苏句容212400

猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的以母猪繁殖障碍和仔猪呼吸衰竭为主要特征的高致病性传染病。目前,PRRSV已成为影响全球养猪业发展的重要疫病之一,给... 详细信息

猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的以母猪繁殖障碍和仔猪呼吸衰竭为主要特征的高致病性传染病。目前,PRRSV已成为影响全球养猪业发展的重要疫病之一,给相关行业造成巨大的经济损失。PRRSV为单股正链RNA病毒,属动脉病毒科、动脉炎病毒属。其基因组全长约15 kb。目前,研究发现该病毒存在7种结构蛋白,分别为N、M、GP2a、GP2b、GP3、GP4和GP5。

关键词：母猪繁殖障碍动脉炎病毒属 GP5 结构蛋白分子生物学检测方法病毒科

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猪瘟病毒快速检测方法研究进展

现代畜牧兽医 2023年第7期 72-77页

作者：申秋平王丽群曹霞庄林林江苏农林职业技术学院江苏镇江212400

猪瘟给全球养猪业造成了严重的经济损失,因此快速准确的猪瘟病毒检测方法对及时有效防控猪瘟具有重要意义。文章总结了近年来猪瘟病毒快速检测方法的研究进展,包括基于血清学的检测(免疫层析技术、酶联免疫吸附试验和化学发光法等)和基... 详细信息

猪瘟给全球养猪业造成了严重的经济损失,因此快速准确的猪瘟病毒检测方法对及时有效防控猪瘟具有重要意义。文章总结了近年来猪瘟病毒快速检测方法的研究进展,包括基于血清学的检测(免疫层析技术、酶联免疫吸附试验和化学发光法等)和基于核酸的检测方法 (基于逆转录PCR的方法、基于实时荧光定量PCR的方法、环介导等温扩增、绝缘等温PCR、基于重组酶的核酸扩增、微阵列技术、依赖核酸序列扩增、原位杂交等),并对猪瘟病毒检测方法进行了总结及展望,以期为快速精准诊断及科学防控猪瘟提供参考。

关键词：猪瘟病毒血清学检测核酸检测快速检测