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鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片的研制及用于比较基因组学分析

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解放军医学杂志 2004年第3期29卷 200-203页

作者：周冬生韩延平戴二黑宋亚军包静月裴德翠李敏崔百忠张秀清童宗中王津郭兆彪祁芝珍金丽霞翟俊辉杜宗敏王效义汪建黄培堂杨瑞馥北京军事医学科学院微生物流行病研究所 100071 中国科学院北京基因组研究所青海省地方病预防控制所

目的　研制鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片 ,并将其用于比较基因组分析。方法　挑选出 4 0 0 5条鼠疫耶尔森菌基因 ,PCR扩增各基因 ,以纯化的PCR产物点样制备芯片 ,采用双色荧光杂交策略 ,进行芯片比较基因组杂交。结果　设计了若干质控... 详细信息

目的　研制鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片 ,并将其用于比较基因组分析。方法　挑选出 4 0 0 5条鼠疫耶尔森菌基因 ,PCR扩增各基因 ,以纯化的PCR产物点样制备芯片 ,采用双色荧光杂交策略 ,进行芯片比较基因组杂交。结果　设计了若干质控杂交组合 ,芯片杂交结果与全基因组测序结果完全一致。

关键词：耶尔森氏菌鼠疫 DNA芯片比较基因组学

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鼠疫耶尔森菌基因组进化与生态位适应研究

解放军医学杂志 2004年第3期29卷 204-210页

作者：周冬生韩延平宋亚军童宗中裴德翠戴二黑张玲包静月李敏崔百忠张秀清王津郭兆彪祁芝珍金丽霞翟俊辉杜宗敏王效义汪建黄培堂杨瑞馥北京军事医学科学院微生物流行病研究所 100071 中国科学院北京基因组研究所青海省地方病预防控制所

目的　探索鼠疫耶尔森菌基因组进化的基本规律及其与该菌在自然界适应性演化之间的内在联系。方法　对 36株鼠疫耶尔森菌和 7株假结核耶尔森菌进行芯片比较基因组分析 ,鉴定差异区段 (DFR) ,并对 2 6 0株鼠疫耶尔森菌进行PCR验证 ,分析... 详细信息

目的　探索鼠疫耶尔森菌基因组进化的基本规律及其与该菌在自然界适应性演化之间的内在联系。方法　对 36株鼠疫耶尔森菌和 7株假结核耶尔森菌进行芯片比较基因组分析 ,鉴定差异区段 (DFR) ,并对 2 6 0株鼠疫耶尔森菌进行PCR验证 ,分析各DFR在这些鼠疫耶尔森菌中的分布 ,同时进行基因组岛分析。结果　在鼠疫耶尔森菌基因组中鉴定出 2 2个DFR ,基于DFR图谱 ,将鼠疫耶尔森菌中国分离株分成 14个基因组型。鼠疫耶尔森菌共有 2 1个基因组岛 ,其中 18个已存在于假结核杆菌中 ,余下 3个为鼠疫耶尔森菌独有。结论　探明了各基因组岛在鼠疫耶尔森菌和假结核耶尔森菌间的差异分布 ,探究了鼠疫耶尔森菌的起源进化 ;建立了鼠疫耶尔森菌基因组分型系统 ;建立了各基因组型别间的系统发育关系 ,初步揭示了鼠疫耶尔森菌基因组的进化规律及其与鼠疫耶尔森菌生态位适应和鼠疫疫源地扩展之间的关系。

关键词：耶尔森氏菌鼠疫 DNA芯片基因组进化生态位适应

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鼠疫耶尔森菌活疫苗株的比较基因组学研究

解放军医学杂志 2004年第4期29卷 310-314页

作者：周冬生韩延平戴二黑王津宋亚军童宗中裴德翠张玲包静月李敏崔百忠张秀清郭兆彪祁芝珍金丽霞翟俊辉杜宗敏王效义汪建黄培堂杨瑞馥军事医学科学院微生物流行病研究所北京100071 中国科学院北京基因组研究所青海省地方病预防控制所

目的　揭示不同来源的鼠疫活疫苗株在基因组组成上的差异。方法　以芯片比较基因组杂交为主要研究手段 ,结合PCR验证 ,对 19株鼠疫活疫苗株进行比较基因组分析。结果　鼠疫活疫苗株基因组中缺失了大量基因 ,但也有某些大片段基因的拷贝... 详细信息

目的　揭示不同来源的鼠疫活疫苗株在基因组组成上的差异。方法　以芯片比较基因组杂交为主要研究手段 ,结合PCR验证 ,对 19株鼠疫活疫苗株进行比较基因组分析。结果　鼠疫活疫苗株基因组中缺失了大量基因 ,但也有某些大片段基因的拷贝增多。结论　不同来源的疫苗株在基因组组成上存在差异 ,构成了不同疫苗株的表型与使用效果具有差异性的遗传基础。

关键词：耶尔森氏菌鼠疫鼠疫活疫苗 DNA芯片比较基因组学

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基于微热点的青海赴武汉医疗队的舆情监测

中国地方病防治 2020年第3期35卷 272-273页

作者：多杰昂欠杨建国游培松张爱萍耿永强米宝玉崔百忠宁刚熊浩明田富彰青海省地方病预防控制所青海西宁811602

目的监测并分析青海赴武汉医疗队在网络上的舆情信息,了解微热点在网络舆情监测中起到的作用,针对网络舆情提供相关措施。方法基于微热点系统,利用宏观大数据分析进行定性分析,对青海赴武汉医疗队相关信息进行解读。结果微热点系统可以... 详细信息

目的监测并分析青海赴武汉医疗队在网络上的舆情信息,了解微热点在网络舆情监测中起到的作用,针对网络舆情提供相关措施。方法基于微热点系统,利用宏观大数据分析进行定性分析,对青海赴武汉医疗队相关信息进行解读。结果微热点系统可以应用于相关信息的舆情监测,并可提供可视化的舆情分析。结论微热点系统可应用于网络舆情监测。

关键词：舆情监测医疗队大数据

基于地理信息系统的青海省60年鼠疫流行病学特征

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中国媒介生物学及控制杂志 2018年第6期29卷 604-608页

作者：唐新元王梅陈洪舰李红英蔡佳作何多龙崔百忠青海省基础地理信息中心青海省地理空间信息技术与应用重点实验室西宁810001 青海省地方病预防控制所西宁811602

目的使用地理信息系统(GIS)数据平台,分析青海省鼠疫流行病学特征及流行态势,为制定防治对策提供依据。方法利用青海省鼠疫防治CIS的空间分析功能,对1954-2017年青海省鼠疫疫源县的分布、发病情况和地理环境因素制作专题地图并进行叠加... 详细信息

目的使用地理信息系统(GIS)数据平台,分析青海省鼠疫流行病学特征及流行态势,为制定防治对策提供依据。方法利用青海省鼠疫防治CIS的空间分析功能,对1954-2017年青海省鼠疫疫源县的分布、发病情况和地理环境因素制作专题地图并进行叠加分析,按照时间和空间将动物鼠疫和人间鼠疫流行病学进行分类汇总和统计分析。结果青海省存在喜马拉雅旱獭鼠疫和青海田鼠鼠疫自然疫源地2种类型,自1954年至今60年来,喜马拉雅旱獭自然疫源地动物鼠疫流行连年发生,人间鼠疫除14个年份未发生外,其余年份均有人间鼠疫病例报告,共发生人间鼠疫疫情198起,发病468例,死亡240例,病死率为51.28%。青海省有30个县存在动物鼠疫流行,但主要分布在海南藏族自治州兴海、同德县,海北藏族自治州祁连县,海西蒙古族藏族自治州乌兰、天峻县、德令哈、格尔木市和玉树藏族自治州玉树、称多、治多、囊谦、曲麻莱县及果洛藏族自治州的5州12个县(市、区)。鼠疫流行季节为每年的5-10月,鼠疫菌株分离高峰期为7-9月。结论 60年间青海省动物鼠疫及人间鼠疫流行自21世纪50-90年代末缓慢下降,从2000年以来至今有回升趋势。

关键词：地理信息系统鼠疫流行病学特征青海省

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青海省鼠疫的防控策略

微生物与感染 2020年第3期15卷 143-148页

作者：张雪飞吴海生何多龙田富彰崔百忠王兆芬蒋峻山张青雯祁芝珍青海省地方病预防控制所国家卫生健康委员会鼠疫防治研究重点实验室青海省鼠疫防控与研究重点实验室西宁810021 青海大学医学院西宁810001

鼠疫曾给人类带来3次世界性灾难,剥夺了上亿人的生命、是危害人类健康最为严重的烈性传染病之一,因此其防控工作尤为重要。新中国成立后,党和政府大力开展鼠疫防控工作,进行流行病学调查,并制定各项防控措施。虽然全国范围在较短的时间... 详细信息

鼠疫曾给人类带来3次世界性灾难,剥夺了上亿人的生命、是危害人类健康最为严重的烈性传染病之一,因此其防控工作尤为重要。新中国成立后,党和政府大力开展鼠疫防控工作,进行流行病学调查,并制定各项防控措施。虽然全国范围在较短的时间内有效遏制了鼠疫流行的猛烈势头,但在西部地区特别是青海省,人间鼠疫时有发生。为此青海省各级政府及卫生部门,根据鼠疫流行特征制定了适合本地鼠疫的防控模式。本文就“青海模式”的工作机制、调查监测、宣传教育、人员培训、隐患排查等进行介绍,阐述青海省鼠疫防控工作的成效,为中国传染病防控策略发展提出新的思考。

关键词：鼠疫预防控制青海模式战略布局

松辽平原达乌尔黄鼠鼠疫自然疫源地鼠疫菌基因分型

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中华微生物学和免疫学杂志 2005年第8期25卷 676-676页

作者：李存香戴二黑周冬生崔百忠戴瑞霞杨晓艳金丽霞赵海红祁美英李敏青海省地方病预防控制所鼠防科西宁811602 军事医学科学院微生物流行病研究所

为了研究松辽平原达乌尔黄鼠鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌(以下简称鼠疫菌)的基因组成,采用PCR技术对分离自该疫源地88株鼠疫菌进行了基因分型,其中黑龙江4株、吉林43株、辽宁4株、内蒙37株,鼠疫菌DNA均由青海省地方病预防控制所鼠疫菌... 详细信息

为了研究松辽平原达乌尔黄鼠鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌(以下简称鼠疫菌)的基因组成,采用PCR技术对分离自该疫源地88株鼠疫菌进行了基因分型,其中黑龙江4株、吉林43株、辽宁4株、内蒙37株,鼠疫菌DNA均由青海省地方病预防控制所鼠疫菌专业实验室提供。

关键词：鼠疫自然疫源地达乌尔黄鼠基因分型松辽平原青海省地方病预防控制所鼠疫耶尔森菌 PCR技术专业实验室鼠疫菌

鼠疫耶尔森菌菌株91001全基因组序列测定及初步分析

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解放军医学杂志 2004年第3期29卷 192-199页

作者：宋亚军童宗中王津郭兆彪汪莉韩延平张建国裴德翠周冬生秦海鸥庞昕韩玉军翟俊辉李敏祁芝珍金丽霞戴瑞霞崔百忠陈峰李胜霆叶辰杜宗敏王效义王俊于军杨焕明汪建黄培堂杨瑞馥北京军事医学科学院微生物流行病研究所 100071 军事医学科学院生物工程研究所中国科学院北京基因组研究所青海省地方病预防控制所

目的　测定对人不致病的鼠疫耶尔森菌布氏田鼠疫源地菌株 910 0 1的全基因组序列 ,并通过比较基因组学研究 ,探索鼠疫耶尔森菌致病性的遗传学机制和进化路线。方法　采用全基因组鸟枪法测定 910 0 1菌株的全基因组序列 ,利用比较基因组... 详细信息

目的　测定对人不致病的鼠疫耶尔森菌布氏田鼠疫源地菌株 910 0 1的全基因组序列 ,并通过比较基因组学研究 ,探索鼠疫耶尔森菌致病性的遗传学机制和进化路线。方法　采用全基因组鸟枪法测定 910 0 1菌株的全基因组序列 ,利用比较基因组方法对 910 0 1与另外 2株鼠疫耶尔森菌(CO92和KIM)的全基因组进行比较研究。结果　910 0 1菌株的基因组包括 1条染色体和 4个质粒 (pPCP1、pCD1、pMT1和pCRY)。pPCP1质粒长度为 96 0 9bp,与参考菌株基本一致 ;pCD1质粒是编码Ⅲ型分泌系统的质粒 ,长度为70 15 9bp,编码情况与参考菌株基本相同 ,但重排导致了质粒的结构与参考菌株存在差异 ;pMT1质粒长度为10 6 6 4 2bp,保留了较多的原始质粒片段 ,毒力相关基因与参考菌株没有差异 ;pCRY质粒是本研究中新发现的质粒 ,在国内外研究中未曾报道 ,这一质粒长度为2 174 2bp ,具有独立复制能力 ,有一群编码Ⅳ型分泌系统的基因。 910 0 1菌株的染色体长度为4 5 95 0 6 5bp,有 4 0 37个编码序列 (CDS) ,其中 14 1个是假基因 ;染色体中存在着非常丰富的插入序列 ,由于存在IS序列介导的基因组重排 ,910 0 1菌株染色体的结构与参考菌株存在较大差异。通过比较基因组学分析 ,初步确定了910 0 1菌株甘油降解阳性、硝酸盐还原阴性、阿拉?

关键词：耶尔森氏菌鼠疫基因组进化序列分析 DNA

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便携式核酸分析仪在鼠疫检测中的应用

医学动物防制 2020年第9期36卷 875-877页

作者：熊浩明杨建国何建张爱萍祁美英代瑞霞游培松崔百忠魏绍振田富彰青海省地方病预防控制所西宁811602

目的利用便携式核酸分析仪对25株鼠疫菌进行检测,探讨其在鼠疫检测中的应用。方法用鼠疫ca F1和chr 0392基因试剂组对青海省25株鼠疫菌进行核酸扩增实验,在仪器显示屏上读取结果。结果可在便携式核酸分析仪显示屏上读取实验结果,阳性对... 详细信息

目的利用便携式核酸分析仪对25株鼠疫菌进行检测,探讨其在鼠疫检测中的应用。方法用鼠疫ca F1和chr 0392基因试剂组对青海省25株鼠疫菌进行核酸扩增实验,在仪器显示屏上读取结果。结果可在便携式核酸分析仪显示屏上读取实验结果,阳性对照和阴性对照均成立;对25株鼠疫菌核酸扩增结果均为阳性。结论便携式核酸分析仪可用于鼠疫检验工作,是一种快速、简便、适合基层单位使用的鼠疫核酸检测方法。

关键词：鼠疫鼠疫菌核酸便携式核酸分析仪检测