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焦磷酸测序法检测HBV前C区／基本核心启动子突变的临床应用

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中华检验医学杂志 2008年第8期31卷 860-863页

作者：姚蓝宋家武信芝李啸峰吴洲清唐健熹郭波吴波赖人旭中山大学附属第五医院消化内科珠海519000 武汉大学附属中南医院消化内科

目的建立一种新的基于焦磷酸测序技术的HBV前C区／基本核心启动子（pre-C／BCP）突变的检测方法，并验证该方法的准确性、重复性、可靠性及进行初步临床检测。方法通过对基因库中100个HBV基因序列的比对分析，设计出专用的pre-C／BCP焦... 详细信息

目的建立一种新的基于焦磷酸测序技术的HBV前C区／基本核心启动子（pre-C／BCP）突变的检测方法，并验证该方法的准确性、重复性、可靠性及进行初步临床检测。方法通过对基因库中100个HBV基因序列的比对分析，设计出专用的pre-C／BCP焦磷酸测序的PCR扩增引物及测序引物，并以标准质粒作为标准品建立其相应的检测方法。通过对标准质粒及PCR扩增产物、经Sanger测序的HBV血清及基因芯片检测结果分析，以验证本检测方法检测的标本的特异度及本方法的检测可靠性。最后对60例HBV临床血清标本进行了初步的检测。结果本研究成功地建立了pre-C／BCP突变热点的焦磷酸测序方法。其检测结果与pre-C／BCP质粒，Sanger测序法的检测结果符合率达100％（Kappa=1.0），基因芯片检测结果的诊断符合率为91．7％。同一批血清标本的重复率达97．8％，阳性PCR产物测序的重复率100％。充分证明了本方法的准确性、重复性、可靠性。初步批量化检测60份临床标本结果表明，本方法能一次批量检出包括pre-C／BCP的单一、多位点的突变，并发现了一例少见的BCP T1758C突变。结论本实验所建立的pre-C／BCP突变热点的焦磷酸测序方法是一种可一次性检测HBV pre-C／BCP多位点突变的高通量的检测方法。

关键词：肝炎病毒乙型启动区(遗传学) 基因病毒突变磷酸类聚合酶链反应寡核苷酸序列分析

氨基糖苷类抗生素耐药机制及耐药性检测芯片的研究

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氨基糖苷类抗生素耐药机制及耐药性检测芯片的研究

宿主IL28B基因型与丙型肝炎抗病毒疗效的关系探讨

中国畜牧兽医学会兽医药理毒理学分会第十次研讨会

作者：向蓉蒋红霞曾东平宋家武曾振灵华南农业大学兽医学院广东省农业科学院兽医研究所中山大学附属第五医院消化内科

【目的】本研究拟调查氨基糖苷类抗生素钝化酶基因、16S rRNA甲基化酶基因及整合酶基因在广东省各地区兽医临床细菌中的流行情况,并尝试将生物传感器技术与传统基因芯片技术相结合构建生物传感器芯片对aac（3）-Ⅱc、aac（6’）-Ⅰb、aa... 详细信息

【目的】本研究拟调查氨基糖苷类抗生素钝化酶基因、16S rRNA甲基化酶基因及整合酶基因在广东省各地区兽医临床细菌中的流行情况,并尝试将生物传感器技术与传统基因芯片技术相结合构建生物传感器芯片对aac（3）-Ⅱc、aac（6’）-Ⅰb、aadA1、aadA2、aph（4）-Ⅰa、rmtB、intI1、intI2 8种耐药基因进行检测。【方法】采用微量肉汤二倍稀释法对515株畜禽大肠杆菌进行6种氨基糖甘类抗生素敏感性分析:通过PCR扩增、序列分析检测氨基糖苷类钝化酶基因、16S rRNA甲基化酶基因及整合酶基因,并用建立的PCR方法调查各基因在515株畜禽大肠杆菌中的流行分布情况:针对aac（3）-Ⅱc、oac（6’）-Ⅰb、aadA1、aadA2、aph（4）-Ⅰa、rmtB、intI1、intI2等8种基因设计捕获探针,均为寡核苷酸探针,构建耐药性检测生物传感器芯片。通过生物素化的引物PCR扩增制备8种标记探针,与芯片在一定温度下杂交。利用多重PCR法制备标记探针与芯片杂交。【结果】药物敏感性分析结果表明,515株大肠杆菌对6种抗生素的耐药率从高到低依次为链霉素53.98%、卡那霉素40.78%、庆大霉素33.01%、大观霉素31.65%、新霉素29.32%、阿米卡星8.93%,各药耐药率随着时间推移有逐渐增高的趋势:515株大肠杆菌中对6种氨基糖苷类都敏感的菌株占30.29%,1耐、2耐、3耐、4耐、5耐、6耐株分别为19.42%、13.40%、13.59%、10.49%、8.16%、4.66%,共有38种多重耐药谱型。耐药基因流行分布调查结果显示,515株大肠杆菌中未检测到aac（3）-Ⅰa、aph（2’）-Ⅰb基因,其余10种氨基糖苷类钝化酶基因检出率从高到低依次是aph（3’）-Ⅶ（97.28%）、aph（3’）-Ⅱ（94.17%）、aadA2（71.07%）、aadA1（58.84%）、aac（3）-Ⅱc（39.61%）、aac（3）-Ⅳ（37.28%）、aph（4）-Ia（31.84%）、aph（3’）-Ⅳ（16.70%）、aac（6’）-Ⅰb（15.34%）、aadB（2.52%）:515株大肠杆菌中有27株检测到16S rRNA甲基化酶rmtB基因,检出率为5.24%:整合酶intI1、intI2基因的检出率分别为75.92%、3.69%:构建的生物传感器芯片杂交结果表明:60℃是芯片杂交的最佳温度;8种探针特异性好,无交叉反应,对检测的耐药基因具有有效性:芯片的灵敏度为3pg/μL DNA模板浓度:芯斤重复性好、稳定性高,能检测多种基因的混合样品:确定了3组多重PCR体系,通用退火温度为51℃,能对8种基因进行有效扩增,制备的标记探针能与芯片发生有效杂交。【结论】氨基糖苷类耐药酶基因谱型错综复杂,13种耐药基因共有127种组合方式,以aadA1+aadA2aph（3’）-Ⅱ+aph（3’）-Ⅶ四种基因的联合方式最为常见。515株大肠杆菌耐药表型和钝化酶基因谱型关系复杂,总体趋势上一致,但未能完全对应。构建的生物传感器芯片杂交信号明显,肉眼清晰可见,无需配备专门的仪器设备进行观察,适宜于兽医临床推广。

关键词：氨基糖苷类钝化酶 RmtB 耐药性生物传感器芯片

来源： cnki会议评论

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临床医药文献电子杂志 2014年第3期 212-213页

作者：杨晴陈燕鸿宋玲英宋家武珠海市人民医院中山大学附属第五医院

目的:分析探讨宿主白细胞介素28B(IL28B)基因型与丙型肝炎抗病毒疗效的关系。方法:选择2012年5月-2014年4月珠海市人民医院使用干扰素联合利巴韦林进行抗病毒治疗的丙型病毒性肝炎患者32例,检测IL28B基因型,通过治疗过程中丙型肝炎病毒... 详细信息

目的:分析探讨宿主白细胞介素28B(IL28B)基因型与丙型肝炎抗病毒疗效的关系。方法:选择2012年5月-2014年4月珠海市人民医院使用干扰素联合利巴韦林进行抗病毒治疗的丙型病毒性肝炎患者32例,检测IL28B基因型,通过治疗过程中丙型肝炎病毒核酸定量(HCVRNA)、肝功能等指标总结疗效,分析IL28B基因型与丙型肝炎疗效的关系。结果:2例检测IL28B基因型有17例为C/C型,占53.1%,10例为C/T型,占31.3%,5例为T/T型,占15.6%。按抗病毒疗效标准判断32例患者,治疗中达到RVR者19例,其中C/C型14例,占73.7%,C/T型5例,占26.3%。治疗结束后达到SVR者26例,其中C/C型17例,占65.4%,C/T型8例,占30.8%,T/T型1例,占3.8%。应答不佳者NR 4例,C/T型与T/T型各占2例,RR 2例,均为T/T型。经统计学分析不同基因型与疗效之间有显著性差异。结论:IL28B为C/C型患者经过干扰素联合利巴韦林治疗取得SVR率均高于基因型为C/T型或T/T型患者。IL28B基因型检测对丙型肝炎抗病毒治疗应答和病毒清除具有预测作用,基线检测宿主IL28B基因型,对丙型肝炎个体化治疗方案制定具有重要意义。

关键词： IL28B基因型丙型肝炎抗病毒治疗疗效

检测IL-28Brs12979860基因型预测丙型肝炎疗效的研究

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中国肝脏病杂志（电子版） 2015年第2期7卷 77-79页

作者：杨晴宋家武陈燕鸿钟曼华珠海市人民医院感染科广东珠海519000 中山大学附属第五医院消化内科广东珠海519000

目的检测宿主白细胞介素-28B(IL-28B)基因rs12979860区域基因型,分析其与丙型肝炎抗病毒疗效的关系。方法选择2012年5月至2014年12月珠海市人民医院使用干扰素联合利巴韦林进行抗病毒治疗的丙型病毒性肝炎患者63例,使用基因诊断试剂盒检... 详细信息

目的检测宿主白细胞介素-28B(IL-28B)基因rs12979860区域基因型,分析其与丙型肝炎抗病毒疗效的关系。方法选择2012年5月至2014年12月珠海市人民医院使用干扰素联合利巴韦林进行抗病毒治疗的丙型病毒性肝炎患者63例,使用基因诊断试剂盒检测IL-28B rs12979860基因型,通过治疗过程中HCV RNA定量等指标总结疗效,分析宿主IL-28B rs12979860基因型与丙型肝炎抗病毒疗效的关系。结果 63例检测IL-28B rs12979860基因型的患者中有41例(65.1%)为C/C型,16例(25.4%)为C/T型,6例(9.5%)为T/T型。按抗病毒疗效标准判断,63例中37例(58.7%)达到RVR,49例(77.8%)达到SVR。其中IL-28B rs12979860为C/C型者41例中实现RVR 32例(78.0%),c EVR 36例(87.8%),SVR 37例(90.2%),NR 1例(2.4%),RR 2例(4.9%)。C/T型者16例中实现RVR 5例(31.2%),c EVR 8例(50.0%),SVR 11例(68.8%),NR 2例(12.5%),RR 3例(18.8%)。T/T型者6例中RVR者0例,c EVR 1例(16.7%),SVR 1例(16.7%),NR 4例(66.7%),RR 1例(16.7%)。经统计学分析,不同基因型之间疗效有显著性差异(P<0.01或P<0.05)。结论 IL-28B rs12979860为C/C型患者经过干扰素联合利巴韦林治疗达到RVR率和SVR率均高于基因型为C/T型及T/T型患者。IL-28B rs12979860基因型检测对丙型肝炎抗病毒应答和病毒清除具有预测作用,可帮助临床制定个体化治疗方案。

关键词： IL-28B rs12979860基因型丙型肝炎抗病毒治疗疗效

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实施层级管理对消化内镜消毒质量影响的研究

中华医院感染学杂志 2015年第19期25卷 4537-4539页

作者：张丽华宋家武张江平杨又春高敏照周怀力赖开兰中山大学附属第五医院消化内镜中心广东珠海519000 中山大学附属第五医院呼吸内科广东珠海519000 中山大学附属第五医院麻醉科广东珠海519000 中山大学附属第五医院急诊科广东珠海519000

目的探讨层级管理对消化内镜感染控制的作用,以提高患者诊疗安全。方法对实施层级管理前(2006年1月-2009年4月)与管理后(2009年5月-2013年10月)消化内镜消毒流程相关的各项消毒指标进行随机采样抽检,对其合格率采用SPSSl3.0统计软件进... 详细信息

目的探讨层级管理对消化内镜感染控制的作用,以提高患者诊疗安全。方法对实施层级管理前(2006年1月-2009年4月)与管理后(2009年5月-2013年10月)消化内镜消毒流程相关的各项消毒指标进行随机采样抽检,对其合格率采用SPSSl3.0统计软件进行统计分析和比较。结果层级管理实施后,胃镜及肠镜内腔监测合格率分别由实施前的88.46%、78.84%上升至100.00%、97.82%;胃镜、肠镜消毒槽侧壁及使用中2%戊二醛消毒液监测合格率分别由实施前的88.63%、92.85%、91.07%、89.28%,均上升至100.00%;医务人员手卫生合格率由实施前的56.66%上升至91.07%,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论层级管理模式的实施对消化内镜的消毒质量控制有显著影响,通过实施并与医院感染管理形成互为交叉、互为补充的无缝隙管理模式,有效控制了医院感染,提高了患者诊疗安全。

关键词：层级管理消毒质量管理研究

拉米夫定耐药检测基因芯片的制作及其可靠性的初步研究

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中华肝脏病杂志 2002年第6期10卷 468-468页

作者：宋家武林菊生倪小龙孔心涓吴海谢毅毛裕民武汉华中科技大学同济医学院附属同济医院肝病研究所 430030

临床上,拉米夫定在获得显著的抑制HBV复制的同时,亦可诱发高比例,多位点的耐药突变.目前常规的检测方法,如PCR、单链多态性等检测技术,均不能一次性检出多位点的基因突变,DNA测序能有效检出多位点突变,但过程复杂,不易用于临床检测.

关键词：基因芯片耐药拉米夫定制作基因突变

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高灵敏度薄膜生物传感器基因芯片系统的研制

世界华人消化杂志 2008年第15期16卷 1628-1633页

作者：宋家武信芝姚蓝李啸峰唐健熹周小军吴波孙爱静吴洲清中山大学附属第五医院消化内科广东省珠海市519000 珠海赛乐奇生物技术有限公司广东省珠海市519000 武汉大学附属中南医院肿瘤科湖北省武汉市430071

目的:在传统基因芯片技术基础上,应用生物传感器技术,研制一种能将基因芯片信号原位放大后达肉眼判读灵敏度,无需专用基因芯片检测仪器就可使用,易于在基层医疗单位推广的薄膜生物传感器基因芯片诊断系统.方法:在薄膜生物传感器基片基础... 详细信息

目的:在传统基因芯片技术基础上,应用生物传感器技术,研制一种能将基因芯片信号原位放大后达肉眼判读灵敏度,无需专用基因芯片检测仪器就可使用,易于在基层医疗单位推广的薄膜生物传感器基因芯片诊断系统.方法:在薄膜生物传感器基片基础上,经过表面化学处理,使特定的基因捕获探针在传感器表面固定,形成特定检测目的生物传感器基因芯片.并以乙肝病毒YMDD区的特异序列设计为例,通过特定的YMDD区的捕获探针,以矩阵的形式点样于传感器芯片表面来实现本系统.同时,纳米金标记的检测探针取代了传统芯片中的荧光标记探针.扩增后的目的PCR片段与捕获探针、生物素标记探针、链亲蛋白纳米金探针进行反应,最后得到探针-生物素-链亲蛋白-纳米金复合物,并在芯片表面经生物传感器芯片将信号原位放大,获得肉眼观的芯片信号并进行分析,完成芯片诊断.以乙型肝炎病毒YMDD突变为例,观察该芯片系统对临床诊断标本诊断的可靠性.结果:基因芯片的检测信号经生物传感器原位放大后能肉眼判读或借助普通数码照像机或计算机扫描,根据信号出现的特定位置即可确定突变的类型.且该生物传感器基因芯片系统信噪比高,在人工合成的寡核苷酸及临床血清的检测中,均可实现生物芯片阴阳性信号完全的有或无的判读;临床血清标本检测证实,使用该传感器芯片系统对前期经过测序确定为YMDD突变的23份临床血清结果与测序结果完全一致.结论:薄膜生物传感器基因芯片集纳米材料、生物传感器技术及原位放大技术为一体,实现了信号的肉眼判读,具有通用性高,准确可靠,无需大型设备,易于在基层医疗单位推广使用.

关键词：生物传感器基因芯片原位放大纳米

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中西医结合保守治疗肠系膜静脉血栓形成2例

中国中西医结合急救杂志 2011年第4期18卷 221-221页

作者：周小军林子玲赖人旭宋家武边壮郭惠学中山大学附属第五医院消化科广东珠海519000 中山大学附属第五医院康复科广东珠海519000

采用中西医结合治疗2例肠系膜静脉血栓形成患者，效果较好，报告如下。

关键词：肠系膜静脉血栓形成中西医结合疗法膈下逐瘀汤加减

生物素链霉亲和素系统基因芯片检测ApoE基因多态性

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现代诊断与治疗 2016年第15期27卷 2752-2755页

作者：许睿宋家武乔薇黄小燕郭国威魏涛杨永强广东省中医院珠海医院广东广州519015 中山大学第五附属医院广东广州519000 珠海市人民医院广东珠海519000

目的建立一种准确、简便、低成本的临床实用型Apo E基因多态性芯片检测技术。方法通过基因文库获取Apo E基因全序列;以Primer Primer 5.0设计探针和引物,oligo6验证。摸索PCR扩增条件,产物测序确认;质粒构建并测序确认。探针点样在含链... 详细信息

目的建立一种准确、简便、低成本的临床实用型Apo E基因多态性芯片检测技术。方法通过基因文库获取Apo E基因全序列;以Primer Primer 5.0设计探针和引物,oligo6验证。摸索PCR扩增条件,产物测序确认;质粒构建并测序确认。探针点样在含链亲蛋白的基因芯片(专利技术)上,待检样品以生物素d UTP标记3'端进行扩增,然后与基因芯片杂交洗脱,阳性结果为纳米金紫红色的圆点状,肉眼即可判断实验结果。以本法检测160例临床样本,并进行测序验证。结果基因芯片检测完毕后通过肉眼识别紫色点状(生物素-链霉亲和素系统biotin-streptavidin systems,BSAS)分布位置,由此可准确分辨Apo E基因型。临床样本实测结果与测序结果具高度一致性(kappa=0.971,P<0.001)。结论在具备标准基因实验室的条件下即可应用此技术进行Apo E基因多态性分析,可临床常规应用。

关键词：载脂蛋白E 基因芯片基因型基因多态性