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黔北黑猪骨骼肌中肌纤维类型转化相关circRNAs的筛选

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湖南农业大学学报（自然科学版） 2024年第2期50卷 71-77页

作者：赵园园孟金柱宋兴超安清明吴震洋铜仁学院农林工程与规划学院贵州铜仁554300 湖南农业大学动物医学院湖南长沙410128

选取9头6月龄健康黔北黑猪,随机分成3组,采集背最长肌(LDM)和腰大肌(PMM)肌肉组织,通过RNA-seq构建环状RNA(circRNAs)的表达谱,筛选差异表达的circRNAs,在黔北黑猪2种肌肉中共鉴定出63个差异表达circRNAs,其中31个在LDM中表达上调,32个... 详细信息

选取9头6月龄健康黔北黑猪,随机分成3组,采集背最长肌(LDM)和腰大肌(PMM)肌肉组织,通过RNA-seq构建环状RNA(circRNAs)的表达谱,筛选差异表达的circRNAs,在黔北黑猪2种肌肉中共鉴定出63个差异表达circRNAs,其中31个在LDM中表达上调,32个表达下调;对差异表达circRNAs的源基因进行GO、KEGG富集分析,结果表明,差异表达的circRNAs的源基因主要富集在磷酸酶活性的调控、肌节组织活动、肌球蛋白-轻链-磷酸酶活性的正调控等条目;富集的KEGG通路中与肌纤维类型转化相关的通路包括肌动蛋白细胞骨架的调控、ECM-受体互作、PI3K-Akt信号通路。预测差异表达circRNA的靶miRNAs,并筛选对应的靶mRNAs,构建的circRNA-miRNA-mRNA调控网络显示,circ_0003749-miR-27a-MSTN、circ_0003749-miR-27a-PPARγ、circ_0012316-miR-23a-Myh1/2/4、circ_0007093-miR-214-3p-MEF2C、circ_0010118-miR-132-FoxO1和circ_0010118-miR-374a-5p-FoxO1可能通过ceRNA网络调控肌纤维类型的转化。

关键词：黔北黑猪骨骼肌肌纤维类型转化 circRNA-miRNA-mRNA网络

贵州白山羊PRDM16基因表达及多态性与生长性状关联分析

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中国畜牧杂志 2023年第6期59卷 151-156页

作者：陈敏黄琴杨驰黄明捷宋兴超安清明黔东南苗族侗族自治州畜牧技术推广站贵州凯里556000 铜仁学院贵州省梵净山地区生物多样性保护与利用重点实验室/农林工程与规划学院贵州铜仁554300

为了分析贵州白山羊PRDM16(Positive Regulatory Domain Containing 16,PRDM16)基因表达水平及核苷酸变异位点(SNPs)与生长性状的关联性,本研究利用混合池测序筛选PRDM16基因变异位点,采用PopGene 32.0软件计算等位基因频率、基因型频... 详细信息

为了分析贵州白山羊PRDM16(Positive Regulatory Domain Containing 16,PRDM16)基因表达水平及核苷酸变异位点(SNPs)与生长性状的关联性,本研究利用混合池测序筛选PRDM16基因变异位点,采用PopGene 32.0软件计算等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度(Ho)、遗传杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)和Hardy-Weinberg平衡状态;应用PIC软件计算多态性信息含量(PIC),应用RT-PCR检测PRDM16基因在不同性别白山羊背最长肌中表达水平;应用MINTAB软件分析核苷酸变异与生长性状的关联性。结果表明,贵州白山羊PRDM16基因P2区存在1个核苷酸变异位点g.342 A/G,且该位点的Ho高于He,PIC检测为中度多态,偏离Hardy-Weinberg平衡状态。RT-PCR结果表明,PRDM16基因mRNA在母羊背最长肌中的表达水平显著高于公羊。关联分析表明,贵州白山羊PRDM16基因g.342 A/G位点变异与胸围显著相关,存在等位基因A的群体具有更高的胸围指标,且等位基因间存在协同效应,杂合型群体AG较纯合型群体具有更高的胸围指标。贵州白山羊PRDM16基因可作为培育贵州白山羊优良品系的候选基因标记。

关键词：贵州白山羊 PRDM16基因基因表达生长性状关联分析

神经肌肉电刺激对不同亚型自身免疫性脑炎患者认知功能及脑电图的影响

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世界复合医学 2023年第8期9卷 9-12页

作者：安清明张毅甘肃中医药大学第一临床医学院甘肃兰州730000 白银市第一人民医院电生理科甘肃白银730900 甘肃省人民医院神经内科甘肃兰州730000

目的探讨神经肌肉电刺激对不同亚型自身免疫性脑炎患者认知功能及脑电图的影响。方法选取2021年11月—2022年12月在白银市第一人民医院收治住院的72例自身免疫性脑炎患者,以自身免疫性脑炎的不同亚型分组,其中36例抗N-甲基-D-天门冬氨... 详细信息

目的探讨神经肌肉电刺激对不同亚型自身免疫性脑炎患者认知功能及脑电图的影响。方法选取2021年11月—2022年12月在白银市第一人民医院收治住院的72例自身免疫性脑炎患者,以自身免疫性脑炎的不同亚型分组,其中36例抗N-甲基-D-天门冬氨酸受体(N-methyl-D-aspartatereceptor,NMDAR)抗体阳性者为NMDAR组,18例抗氨基丁酸B型受体(gamma aminobutyric acid type B receptor antibody,GABABR)抗体阳性者为GABABR组,18例抗富亮氨酸胶质瘤失活1蛋白(anti-leucinerich glioma inactivated-1,LGI1)抗体阳性者为LGI1组。均给予神经肌肉电刺激治疗,比较3组认知功能及脑电图结果。结果治疗后,GABABR组智商(75.43±18.7)分、回忆商(80.3±11.6)分、脑损伤程度(0.39±0.18)分,3组比较,差异有统计学意义(P<0.05)。治疗后,3组患者脑电图情况比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论神经肌肉电刺激治疗后对不同亚型自身免疫性脑炎患者认知功能及脑电图均有影响。

关键词：自身免疫性脑炎脑电图认知功能

贵州白山羊FHL3基因多态性与生长性状关联分析

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江苏农业科学 2023年第13期51卷 49-53页

作者：安清明杨驰宋兴超赵园园陈敏申建江高伟铜仁学院贵州省梵净山地区生物多样性保护与利用重点实验室/铜仁学院农林工程与规划学院贵州铜仁554300 贵州省黔东南苗族侗族自治州畜牧技术推广站贵州凯里556000 贵州省务川仡佬族苗族自治县农业农村局贵州务川564300

筛选贵州白山羊FHL3基因单核苷酸变异位点(SNPs),并分析基因多态性与生长性状的关联性,为培育贵州白山羊优良品系提供参考依据,也为进一步研究FHL3基因生物学功能奠定基础。通过混合池测序对116只不同地区贵州白山羊FHL3基因进行SNPs鉴... 详细信息

筛选贵州白山羊FHL3基因单核苷酸变异位点(SNPs),并分析基因多态性与生长性状的关联性,为培育贵州白山羊优良品系提供参考依据,也为进一步研究FHL3基因生物学功能奠定基础。通过混合池测序对116只不同地区贵州白山羊FHL3基因进行SNPs鉴定,以188只贵州白山羊进行关联性分析。采用PopGene32.0软件计算等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度(H_(o))、期望杂合度(H_(e))、有效等位基因数(N_(e)),应用PIC软件计算群体多态性信息含量(PIC),以卡方(χ~2)检验分析基因Hardy-Weinberg平衡状态;应用MINTAB软件中的一般线性混合效应模型分析核苷酸变异与生长性状关联性。结果表明,贵州白山羊FHL3基因的6个检测区域中,仅在P3区域检测到1个核苷酸变异位点g.215 C/T,且该位点的H_(o)低于H_(e),PIC检测为中度多态,χ~2检验结果表明,该位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。关联分析结果表明,贵州白山羊FHL3基因g.215 C/T位点变异构成的不同等位基因和基因型在体高、体长和胸围方面表现出显著差异性(P<0.05),存在等位基因C的群体和CC基因型群体具有更高的生长优势。贵州白山羊FHL3基因具有一定的多态性,且g.215 C/T位点变异与体高、体长和胸围具有显著相关性,可作为培育贵州白山羊优良品系的候选基因分子标记。

关键词：贵州白山羊 FHL3基因生长性状关联分析

山羊原癌基因c-fos电子克隆与生物信息学分析

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江苏农业科学 2022年第3期50卷 68-73页

作者：宋兴超赵园园孟金柱吴震洋安清明铜仁学院农林工程与规划学院/贵州省梵净山地区生物多样性保护与利用重点实验室贵州铜仁554300

为探明山羊原癌基因c-fos的结构与功能,以牛c-fos基因编码序列(GenBank登录号为AY322482)作为种子序列电子克隆了山羊c-fos基因cDNA序列,并利用生物信息学方法对其完整编码序列的蛋白理化特征、二级结构、亲/疏水性进行全面解析,进一步... 详细信息

为探明山羊原癌基因c-fos的结构与功能,以牛c-fos基因编码序列(GenBank登录号为AY322482)作为种子序列电子克隆了山羊c-fos基因cDNA序列,并利用生物信息学方法对其完整编码序列的蛋白理化特征、二级结构、亲/疏水性进行全面解析,进一步预测了该基因在山羊染色体上的定位。结果表明,山羊c-fos基因cDNA全长1 513 bp,开放阅读框为1 143 bp,共编码380个氨基酸,G+C含量高于A+T;山羊c-fos基因编码蛋白二级结构主要以无规则卷曲为主,其他为α-螺旋,延伸直链较少,属于一种亲水性、酸性不稳定蛋白;山羊与同属反刍动物的绵羊、牛和马鹿c-fos基因核苷酸序列相似性为95.4%~99.5%;c-fos基因可能定位于山羊10号染色体上。山羊c-fos基因电子克隆及序列分析为解析其调控肌肉发育的生理功能提供了详尽的生物学基础信息。

关键词：原癌基因山羊染色体生物信息学分析肌肉发育

基于转录组方法鉴定贵州白山羊肌肉生长发育相关上调基因

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中国畜牧杂志 2022年第11期58卷 157-163页

作者：安清明王星宋兴超孟金柱赵园园吴震洋铜仁学院贵州省梵净山地区生物多样性保护与利用重点实验室贵州铜仁554300

肌肉生长发育是影响山羊经济效益的重要经济指标,本研究对不同体重贵州白山羊背最长肌进行转录组测序,筛选鉴定与山羊背部肌肉生长发育相关的上调基因,为提升山羊肌肉生长发育提供一定的理论数据。收集6只不同体重贵州白山羊屠宰性能,... 详细信息

肌肉生长发育是影响山羊经济效益的重要经济指标,本研究对不同体重贵州白山羊背最长肌进行转录组测序,筛选鉴定与山羊背部肌肉生长发育相关的上调基因,为提升山羊肌肉生长发育提供一定的理论数据。收集6只不同体重贵州白山羊屠宰性能,提取背最长肌总RNA并进行转录组测序,应用DESeq2软件进行差异表达分析,对筛选出的上调基因进行GO和KEGG信号通路分析,最后用qRT-PCR验证。测序结果经过滤筛选后共获得25 089个表达基因,在体重优势群体中共获得563个显著上调基因,其中94个为新发现基因(转录本)。563个上调基因经GO功能分析发现分为3大类36组,其中生物学过程相关基因占25%,细胞组分相关基因占55.6%,分子功能相关基因占19.4%。KEGG信号通路分析发现这些基因共参与220条信号通路,21条通路显著富集,其中代谢通路和PI3K/Akt信号通路富集最为显著,各包含64个基因和25个基因。从显著上调基因筛选出FGF11、NOTCH1、HBEGF、ADIPOQ基因进行qRT-PCR验证,结果显示4个基因在不同体重群体背最长肌中的表达趋势与转录组测序结果一致,其中FGF11、NOTCH1和ADIPOQ基因在体重优势群体中的表达量显著高于劣势群体。本研究筛选出的差异表达基因可作为改良贵州白山羊肌肉生长发育的候选基因。

关键词：背最长肌生长发育上调基因转录组测序贵州白山羊

贵州白山羊MyoG基因启动子区序列克隆及生物信息学分析

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中国畜牧兽医 2023年第3期50卷 893-903页

作者：宋兴超孟金柱赵园园吴震洋安清明铜仁学院农林工程与规划学院贵州省梵净山地区生物多样性保护与利用重点实验室铜仁554300

【目的】本研究旨在解析肌细胞生成素(MyoG)基因启动子区序列的结构特性及其转录调控机制。【方法】以贵州白山羊血液基因组DNA为模板,设计2对引物,采用PCR扩增、Sanger测序技术获得MyoG基因启动子区序列,通过DNAStar和Mega 5.0软件分... 详细信息

【目的】本研究旨在解析肌细胞生成素(MyoG)基因启动子区序列的结构特性及其转录调控机制。【方法】以贵州白山羊血液基因组DNA为模板,设计2对引物,采用PCR扩增、Sanger测序技术获得MyoG基因启动子区序列,通过DNAStar和Mega 5.0软件分别进行不同物种MyoG基因启动子区序列相似性比对及系统进化树构建,利用生物信息学软件预测分析该序列核心启动子区、转录因子结合位点、顺式作用元件、CpG岛等结构特征。【结果】贵州白山羊MyoG基因启动子区序列长2334 bp,包括2092 bp的5′-侧翼序列和242 bp的外显子1,GC含量略低于AT含量。通过不同物种比对分析,贵州白山羊MyoG基因启动子区序列与绵羊、牛、猪、人、小鼠和鸡同源序列相似性分别为98.34%、96.15%、77.76%、74.15%、57.63%和43.04%。系统进化树结果表明,贵州白山羊与绵羊和牛的亲缘关系较近,与鸡的亲缘关系最远。生物信息学结构预测发现,贵州白山羊MyoG基因转录起始位点位于翻译起始密码子ATG上游50 bp,5′-侧翼区存在1个潜在的启动子区域和1个CpG岛,含有1个TATA-box(TTTAAATG)、1个GC-box(CCGCCC)、2个CAAT-box(CCAAT)、17个E-box(CANNTG)和1个富含A/T碱基的元件结构(TATATTTAT)。AliBaba 2.1、PROMO、Patch 1.0、JASPAR 2022和AnimalTFDB 3.0在线软件综合预测发现,贵州白山羊MyoG基因启动子区存在Sp1、NF-1、MEF2、MyoD、USF、GATA-1、GATA-3、SRF、C/EBP和c-Myb等多种转录因子潜在结合位点。【结论】本研究成功克隆获得贵州白山羊MyoG基因启动子区序列,为深入解析该基因调控山羊肌肉发育的分子机制提供理论依据。

关键词：贵州白山羊 MyoG基因启动子区转录因子生物信息学

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水产生物统计线上线下混合式教学模式的探索

安徽农学通报 2023年第16期29卷 161-163页

作者：吴震洋安清明李丽铜仁学院农林工程与规划学院贵州铜仁554300 甘肃农业大学食品科学学院甘肃兰州741000

本研究分析了线上线下混合式教学模式的利弊,从教学内容的调整、教学资源的扩展与丰富、教学体系的优化等方面出发,提出铜仁学院水产生物统计线上线下混合式教学的设计思路,为提高课程教学能力和水平提供一定的借鉴。

关键词：水产生物统计线上线下混合式教学教学模式

基于转录组挖掘不同性别贵州白山羊肌肉生长发育的关键基因及PI3K/ATK信号通路分析

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华北农学报 2022年第3期37卷 213-222页

作者：安清明王星吴震洋孟金柱赵园园宋兴超贵州省梵净山地区生物多样性保护与利用重点实验室铜仁学院农林工程与规划学院贵州铜仁554300

胴体生长发育是影响山羊养殖效益的重要评价指标,旨在通过RNA-Seq技术挖掘不同性别贵州白山羊生长发育的关键候选基因,为贵州白山羊生长发育研究提供理论依据,以同等饲养水平条件下贵州白山羊为研究对象,测定2周龄不同性别贵州白山羊的... 详细信息

胴体生长发育是影响山羊养殖效益的重要评价指标,旨在通过RNA-Seq技术挖掘不同性别贵州白山羊生长发育的关键候选基因,为贵州白山羊生长发育研究提供理论依据,以同等饲养水平条件下贵州白山羊为研究对象,测定2周龄不同性别贵州白山羊的屠宰性能指标,通过背最长肌转录组分析,筛选差异表达基因,分析相关基因的信号通路,最后通过RT-qPCR对筛选的基因进行验证。结果表明,测序得到的Raw reads进行过滤后,6个样本共得到78.99 Gb Clean Data,单个样本获得Clean reads在83030104~95739024条,各样本与参考基因组的比对效率在93.75%~94.79%,共获得25089个表达基因,筛选差异表达基因共获得1077个差异基因,其中194个为新发现转录本基因,发现的差异基因中563个在公羊背最长肌中表达显著上调,514个表达显著下调。对获得的1077个差异基因进行GO功能富集分析,其中587个为显著富集(Q-value≥0.05),主要分为三大类35个亚类。KEGG信号通路分析发现,这些差异基因共参与243条信号通路,其中参与PI3K/AKT信号通路相关的基因最为富集,共注释到32个基因,其中17个注释基因显著上调,1个显著下调,且在该通路中COL4A1和COL4A2基因编码蛋白共表达估值最高,ITGAV基因编码蛋白互作最为丰富。筛选出6个与贵州白山羊背最长肌生长发育相关的差异表达基因进行验证,其中FHL3、WFIKKN2、SOX6基因在公羊背最长肌中为上调基因,QSOX2、MYH2、LAP基因为下调基因,RT-qPCR结果显示,这6个候选基因的mRNA表达趋势与转录组测序结果一致,且差异均较为显著(P<0.05),表明测序结果可靠。基于RNA-Seq技术筛选出不同性别贵州白山羊背最长肌的差异表达基因1077个,其中194个为新发掘转录本基因,筛选的差异表达基因及PI3K/AKT信号通路与贵州白山羊背最长肌生长发育相关。

关键词：贵州白山羊 RNA-Seq技术不同性别生长发育差异表达基因