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延边地区单核苷酸多态性与原发性肝癌预后的关联性研究

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延边地区单核苷酸多态性与原发性肝癌预后的关联性研究

作者：孙紫洋延边大学

学位级别：硕士

研究背景:原发性肝癌（Primary hepatic carcinoma,PHC）是一种在全球范围内发病率和死亡率都较高的恶性肿瘤,一般被简称为肝癌。因原发性肝癌恶性度高、侵袭能力强和预后差的特点,其死亡率一直居高不下,又因临床表现不明显,经常被误诊... 详细信息

研究背景:原发性肝癌（Primary hepatic carcinoma,PHC）是一种在全球范围内发病率和死亡率都较高的恶性肿瘤,一般被简称为肝癌。因原发性肝癌恶性度高、侵袭能力强和预后差的特点,其死亡率一直居高不下,又因临床表现不明显,经常被误诊,错过最佳治疗时间,失去手术的机会。所以对高危人群的监测筛查,努力做到早期发现、早期诊断、早期治疗是改善肝癌患者的预后和减少死亡率的最有效办法。临床上肝癌的主要检查手段有影像学检查、病理学检查和肝癌肿瘤标记物检查。治疗方法主要有手术切除治疗、肝脏移植、肝动脉化疗栓塞术（Transcatheter arterial chemoembolization,TACE）、局部消融治疗、放射性治疗、靶向治疗、中医中药治疗和对症治疗等。目前对于PHC的诊断和治疗虽然已经有了成熟的体系,但在实际临床治疗中仍会遇到选择治疗方法时缺乏判断预后效果依据的问题。现代社会由于核酸（分子）层面的技术日益成熟,人类基因组计划的完成,人们愈加重视探索肿瘤与基因之间的关系并发现单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）作为最常见的基因多态性可作为判断肝癌患者预后的判断依据。研究目的:分析SNP与延边地区PHC患者预后的相关性,为寻找预测PHC患者预后的标志物提供理论依据。材料与方法:1.与肝癌患者预后相关SNP位点的选择:利用TRANSFACR（?）预测软件、Regulome-DB数据库筛选出有可能与肝癌有关的SNP位点,利用NCBI-SNP数据库筛选出中国地区次要等位基因频率＞10%的SNP位点。2.患者的选择与样本提取:建立系统的纳入标准,收集2010年10月～2018年12月期间在延边肿瘤医院和延边大学附属医院接受过治疗且符合纳入标准的PHC患者共369例。请患者签署知情同意书,详细记录患者各种临床资料,在患者进行放、化疗之前收集新鲜血液样本。使用全血核酸提取仪提取血液中DNA样本。使用分光光度计对提取的DNA样本进行检测,未达标的样本进行重新提取或者进行删除。3.基因分型:设计引物,利用PCR-RFLP技术对提取的DNA样本进行酶切与电泳,通过酶切产物的长度与数量判断SNP位点的基因型。4.统计学分析:利用统计学软件分析各种临床资料与PHC患者预后的关系,分析SNP位点基因型与PHC患者的预后关系。结果:***970797位点与PHC患者预后相关:通过查询数据库和Cox回归分析发现众多位点中rs970797位点中国人群次要等位基因频率为0.402,且与PHC患者预后相关性具有统计学意义。2.各种临床特征与PHC患者预后的关系:通过369例PHC患者的临床资料及病理特征与死亡率和总生存期之间的相关性分析结果表明:患者是否有肝炎病史、患有肝炎的类型、每日酒精摄入量、肿瘤的临床病理分期和患者是否接受过辅助治疗对PHC患者死亡率和总生存时间的影响具有显著意义（log-rank P＜0.05）,而年龄、民族、性别、饮酒情况和吸烟情况对PHC患者死亡率和总生存时间的影响没有明显的统计学意义（log-rank P＞0.05）。***970797基因型在不同亚组的分布情况:卡方检验显示rs970797位点的三种基因型（CC、CA、AA）与年龄、民族、性别、饮酒状况、吸烟情况、肿瘤病理分型以及接受辅助治疗情况等均无统计学意义。***970797基因型对患者预后的影响:Kaplan-Meier生存分析和Cox回归分析显示:AA型基因可作为PHC患者预后的保护性因素,在变体A等位基因的隐性模型下HR=0.709,95%CI=0.508-0.991,P=0.044。在共显性模型下 HR=0.697,95%CI=0.486-1.001,P=0.05)。5.多因素分析:多因素Cox回归分析显示rs970797AA基因型、低肿瘤病理分期情况和接受辅助治疗是肝癌患者预后的保护因素（HR＜1,P＜0.05）。***970797次要等位基因频率在全球不同地区人群的情况:rs970797位点的次要等位基因频率为0.33,通过查询NCBI数据库发现该值与“千人基因计划”中其他地区相比处于较低水平,远低于全球平均水平0.42。7.事后亚组分析:将患者按年龄、性别、民族、患肝炎情况、吸烟情况、饮酒情况、接受辅助治疗情况分成亚组,然后统计分析发现:在这些亚组中携带rs970797AA基因PHC患者与携带CC和CA基因型PHC患者的风险比分别为:男性组为0.671（P＜0.05）,朝鲜族组为0.618（P＜0.05）,有肝炎病史组为0.658（P＜0.05）.,吸烟组为 0.532（P＜0.05）,饮酒组为 0.592（P＜0.05）。结论:1.单核苷酸多态性rs970797（C/A）可能与延边地区PH

关键词：原发性肝癌总生存率次要等位基因肝动脉化疗栓塞术每日酒精摄入量

生长因子受体结合蛋白2 rs238419遗传多态性与非小细胞肺癌患者铂类药物化疗疗效的相关性研究

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中国临床药理学杂志 2022年第20期38卷 2387-2391页

作者：白雪刘霞崔英孙紫洋杨恩月金光延边大学肿瘤研究中心吉林延吉133000 延边大学附属医院临床药理机构吉林延吉133000

目的探讨延边地区非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)患者生长因子受体结合蛋白2(growth factor receptor binding protein 2,GRB2)rs238419遗传多态性与铂类药物化疗疗效的关系。方法将505例接受过铂类药物为基础化疗... 详细信息

目的探讨延边地区非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)患者生长因子受体结合蛋白2(growth factor receptor binding protein 2,GRB2)rs238419遗传多态性与铂类药物化疗疗效的关系。方法将505例接受过铂类药物为基础化疗的NSCLC患者根据临床疗效分为敏感组228例和不敏感组277例。用聚合酶链反应限制性片段长度多态性检测二代测序的准确性。用SPSS 26.0软件分析NSCLC患者GRB2 rs238419位点多态性对铂类药物化疗疗效的敏感性。结果 GRB2 rs238419位点基因型符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律。在GRB2 rs238419位点中,隐性模型下,与至少携带1个G等位基因型相比,携带AA基因型的患者对铂类化疗疗效差1.57倍(比值比=1.57,95%CI=1.01~2.43,PA)与铂类药物化疗疗效相关。

关键词：非小细胞肺癌单核苷酸多态性生长因子受体结合蛋白2 铂类药物

延边地区HLA-A rs3132682位点与肝癌易感性的关系

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安徽医科大学学报 2023年第1期58卷 156-161页

作者：刘霞崔鹤松白雪崔英孙紫洋金光延边大学病理学与病理生理学实验室延吉133002 延边大学附属医院感染科延吉133002

目的探讨基因HLA-A rs3132682的单核苷酸多态性与肝癌发病风险的关系。方法选择延边地区291例肝癌患者为实验组,另选健康人272例为对照组,通过病例对照研究方法进行研究。利用MassARRAY SNPS质谱法检测两位点的基因型及等位基因分布频... 详细信息

目的探讨基因HLA-A rs3132682的单核苷酸多态性与肝癌发病风险的关系。方法选择延边地区291例肝癌患者为实验组,另选健康人272例为对照组,通过病例对照研究方法进行研究。利用MassARRAY SNPS质谱法检测两位点的基因型及等位基因分布频率。通过非条件Logistic回归计算比值比(OR)及95%可信区间(CI),评估携带不同基因型人群发生肝癌的风险度。结果HLA-A rs3132682位点包括G和C两种等位基因,GG、GC和CC基因型;在HLA-A rs3132682位点中校正混杂因素后,经非条件Logistic回归分析,与携带GG基因型人群相比,携带CC基因型人群与患肝癌风险有明显相关性(P<0.05)。分层分析显示:与携带CG+GG基因型人群相比,携带CC基因型朝鲜族人群增加3.331倍肝癌患病风险。结论HLA-A rs3132682位点单核苷酸多态性与延边地区患肝癌风险存在明显相关性。

关键词：肝癌单核苷酸多态性易感性

新型大穗小麦山农30号的选育及高产栽培要点

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中国种业 2017年第12期 58-59页

作者：周立洋宋光辉孙紫洋江苏省高科种业科技有限公司淮安223005

山农30号利用泰农18(母本)与临麦6号(父本)进行有性杂交选育而成,属于半冬性小麦品种。幼苗半匍匐,叶色中绿,抗寒性好,分蘖力中等。株型半紧凑,旗叶上举,茎秆较硬,抗倒性强,容重高,品质优,高产潜力大,在黄淮冬麦区北片运用前景广阔。本... 详细信息

山农30号利用泰农18(母本)与临麦6号(父本)进行有性杂交选育而成,属于半冬性小麦品种。幼苗半匍匐,叶色中绿,抗寒性好,分蘖力中等。株型半紧凑,旗叶上举,茎秆较硬,抗倒性强,容重高,品质优,高产潜力大,在黄淮冬麦区北片运用前景广阔。本文主要介绍山农30号的选育经过、特征特性以及高产栽培技术要点,为山农30号新品种推广应用提供依据。

关键词：小麦山农30号选育容重高抗性好高产栽培

Keap1 rs11668429和AHSA2 rs728825与延边地区原发性肝癌发病风险的研究

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现代预防医学 2022年第4期49卷 609-613页

作者：朴珍莹白雪刘霞孙紫洋金光延边大学医学院

目的探讨Keap1 rs11668429和AHSA2 rs728825与延边地区肝癌易感性的关系。方法选取延边地区192名肝癌患者为病例组、190名健康人为对照组进行研究。采用PCR-RFLP方法检测基因型及基因频率。采用二元logistic回归模型分析Keap1 rs11668... 详细信息

目的探讨Keap1 rs11668429和AHSA2 rs728825与延边地区肝癌易感性的关系。方法选取延边地区192名肝癌患者为病例组、190名健康人为对照组进行研究。采用PCR-RFLP方法检测基因型及基因频率。采用二元logistic回归模型分析Keap1 rs11668429位点和AHSA2 rs728825位点的单核苷酸多态性与肝癌易感性的关系。结果 Keap1rs11668429位点有TT、TG、GG三种基因型；AHSA2 rs728825位点有GG、GA、AA三种基因型。在Keap1 rs11668429位点中，携带TT基因型的个体比携带TG、GG基因型的个体患肝癌的风险更大（OR=1.681,95%CI:1.068～2.644,P=0.025）；在AHSA2 rs728825位点中携带GG基因型的个体比携带GA、AA基因型个体更易患肝癌(OR=2.275,95%CI:1.469～3.523,PG)和AHSA2 rs728825(G>A)位点多态性与延边地区肝癌易感性有明显相关性。

关键词：原发性肝癌易感性单核苷酸多态性

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南粳9108水稻“三圃法”原种生产技术

中国种业 2017年第2期 69-71页

作者：宋光辉骆宏亮王丹夏松李花孙紫洋周立洋江苏省高科种业科技有限公司淮安223005

江苏省淮南地区是南粳9108适宜种植的区域,种植面积大、用种量大,为满足南粳9108生产用种的需求,以提高种源质量水平,公司领导十分重视"三圃田"的建设。种子数量充足,种子质量有效提高,才能确保南粳9108生产用种的安全,南粳9108的典型... 详细信息

江苏省淮南地区是南粳9108适宜种植的区域,种植面积大、用种量大,为满足南粳9108生产用种的需求,以提高种源质量水平,公司领导十分重视"三圃田"的建设。种子数量充足,种子质量有效提高,才能确保南粳9108生产用种的安全,南粳9108的典型特征特性的保持对种植户增产、增收、增效起到了保障作用。

关键词：南粳9108 三圃田原种水稻

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浸种时间和温度对南粳9108发芽率的影响

中国种业 2017年第6期 62-63页

作者：骆宏亮宋光辉李花王丹周立洋孙紫洋李西强江苏省高科种业科技有限公司淮安223005

南粳9108水稻品种作为苏中地区的主要种植品种,其发芽率的高低对最终产量有非常重要的影响,而不同的浸种时间和温度对该水稻种子的发芽率有不同程度的影响。本试验以南粳9108水稻品种为试验材料,设置3个浸种时间处理,3个浸种温度处理,... 详细信息

南粳9108水稻品种作为苏中地区的主要种植品种,其发芽率的高低对最终产量有非常重要的影响,而不同的浸种时间和温度对该水稻种子的发芽率有不同程度的影响。本试验以南粳9108水稻品种为试验材料,设置3个浸种时间处理,3个浸种温度处理,研究了不同浸种时间和温度对南粳9108水稻种子发芽率的影响。试验结果表明,在30℃条件下浸种24h更有利于南粳9108水稻种子的发芽。

关键词：水稻浸种时间浸种温度发芽率

磁性氧化石墨烯基材料在食品中多环芳烃和农残检测中的应用

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磁性氧化石墨烯基材料在食品中多环芳烃和农残检测中的应用

作者：刘紫洋河北大学

学位级别：硕士

多环芳烃（PAHs）是一类在分子结构上含有两个或两个以上苯环的化合物,食用被PAHs污染的食品存在致畸、致癌、致突变性等潜在危害性。苯甲酰脲类杀虫剂（BUs）是由苯环、苯甲酰基和脲桥组成的有机化合物,BUs的大量使用会通过空气、水以... 详细信息

多环芳烃（PAHs）是一类在分子结构上含有两个或两个以上苯环的化合物,食用被PAHs污染的食品存在致畸、致癌、致突变性等潜在危害性。苯甲酰脲类杀虫剂（BUs）是由苯环、苯甲酰基和脲桥组成的有机化合物,BUs的大量使用会通过空气、水以及土壤等途径进入食物链,危害身体健康。应用磁固相萃取（MSPE）技术检测食品中痕量的PAHs及BUs,具有简单绿色且省时省力等特点。本实验设计了三种磁性材料,用作MSPE吸附剂,结合气相色谱-四极杆质谱（GC-MS）测定茶饮料和牛奶中的PAHs,结合高效液相色谱-紫外检测器（HPLC-UV）测定蜜桃饮料中的BUs。全文共分为五章,主要内容如下:第一章:PAHs和BUs的结构、理化性质、危害、主要来源,介绍了在食品中PAHs和BUs的残留常用的样品前处理方法,对GO的改性和其复合材料的合成及分析应用进行了概括。提出本文的研究思路和研究内容。第二章:实验试剂与仪器,GC-MS、HPLC-UV的检测条件。第三章:在常温常压下,以水为溶剂,搅拌合成新型复合材料MGO@Zn/Co-MOF。对MGO@Zn/Co-MOF进行了FT-IR、SEM、TEM、XRD、XPS、BET和VSM表征,证明MGO@Zn/Co-MOF的成功合成。将其用作MSPE的吸附剂,考察了吸附剂用量、离子强度、吸附时间、洗脱液种类、洗脱剂体积和洗脱时间对萃取效率的影响。仅用15 mg吸附剂即可在6 min内提取10 m L样品溶液中的PAHs。采用响应曲面进一步优化萃取条件,在最优萃取条件下,8种PAHs的线性关系良好,R2在0.9963-0.9999之间,检出限为1.1-3.3 ng/L,日内精密度和日间精密度的相对标准偏差（RSDs）分别为1.9-4.8%和4.4-8.8%。MGO@Zn/Co-MOF的批间精密度RSDs为2.1-5.9%,加标回收率为78.6-115%。该方法已成功应用于茶饮料中PAHs的检测。第四章:在常温常压下,以水为溶剂,单宁酸（TA）为连接剂,搅拌合成新型复合材料MGO@TA-PEI。对MGO@TA-PEI进行了FT-IR、TEM、XRD、BET和VSM表征,证明MGO@TA-PEI的成功合成。将其用作MSPE的吸附剂,考察了吸附剂用量、离子强度、吸附时间、洗脱液种类、洗脱剂体积和洗脱时间对萃取效率的影响。仅用20 mg吸附剂即可在9 min内提取10 m L样品溶液中的PAHs。采用响应曲面进一步优化萃取条件,在最优萃取条件下,8种PAHs的线性关系良好,R2在0.9915-0.9998之间,检出限为0.6-28.3 ng/L,日内精密度和日间精密度的RSDs分别为3.7-5.3%和2.7-8.8%。MGO@TA-PEI的批间精密度RSDs为1.0-5.9%,加标回收率为82.3-115%。该方法已成功应用于牛奶中PAHs的检测。第五章:在常温常压下,以聚多巴胺（PDA）氧化自聚合扩大ZIF-7孔径,搅拌合成新型复合材料MGO@ZIF-7/PDA。对MGO@ZIF-7/PDA进行了FT-IR、SEM、XRD、XPS、BET和VSM表征,证明MGO@ZIF-7/PDA的成功合成。将其用作MSPE的吸附剂,考察了吸附剂用量、离子强度、吸附时间、洗脱液种类、洗脱剂体积和洗脱时间对萃取效率的影响。仅用25 mg吸附剂即可在3 min内提取10 m L样品溶液中的BUs。采用响应曲面进一步优化萃取条件,在最优萃取条件下,8种BUs的线性关系良好,R2在0.9989-0.9999之间,检出限为0.15-1.18μg/L,日内精密度和日间精密度的RSDs分别为1.7-3.6%和2.0-4.3%。MGO@ZIF-7/PDA的批间精密度RSDs为1.7-3.8%,加标回收率为83.7-116%。该方法已成功应用于蜜桃饮料中BUs的检测。

关键词：磁固相萃取氧化石墨烯气相色谱-质谱联用高效液相色谱-紫外联用多环芳烃苯甲酰脲类杀虫剂

结肠癌组织中SRSF1蛋白的表达及其临床意义

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临床与实验病理学杂志 2023年第2期39卷 146-151页

作者：王姝昊常肖璐赵磊孙紫洋朴俊杰林贞花金爱花延边大学附属医院消化内科延吉133002 民族地区高发肿瘤病理生物学国家民委重点实验室(延边大学) 延吉133002

目的探讨SRSF1在结肠癌中的表达及其与临床病理特征、预后的关系。方法应用癌症基因组图谱(TCGA)和GEO数据库分析SRSF1 mRNA在结肠癌、正常结肠组织中的表达。采用免疫组化法检测SRSF1蛋白在94例结肠癌和86例癌旁正常组织中的表达,分... 详细信息

目的探讨SRSF1在结肠癌中的表达及其与临床病理特征、预后的关系。方法应用癌症基因组图谱(TCGA)和GEO数据库分析SRSF1 mRNA在结肠癌、正常结肠组织中的表达。采用免疫组化法检测SRSF1蛋白在94例结肠癌和86例癌旁正常组织中的表达,分析其表达与结肠癌临床病理特征的关系。应用Kaplan-Meier生存法分析SRSF1蛋白表达与结肠癌患者生存时间的相关性;采用Cox回归模型分析SRSF1在结肠癌风险预测中的评估价值。结果 TCGA和GEO数据库结果显示SRSF1 mRNA在结肠癌中高表达(P<0.05)。免疫组化检测显示SRSF1蛋白在结肠癌组织中的阳性率和高表达率分别为92.6%(87/94)和67.0%(63/94),显著高于癌旁正常组织(57.0%、11.6%)。χ^(2)=检验结果显示SRSF1表达水平与结肠癌患者临床分期相关(P=0.028)。Kaplan-Meier生存分析表明:SRSF1蛋白高表达结肠癌患者的总生存期低于SRSF1蛋白低表达患者(P=0.040)。Cox单因素回归分析表明:淋巴结转移(HR:3.638,95%CI=1.913~6.917,P<0.001)、临床肿瘤分期(HR:4.313,95%CI=2.228~8.348,P<0.001)和SRSF1蛋白高表达(HR:2.130,95%CI=1.010~4.492,P=0.047)是影响结肠癌患者预后的独立风险因素。结论 SRSF1表达与结肠癌的发生、发展及预后密切相关,可作为结肠癌预后评估的潜在标志物。

关键词：结肠肿瘤 SRSF1 免疫组织化学生存分析预后