检索结果-南通市图书馆

绒毛状烟草和林烟草全长cDNA文库构建及EST序列分析

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中国烟草科学 2018年第5期39卷 9-16页

作者：孙榕陈明丽解敏敏孙玉合龚达平中国农业科学院烟草研究所青岛266101 中国农业科学院研究生院北京100081

表达序列标签(EST)广泛应用于基因功能研究和分子标记开发。以普通烟草两个二倍体祖先种绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis, TT)和林烟草(Nicotiana sylvestris, SS)多个组织为试验材料,使用CloneMiner cDNA文库构建方法构建了均一... 详细信息

表达序列标签(EST)广泛应用于基因功能研究和分子标记开发。以普通烟草两个二倍体祖先种绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis, TT)和林烟草(Nicotiana sylvestris, SS)多个组织为试验材料,使用CloneMiner cDNA文库构建方法构建了均一化全长c DNA文库,测序并进行序列拼接、功能注释、进化分析和标记开发。绒毛状烟草和林烟草均一化全长c DNA文库容量分别为0.72×106和1.12×106pfu/mL,重组率分别约为94%和93%,插入片段平均长度为1.4kb。测序获得20 953条EST序列,拼接为10 504个unigenes。与普通烟草EST序列混合拼接,产生34 450条contigs,123 511条singletons,烟草异源四倍体中T和S基因与绒毛状烟草、林烟草之间的相似性远高于两个二倍体祖先种之间。预测获得104 915个编码序列,其中73 670个序列包含功能结构域,81%unigenes在番茄中具有同源基因。鉴定了11 869个微卫星位点(SSR)和25 209个单核苷酸多态性位点(SNP)。这些数据信息对于烟草基因功能研究和分子育种具有重要价值。

关键词：烟草 cDNA文库 EST SNP SSR

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SSR和ISSR标记技术应用进展

中国烟草科学 2007年第2期28卷 1-5页

作者：蒋彩虹王元英孙玉合中国农业科学院烟草研究所青岛266101

介绍了SSR和ISSR标记的原理和特点,综述了这两种技术在种质遗传多样性、基因定位及分子标记辅助育种、遗传图构建及种子纯度和真伪鉴定等研究中的应用进展,并提出了在烟草遗传育种中应用的建议。

关键词： SSR ISSR 分子标记烟革

受PVY诱导的烟草NtERD1的基因分离与表达分析

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中国烟草科学 2010年第5期31卷 62-67页

作者：陈帅刘贯山杨爱国王元英孙玉合中国农业科学院烟草研究所农业部烟草类作物质量控制重点开放实验室青岛266101

通过抑制差减杂交和cDNA芯片法从受PVY诱导的烟草抑制差减杂交文库中筛选得到一段长为745 bp的基因EST片段,经Blast同源性比对分析,该序列与植物脱水诱导早期应答基因(ERD)在核苷酸和氨基酸水平上高度同源。ORfinder分析表明,该序列包... 详细信息

通过抑制差减杂交和cDNA芯片法从受PVY诱导的烟草抑制差减杂交文库中筛选得到一段长为745 bp的基因EST片段,经Blast同源性比对分析,该序列与植物脱水诱导早期应答基因(ERD)在核苷酸和氨基酸水平上高度同源。ORfinder分析表明,该序列包含一个492 bp的开放读码框,编码163个氨基酸。氨基酸Blastp比对显示,该氨基酸序列与其他植物脱水诱导早期应答蛋白具有很高的同源性。所以筛选得到的这个新基因属于烟草脱水诱导早期应答基因,被命名为NtERD1(GenBank登录号为GU144573)。实时荧光定量PCR分析表明,NtERD1在PVY接种早期上调表达,因此NtERD1受PVY侵染诱导,可能对烟草抗病毒具有重要作用。

关键词：烟草脱水诱导早期应答基因实时荧光定量PCR PVY

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花烟草自交不亲和及其机理

生命的化学 2009年第1期29卷 76-79页

作者：李凤霞杨爱国王卫锋龚达平刘贯山孙玉合中国农业科学院烟草遗传改良与生物技术重点开放实验室青岛266101

花烟草是研究基于S-核酸酶自交不亲和系统的一种重要材料。目前,已经从花烟草中克隆了多个基于S-核酸酶自交不亲和性的基因,如花柱特异性识别关键因子S-核酸酶、调节因子HT-B、120K等,并对其功能进行了深入分析。本文对花烟草中参与自... 详细信息

花烟草是研究基于S-核酸酶自交不亲和系统的一种重要材料。目前,已经从花烟草中克隆了多个基于S-核酸酶自交不亲和性的基因,如花柱特异性识别关键因子S-核酸酶、调节因子HT-B、120K等,并对其功能进行了深入分析。本文对花烟草中参与自交不亲和过程的基因以及基于S-核酸酶自交不亲和的作用机理研究进行综述,并就未来花烟草自交不亲和性研究的焦点问题进一步分析探讨。

关键词：花烟草自交不亲和 S-位点基因 F-box蛋白

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基于EST序列的烟草cSNP发掘

中国烟草科学 2012年第6期33卷 61-65页

作者：龚达平王鲁李凤霞王卫锋刘贯山孙玉合农业部烟草类作物质量控制重点开放实验室中国农业科学院烟草研究所青岛266101

SNP标记是一类应用广泛的第三代分子标记。从GenBank下载普通烟草EST序列共计317 175条,用CAP3软件对序列进行拼接。设定SNP位点的冗余度大于2,采用AutoSNP软件检测cSNP。结合位点所在序列的文库和品种信息以及多个SNP位点的共分离分值... 详细信息

SNP标记是一类应用广泛的第三代分子标记。从GenBank下载普通烟草EST序列共计317 175条,用CAP3软件对序列进行拼接。设定SNP位点的冗余度大于2,采用AutoSNP软件检测cSNP。结合位点所在序列的文库和品种信息以及多个SNP位点的共分离分值来评价其可信度。结果表明,317 175条普通烟草EST拼接成重叠群中15 429个重叠群至少包含4个读长,鉴定出53 477个冗余度大于2的候选SNP,烟草中出现SNP的频率为0.34%。其中SNP的转换率大于颠换,插入/删除表现出A/T偏好。这些高质量SNP标记的发掘为开展烟草基因功能研究和分子育种奠定了良好的基础。

关键词：单核苷酸多态性序列表达标签单体型烟草

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高等植物钾转运蛋白

生物技术通报 2006年第5期22卷 13-18页

作者：刘贯山王元英孙玉合王卫锋中国农业科学院烟草研究所青岛266101 中国烟草总公司青州烟草研究所青岛266101

钾在植物生长发育过程中具有许多重要的作用。以模式植物拟南芥中克隆和鉴定的钾通道和转运体为基础,全面介绍了高等植物中钾转运体系家族,包括Shaker通道、KCO通道、KUP/HAK/KT转运体、HKT转运体和其它转运体。同时,分析了在高等植物... 详细信息

钾在植物生长发育过程中具有许多重要的作用。以模式植物拟南芥中克隆和鉴定的钾通道和转运体为基础,全面介绍了高等植物中钾转运体系家族,包括Shaker通道、KCO通道、KUP/HAK/KT转运体、HKT转运体和其它转运体。同时,分析了在高等植物中存在多种钾吸收和转运机制的可能原因。

关键词：钾钾通道钾转运体高等植物烟草

普通烟草ATⅢ氨基转移酶家族序列鉴定与表达分析

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基因组学与应用生物学 2019年第1期38卷 251-259页

作者：王晓王大伟夏菲李晓旭吴华姜山孙玉合中国农业科学院烟草研究所烟草行业烟草基因资源利用重点实验室青岛266101

氨基转移酶是5'-磷酸吡哆醛依赖酶,在植物的生长发育和非生物胁迫的反应中起重要作用。ATⅢ氨基转移酶家族(classⅢ aminotransferase family)是转氨酶家族中一个非常重要的亚家族。本研究利用普通烟草(Nicotiana tabacum)基因组序列信... 详细信息

氨基转移酶是5'-磷酸吡哆醛依赖酶,在植物的生长发育和非生物胁迫的反应中起重要作用。ATⅢ氨基转移酶家族(classⅢ aminotransferase family)是转氨酶家族中一个非常重要的亚家族。本研究利用普通烟草(Nicotiana tabacum)基因组序列信息,鉴定出26个ATⅢ家族成员,对烟草ATⅢ家族进行理化性质分析表明,普通烟草ATⅢ家族成员之间的理化性质差异较大;系统进化和结构域分析显示,烟草ATⅢ家族成员可形成4个分支,同一分支内ATⅢ家族成员的保守结构域的种类和组织形式高度一致;将19个家族成员定位在12条染色体上;分析普通烟草转录组数据,结果显示大多数家族成员在不同组织中都有表达,主要集中在叶脉、打顶后茎和叶、离体叶片等组织。对NtATⅢ1和NtATⅢ2基因的qRT-PCR分析显示,这两个基因主要在植物地上组织中表达。本研究为普通烟草ATⅢ基因的功能研究提供依据。

关键词： ATⅢ氨基转移酶家族普通烟草生物信息学分析

烟草新胞质雄性不育系86-6的创造及其利用

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中国烟草学报 1999年第1期5卷 23-27页

作者：孙玉合丁昌敏张历历卜锅章龚明良青州烟草研究所

普通烟草（Ｎ．ｔａｂａｃｕｍ）与野生粉蓝烟草（Ｎ．ｇｌａｕｃａ）叶肉原生质体诱导融合获得体细胞杂种，其中编号为ＴＧ－８的植株除具有雄性不育特征外，其他生物学性状及体细胞染色体数目均与其普通烟草亲本相同，且遗传性状稳定... 详细信息

普通烟草（Ｎ．ｔａｂａｃｕｍ）与野生粉蓝烟草（Ｎ．ｇｌａｕｃａ）叶肉原生质体诱导融合获得体细胞杂种，其中编号为ＴＧ－８的植株除具有雄性不育特征外，其他生物学性状及体细胞染色体数目均与其普通烟草亲本相同，且遗传性状稳定，表现为典型的胞质杂种特征。用普通烟草做轮回亲本与其杂交至１２代，后代仍然保持雄性不育特征。用烤烟品种Ｇ－２８回交４代，选育出烟草新胞质雄性不育系８６－６。用８６－６与烤烟新品系８８－４及８６－１组配成一代杂交种９２－７、９２－８，杂种优势明显，抗病性也有提高。

关键词：体细胞杂交胞质雄性不育烟草杂种优势

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番茄PPR基因家族的鉴定与生物信息学分析

遗传 2014年第1期36卷 77-84页

作者：丁安明李凌屈旭孙亭亭陈雅琼宗鹏李尊强龚达平孙玉合中国农业科学院烟草研究所烟草行业烟草基因资源利用重点实验室青岛266100 大理州烟草公司弥渡县公司大理675600 牡丹江烟草科学研究所牡丹江157011

PPR(Pentatricopeptide repeats)基因家族在植物中广泛存在,其在植物生长发育过程中至关重要。文章采用生物信息学方法,利用Pfam已鉴定的PPR保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组计划注释的蛋白序列,最终确定了番茄... 详细信息

PPR(Pentatricopeptide repeats)基因家族在植物中广泛存在,其在植物生长发育过程中至关重要。文章采用生物信息学方法,利用Pfam已鉴定的PPR保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组计划注释的蛋白序列,最终确定了番茄中可能存在的471个PPR编码基因;根据拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)中鉴定的各个结构域的特点对其进行了蛋白结构分析、分类和保守序列分析,并对番茄PPR基因家族进行了系统进化树构建、染色体定位、亚细胞定位预测、表达和GO分析等。结果表明:番茄PPR基因家族分为P和PLS两个亚家族,各占序列数目的一半,PLS亚家族又分为PLS、E、E+和DYW四类,且在进化树中形成不同的分支;各个结构域在植物中非常保守;PPR基因家族分布在番茄12条染色体上,且多数无内含子结构;大部分PPR蛋白具有线粒体或叶绿体定位序列,GO分析表明PPR蛋白参与RNA相关的生物学过程。

关键词：番茄 PPR基因家族生物信息学