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基于Web Services生物信息挖掘算法设计与实现

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基于Web Services生物信息挖掘算法设计与实现

作者：孔帆帆中南大学

学位级别：硕士

Web Services是一种面向服务的体系结构，其突出优点是实现了真正意义上的平台独立性和语言独立性。本文采用Web Services的解决方案，开发了一个生物信息挖掘的原型系统，封装了基于基因表达谱数据的关联规则挖掘模块和启动子识别模块... 详细信息

Web Services是一种面向服务的体系结构，其突出优点是实现了真正意义上的平台独立性和语言独立性。本文采用Web Services的解决方案，开发了一个生物信息挖掘的原型系统，封装了基于基因表达谱数据的关联规则挖掘模块和启动子识别模块，并将算法作为Web服务公开发布。系统中基因表达谱关联规则挖掘模块采用了数据挖掘中的FP-tree算法。实验表明，基于FP-tree的基因表达谱关联规则挖掘算法大大提高了运行效率，运行时间由原来的25小时变成了1.045秒。启动子识别模块实现了基于马尔可夫模型的启动子预测算法，结合隐马尔可夫模型中的前向算法，改进基于马尔可夫理论的启动子预测方法。单纯使用马尔可夫模型平均分类正确度为84.33％，改进后平均分类正确度为85.17％。改进的马尔可夫模型的预测结果显示，以此模型建立的系统能更有效的识别数据集中的三种序列。同时在启动子预测算法的基础上，研究了结合支持向量机和非线性方法的DNA数据特征提取。利用生物信息学中生物功能基团RY和结构基团MK之间的长程相关进行进一步研究，这种方法更符合生物学特性。Web Services技术作为一种中间层去处理生物信息数据。将算法部分封装在Web Services中，对外只提供用户调用算法接口，可以集成更多功能，具有可扩展性。基于Web Services生物信息挖掘方法能够挖掘出基因表达谱数据中具有生物学意义的关联规则，能够更好的识别启动子序列。为生物和医药技术企业与研究人员提供交流信息的窗口，提供简便快捷的服务平台。

关键词：关联规则挖掘马尔科夫模型启动子识别 Hurst指数 Meb Services

基于***/C#的Web应用程序关键技术研究与实现

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计算机工程与科学 2006年第7期28卷 11-13,21页

作者：孔帆帆李宏李翔中南大学信息科学与工程学院湖南长沙410083

本文首先介绍了.NET下Web数据库开发技术,在此基础上讨论了在***下Web应用程序中的基于***的数据访问方法和动态数据绑定技术,采用的Form-Based验证机制实现了对数据库页面的安全调用,分析了访问数据库的代码后置和使用存储过程的技术,... 详细信息

本文首先介绍了.NET下Web数据库开发技术,在此基础上讨论了在***下Web应用程序中的基于***的数据访问方法和动态数据绑定技术,采用的Form-Based验证机制实现了对数据库页面的安全调用,分析了访问数据库的代码后置和使用存储过程的技术,同时对如何动态绑定TreeView控件、DataGrid控件和DropDownList控件进行了介绍。

关键词： C# 存储过程 Forms-based验证动态数据绑定 DataGrid TreeView

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基于改进马尔可夫模型的启动子预测算法

计算机工程与科学 2007年第12期29卷 82-84,86页

作者：孔帆帆李宏李号双尹翔中南大学信息科学与工程学院湖南长沙410083 中南大学生物医学工程研究院湖南长沙410008

本文实现了基于马尔可夫模型的启动子预测算法,结合隐马尔可夫模型中的前向算法,改进了基于马尔可夫理论的启动子预测方法,具体改进了碱基转移概率的算法和序列所在模型的概率。改进的马尔可夫模型的预测结果显示,以此模型建立的系统能... 详细信息

本文实现了基于马尔可夫模型的启动子预测算法,结合隐马尔可夫模型中的前向算法,改进了基于马尔可夫理论的启动子预测方法,具体改进了碱基转移概率的算法和序列所在模型的概率。改进的马尔可夫模型的预测结果显示,以此模型建立的系统能更有效地识别数据集中的三种序列。

关键词：启动子识别马尔可夫模型前向算法

基于.NET技术的医学继续教育信息管理系统设计与实现

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福建电脑 2013年第8期29卷 116-118页

作者：孔帆帆贝乾苏州大学附属第二医院信息中心江苏苏州215004

苏州大学附属第二医院从2008年开始制作了继续教育信息管理系统,从系统的设计目的、功能模块、系统设计及具体使用情况等方面详细介绍了这个系统。这个学分管理系统,既保证了学分记录的准确性,又可对大量数据进行简单易行的分析。管理... 详细信息

苏州大学附属第二医院从2008年开始制作了继续教育信息管理系统,从系统的设计目的、功能模块、系统设计及具体使用情况等方面详细介绍了这个系统。这个学分管理系统,既保证了学分记录的准确性,又可对大量数据进行简单易行的分析。管理人员也可依据数据了解医护人员继续教育学习的动态信息,整体规划全院继续教育项目,保证了年度继续教育工作的完成。

关键词：继续教育学分系统 IC卡考勤