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视神经病变诱导反应蛋白OPTN在多发性骨髓瘤中的表达及临床意义

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西安交通大学学报(医学版) 2023年

作者：郭妮贾亚春梁肖慕艳华杜轲魏雅萌郭艳妮孔光耀西安交通大学第二附属医院生物诊断治疗国家地方联合工程研究中心榆林市第三医院

目的研究OPTN基因在多发性骨髓瘤（multiplemyeloma，MM）中的表达情况，探讨OPTN基因参与MM发生发展的机制和临床价值。方法本研究利用3个GEO（geneexpressionomnibus）数据集（GSE6477、GSE136324和GSE24080），分析OPTN在MM中的表... 详细信息

目的研究OPTN基因在多发性骨髓瘤（multiplemyeloma，MM）中的表达情况，探讨OPTN基因参与MM发生发展的机制和临床价值。方法本研究利用3个GEO（geneexpressionomnibus）数据集（GSE6477、GSE136324和GSE24080），分析OPTN在MM中的表达水平，通过收集MM患者临床骨髓标本，利用qRT-PCR实验进一步验证OPTN在MM患者中的表达情况。使用Kaplan-Meier生存曲线、ROC（receiveroperatingcharacteristic）曲线分析OPTN在MM预后和诊断中的价值。同时利用癌症基因组图谱TCGA（theCancerGenomeAtlas）数据库下载MM转录组数据，根据OPTN-mRNA表达水平中位数界，将MM患者分为OPTN高、低表达组，用R语言limma包筛选差异表达基因后，对差异基因进行富集分析（genesetenrichmentanalysis，GSEA）从而挖掘OPTN在MM中的潜在临床意义及其可能参与的分子机制。结果OPTN在MM组织中表达量显著低于正常组织（P<0.05）;OPTN表达水平与MM患者的国际预后分期（internationalstagingsystem，ISS）显著相关（P<0.05）;ROC结果显示OPTN表达水平可区分正常人和MM患者。生存分析显示OPTN低表达患者总生存率（overallsurvival，OS）显著低于高表达患者（P<0.05）。GO、KEGG和GSEA富集分析结果表明OPTN可能通过调控NOD样受体、NF-κB、TNF及RAS/MAPK等通路进而影响细胞凋亡、自噬、调节细胞免疫反应等参与MM的进程。结论OPTN在多发性骨髓瘤中低表达，与患者预后不良相关，可能作为MM诊断及治疗的重要潜在生物标志物。

关键词：基因表达数据库癌症基因组图谱视神经病变诱导反应蛋白多发性骨髓瘤

赤拟谷盗ESTs和全基因组序列中微卫星的丰度分析及ESTs中多态性位点的筛选

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赤拟谷盗ESTs和全基因组序列中微卫星的丰度分析及ESTs中多态性位...

作者：孔光耀陕西师范大学

学位级别：硕士

本文利用生物信息学的方法，使用软件SSRfinder筛选出了赤拟谷盗（Tribolium casmneum）ESTs和全基因组中的微卫星，筛选的标准是：微卫星长度不小于12bp，即要求单碱基12次重复以上、二碱基6次重复以上、三碱基4次重复以上、四碱基3次... 详细信息

本文利用生物信息学的方法，使用软件SSRfinder筛选出了赤拟谷盗（Tribolium casmneum）ESTs和全基因组中的微卫星，筛选的标准是：微卫星长度不小于12bp，即要求单碱基12次重复以上、二碱基6次重复以上、三碱基4次重复以上、四碱基3次重复以上、五碱基3次重复以上和六碱基2次重复以上。共在ESTs中发现微卫星52886个（其中单碱基重复序列37683个），共在基因组中发现微卫星43791个（其中单碱基重复序列2050个），ESTs中微卫星出现的频率是1／0.87kb，而在基因组中微卫星出现的频率为1／3.65kb。在ESTs中，微卫星出现的频率明显高于以往的研究结果，但从得到的数据看，ESTs中的单碱基重复序列占全部微卫星序列的67％，明显多于基因组中单碱基重复序列所占的比例（5％），如果排除单碱基重复序列，ESTs中微卫星出现的频率是1／3.01kb，而在基因组中微卫星出现的频率为1／3.82kb。此时两者结果比较接近。因此在计算微卫星频率时，是否把单碱基重复序列计算在内，对结果具有较大的影响。对ESTs中和全基因组中不同基本重复单元微卫星的各种类型分布频率分析并比较。单碱基重复序列中（A）n和（T）n最多、二碱基重复序列中AT和CA出现的频率最高、三碱基重复序列中TAA（基因组）和CTA（ESTs）出现的频率最高、四碱基重复序列中TAAA出现频率最高、五碱基重复序列中TAAAA出现频率最高、六碱基重复序列中TAATAT（ESTs）和TAAAAA（基因组）出现频率最高，分析发现无论在ESTs中还是在全基因组中，以富含A（或T）的重复单元占主导地位。可见微卫星序列对A（或T）具有明显的偏爱。在ESTs中筛选出的微卫星序列中筛选出了33条序列设计引物，选择的标准是二碱基重复8次以上，三碱基重复6次以上，四碱基重复3次以上，五碱基重复3次以上，六碱基重复2次以上的序列。然后从获得的微卫星序列中，选取符合的序列进行引物设计，使用引物设计软件Primer Premier（Version 5.00）进行微卫星引物的设计，引物长度一般控制在18～24bp之间，GC含量一般在40％～70％，Tm值控制在45～65℃，产物长度控制在100～400bp之间，并且最好避免二级结构。33对引物中有25对有明显扩增结果，其中有9对具有多态性。等位基因数分别为2～5，观测杂合度和期望杂合度分别为0.167～0.833，0.494～0.715。多态性信息含量（PIC）为0.368～0.631。因而这些位点都可用于赤拟谷盗群体遗传学、遗传图谱等的研究。

关键词：赤拟谷盗微卫星 ESTs 基因组生物信息学

棕色田鼠和小鼠的空间学习记忆能力及AVP效应的比较

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陕西师范大学学报（自然科学版） 2012年第2期40卷 57-61页

作者：廉婷孔光耀高氦安书成陕西师范大学生命科学学院陕西西安710062 西安职业技术学院陕西西安710077

采用Morris水迷宫实验,研究棕色田鼠和C57小鼠的空间学习记忆能力的种间差异,然后通过腹腔注射加压素(Arginine vasopressin,AVP),进行水迷宫试验,研究AVP对棕色田鼠及小鼠空间学习记忆的影响.结果显示,棕色田鼠在潜伏期、跨平台次数及... 详细信息

采用Morris水迷宫实验,研究棕色田鼠和C57小鼠的空间学习记忆能力的种间差异,然后通过腹腔注射加压素(Arginine vasopressin,AVP),进行水迷宫试验,研究AVP对棕色田鼠及小鼠空间学习记忆的影响.结果显示,棕色田鼠在潜伏期、跨平台次数及在平台所在象限游泳时间上均比小鼠表现出较强的空间学习记忆能力(P<0.05).腹腔注射AVP后,棕色田鼠和小鼠学习记忆的能力均有所提高,但AVP对小鼠的影响比棕色田鼠更加明显.结果表明,两种啮齿类在空间学习记忆能力上表现出了明显的种间差异.AVP对提高不同种啮齿类动物学习记忆能力的效应不同.

关键词： Morris水迷宫空间学习记忆加压素

气体信号分子在非酒精性脂肪性肝病中的作用机制研究进展

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中国医药导报 2022年第30期19卷 45-49页

作者：孔光耀蒋锋刘丽萍陈颖卿大连大学慢性病研究中心大连市重点实验室辽宁大连116622

非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)指除酒精因素,在肝细胞内脂肪异常沉积的一种代谢性肝损伤。气体信号分子一氧化氮、一氧化碳和硫化氢可通过调控VEGF-eNOS,PERK-eIF2-ATF4,Nrf2/HO-1,SESN2/AMPK/mTOR等信号轴改善NAFLD。本文主要将气体信号... 详细信息

非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)指除酒精因素,在肝细胞内脂肪异常沉积的一种代谢性肝损伤。气体信号分子一氧化氮、一氧化碳和硫化氢可通过调控VEGF-eNOS,PERK-eIF2-ATF4,Nrf2/HO-1,SESN2/AMPK/mTOR等信号轴改善NAFLD。本文主要将气体信号分子对NAFLD的调控作用及其分子机制进行综述,为今后利用气体信号分子及其供体治疗NAFLD提供新思路。

关键词：气体信号分子一氧化氮一氧化碳硫化氢非酒精性脂肪性肝病

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陕西洛河流域不同生境蝗虫的群落结构

昆虫知识 2007年第2期44卷 214-218页

作者：刘慧廉振民常罡孔光耀陕西师范大学生命科学学院西安710062 中国科学院动物研究所北京100080

应用种-多度分布模型、多样性指数、相似性分析、主成分(PCA)分析及多元逐步回归等方法比较了洛河流域不同生境的蝗虫群落结构。结果显示:洛河流域各生境的蝗虫分布基本上服从Preston对数正态分布,其中以森林拟合的最好。各多样性指数... 详细信息

应用种-多度分布模型、多样性指数、相似性分析、主成分(PCA)分析及多元逐步回归等方法比较了洛河流域不同生境的蝗虫群落结构。结果显示:洛河流域各生境的蝗虫分布基本上服从Preston对数正态分布,其中以森林拟合的最好。各多样性指数的变化趋势均为森林>森林草原>河滩和农田>典型草原。在相似性分析中,典型草原、森林草原和森林这3种生境相似性很高,而河滩和农田则是完全不同的另一种生境。对各生境植被因素和蝗虫群落所进行的主成分分析,结果非常理想,两维主成分的累计方差贡献率分别达到了92.558%和78.566%。通过多元逐步回归发现,影响蝗虫种类和数量变化的植被因有草本植物高度多样性、树木盖度、豆科优势度、禾本科优势度和其他科优势度等。

关键词：种-多度模型相似性主成分多元逐步回归

微卫星DNA在动物生态学中的应用研究及展望

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中学生物教学 2006年第4期 4-5页

作者：孔光耀陕西师范大学生命科学学院 710062

遗传标记（genetic marker）是指那些能表达生物的变异性，且能稳定遗传，可被检测的性状或物质。一般包括形态学标记、细胞学标记、生化标记、免疫学标记和分子标记等。分子标记（molooular marker）。也称DNA标记（DNA marker），是... 详细信息

遗传标记（genetic marker）是指那些能表达生物的变异性，且能稳定遗传，可被检测的性状或物质。一般包括形态学标记、细胞学标记、生化标记、免疫学标记和分子标记等。分子标记（molooular marker）。也称DNA标记（DNA marker），是基因型在DNA水平上的表现形式。分子标记是分子系统学的一个分支，它是当前生物学领域中难度最大的分支学科之一。很多难以准确回答的问题，如一个生物种群的遗传多样性有多大？遗传多样性在种群内和种群问是如何分布的？属哪种分布类型？种群的迁移和基因漂移是如何影响种群结构的？选择压是如何影响种群结构的？这些都是分子标记在生态学研究中要解决的问题。以重复序列为基础的分子标记技术有：微卫星DNA标记（SSR）、小卫星DNA标记、卫星DNA标记等。微卫星DNA等位基因具有突变速率快、多态性高等特性，因此在生物遗传作图、群体遗传研究、个体间亲缘关系鉴定等方面已得到广泛应用。

关键词：微卫星DNA 动物生态学应用研究中学生物教学教学参考遗传标记

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赤拟谷盗全基因组和EST中微卫星的丰度

昆虫知识 2008年第1期45卷 38-42页

作者：张琳琳魏朝明廉振民孔光耀陕西师范大学生命科学学院西安710062

微卫星是近年大力开发的一种分子标记，为了推进赤拟谷盗Tribolium castabeum（Herbst）遗传学相关研究，对赤拟谷盗全基因组和EST中由1～6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行分析，进而对其微卫星的丰度和分布进行比较分析。微卫星... 详细信息

微卫星是近年大力开发的一种分子标记，为了推进赤拟谷盗Tribolium castabeum（Herbst）遗传学相关研究，对赤拟谷盗全基因组和EST中由1～6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行分析，进而对其微卫星的丰度和分布进行比较分析。微卫星在赤拟谷盗EST中的分布频率为1／0．87kb，其中单碱基重复序列占71．25％，是最丰富的重复单元，而六、三、四、二，五碱基重复单元序列分别占23．93％，2．94％，1．56％，0．17％，0．15％。全基因组中微卫星的分布频率为1／3．65kb，其中六碱基重复序列占61．96％，是最丰富的重复单元，而三，四，一，五，二碱基重复单元序列分别占14．35％，13．75％，4．68％，3．60％，1．69％。同时发现富含A和T碱基的微卫星占主导地位，富含G和C碱基的微卫星数量较少。进一步的分析显示，微卫星在每条染色体上的丰度存在很大的相似性。

关键词：微卫星赤拟谷盗基因组 EST 丰度

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生态交错带及其边缘效应的研究进展

中学生物教学 2006年第11期 4-5页

作者：刘慧孔光耀陕西师大生命科学学院

Clements（1905）在20世纪初把生态交错带（ecotone）的概念引进生态学，几经发展和完善，最终形成“相邻生态系统之间的过渡带，其特征由相邻生态系统之间相互作用的时间、空间及强度所决定”的定义。生态交错带一般具有一组确定的空... 详细信息

Clements（1905）在20世纪初把生态交错带（ecotone）的概念引进生态学，几经发展和完善，最终形成“相邻生态系统之间的过渡带，其特征由相邻生态系统之间相互作用的时间、空间及强度所决定”的定义。生态交错带一般具有一组确定的空间与时间特征，其相互作用多数处于两个景观成分的边际之间。有关生态交错带的研究已成为人们进行早期生态预警以及生态管理理论探讨和实践的核心问题”。本文综述了生态交错带及其边缘效应的研究进展，着重从生态交错带的含义、特性和功能，生态交错带中边缘效应的概念、类型、作用机理，生态交错带中边缘效应的利用和管理等几个方面做系统的总结。

关键词：边缘效应生态学交错生态系统相互作用时间特征管理理论概念

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家蝇行为谱的初步建立

陕西师范大学学报（自然科学版） 2006年第3期34卷 77-79页

作者：魏朝明孔光耀郭丽娟李生斌陕西师范大学生命科学学院陕西西安710062 西安交通大学卫生部法医学重点实验室陕西西安710061

在观察室内家蝇行为的基础上,对其主要行为类型用标准化的行为术语进行了定义、描述及频率统计,共区分和定义了包括飞行、爬行、梳理、摄食、饮水、排泄、静止不动、吞吐、颤动、交尾、试图交尾等11种行为类型式,每种行为类型都有其固... 详细信息

在观察室内家蝇行为的基础上,对其主要行为类型用标准化的行为术语进行了定义、描述及频率统计,共区分和定义了包括飞行、爬行、梳理、摄食、饮水、排泄、静止不动、吞吐、颤动、交尾、试图交尾等11种行为类型式,每种行为类型都有其固有的模式和适应意义.摄食时其行为循环途径与未摄食时具有很大的差异.

关键词：家蝇行为谱行为类型