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2013—2022年新疆猩红热流行特征及A族链球菌基因组遗传进化分析

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疾病预防控制通报 2024年

作者：刘艳木合亚提·胡塞英沙比拉·吐拉江马鑫马合木提郜振国郭荣周海健木合塔尔·阿米尔新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心中国疾病预防控制中心传染病预防控制所

目的分析2013—2022年新疆猩红热发病和流行趋势及A族链球菌（GAS）基因组特征，为猩红热疫情精准溯源提供依据。方法采用描述流行病学方法，分析2013—2022年新疆传染病疫情监测系统中猩红热病例资料；采集2021—2023年哨点医院病例... 详细信息

目的分析2013—2022年新疆猩红热发病和流行趋势及A族链球菌（GAS）基因组特征，为猩红热疫情精准溯源提供依据。方法采用描述流行病学方法，分析2013—2022年新疆传染病疫情监测系统中猩红热病例资料；采集2021—2023年哨点医院病例的咽拭子标本，并开展菌株分离与鉴定、药物敏感性试验、脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型和全基因组测序，应用FastTree对全基因组单核苷酸多态性(wgSNP)序列构建进化树。结果 2013—2022年新疆猩红热共报告病例20 954例，年均报告发病率8.66/10万；发病总体呈双峰型；年均报告发病率居前3位的地区是克拉玛依市55.05/10万、哈密市22.55/10万和乌鲁木齐市21.55/10万；报告病例以1～10岁儿童为主、占97.04%。29株GAS对青霉素、莫西沙星、头孢噻肟等12种抗生素敏感，对红霉素、四环素、克林霉素耐药；emm12型和ST36型为新疆GAS优势株型，spy005和spy006为PFGE优势带型；测序菌株28株，共测出13种耐药基因和38种毒力基因；本地区28株与国内及周边国家共计103株GAS的wgSNP系统进化分析，共分为7个分支，各分支菌株间有遗传亲缘关系。结论 2013—2018年新疆猩红热发病总体上升，自2019年发病有所下降；新疆GAS以emm12型、ST36型为主要流行株，并与国内流行株联系紧密，未发现新的emm基因型。

关键词：猩红热流行特征 A族链球菌基因组进化

细菌性传染病实验室病原学监测预警技术发展及其应用

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中华预防医学杂志 2022年第4期56卷 525-532页

作者：周海健阚飙中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206

人类目前依然面临着细菌性传染病带来的公共卫生挑战。开展系统的传染病监测预警是预防和控制传染病最直接的手段。病原学是传染病监测预警的重要组成部分。敏感准确的病原学监测可以在第一时间识别病原、识别暴发、识别来源。本研究对... 详细信息

人类目前依然面临着细菌性传染病带来的公共卫生挑战。开展系统的传染病监测预警是预防和控制传染病最直接的手段。病原学是传染病监测预警的重要组成部分。敏感准确的病原学监测可以在第一时间识别病原、识别暴发、识别来源。本研究对细菌性传染病的病原学监测预警技术研究和应用现状进行综述,总结病原学在传染病监测预警中的重要性和应用场景以及病原学监测预警技术研究进展,并在我国现有的国家致病菌识别网等实验室监测网络的工作基础上,提出了传染病实验室网络化监测发展趋势和展望,为建立健全传染病监测预警体系提供参考。

关键词：传染病控制细菌预测病原学监测分型溯源

2013一2022年新疆猩红热流行特征及A族链球菌基因组遗传进化分析

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疾病预防控制通报 2024年第2期39卷 1-7页

作者：刘艳木合亚提·胡塞英沙比拉·吐拉江马鑫马合木提郜振国郭荣周海健木合塔尔·阿米尔新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心乌鲁木齐830002 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的分析2013-2022年新疆猩红热发病和流行趋势及A族链球菌(GAS)基因组特征,为猩红热疫情精准溯源提供依据。方法采用描述流行病学方法,分析2013-2022年新疆传染病疫情监测系统中猩红热病例资料;采集2021-2023年哨点医院病例的咽拭子... 详细信息

目的分析2013-2022年新疆猩红热发病和流行趋势及A族链球菌(GAS)基因组特征,为猩红热疫情精准溯源提供依据。方法采用描述流行病学方法,分析2013-2022年新疆传染病疫情监测系统中猩红热病例资料;采集2021-2023年哨点医院病例的咽拭子标本,并开展菌株分离与鉴定、药物敏感性试验、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和全基因组测序,应用FastTree对全基因组单核苷酸多态性(wgSNP)序列构建进化树。结果 2013-2022年新疆猩红热共报告病例20 954例,年均报告发病率8.66/10万;发病总体呈双峰型;年均报告发病率居前3位的地区是克拉玛依市55.05/10万、哈密市22.55/10万和乌鲁木齐市21.55/10万;报告病例以1~10岁儿童为主、占97.04%。29株GAS对青霉素、莫西沙星、头孢噻肟等12种抗生素敏感,对红霉素、四环素、克林霉素耐药;emm12型和ST36型为新疆GAS优势株型,spy005和spy006为PFGE优势带型;测序菌株28株,共测出13种耐药基因和38种毒力基因;本地区28株与国内及周边国家共计103株GAS的wgSNP系统进化分析,共分为7个分支,各分支菌株间有遗传亲缘关系。结论 2013-2018年新疆猩红热发病总体上升,自2019年发病有所下降;新疆GAS以emm12型、ST36型为主要流行株,并与国内流行株联系紧密,未发现新的emm基因型。

关键词：猩红热流行特征 A族链球菌基因组进化

病原宏基因组高通量测序临床本地化检测规范专家共识

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中华预防医学杂志 2024年第4期58卷 454-465页

作者：中国药师协会中华医学会细菌感染与耐药防治分会国家卫生健康委临床抗微生物药物敏感性折点研究和标准制定专家委员会杨启文王明贵马筱玲张建中李轶吴文娟杨继勇韩东升李家斌罗燕萍周华谷丽张西京李敏单斌胡付品刘正印周海健不详中国医学科学院北京协和医院北京100730 复旦大学华山医院抗生素研究所上海200040 中国科学技术大学附属第一医院检验科中国疾病预防控制中心传染病预防控制所河南省人民医院检验科上海市东方医院检验科解放军总医院检验科浙江大学医学院附属第一医院检验科安徽医科大第一附属医院感染科首都医科大学附属北京朝阳医院感染科空军军医大学西京医院重症医学科上海交通大学医学院附属仁济医院检验科昆明医科大学附属第一医院检验科中国医学科学院北京协和医院感染科

感染性疾病严重危害人类生命健康,快速准确检测病原体是有效治疗和精准防控感染性疾病的关键环节。传统的病原学检验技术覆盖的微生物种类少,难以满足临床需求。宏基因组高通量测序(mNGS)理论上可同时检测所有已知基因序列的病原体,在... 详细信息

感染性疾病严重危害人类生命健康,快速准确检测病原体是有效治疗和精准防控感染性疾病的关键环节。传统的病原学检验技术覆盖的微生物种类少,难以满足临床需求。宏基因组高通量测序(mNGS)理论上可同时检测所有已知基因序列的病原体,在很大程度上提高了临床疑难危重感染、罕见和新发病原体感染的诊断水平和救治能力。在个体化医疗需求的大背景下,新技术的实验室自建检测(LDT)能够持续提高临床诊治水平。由于mNGS技术平台研发起点高、操作流程复杂,为了保证该技术合理应用,保障患者医疗安全,本文在临床检验、感染、危重症及体外诊断等领域的专家就mNGS-LDT的流程搭建、性能确认、质量控制、报告审核等方面形成共识并提出规范要求和建议。

关键词：病原宏基因组测序实验室自建检测性能确认质量控制

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实验室监测在传染病预警中的应用及思考

中华预防医学杂志 2022年第4期56卷 401-404页

作者：周海健崔志刚阚飙中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206

新型冠状病毒肺炎疫情的暴发流行,使全社会重新认识了传染病发生、流行及防控所面临的巨大挑战,即便是当前对传染病防范的认知、应对技术和社会经济条件已有历史上最好的基础。在传染病的监测预警中,研究和利用各类传染病发生与传播相... 详细信息

新型冠状病毒肺炎疫情的暴发流行,使全社会重新认识了传染病发生、流行及防控所面临的巨大挑战,即便是当前对传染病防范的认知、应对技术和社会经济条件已有历史上最好的基础。在传染病的监测预警中,研究和利用各类传染病发生与传播相关因素的数据,以期在传染病发生的早期甚至发生前识别疫情信号,成为传染病防控研究的重要命题。病原体是传染病发生的原因,所以以病原学为核心的实验室监测是传染病预警体系的重要组成部分。我国目前已经初步建成了基于国家致病菌识别网的细菌性传染病实验室监测预警系统,其核心是识别病原、识别暴发、识别来源,在鼠疫、霍乱、流脑等细菌性传染病的早期发现、溯源和精准防控中起到重要作用。本期重点号围绕实验室监测在细菌性传染病预警和防控中的作用,从流行和暴发菌株特征分析、与流行病学调查的联合应用、与常规病例监测体系的融合等方面开展研究,体现了实验室监测在传染病风险评估和疫情调查中的作用,同时对实验室监测预警技术及应用场景进行了综述和展望,以期为推动我国传染病监测预警体系的跨越发展提供新思维。

关键词：传染病病原学实验室监测预警

三氯化铁-聚偏氟乙烯膜滤器富集噬菌体方法的建立和评价

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中华预防医学杂志 2023年第3期57卷 443-450页

作者：张华尧田哲唐宋周海健樊粉霞阚飙山东大学公共卫生学院济南250012 中国科学院生态环境研究中心环境水质学国家重点实验室北京100085 中国疾病预防控制中心环境与健康相关产品安全所、中国疾病预防控制中心环境与人群健康重点实验室北京100021 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所、传染病预防控制国家重点实验室北京102206 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所腹泻病室传染病预防控制国家重点实验室北京102206

目的建立和评价基于三氯化铁-聚偏氟乙烯(FeCl_(3)-PVDF)膜滤器富集自然水体中噬菌体的方法。方法基于絮凝浓缩原理,利用铁离子絮凝结合膜过滤器建立从水样中回收噬菌体的方法。利用琼脂双层法测定噬菌体滴度、噬菌体荧光染色观察和实... 详细信息

目的建立和评价基于三氯化铁-聚偏氟乙烯(FeCl_(3)-PVDF)膜滤器富集自然水体中噬菌体的方法。方法基于絮凝浓缩原理,利用铁离子絮凝结合膜过滤器建立从水样中回收噬菌体的方法。利用琼脂双层法测定噬菌体滴度、噬菌体荧光染色观察和实时荧光PCR反应等方法检测噬菌体的回收效率。采集不同来源的水体标本进行模拟实验评价富集效果,同时以医院排出污水作为实际水样,利用临床常见的耐药菌作为宿主指示菌,进一步分析FeCl_(3)-PVDF膜滤器富集方法对自然实际水样中噬菌体的富集效果。结果建立了铁离子浓度50 mg/L,采用PVDF膜滤器富集自然水体中噬菌体的方法。该方法对噬菌体的回收率为93%~100%;在多功能显微镜下观察发现富集后水样的噬菌体明显增多,酶标仪测定富集后水样荧光值约为富集前的13倍;对医院外排水实际水样浓缩处理后,浓缩组和未浓缩组噬菌体的分离阳性率分别为23%和4%,浓缩组荧光值为未浓缩组的2~24倍。结论FeCl_(3)-PVDF膜滤器方法可简便、高效快速地富集不同水体样本中噬菌体。

关键词：噬菌体富集膜滤器回收率

病原菌分子分型监测在早期识别伤寒聚集性疫情中的应用

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中华预防医学杂志 2022年第4期56卷 433-436页

作者：刘艳马合木提李方夏依旦·吾甫尔周海健新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心传染病防治所乌鲁木齐830002 传染病预防控制国家重点实验室中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的应用全基因组测序(WGS)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术鉴别新疆一起疑似聚集性伤寒疫情。方法通过新疆维吾尔自治区传染病报告系统收集5例伤寒病例,对5例病例的流行病学史进行回顾性调查,重点针对病例的诊断过程以及疑似感染来源... 详细信息

目的应用全基因组测序(WGS)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术鉴别新疆一起疑似聚集性伤寒疫情。方法通过新疆维吾尔自治区传染病报告系统收集5例伤寒病例,对5例病例的流行病学史进行回顾性调查,重点针对病例的诊断过程以及疑似感染来源进行调查,同时对5株分离到的伤寒沙门菌进行WGS和PFGE分析和聚类,最后结合流行病学调查结果,判定疫情性质。结果5株伤寒沙门菌的基因组序列、PFGE图谱、耐药表型和耐药基因高度一致;流行病学调查发现,5例病例曾于同一天在同一家餐馆就餐。结论结合伤寒最长潜伏期、病原菌分子分型和流行病学调查结果,可初步判定此次疫情为一起通过就餐食物而感染伤寒沙门菌的聚集性疫情。

关键词：伤寒沙门菌,伤寒基因组,细菌脉冲场凝胶电泳全基因组测序

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高毒力肺炎克雷伯菌毒力和耐药机制研究进展

疾病监测 2022年第11期37卷 1474-1477页

作者：周君辰李娟周海健邢欢董爱英华北理工大学附属医院河北唐山063000 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206

肺炎克雷伯菌属于克雷伯菌属中需氧革兰阴性杆菌,是社区获得性感染和院内感染常见致病菌之一。高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent Klebsiella pneumoniae,hvKP)是从传统肺炎克雷伯菌中分离出来的具有高毒力、高黏液性的侵袭性细菌,当机... 详细信息

肺炎克雷伯菌属于克雷伯菌属中需氧革兰阴性杆菌,是社区获得性感染和院内感染常见致病菌之一。高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent Klebsiella pneumoniae,hvKP)是从传统肺炎克雷伯菌中分离出来的具有高毒力、高黏液性的侵袭性细菌,当机体免疫功能降低时,可引起肺炎、肝脓肿、泌尿系统感染和血流感染,严重时还可导致脓毒血症等危急重症,治疗难度大且病死率高。为更好地了解hvKP特性,对其流行现状、高毒力相关因子、耐药以及相关机制等进行综述,以助于临床更好地预防和控制hvKP感染。

关键词：高毒力肺炎克雷伯菌流行现状毒力因子耐药机制

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传染病实验室监测实践——国家致病菌识别网

疾病监测 2022年第12期37卷 1520-1523页

作者：崔志刚周海健徐建国阚飙中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206

国家致病菌识别网作为我国传染病实验室监测实践,建立至今经历了起步、扩展和提升3个阶段。自2004年以来,通过病原菌鉴定和特征分析技术的更新换代、监测信息化系统的研发和完善、网络实验室成员覆盖范围和层级的逐步扩展,已经发展成为... 详细信息

国家致病菌识别网作为我国传染病实验室监测实践,建立至今经历了起步、扩展和提升3个阶段。自2004年以来,通过病原菌鉴定和特征分析技术的更新换代、监测信息化系统的研发和完善、网络实验室成员覆盖范围和层级的逐步扩展,已经发展成为相对完善的细菌性传染病实验室监测网络,在我国细菌性传染病的监测预警和疫情处置中发挥了重要作用。

关键词：国家致病菌识别网新发突发传染病细菌性传染病实验室监测网络化监测监测预警