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基于生信分析和网络药理学的片仔癀治疗肝细胞癌的炎症相关分子靶点的鉴定和预后模型构建

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中国现代应用药学 2023年第21期40卷 2952-2963页

作者：张泽鑫陈栩静吴汶丰高朝欣王泳琛钟崇李菁广州中医药大学第二临床医学院广州510405 广州中医药大学第四临床医学院广州510405 广州中医药大学第一附属医院广州510405 湖南中医药大学第一附属医院长沙410000

目的分析片仔癀治疗肝细胞癌的炎症相关分子靶点,对其机制进行初步探索。方法通过TCMSP和BATMAN数据库获取片仔癀的成分和靶点。通过Genecards、OMIM和TCGA数据库获取肝细胞癌的疾病靶点。对化合物靶点和疾病靶点取交集,得到片仔癀治疗... 详细信息

目的分析片仔癀治疗肝细胞癌的炎症相关分子靶点,对其机制进行初步探索。方法通过TCMSP和BATMAN数据库获取片仔癀的成分和靶点。通过Genecards、OMIM和TCGA数据库获取肝细胞癌的疾病靶点。对化合物靶点和疾病靶点取交集,得到片仔癀治疗肝细胞癌的靶点。从GSEA数据库获取炎症通路的相关基因,然后对片仔癀治疗肝细胞癌的靶点和炎症相关基因进行相关性分析,筛选出炎症相关靶点,通过GO和KEGG富集分析探索其机制。然后进行单因素cox分析和LASSO回归构建相关预后模型。通过蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络筛选出核心的10个靶点。将模型基因和核心靶点进行交集。通过药物-化合物-靶点网络筛选出核心的化合物。将核心的化合物和靶点进行分子对接验证。构建列线图用以评估患者的预后情况。结果得到片仔癀靶点162个,肝细胞癌靶点522个,片仔癀治疗肝细胞癌靶点20个,炎症相关靶点16个。GO和KEGG富集分析显示其发挥作用主要通过单加氧酶活力功能、氧化还原酶活性等生物学功能,化学致癌-受体激活等通路发挥作用。预后模型ROC曲线计算AUC分别为1年0.780,3年0.688,5年0.642,说明模型具有可靠性。预后模型与PPI核心靶点相交得到5个靶点:PON1、IGF2、NQO1、CCNB1和IGFBP3。列线图使用CCNB1、NQO1和T分期进行构建,其c-index为0.726,说明了模型的可靠性。药物-化合物-靶点网络提示槲皮素是核心的化合物,并且靶向上述2个基因。结论片仔癀治疗肝细胞癌主要通过槲皮素靶向CCNB1和NQO1发挥抗炎作用,其预后模型可用于患者的生存预测。

关键词：片仔癀肝细胞癌炎症预后模型生信分析

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汗液代谢组学研究进展及其标准化收集方式

中国皮肤性病学杂志 2022年第5期36卷 504-508页

作者：王家爵平瑞月吴汶丰邹枫李红毅广州中医药大学第二临床医学院广东广州510405 广东省中医院皮肤科广东广州510120

汗液由丰富的蛋白质和肽源构成,具有发掘疾病生物标记物的潜力,是一种具有研究前景的生物标本。现阶段针对汗液的研究以健康人群或单一疾病患者汗液的代谢组学研究为主,亦多用于特定成分的代谢监测。目前已发掘出小柳原田病、眼白塞病... 详细信息

汗液由丰富的蛋白质和肽源构成,具有发掘疾病生物标记物的潜力,是一种具有研究前景的生物标本。现阶段针对汗液的研究以健康人群或单一疾病患者汗液的代谢组学研究为主,亦多用于特定成分的代谢监测。目前已发掘出小柳原田病、眼白塞病、肺结核、肺癌、特应性皮炎等多个疾病的汗液代谢差异。既往研究中汗液标本的采集方式不一,常见方式包括有毛果芸香碱离子导入法、汗液贴片法、运动法与热刺激法等,缺乏一定质量控制标准。本文对汗液代谢组学的研究进展、汗液标本诱导、采集、储存方式进行综述,为后续相关研究提供参考。

关键词：汗液代谢组学标准化收集方式

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基于网络药理学和分子对接分析达原饮治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点和机制

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中药材 2020年第8期43卷 2062-2069页

作者：张泽鑫吴汶丰谢丹方舒涵李红毅广州中医药大学第二临床医学院广东广州510405 广东省中医院广东广州510120

目的:通过网络药理学分析和分子对接的方法,探究达原饮治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点和机制,为中医药治疗COVID-19提供指导。方法:通过TCMSP和Drugbank数据库检索获取达原饮的有效中药成分和靶点。通过Genecards和OMIM数据... 详细信息

目的:通过网络药理学分析和分子对接的方法,探究达原饮治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点和机制,为中医药治疗COVID-19提供指导。方法:通过TCMSP和Drugbank数据库检索获取达原饮的有效中药成分和靶点。通过Genecards和OMIM数据库以"novel coronavirus pneumonia"为关键词搜索获取新型冠状病毒肺炎的靶点。通过生物信息学与进化基因组学系统得到两者的共有靶点。通过Cytoscape3.7.2构建达原饮治疗COVID-19分子靶点图。通过PPI蛋白互作网络结合Cytoscaape3.7.2的cytoHubb插件构建靶点相关关系图,寻找富集数目最多的靶点。通过R语言对达原饮治疗COVID-19的靶点进行GO和KEGG富集分析,采用AutoDock4.2和PyMol进行核心成分和靶点对接及可视化处理。结果:共得到达原饮有效中药成分166个,达原饮治疗新型冠状病毒肺炎主要中药成分83个,主要为来自草果、甘草的quercetin(槲皮素),来自知母、白芍的kaempferol(山柰酚);达原饮靶点203个;新型冠状病毒肺炎靶点253个;达原饮治疗COVID-19靶点45个,主要核心靶点为IL6、MAPK8、CASP3、IL10、IL1B;达原饮治疗COVID-19涉及GO 75条,主要为cytokine receptor binding;达原饮治疗COVID-19的KEGG通路148条,主要为AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications。分子对接结果显示达原饮治疗COVID-19的重要化合物槲皮素与核心靶点IL6、MAPK8、CASP3、IL10、IL1B有良好的亲和力。结论:通过网络药理学和分子对接分析,探析了达原饮治疗COVID-19的分子靶点和机制,为中医药治疗COVID-19提供参考。

关键词：网络药理学分子对接达原饮新型冠状病毒肺炎分子靶点机制

基于网络药理学和生物信息学的大黄牡丹汤治疗结肠癌的分子靶点鉴定和预后模型构建

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中国现代应用药学 2022年第15期39卷 1925-1937页

作者：张泽鑫林思其刘紫凤吴汶丰黄子怡陈祎琦李菁林丽珠于奕广州中医药大学第一临床医学院广州510405 广州中医药大学第二临床医学院广州510405 湖南中医药大学第一附属医院长沙410000 广州中医药第一附属医院广州510405

目的鉴定大黄牡丹汤治疗结肠癌的核心化合物和靶点,以及构建预后模型来评估患者的总体生存情况。方法通过检索多个数据库筛选得到大黄牡丹汤治疗结肠癌的靶点;通过GO和KEGG富集分析探讨大黄牡丹汤治疗结肠癌的作用机制;在使用单因素Co... 详细信息

目的鉴定大黄牡丹汤治疗结肠癌的核心化合物和靶点,以及构建预后模型来评估患者的总体生存情况。方法通过检索多个数据库筛选得到大黄牡丹汤治疗结肠癌的靶点;通过GO和KEGG富集分析探讨大黄牡丹汤治疗结肠癌的作用机制;在使用单因素Cox分析筛选出与生存相关的靶点后,使用LASSO回归构建预后模型,计算模型风险评分;KM生存分析和ROC曲线用以验证和评估模型的可靠性;构建蛋白互作(proteinproteininteraction,PPI)网络和疾病-药物-化合物-靶点网络以筛选出核心靶点;使用HPA免疫组化数据库和Image J软件对核心靶点进行蛋白表达的验证;分子对接和分子动力学以评估核心化合物和靶点的结合情况。结果共筛选出22个大黄牡丹汤治疗结肠癌的靶点,其主要参与调控对酮、氧水平的反应等生物学过程,与胃泌素信号、DNA损伤应答通路有关。LASSO回归去除冗杂因素,对单因素Cox分析筛选出的5个基因(CHEK1、BIRC5、GSTM2、CCNB1、VEGFA)构建预后模型。疾病-药物-化合物-靶点网络共筛选出2个核心化合物:槲皮素和芦荟大黄素。PPI网络共筛选出4个核心靶点:CCNB1、MYC、CCND1、PCNA。将核心靶点和预后模型的基因取交集,得到核心的1个靶点:CCNB1。生存分析显示CCNB1在高低风险组之间具有显著性差异。免疫组化结果表明,CCNB1在正常组织和结肠癌组织中差异表达,其差异具有统计学意义(P<0.01)。分子对接和分子动力学结果验证了芦荟大黄素、槲皮素和CCNB1具有稳定的结合能。结论大黄牡丹汤治疗结肠癌发挥作用主要可能通过槲皮素、芦荟大黄素靶向CCNB1来实现,大黄牡丹汤治疗结肠癌的预后模型可以用于患者预后的评估,效能良好。

关键词：分子对接分子动力学免疫组化大黄牡丹汤结肠癌预后模型

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特应性皮炎的体外3D皮肤模型

中国皮肤性病学杂志 2022年第2期36卷 133-138页

作者：吴汶丰张泽鑫王家爵邹枫陈达灿李红毅广州中医药大学第二临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第一临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第二附属医院皮肤科广东广州510120 粤港澳中医药与免疫疾病研究联合实验室广东广州510120 省部共建中医湿证国家重点实验室(广州中医药大学第二附属医院) 广东广州510120

特应性皮炎是一种慢性炎症性皮肤病,其病理机制涉及表皮屏障功能破坏、皮肤微生物组异常和2型炎症免疫失调之间复杂的相互作用。随着组织工程技术发展,3D皮肤模型已与正常人体皮肤结构接近。通过模拟特应性皮炎的病理机制,许多研究者成... 详细信息

特应性皮炎是一种慢性炎症性皮肤病,其病理机制涉及表皮屏障功能破坏、皮肤微生物组异常和2型炎症免疫失调之间复杂的相互作用。随着组织工程技术发展,3D皮肤模型已与正常人体皮肤结构接近。通过模拟特应性皮炎的病理机制,许多研究者成功构建出特应性皮炎的3D皮肤模型。该模型被应用于特应性皮炎的病理机制研究、药物筛选方面,是进行特应性皮炎研究的重要工具。故本文对现有的特应性皮炎3D皮肤模型构建方法及其在AD研究中的应用进行综述,并阐述其存在问题及未来发展方向,为学者应用3D皮肤模型研究特应性皮炎提供参考。

关键词：特应性皮炎 3D皮肤模型体外模型构建方法应用

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片仔癀药理作用及临床应用研究进展

重庆医学 2022年第S2期51卷 167-168页

作者：吴汶丰(综述) 李红毅罗志毅(审校) 广州中医药大学第二临床医学院广东510405 广东省中医院广州510120 漳州片仔癀药业股份有限公司福建363000

片仔癀是我国传统的名贵中成药,拥有近500年的传承历史,在海内外享誉斐然。该药具有凉血化瘀、清热解毒、消肿止痛等效果[1],适应证广,功效确切。现代药理学研究表明,其具有抗肿瘤[2]、保肝[3]、抗炎[4]等多种作用。用于治疗慢性乙型病... 详细信息

片仔癀是我国传统的名贵中成药,拥有近500年的传承历史,在海内外享誉斐然。该药具有凉血化瘀、清热解毒、消肿止痛等效果[1],适应证广,功效确切。现代药理学研究表明,其具有抗肿瘤[2]、保肝[3]、抗炎[4]等多种作用。用于治疗慢性乙型病毒性肝炎、带状疱疹、原发性肝癌、口腔溃疡等多种疾病[5-6]。现将其药物活性成分、药理作用及临床应用综述如下,旨在为片仔癀的进一步研究及合理应用提供参考。

关键词：片仔癀处方分析活性成分药理作用临床应用研究进展

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龙胆泻肝汤方的药理研究进展

国医论坛 2018年第4期33卷 67-70页

作者：张泽鑫黄志凯曾慕煌江艳君吴汶丰广州中医药大学广东广州510405

目的:龙胆泻肝汤在临床中被广泛运用,本研究旨在总结该方的药理作用机制。方法:通过文献检索,就目前对龙胆泻肝汤单方或组成药物的现代药理作用研究结果进行了汇总和归纳。结果:从现代科学的角度验证了本方对免疫系统、心血管系统、消... 详细信息

目的:龙胆泻肝汤在临床中被广泛运用,本研究旨在总结该方的药理作用机制。方法:通过文献检索,就目前对龙胆泻肝汤单方或组成药物的现代药理作用研究结果进行了汇总和归纳。结果:从现代科学的角度验证了本方对免疫系统、心血管系统、消化系统、泌尿系统的影响和作用,龙胆泻肝汤通过改善免疫系统功能、抑制炎症反应、抗过敏、镇痛、抗感染等治疗湿热证相关疾病。结论:本研究为龙胆泻肝汤的临床用药与进一步药理研究提供参考。

关键词：龙胆泻肝汤药理研究研究进展文献综述

基于网络药理学联合GEO芯片分析干姜黄芩黄连人参汤治疗2型糖尿病的机理和分子靶点

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广东药科大学学报 2020年第3期36卷 361-368页

作者：张泽鑫吴汶丰谢丹方舒涵徐笋晶广州中医药大学第二临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第一附属医院伤寒教研室广东广州510405

目的基于网络药理学联合GEO芯片差异基因分析的方法,分析干姜黄芩黄连人参汤治疗2型糖尿病的机理和分子靶点。方法在TCMSP和Drugbank数据库检索相关药物信息,限定物种为“Homo sapiens”,获得干姜黄芩黄连人参汤的活性成分和分子靶点。... 详细信息

目的基于网络药理学联合GEO芯片差异基因分析的方法,分析干姜黄芩黄连人参汤治疗2型糖尿病的机理和分子靶点。方法在TCMSP和Drugbank数据库检索相关药物信息,限定物种为“Homo sapiens”,获得干姜黄芩黄连人参汤的活性成分和分子靶点。在GEO数据库检索疾病“Type 2 diabetes”,通过分析与筛选,获取GSE29221芯片数据,使用R软件获取其差异基因,绘制热图和火山图。通过cytoscape3.7.2构建干姜黄芩黄连人参汤与2型糖尿病差异基因分子靶点图,使用Bisogenet和CytoNCA绘制核心靶点拓扑网络,并进行药物与疾病基因的GO(BP、CC、MF)和KEGG分析。结果获得干姜黄芩黄连人参汤治疗2型糖尿病的49个活性成分,其治疗2型糖尿病的主要成分为槲皮素(quercetin)、黄芩素(wogonin)、山奈酚(kaempferol),以及与GEO共有差异基因55个,将差异基因进行PPI拓扑网络构建,筛选出候选基因8个,与KEGG通路富集基因合并,得到治疗2型糖尿病主要的9个基因为ERBB2、AKT1、EGF、PARP1、CDK2、EIF6、AHSA1、CAV1、HSPB1。GO生物过程731条,细胞成分31个,分子功能48个,主要涉及response to steroid hormone生物过程、cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex细胞成分,steroid hormone receptor activity分子功能等。KEGG通路11条,主要涉及HIF-1信号通路等。结论研究提供了干姜黄芩黄连人参汤在治疗2型糖尿病重要的分子靶标和机理,为其临床与实验应用提供基础。

关键词：网络药理学 GEO芯片干姜黄芩黄连人参汤 2型糖尿病

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参柏洗液湿敷治疗湿疹120例回顾性分析

中国中西医结合皮肤性病学杂志 2023年第5期22卷 437-439页

作者：郑伟娟陈祺何梓阳何伟吴汶丰陈信生广东省中医院广东广州510120 广州中医药大学广东广州510120

目的观察参柏洗液湿敷治疗湿疹各个分期的临床疗效。方法回顾性分析2021年—2022年在广州省中医院住院治疗的采用参柏洗液湿敷治疗的120例湿疹患者的病例资料,按皮损表现将患者分为急性期、亚急性期、慢性期3组,患者均采用参柏洗液配0.9... 详细信息

目的观察参柏洗液湿敷治疗湿疹各个分期的临床疗效。方法回顾性分析2021年—2022年在广州省中医院住院治疗的采用参柏洗液湿敷治疗的120例湿疹患者的病例资料,按皮损表现将患者分为急性期、亚急性期、慢性期3组,患者均采用参柏洗液配0.9%生理盐水(1∶20)稀释后进行湿敷,每日2次,比较不同分期3组患者湿疹面积和严重程度指数(EASI)评分、瘙痒视觉模拟(VAS)评分的差异及不良反应发生情况。结果3组治疗后EASI评分、VAS评分均较治疗前降低[(1.14±0.85)比(12.25±5.03)、(1.58±0.99)比(6.93±1.13)],差异均有统计学意义(均P0.05)。3组患者治疗后有效率达100%,其中急性期痊愈例数最高(7例),不同组间总有效率比较差异无统计学意义(P>0.05)。2例急性期患者在初期湿敷过程中有刺痛感,其余患者无相关不良反应。结论参柏洗液湿敷治疗湿疹,对于急性期、亚急性期、慢性期患者在改善皮损、缓解瘙痒方面均有显著疗效,且安全性高,值得临床推广运用。

关键词：参柏洗液湿疹疗效观察