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谷氨酸棒状杆菌技术研发态势分析

中国生物工程杂志 2016年第9期36卷 101-109页

作者：赵爽刘柳吴林寰马俊才中国科学院微生物研究所北京100101

利用美国Thomson公司旗下的Thomson Data Analyzer和微软公司的Excel等分析工具,从时间、地域、专利权人、技术领域等方面,对德温特专利数据库中全球谷氨酸棒状杆菌领域专利的生命周期、区域布局、竞争机构和技术趋势进行了分析。以期... 详细信息

利用美国Thomson公司旗下的Thomson Data Analyzer和微软公司的Excel等分析工具,从时间、地域、专利权人、技术领域等方面,对德温特专利数据库中全球谷氨酸棒状杆菌领域专利的生命周期、区域布局、竞争机构和技术趋势进行了分析。以期为谷氨酸棒状杆菌技术发展态势提供情报支持,辅助企业、高校制定和调整技术发展战略、完善技术发展布局,在当今激烈的市场竞争环境下保持较高的技术优势。

关键词：谷氨酸棒状杆菌氨基酸产业研发态势分析

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数据驱动的公共卫生安全

科学通报 2024年第9期69卷 1156-1163页

作者：李翠萍吴林寰舒畅鲍一明马俊才宋述慧中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心) 国家基因组科学数据中心北京100101 中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心北京100101 中国科学院大学北京100049 中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心) 基因组科学与信息重点实验室北京100101 中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心北京100101 中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室北京100101

在现代社会中,数据已成为重要的生产要素和国家基础性战略资源,是维护国家生物安全与社会稳定的利器[1].正确处理和利用数据,有助于我们及时、快速、有效地发现和解决问题,进一步维护社会的和谐稳定发展.在公共卫生安全领域,公共卫生安... 详细信息

在现代社会中,数据已成为重要的生产要素和国家基础性战略资源,是维护国家生物安全与社会稳定的利器[1].正确处理和利用数据,有助于我们及时、快速、有效地发现和解决问题,进一步维护社会的和谐稳定发展.在公共卫生安全领域,公共卫生安全事件成为21世纪人类生存面临的非传统安全威胁之一,特别是新发再发传染病对全球公共卫生和社会经济安全构成严重威胁[2,3].

关键词：公共卫生安全数据驱动非传统安全威胁全球公共卫生和谐稳定发展传染病 21世纪基础性

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关联大数据管理技术:挑战、对策与实践

数据分析与知识发现 2018年第1期2卷 9-20页

作者：沈志宏姚畅侯艳飞吴林寰李跃鹏中国科学院计算机网络信息中心北京100190 国家自然科学基金委员会北京100085 中国科学院微生物研究所北京100101

【目的】分析关联大数据的概念、内涵与特征,针对关联大数据管理的技术挑战,探讨关联大数据管理技术的对策和解决思路。【方法】结合NoSQL数据管理技术、分布式图计算技术、大数据流水线技术等给出应对挑战的思路,并基于此思路形成大规... 详细信息

【目的】分析关联大数据的概念、内涵与特征,针对关联大数据管理的技术挑战,探讨关联大数据管理技术的对策和解决思路。【方法】结合NoSQL数据管理技术、分布式图计算技术、大数据流水线技术等给出应对挑战的思路,并基于此思路形成大规模图数据仓库加工系统gETL。【结果】该方法和系统在NSFC-KBMS和WDCM项目中得到了应用,实现了大规模知识型数据和生物数据的有效管理,满足了多元化的数据管理需求。【局限】需要结合应用的情况,进一步完善方法与系统。【结论】通过采用NoSQL数据存储技术、分布式图计算技术、大数据流水线技术以及gETL系统,可以很好地解决关联大数据的管理问题。

关键词：关联数据知识图谱大数据关联大数据

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高通量测序技术在食品微生物研究中的应用

生物工程学报 2016年第9期32卷 1164-1174页

作者：吴林寰陆震鸣龚劲松史劲松许正宏江南大学药学院工业生物技术教育部重点实验室江苏无锡214122 中国科学院微生物研究所北京100101 国家固态酿造工程技术研究中心四川泸州646000

高通量测序技术的快速发展对食品微生物发酵过程和机制研究产生了深刻的影响,主要体现在食品微生物生理功能、代谢能力和进化的研究以及食品微生物群落结构、动态变化及其对环境的响应机制等方面。另外,通过对食品微生物基因组和元基因... 详细信息

高通量测序技术的快速发展对食品微生物发酵过程和机制研究产生了深刻的影响,主要体现在食品微生物生理功能、代谢能力和进化的研究以及食品微生物群落结构、动态变化及其对环境的响应机制等方面。另外,通过对食品微生物基因组和元基因组进行数据分析,也对食品发酵过程优化、微生物功能改造、食源性微生物疾病预防和控制等提供了重要的依据。本文总结了近年来利用高通量测序技术对食品微生物基因组和元基因组进行测序的研究,并探讨了测序技术的发展对食品微生物研究的影响及发展趋势。

关键词：高通量测序技术食品微生物元基因组

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关于中国微生物组数据中心建设的思考

中国科学院院刊 2017年第3期32卷 290-296页

作者：马俊才赵方庆苏晓泉徐健吴林寰中国科学院微生物研究所北京100101 中国科学院北京生命科学研究院北京100101 中国科学院青岛生物能源与过程研究所青岛266101

近年来,美国、欧盟都陆续启动了微生物组相关的研究项目。但微生物组大数据的收集、存储、功能挖掘和开发利用一直是制约微生物组发展的核心问题。文章分析了我国目前在微生物组数据管理中存在着标准不统一、缺乏跨领域的数据整合、高... 详细信息

近年来,美国、欧盟都陆续启动了微生物组相关的研究项目。但微生物组大数据的收集、存储、功能挖掘和开发利用一直是制约微生物组发展的核心问题。文章分析了我国目前在微生物组数据管理中存在着标准不统一、缺乏跨领域的数据整合、高质量的参考数据库和数据的深度挖掘技术等问题,提出适时启动"中国微生物组"计划,建立中国微生物组数据中心,在微生物组数据标准化的基础上,建立微生物组大数据计算、存储和共享平台,开发微生物组大数据挖掘的新方法,实现我国微生物组数据资源的系统管理和高效利用。

关键词：微生物组标准化大数据中国微生物组数据中心

我国微生物肥料年产量已达900万吨 A02

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我国完成400多个水稻基因转基因克隆工作 002

粮油市场报

作者：吴林寰

本报讯（吴林寰）从在湖南长沙举行的第十一届全国土壤微生物学术讨论会上了解到，我国微生物肥料年产量已达到900万吨。　　据中国农科院农业资源与农业区划研究所研究员李俊介绍，我国微生物肥料产业近几年来发展迅速，已形成了80...

本报讯（吴林寰）从在湖南长沙举行的第十一届全国土壤微生物学术讨论会上了解到，我国微生物肥料年产量已达到900万吨。　　据中国农科院农业资源与农业区划研究所研究员李俊介绍，我国微生物肥料产业近几年来发展迅速，已形成了800多家生产企业、年产量900万吨、11?

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病原微生物菌(毒)种保藏数据描述通则团体标准解读

粮油市场报

作者：吴林寰

本报讯（吴林寰）我国的水稻研究已进入了一个全新的领域，目前华大基因农能平台已经完成400多个水稻基因的转基因克隆工作，依托华大基因强大的高通量测序技术，今后将进一步加快水稻转基因育种研究工作。这是记者在日前结束的“水...

本报讯（吴林寰）我国的水稻研究已进入了一个全新的领域，目前华大基因农能平台已经完成400多个水稻基因的转基因克隆工作，依托华大基因强大的高通量测序技术，今后将进一步加快水稻转基因育种研究工作。这是记者在日前结束的“水稻基因组学与农业应用研讨会”上获悉的消息

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中华流行病学杂志 2020年第11期41卷 1798-1801页

作者：姜孟楠王多春韩俊梅嬛吴林寰冯岚魏强中国疾病预防控制中心病原微生物菌(毒)种保藏中心国家病原微生物资源库北京102206 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 中国医学科学院中国医学科学院皮肤病医院(中国医学科学院皮肤病研究所) 南京210042 中国科学院微生物研究所北京100101

病原微生物是国家重要战略性资源,其价值体现在实物及其所对应的信息数据资源。目前,我国已基本完成国家级、省级保藏中心和专业实验室的指定,各类保藏机构已投入运行,并开始发挥保藏机构作用。为规范病原微生物保藏数据管理,提升病原... 详细信息

病原微生物是国家重要战略性资源,其价值体现在实物及其所对应的信息数据资源。目前,我国已基本完成国家级、省级保藏中心和专业实验室的指定,各类保藏机构已投入运行,并开始发挥保藏机构作用。为规范病原微生物保藏数据管理,提升病原微生物资源质量,中国CDC牵头制定发布了中华预防医学会团体标准《病原微生物菌(毒)种保藏数据描述通则(T/CPMA 011-2020)》。该标准提出了保藏菌(毒)种所应具备的数据字段及其描述原则,包括编号、名称、分离、危害程度分类、传播途径、致病性等通用数据,以及病毒、细菌和真菌等特征数据。病原微生物资源的核心在于质量、基础在于标准,以数据规范为抓手,对推动我国病原微生物保藏工作向质量提升转变,提高资源共享利用,引领保藏工作持续发展将起到重要支撑作用。

关键词：病原微生物保藏数据通则团体标准

国家微生物科学数据中心——国家微生物资源大数据体系建设

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生命科学 2023年第12期35卷 1599-1607页

作者：范国梅孙清岚张荐辕吴林寰马俊才中国科学院微生物研究所北京100101

国家微生物科学数据中心成立于2019年,以中国科学院微生物研究所作为依托单位。中心数据资源总量超过6 PB,数据记录数超过52亿条,数据内容完整覆盖微生物资源、微生物及交叉技术方法、研究过程及工程、微生物组学、微生物技术以及微生... 详细信息

国家微生物科学数据中心成立于2019年,以中国科学院微生物研究所作为依托单位。中心数据资源总量超过6 PB,数据记录数超过52亿条,数据内容完整覆盖微生物资源、微生物及交叉技术方法、研究过程及工程、微生物组学、微生物技术以及微生物文献、专利、专家、成果等微生物研究的全生命周期。国家微生物科学数据中心通过建设一系列重点数据库构建系统全面的国家微生物大数据体系,涉及全球微生物菌种分类及研究领域、病原微生物研究领域、微生物组研究方面及真菌研究领域,为全球微生物学相关的工作者提供信息服务和交流平台。在新冠疫情期间,中心开发新型冠状病毒国家科技资源服务系统,第一时间建立了全球科学数据发布及共享平台。研发的新型冠状病毒变异评估和预警系统(New Coronavirus Variation Evaluation and Early Warning System,VarEPS),是全球首个对SARS-CoV-2基因组已知变异及虚拟变异进行多维度风险评估和预警的系统。中心以世界微生物数据中心(World Data Center for Microorganisms,WDCM)为平台,倡导全球微生物菌种保藏目录(Global Catalogue of Microorganisms,GCM),发起全球微生物模式菌株基因组和微生物组测序合作计划(Global Microbial Type Strain Genome and Microbiome Sequencing Project,GCM 2.0),有效促进了全球微生物资源的共享利用。

关键词：微生物数据中心大数据