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基于转录组测序的青叶胆獐牙菜苦苷生物合成相关基因表达研究

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基于转录组测序的青叶胆獐牙菜苦苷生物合成相关基因表达研究

作者：吴昕怡云南中医学院

学位级别：硕士

青叶胆是一味传统中药材,来源于龙胆科獐牙菜属植物青叶胆(Swertia mileensis *** et ***),对于黄疸型肝炎有显著疗效;其主要有效成分为獐牙菜苦苷,有着良好的保肝、利胆作用。青叶胆药材主要依赖于野生资源,近年来大规模无节制的采挖,... 详细信息

青叶胆是一味传统中药材,来源于龙胆科獐牙菜属植物青叶胆(Swertia mileensis *** et ***),对于黄疸型肝炎有显著疗效;其主要有效成分为獐牙菜苦苷,有着良好的保肝、利胆作用。青叶胆药材主要依赖于野生资源,近年来大规模无节制的采挖,使得青叶胆野生资源数目锐减,难以满足市场需求。通过探讨青叶胆中獐牙菜苦苷生物合成的遗传基础,找到獐牙菜苦苷生物合成的关键酶基因,能够为体外生物合成獐牙菜苦苷奠定基础。本研究利用Illumina Hiseq 2500高通量测序技术,对青叶胆进行转录组测序,筛选得到与獐牙菜苦苷生物合成相关候选基因(GPPS-1、GPPS-2、GES、G10H-1、G10H-2、IS、DL7H-1、DL7H-2、SLS),探讨了候选基因的表达量与獐牙菜苦苷的关系,克隆得到了与獐牙菜苦苷生物合成显著正相关的关键酶基因。具体研究结果如下:对青叶胆全株进行了Illumina Hiseq 2500高通量测序后,经过数据拼接、组装后共得到68,643条Unigenes,平均长度为901 bp;共有42,954条Unigenes注释到NR,SwissProt,COG,KOG,GO,Pfam数据库中;在青叶胆獐牙菜苦苷生物合成的三个阶段中,有43条Unigenes参与中间体的生成,11条Unigenes参与萜类骨架构建,17条Unigenes参与萜类最后的修饰,搜索得到了参与骨架构建和后修饰的9个候选基因:GPPS-1、GPPS-2、GES、G10H-1、G10H-2、IS、DL7H-1、DL7H-2、SLS。采用实时荧光定量PCR技术分别测定了野生青叶胆不同发育时期(苗期、花期、果期)候选基因的表达量,结果表明GPPS-1、GPPS-2、GES、G10H-1、G10H-2、IS、DL7H-1和DL7H-2的表达模式相似,均为果期表达量最高,苗期最低;SLS则不同,表达量最高的是花期,最低的是苗期。采用高效液相色谱法测定了野生青叶胆苗期、花期、果期獐牙菜苦苷的含量,结果显示花期时獐牙菜苦苷含量相对最高。采用SPSS 19.0软件分析了候选基因的相对表达量与獐牙菜苦苷含量的相关性,分析显示GPPS-1、GPPS-2、GES、G10H-1、G10H-2、IS、DL7H-1、DL7H-2、SLS的表达量与獐牙菜苦苷的积累不具有显著相关性。采用实时荧光定量PCR和高效液相色谱法,测定了在茉莉酸甲酯处理下,青叶胆试管苗候选基因表达量与獐牙菜苦苷含量的变化,结果表明:MeJA对于GPPS-1和GPPS-2的作用不明显,但可以提高GES、G10H-1、G10H-2、IS、DL7H-1和DL7H-2的表达量,在一定程度上也能够影响SLS的表达量;在处理48 h时獐牙菜苦苷含量最高。相关性分析显示G10H-2和DL7H-1的表达量与獐牙菜苦苷含量之间存在显著正相关(P<0.05),可能是獐牙菜苦苷生物合成途径中的关键酶基因。采用RT-PCR技术克隆得到DL7H-1基因,序列全长962 bp,开放阅读框长948 bp,编码315个氨基酸,属于细胞色素P450超基因家族,与小蔓长春花(Vinca minor L.)的DL7H基因有较高的同源性。

关键词：青叶胆转录组獐牙菜苦苷基因表达基因克隆

超声纹理参数分析鉴别诊断乳腺良恶性肿瘤价值研究

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超声纹理参数分析鉴别诊断乳腺良恶性肿瘤价值研究

作者：吴昕怡内蒙古医科大学

学位级别：硕士

目的:乳腺结节是乳腺疾病中最常见的的临床体征,可由多种病因引起,近年来随着影像学技术的发展乳腺结节的检出率明显增加。乳腺良恶性肿瘤的治疗方法不同,因此提高乳腺结节诊断的准确率是后续治疗的关键。本研究通过对比灰阶超声检查研... 详细信息

目的:乳腺结节是乳腺疾病中最常见的的临床体征,可由多种病因引起,近年来随着影像学技术的发展乳腺结节的检出率明显增加。乳腺良恶性肿瘤的治疗方法不同,因此提高乳腺结节诊断的准确率是后续治疗的关键。本研究通过对比灰阶超声检查研究乳腺结节图像的纹理特征参数,明确超声图像纹理特征与乳腺肿瘤病理结果之间的相关性,并通过建立预测模型为无创诊断乳腺结节的良恶性提供更多参考。资料与方法:选取2019年7月～2020年12月期间内蒙古自治区人民医院超声医学科检查出的102例乳腺结节病例,所有入选病例均经过本院手术后病理检查证实,其中良性病例54例;恶性48例。病变超声图像由Philips和Mindray彩超机检查获取,检查医生均由超声科5年以上工作经验的医师进行,选择显示结节最大径的超声图像行原机下载保存。将图像调入Ma Zda[Version 4.6]软件进行纹理分析。首先将纳入研究的超声图像行预处理,将经过预处理后的图像选用手动勾画方法选择感兴趣区(region of interest ROI),通过软件计算出感兴趣区的纹理特征参数值。选择灰度共生矩阵(gray level co-occurrence matrix GLCM)特征进行乳腺良恶性肿瘤的分类判别,取以下纹理参数做研究:能量、对比度、自相关、逆差矩、熵、和方差、和平方、和均值、和熵、差方差、差熵等,图像像素间距设置为,d=1;方向Q取0°,45°,90°,135°的平均值。采用SPSS(25.0)统计分析软件,计量资料采用均数±标准差进行统计描述,符合正态分布、方差齐的计量资料,选用独立样本t检验,以P<0.05为差异有统计学意义。将差异有统计学意义的纹理参数拟合神经网络模型(neural networks),模型建立后,采用受试者工作特征曲线(receiver operating characterist ROC),结合ROC曲线和曲线下面积(area under curve AUC)、灵敏度(sensitivity)、特异度(specificity)等多种指标评价模型的检验效能。结果:研究中选择的11种灰度共生矩阵参数通过独立样本t检验证实,在良恶性两组间的差别均有统计学意义(P<0.05)。将有统计学意义的纹理参数拟合神经网络模型,模型中训练集对乳腺良恶性结节分类准确率、灵敏度和特异度分别为91.0%、91.7%和90.5%;测试集中对乳腺良恶性结节分类准确率、灵敏度和特异度分别为87.5%、83.3%和91.7%;模型总准确率90.2%(92/102),敏感度89.6%(43/48),特异度90.7%(49/54),ROC曲线下面积为0.945。从实验结果可见神经网络模型对乳腺结节的良恶性诊断具有较高的判别能力。结论:(1)灰度共生矩阵纹理特征在乳腺结节良恶性的鉴别诊断中有一定价值;(2)灰度共生矩阵纹理特征参数拟合神经网络模型判别乳腺结节良恶性的效能较好;(3)通过提取医学影像中的定量特征并结合数据挖掘技术,有望通过无创检查的方法实现乳腺肿瘤良恶性的判别。

关键词：纹理分析超声检查乳腺肿瘤灰度共生矩阵神经网络模型

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基于DEM-CFD耦合的砂岩出砂机理研究

基于DEM-CFD耦合的砂岩出砂机理研究

作者：吴昕怡武汉轻工大学

学位级别：硕士

基于ALCATEL三层交换机的防止欺骗局域网规划策略

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计算机应用 2002年第4期22卷 52-53页

作者：聂晖田斌吴昕怡谢颂华武汉理工大学网络信息中心湖北武汉430070 武汉理工大学计算机工程与应用学院湖北武汉430070

剖析了威胁局域网安全的黑客手法之一———欺骗 ,并针对其原理 ,结合武汉理工大学使用的ALCATEL三层交换机提供的新技术。

关键词：网络安全欺骗交换机局域网 Aclatel 计算机网络网络规划策略

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两周之际政局与《诗经》相关篇章研究

两周之际政局与《诗经》相关篇章研究

作者：吴昕怡山东师范大学

学位级别：硕士

两周之际是中国历史上一个重要的时期。由于史料较少的原因,学界对两周之际历史的探讨,存在很多争议。而清华大学藏战国楚简《系年》对两周之际的历史的记载,不仅能够纠正以往的认识,还能够填补史料空白,具有重要的学术价值。《诗经》... 详细信息

两周之际是中国历史上一个重要的时期。由于史料较少的原因,学界对两周之际历史的探讨,存在很多争议。而清华大学藏战国楚简《系年》对两周之际的历史的记载,不仅能够纠正以往的认识,还能够填补史料空白,具有重要的学术价值。《诗经》作为六经之一,是研究先秦历史的重要文献,其中创作于两周之际的诗篇更是我们研究这段历史的宝贵资料。以《诗经》为基础,对前人的观点进行梳理整合,综合出土文献和考古资料,对两周之际进行东迁的西虢、膳夫克家族进行研究,不但可以了解两周之际周王朝政治局势的变迁情况,还能够对《诗经》中部分诗篇的创作年代进行判定。自厉王即位以来,西周王朝便处于内外交困的局面。无论是内部贵族与王权之间的权力倾轧还是周边诸族对西周边疆的入侵掠夺,都是导致西周灭亡的重要原因,而因继承权争夺而引发的外族侵入则是导致西周灭亡的直接原因。这也成为了《诗经》部分诗篇创作的历史背景。西周灭亡后,幽王的拥护者转而拥立幽王之弟余臣为携惠王,继续与周平王势力相抗,两股势力长期处于对峙状态。其间,两大集团间的攻讦,诸侯的倒戈与转向都是不断变化发展的。西虢作为携惠王的有力支持者,其东迁的时间应始于西周晚期,东迁的原因与躲避犬戎之祸有重要的关系。北白鹅一带古称为匽,在西周时期,膳夫克家族便在此地拥有一块土地。在政局变化的影响下,膳夫克家族作为西虢的姻亲跟随西虢东迁于匽地建邦。两周之际的政治局势变迁呈现出携惠王势力由强到弱,平王势力由由弱到强发展趋势,并最终由晋文侯杀掉余臣,平王成为正统,开启了“东周”的历史。两周之际也是诗歌创作的一个高峰。受到复杂混乱的政治形势的影响,两周之际的诗人在诗歌创作上形成了“独具特色”的风格,《诗经·大雅·瞻卬》《诗经·大雅·召旻》《诗经·小雅·十月之交》《诗经·小雅·小旻》都是此时期的代表作品。在这四首诗中,诗人不仅对时政的乱象进行了严厉的抨击,还对天进行了质疑和批评。这都与两周之际混乱无序的社会背景相吻合,也成为了判断诗歌创作时间的依据。两周之际的周人在遭受国破家亡的磨难后,部分周人对天命产生了怀疑,主张从现实角度解决问题,对现实人事的理智注重渐渐高于对神的盲目崇敬,这是人文意识的重要觉醒。

关键词：两周之际政局变迁《诗经》创作年代

基于改进LSTM网络的无人机MEMS-IMU零偏在线标定方法

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中国惯性技术学报 2024年第3期32卷 213-218页

作者：程向红吴昕怡刘丰宇钟志伟微惯性仪表与先进导航技术教育部重点实验室南京210096 东南大学仪器科学与工程学院南京210096

针对在卫星信号拒止、视觉系统退化场景中无人机MEMS-IMU零偏无法准确估计并补偿导致导航误差迅速发散的问题,提出一种基于改进长短时记忆(LSTM)网络的零偏在线标定方法。首先,为解决MEMS-IMU零偏数据非线性强、传统循环时间网络训练效... 详细信息

针对在卫星信号拒止、视觉系统退化场景中无人机MEMS-IMU零偏无法准确估计并补偿导致导航误差迅速发散的问题,提出一种基于改进长短时记忆(LSTM)网络的零偏在线标定方法。首先,为解决MEMS-IMU零偏数据非线性强、传统循环时间网络训练效果差的问题,设计序列到序列的LSTM神经网络结构,引入教师强迫机制,提高了网络特征学习能力。然后,在导航过程中使用训练后的网络对MEMS-IMU零偏在线标定,补偿后的IMU量测与视觉信息联合优化,保证了导航定位精度。实验结果表明,在纯惯性导航实验中,所提方法的绝对位置误差比传统LSTM方法减小了6.5%;在EUROC数据集下进行的视觉惯性组合导航实验中,所提方法的平均绝对位置误差比传统LSTM方法减小了15%。

关键词：无人机导航定位微惯性测量单元在线标定长短时记忆神经网络

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氮肥减量对设施番茄产量品质的影响

氮肥减量对设施番茄产量品质的影响

作者：吴昕怡西北农林科技大学

学位级别：硕士

化肥减量增效是在保证作物产量的前提下,通过减少化肥用量,改善土壤环境,提高肥料利用率,从而促进作物生长,改善果实品质的一项关键技术,对农业可持续发展意义重大。针对目前设施番茄生产中化肥过量施用造成土壤污染严重、肥料利用率低... 详细信息

化肥减量增效是在保证作物产量的前提下,通过减少化肥用量,改善土壤环境,提高肥料利用率,从而促进作物生长,改善果实品质的一项关键技术,对农业可持续发展意义重大。针对目前设施番茄生产中化肥过量施用造成土壤污染严重、肥料利用率低、番茄产量品质降低等问题,本文以农户施肥与农户施肥减氮为对照,根据设施番茄目标产量计算施肥量,主要研究减量30%氮肥及増量20%有机肥对早春茬番茄产量及品质的影响,旨在为番茄生产提供合理的肥料施用标准。主要结果如下:1、配施有机肥显著提高了土壤酶活性及土壤微生物含量,土壤微生物中以细菌含量提高最为明显,与氮磷有关的功能性细菌含量显著提高。配施有机肥处理下,春季氮、磷、钾肥料利用率分别为23.90%、38.88%和19.00%,肥料偏生产力和农学利用效率为156.69 kg/kg和41.87 kg/kg,肥力贡献率及地力贡献率为57.40%和53.77%,均比全化肥显著提高。综合考虑,番茄品质产量相对最佳,产量达到7692.76 kg/667 m。综上所述,配施有机肥有利于改善土壤环境,促进肥料利用率,提高设施番茄产量和品质。2、减氮30%处理土壤酶活性显著提高,在采收盛期达到最大;植株对N、P、K元素吸收利用效果最好,以果实吸收最佳,品质明显提高;植株总干重明显提高,果实干重达到最大且占比最高,产量达13717.14 kg/667 m,肥料偏生产力(PFP)达261.41 kg/kg,均高于其余处理。各项指标中,目标产量施肥处理(N1、N2)比农户施肥处理(F1、F2)明显提高。综上所述,减氮30%处理(N:56.25 kg/667 m;PO:12.5 kg/667 m;KO:62.5 kg/667m)产量最高,施肥效果最佳,推荐为日光温室早春茬番茄种植施肥标准。3、通过以上两个试验,进一步研究减量30%氮肥与增施20%有机肥对设施番茄土壤微环境、肥料利用率及产量品质的影响。结果表明:减氮30%处理比増施20%有机肥效果更优。具体表现为:减氮30%土壤微生物含量、土壤酶活性在各处理间达到最大,与氮磷有关的功能性细菌数量明显提高;氮肥减量30%后,植株对N、P、K元素吸收效果最佳,以果实吸收量最大;氮肥、磷肥、钾肥肥料利用率分别为36.97%、60.51%及26.19%,偏生产力水平为238.73 kg/kg。综合分析果实品质各处理间排名为N2>N3>N1>F2>CK>F1,减氮30%处理(N2)果实品质最优,产量为9939.32 kg/667 m,达到最大。各项指标中,目标产量施肥处理(N1、N2、N3)均高于农户施肥处理(F1、F2)。综上所述,减氮30%处理(N:21.01 kg/667 m;PO:2.71 kg/667 m;KO:18.24 kg/667 m)产量最高,施肥效果最佳,推荐为塑料大棚春季番茄施肥标准。

关键词：化学氮肥减量番茄土壤酶活性肥料利用率产量品质

滇龙胆香叶醇-10-羟化酶基因克隆、生物信息学分析和表达

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中草药 2017年第3期48卷 546-549页

作者：周伟李媛吴昕怡刘小莉云南中医学院中药学院云南昆明650500

目的克隆滇龙胆Gentiana rigescens香叶醇-10-羟化酶(geraniol-10-hydroxylase,G10H)基因,对其进行定量表达以及生物信息学分析。方法采用PCR技术获得G10H的c DNA序列,对G10H蛋白进行理化性质、二级结构和三级结构等生物信息学分析,并... 详细信息

目的克隆滇龙胆Gentiana rigescens香叶醇-10-羟化酶(geraniol-10-hydroxylase,G10H)基因,对其进行定量表达以及生物信息学分析。方法采用PCR技术获得G10H的c DNA序列,对G10H蛋白进行理化性质、二级结构和三级结构等生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR方法检测G10H基因在滇龙胆根、茎、叶中的表达情况。结果克隆得到滇龙胆G10H基因,全长为1 400 bp,ORF 1 248 bp,编码415个氨基酸。生物信息学预测该基因编码蛋白质分子式为C_(2131)H_(3390)N_(586)O_(615)S_(17),等电点为7.62,不稳定系数为44.20,疏水性系数GRAVY为-0.245。G10H基因在滇龙胆根、茎、叶中均有表达,其中在根中表达量最高,茎中最低。结论首次从滇龙胆中克隆得到了G10H基因,为进一步阐明该基因的羟基化功能在滇龙胆龙胆苦苷生物合成途径中的重要作用奠定基础。

关键词：滇龙胆香叶醇-10羟化酶基因克隆生物信息学基因表达

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基于高通量测序的青叶胆转录组研究

中国现代应用药学 2018年第3期35卷 363-369页

作者：吴昕怡严媛刘小莉云南中医学院中药学院昆明650500

目的探讨青叶胆中獐牙菜苦苷生物合成的遗传基础。方法采用Illumina Hiseq 2500高通量测序技术,对青叶胆全草进行转录组测序。结果共获得68 643个unigene,平均长度901 bp,共有42 954条unigene注释到NR,Swiss Prot,COG,KOG,GO,Pfam数据库... 详细信息

目的探讨青叶胆中獐牙菜苦苷生物合成的遗传基础。方法采用Illumina Hiseq 2500高通量测序技术,对青叶胆全草进行转录组测序。结果共获得68 643个unigene,平均长度901 bp,共有42 954条unigene注释到NR,Swiss Prot,COG,KOG,GO,Pfam数据库中,獐牙菜苦苷生物合成的3个阶段中,有43条unigene参与中间体的生成,3条unigene参与萜类骨架合成,25条unigene可能参与萜类最后的修饰。结论首次对青叶胆转录组进行测序分析,获得了可能参与獐牙菜苦苷生物合成的候选基因,为后续功能基因的挖掘奠定了基础。

关键词：青叶胆转录组 Illumina Hiseq 2500 獐牙菜苦苷