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微生物宏蛋白质组从样品处理、数据采集到数据分析

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色谱 2024年第7期42卷 658-668页

作者：吴恩慧乔亮复旦大学化学系上海200433

微生物与人体疾病、健康密切相关,如何理解微生物群落的组成及其发挥的功能是一大亟需研究的问题。近年来,宏蛋白质组学已经成为研究微生物组成与功能的重要技术手段。然而,由于微生物群落样本的复杂性与高度异质性,样品处理、质谱数据... 详细信息

微生物与人体疾病、健康密切相关,如何理解微生物群落的组成及其发挥的功能是一大亟需研究的问题。近年来,宏蛋白质组学已经成为研究微生物组成与功能的重要技术手段。然而,由于微生物群落样本的复杂性与高度异质性,样品处理、质谱数据采集与数据分析成为宏蛋白质组目前面临的三大挑战。在宏蛋白质组分析中往往需要针对不同类型的样品进行前处理优化,采取不同的微生物分离富集、提取和裂解方案。与单一物种蛋白质组相类似,宏蛋白质组学中的质谱数据采集模式有数据依赖性采集(data-dependent acquisition,DDA)模式和数据非依赖性采集(data-independent acquisition,DIA)模式。DIA数据采集模式可以完整地采集样品的肽段信息,具有很强的发展潜力。但是由于宏蛋白质组样品的复杂性,其DIA数据解析已成为阻碍宏蛋白质组深度覆盖的一大难题。在数据解析方面,最重要的步骤在于蛋白质序列数据库的构建。数据库的大小和完整性不仅对鉴定数量有很大影响,还会影响物种和功能水平上的分析。目前宏蛋白质组数据库构建的金标准是基于宏基因组的蛋白质序列数据库。同时,基于迭代搜库的公共数据库过滤方法也已被证明具有很强的实用价值。从具体的数据解析策略角度,以肽段为中心的DIA数据解析方法占据了绝对的主流。随着深度学习和人工智能的发展,其会极大地推动宏蛋白质组数据解析的准确度、覆盖度与分析速度。在下游生物信息学分析方面,近年来开发了一系列注释工具,可以在蛋白水平、肽段水平、基因水平上进行物种注释来获得微生物群落组成。与其他组学方法相比,微生物群落的功能分析是宏蛋白质组学的一个独特特征。宏蛋白质组已经成为微生物群落多组学分析中的重要组成部分,并且仍在覆盖深度、检测灵敏度、数据解析完整度等方面具有很大的发展潜力。

关键词：宏蛋白质组学样品前处理数据库数据分析策略

白术-白芍配伍对其化学成分及疏肝健脾作用的相关性研究

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中国医院药学杂志 2024年第15期44卷 1730-1736页

作者：朱瑶瑶潘娉娉吴恩慧章建华尹华浙江中医药大学药学院浙江杭州311400 浙江中医药大学附属第一医院骨伤科浙江杭州310000

目的:明确白术-白芍配伍对多成分含量及疏肝健脾作用的影响,进而研究两者的相关性。方法:建立肝郁脾虚大鼠模型,ELISA法检测大鼠血浆中5-羟色胺(5-HT)、胃动素(MTL)、生长抑素(SS)水平;采用HPLC-DAD法同时测定药对中7个活性成分的含量,... 详细信息

目的:明确白术-白芍配伍对多成分含量及疏肝健脾作用的影响,进而研究两者的相关性。方法:建立肝郁脾虚大鼠模型,ELISA法检测大鼠血浆中5-羟色胺(5-HT)、胃动素(MTL)、生长抑素(SS)水平;采用HPLC-DAD法同时测定药对中7个活性成分的含量,以双变量相关、灰色关联度法对化学成分含量-药效进行相关性分析。结果:与模型组相比,各给药组大鼠血浆中5-HT、SS浓度水平显著降低(P<0.05,P<0.01),且配伍组降低水平更甚(P<0.05),MTL浓度水平仅配伍组显著升高(P<0.01)。药对配伍后,氧化芍药苷、芍药苷、苯甲酰芍药苷、白术内酯I的含量显著增加(P<0.05,P<0.01)。化学计量学方法显示白术内酯I、苯甲酰芍药苷与5-HT、SS、MTL呈较强相关性,关联度大于0.70。结论:白术-白芍药对通过多成分综合发挥疏肝健脾作用,药对配伍后活性成分溶出量增加可能是其药效增强的关键因素,可为其基于药效的质控指标成分的确定提供参考依据。

关键词：白术白芍配伍化学成分含量测定疏肝健脾相关性

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清代跪叩礼与抱见礼的分流与演变

北京社会科学 2024年第6期 31-42页

作者：吴恩荣肇庆学院旅游与历史文化学院、西江流域中外文化交流研究中心

金国建立后,满洲跪叩礼与抱见礼皆呈发展与壮大之势。崇德称帝后,跪叩礼得到飞跃性发展,形成男女有别的等差性跪叩礼仪模式,并在顺治入关后继承明朝礼制时替换明朝礼仪中的拜礼,在国家礼制中全面铺展。抱见礼在金国时期发展出一定的等级... 详细信息

金国建立后,满洲跪叩礼与抱见礼皆呈发展与壮大之势。崇德称帝后,跪叩礼得到飞跃性发展,形成男女有别的等差性跪叩礼仪模式,并在顺治入关后继承明朝礼制时替换明朝礼仪中的拜礼,在国家礼制中全面铺展。抱见礼在金国时期发展出一定的等级性,并与跪叩礼组合使用,二者一度有合流态势。崇德后,抱见礼不仅没有得到发展与推广,反而呈现收缩之势,与跪叩礼发生分流,入关后这种趋势愈发清晰,在清中后期的国家礼制中更是接近消亡。两种满洲代表性礼仪出现不同的发展趋势,主要在于跪叩礼具有强烈的尊卑属性且适用场景广泛,而抱见礼相对平等、友爱且仅适用于相见场景,所以是否适应帝制政体下彰显皇权与等级性的礼制需求,成为决定二者在清代不同走向的根本原因。

关键词：清代礼仪满洲跪叩礼抱见礼皇权

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不容许风险创设判断标准的反思与重构

不容许风险创设判断标准的反思与重构

作者：吴恩泽南昌大学

学位级别：硕士

创设法所不容许的风险是客观归属理论的重要组成部分,在构成要件行为论视野下,可以认为其是行为不法理论的实质性标准。因此,采取何种标准进行判断至关重要,并且关乎实行行为空洞化争议的解决以及特别认知这根在背芒刺的拔除。经过对学... 详细信息

创设法所不容许的风险是客观归属理论的重要组成部分,在构成要件行为论视野下,可以认为其是行为不法理论的实质性标准。因此,采取何种标准进行判断至关重要,并且关乎实行行为空洞化争议的解决以及特别认知这根在背芒刺的拔除。经过对学说的归类与检视,相当因果关系说、客观事实说、社会角色论、主观归属理论所建构的危险创设判断标准均存在着一定的疑问,根本原因便在于缺乏明确、正确的目的理性所引领。应当从本体论向规范论转换、明确性与平衡要求的贯彻以及刑法目的的实现三个方面落实目的理性。根据规范设立的原理和抽象危险中损害原则的崩坏,可以认为刑法是通过保障行为规范效力的方式,间接地实现对法益的保护。危险创设的判断标准包括两个方面,第一以行为人的个别化认知作为确定行为规范具体内容的根据;第二考察行为人客观上所实施的行为是否违背了行为规范或具有违反行为规范一般可能性,前者针对抽象危险犯,后者针对实害犯。由此衍生以下启示,第一,危险与风险存在着规范与本体之别,危险等同于法所不容许的风险。第二,危险创设不等于犯罪着手,两者来源于不同且各自独立的判断依据。第三,规范效力保障说对规范责任论的影响较大,但在不同的理论中,不法与罪责的区分仍有得以维持的可能性。

关键词：实行行为法所不容许的风险目的理性规范效力维护

渔业滋养史前沿海社群:井头山海洋动物遗存研究

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中国科学：地球科学 2024年第5期54卷 1602-1618页

作者：吴恩东孙国平张颖 School of Culture History and LanguageAustralian National UniversityCanberra 2600Australia 浙江省文物考古研究所杭州310012 国家文物局考古研究中心北京100013

本文聚焦中国浙江井头山贝丘遗址(8300~7800cal a BP)丰富的海洋软体动物和鱼类遗存,综合性探究了中国长江下游和东南沿海史前先民的渔业经济、社群发展、古环境及其互动关系,并尝试探索中国新石器时代早期沿海聚落的兴衰变化与相关原因... 详细信息

本文聚焦中国浙江井头山贝丘遗址(8300~7800cal a BP)丰富的海洋软体动物和鱼类遗存,综合性探究了中国长江下游和东南沿海史前先民的渔业经济、社群发展、古环境及其互动关系,并尝试探索中国新石器时代早期沿海聚落的兴衰变化与相关原因.该研究基于海洋动物生态学和生物属性,采用动物考古学标准研究方法并结合碳十四测年,开展了采样、鉴定、测量和定量统计研究.研究结果显示,井头山遗址至少有11类贝类遗存和14类鱼类遗存.先民可能居于背山面海的海岸环境,以沿岸和近海开发模式的采集、渔捞与狩猎经济为主,并在该遗址出现了低水平的稻作农业.海岸环境变化可能是导致井头山先民被迫放弃该聚落的原因之一.本研究为讨论中国新石器时代距今8000年前后东部沿海地区对海洋资源的利用及社群发展与环境变化关系提供了新认识.

关键词：新石器时代海洋生物遗存渔业经济古环境社群发展

基于格子Boltzmann方法的钉扎螺旋波反馈控制

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物理学报 2024年第4期73卷 78-87页

作者：赖瑶瑶陈鑫梦柴振华施保昌华中科技大学数学与统计学院武汉430074 华中科技大学工程建模与科学计算湖北重点实验室武汉430074 华中科技大学数学与应用学科交叉创新研究院武汉430074

螺旋波是心室跳动过速和纤维性颤动的根源,钉扎螺旋波相对于自由螺旋波来说更难消除.本文采用格子Boltzmann方法求解,以FitzHugh-Nagumo模型为对象,研究了使用反馈控制法消除钉扎螺旋波.数值结果表明,无论钉扎螺旋波钉在圆形障碍物还是... 详细信息

螺旋波是心室跳动过速和纤维性颤动的根源,钉扎螺旋波相对于自由螺旋波来说更难消除.本文采用格子Boltzmann方法求解,以FitzHugh-Nagumo模型为对象,研究了使用反馈控制法消除钉扎螺旋波.数值结果表明,无论钉扎螺旋波钉在圆形障碍物还是矩形障碍物上,反馈控制法对其都具有很好的控制作用.此外,通过数值模拟系统研究了可激性系数、反馈控制信号幅度、记录反馈信号时间和障碍物的大小对钉扎螺旋波的控制情况.研究表明,钉扎螺旋波消除有三种情况.首先,反馈控制信号幅度和可激性系数与钉扎螺旋波消除所需的时间有关,反馈控制信号幅度越大或可激性系数越小,钉扎螺旋波消除越快.其次,障碍物大小和可激性系数影响着能成功消除钉扎螺旋波下记录反馈信号时间与加入反馈控制时间之间对应的时间间隔.最后,在保持加入反馈控制时间不变的情况下,记录反馈信号时间影响着能成功消除钉扎螺旋波所需的最小反馈控制信号幅度.

关键词：反馈控制法钉扎螺旋波 FitzHugh-Nagumo模型格子Boltzmann方法

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基于动态嵌入特征的鲁棒半监督视频目标分割

北京航空航天大学学报 2024年

作者：陈亚当赵翊冰吴恩华中国科学院软件研究所南京信息工程大学计算机学院南京信息工程大学数字取证教育部研究中心

针对半监督视频目标分割方法存在推理时内存占用不断增加以及仅依赖低级像素特征训练困难的问题，提出了一种基于动态嵌入特征和辅助损失函数的半监督视频目标分割方法。使用一种动态嵌入特征，建立一个恒定大小的记忆库。通过时空聚合... 详细信息

针对半监督视频目标分割方法存在推理时内存占用不断增加以及仅依赖低级像素特征训练困难的问题，提出了一种基于动态嵌入特征和辅助损失函数的半监督视频目标分割方法。使用一种动态嵌入特征，建立一个恒定大小的记忆库。通过时空聚合方法，利用历史信息生成和更新动态嵌入特征。同时使用内存更新感应器来自适应控制记忆库的更新间隔，适应不同视频的运动模式。使用一种辅助损失函数以在高级语义特征层面上给网络提供辅助指导，并通过在多重特征层面多方面指导，提高模型精度和训练效率。针对视频前背景中相似目标误匹配的问题，设计了一种空间约束模块，以利用视频的时间连续性特性，更好捕获前一帧掩码信息和当前帧之间的关联。实验结果表明，本方法在DAVIS 2017验证集上达到了84.5 J&F的精度，在YouTube-VOS 2019验证集达到了82.4 J&F的精度。

关键词：视频目标分割时空记忆网络时空约束内存更新感应动态嵌入特征

ErlangShen:基于流水线低访问开销的图式区块链高效事务执行机制

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电子与信息学报 2024年第5期46卷 2111-2121页

作者：肖江吴恩平张世桀伏子豪金海大数据技术与系统国家地方联合工程研究中心武汉430074 服务计算技术与系统教育部重点实验室武汉430074 集群与网格计算湖北省重点实验室武汉430074 华中科技大学计算机科学与技术学院武汉430074

基于有向无环图(DAG)的图式区块链能够显著提升系统性能,已成为近年来业界的研究热点。相较于传统串行化的链式区块链,图式区块链可在单位时间内并发处理大量事务从而提升吞吐量。随着事务量的激增,图式区块链面临事务执行效率低的瓶颈... 详细信息

基于有向无环图(DAG)的图式区块链能够显著提升系统性能,已成为近年来业界的研究热点。相较于传统串行化的链式区块链,图式区块链可在单位时间内并发处理大量事务从而提升吞吐量。随着事务量的激增,图式区块链面临事务执行效率低的瓶颈问题,即海量事务执行对状态数据访问的需求大幅增加,导致高昂的输入/输出(I/O)开销。实现低I/O访问主要包括两方面的全新挑战:一方面,图式区块链若直接采用传统的事务预取机制,将因执行逻辑不一致引入大量的陈旧读;另一方面,针对不同账户的状态访问会在默克尔树的高层节点中造成重复的I/O开销。为此,本文设计基于流水线的图式区块链高效事务执行机制—ErlangShen,包括Epoch粒度的状态预取机制和默克尔高层路径缓存机制来分别减少陈旧读的数量和重复的I/O开销。具体而言,ErlangShen充分分析并利用了事务访问频次的冷热特征,将访问热事务的逻辑执行与冷事务的状态预取并行化,以避免状态预取对事务执行的影响。此外,为了进一步提升事务执行的吞吐量,根据访问冷热状态事务的特性设计了定制化的并发控制方法。实验结果表明,ErlangShen机制能够减少约90%的陈旧读数量,与最新图式区块链事务处理机制Nezha相比,可将性能提升3~4倍。

关键词：区块链图式区块链 I/O优化并发控制状态树

1960—2020年珠江流域跨季节尺度干旱时空变化

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农业工程学报 2024年第13期40卷 77-84页

作者：张灵吴恩捷潘浩桦张朱琳何钰珍广州大学地理科学与遥感学院广州510006

全球气候变化背景下,珠江流域干旱事件尤其是跨季节干旱事件频发,研究珠江流域不同时间尺度下的干旱时空特征对于流域水资源配置和农业结构调整至关重要。为了了解珠江流域跨季节干旱时间时空变化特征,研究基于1960—2020年珠江流域44... 详细信息

全球气候变化背景下,珠江流域干旱事件尤其是跨季节干旱事件频发,研究珠江流域不同时间尺度下的干旱时空特征对于流域水资源配置和农业结构调整至关重要。为了了解珠江流域跨季节干旱时间时空变化特征,研究基于1960—2020年珠江流域44个气象站逐日气象观测数据,计算不同时间尺度下的标准化降水蒸散指数(standardized precipitation evapotranspiration index,SPEI),结合线性倾向估计法、Mann-Kendall突变检验以及Morlet小波分析,分析了近60 a来珠江流域跨季节干旱时空变化特征。结果表明:1)1960—2020年间珠江流域跨季节干旱事件中,秋冬及秋冬春连旱化趋势显著,呈弱干旱化趋势,且干旱化频率有所上升,连旱强度以中旱和轻旱为主,连旱影响范围以局域性为主,其次为全域性,秋冬春季节连旱在1962年和1997年分布出现由干转湿和由湿转干的突变。2)珠江流域秋冬及秋冬春季节连旱普遍存在9~14 a变化周期,相关分析表明珠江流域干湿变化与同期厄尔尼诺现象显著相关。3)珠江流域秋冬及秋冬春季节连旱尺度下大致呈东西干而中间湿的空间分布格局,红水河至左江及郁江流域连旱化趋势减弱,但连旱化频率仍较高,东江流域秋冬季节连旱化频率高且呈弱连旱化趋势,湿润化速率自西南向东北递减,未来发生季节连旱风险高。研究结果可为珠江流域干旱监测与防灾减灾措施提供指导和建议。

关键词：干旱珠江流域 SPEI 时空特征 M-K突变检验 Morlet小波分析